贤者之晶:天神西鲁菲所制造的超越贤者之石（《钢之炼金术士》中以大量人命炼成的奇迹之石）的存在，“永恒绝对之恶”的集合，超越“此世之恶——安利马尤（AngraMainyu）”数倍的存在，拥有接近于无限的力量（本文中最最最大的BUG）。在诸神黄昏中西鲁菲为救朱雀羽辰将贤者之晶消耗殆尽，世间仅余下千羽胸前所带的一片不完整的贤者之晶。
暗世界：与普通人生活的表世界相对，属于异能者、魔术师、魔导士的世界，有几大异能势力共同统治。
机关：世界上最大的自由性异能组织，几乎除了其他几个大型暗世界组织成员外所有的异能者都受它管辖。
时空管理局：拥有时空转移技术的大型暗世界组织，在许多时空都有势力分布，主要负责各个时空的稳定，成员统一使用拥有人工智能系统魔导器为武器，自称为魔导士。
魔术协会：自称是钻研魔术者所组成的自卫团体。负责魔术的管理与隐蔽，目标是希望重现魔法奇迹。成立初期分为三个部门：伦敦的“时钟塔”、埃及的“巨人之秘窖”（即专攻炼金术的阿特拉斯学院）、以及势力遍布北欧的复合协会“彷徨海”。后来“时钟塔”成为了总部，三方亦老死不相往来。因为中东一带的魔术根基是中国的思想魔术，与魔术协会互不相容，因此双方都在防范对方入侵。
圣堂教会：具有”普遍”意义的基督教会的内部，以”狩猎异端”为名而建立的巨大部门的组织.绝不认同与其教义相悖之物。虽然在表面上他们把‘异端’当作并不存在来处理，但其中也存在着一些狂热的异端排斥者。他们将在主的教义中不存在的事物予以物质性的排除。首要敌人是教会名单中所列出的死徒二十七祖，并怀疑主角千羽是其中的第三祖已成就完美之躯的朱月之布倫史塔德。
外界宿：提供暗世界成员交换情报、休息、吃饭、住宿的地方，世界上最强大的情报组织。
魔术师：这里的魔术师延用《Fate》中的设定，其实就是我们平常所经常说的魔法师。但是现今世界只有五个魔法，那都是连通神秘之根源的极大之法，是奇迹的代名词。而一个魔法只传承给一个魔法使。其他的就只能称为魔术。
魔导士：时空管理局成员的的独有称谓，原自称魔法师，但魔术协会和教会对此十分不满，认为他们的称谓亵渎了奇迹，故改称魔导士。将魔力凝聚成的“念动之核”的能量作为等级测定标准，使用魔力与科技结合的人工智能魔导器为武器相当于暗世界警察的一群人。
可能有些设定与原著不符，没办法谁让这是综漫呢，总该加点自己的东西o(∩_∩)o哈哈~~~~~~~