九月二十六日，陶侃督领水军开赴石头。庾亮、温峤、赵胤率领步兵万人从白石垒向南，准备挑战。苏峻统帅8千人迎战，派儿子苏硕和部将匡孝分军先行逼近赵胤军队，将其打败。苏峻当时正在犒劳将士，乘着醉意远远望见赵胤败逃，说：“匡孝能败敌，我反倒不如他吗！”于是撇下士众，和数名骑兵向北突击敌阵，但无法突破，准备回身奔向白木陂时，坐骑失足颠踬（diānzhì，跌倒），陶侃的部将彭世、李千等用矛投射，苏峻坠落马下，被斩首，剐割肢体，骨骸被焚烧，三军将士都高呼万岁。苏峻的司马任让等人共同推立苏峻兄弟苏逸为主公，关闭城门自守。
咸和四年（329年）二月十三日，晋军进攻石头。建威长史滕含重创苏逸，苏硕率领骁勇士卒数百人渡过秦淮河作战，被温峤击败斩杀，随后救出成帝。
苏峻之乱以后，建康宫阙已经化为灰烬，只得用建平园（原东吴皇家苑区及宫廷禁卫营地，又称后苑）暂时作为宫室。温峤想迁都至豫章（今江西南昌），三吴（吴郡，今江苏苏州；吴兴，今浙江省湖州市；会稽，今浙江绍兴）的豪杰们请求迁都会稽（今浙江绍兴），纷纷纭纭未有决断。
司徒王导说：“孙权、刘备都说‘建康是帝王的宅府’，古代的帝王，不一定因为物品的丰俭迁都。只要务本节用，还愁什么暂时的凋弊！现在只该保持宁静，人心自然安宁。”因此不再迁都。
三月初十，朝廷评议平定苏峻的功绩，任陶侃为侍中、太尉，封长沙郡公，加授都督交州、广州、宁州诸军事；郗鉴为侍中、司空、南昌县公；温峤为骠骑将军、开府仪同三司，加授散骑常侍、始安郡公；陆晔进爵为江陵公；其余赐封爵位为侯、伯、子、男的很多。
成帝由石头月兑困时，庾亮见到成帝，叩首哽咽。成帝下诏让庾亮和大臣们都登上御座。第二天，庾亮再次叩头至地请罪，乞求免去自己职位，想全家投身于山海之中隐居。成帝派尚书、侍中拿手写诏书安慰劝谕他说：“这是国家的灾难，不是娘舅的责任。”庾亮上书自己陈述说：“祖约、苏峻肆行凶逆之事，罪过由我引发，即便寸寸斩割屠戮，也不足以向七庙的神灵谢罪，不足以平息天下人的责难。朝廷又有什么道理再将我与他人相提并论，我又有什么脸面跻身于人伦呢！希望陛下即便是赐降宽宥，保全我的头颅也就行了，对我还是应当抛弃不顾，让我自生自灭，那么天下人便能粗知劝善罚恶的纲要了。”成帝下诏劝慰，不同意。庾亮又想遁逃于山水之间，从暨阳出发向东，成帝下诏让负责官员扣夺舟船。庾亮便请求外出镇守效力，出任都督豫州、扬州地段长江以西、宣城诸军事、豫州刺史，兼领宣城内史，镇守芜湖。
作为国舅，庾亮为人还算是很诚恳的，他的悔过也是真心实意的，而且采取了相应的措施和行动，其言其行，就是放在今天也是十分难能可贵的。
司马光说：“庾亮以外戚的身份辅佐朝政，首先引发祸端，国家毁坏，君主危殆，自己却逃窜以求苟免；卞敦位列方镇大员，兵员和粮食都很充足，朝廷倾覆之时，却坐观胜负；人臣的罪过，哪有比这更大的！但朝廷对他们既不能运用典刑彰明罪过，还用宠信爵禄回报，晋成帝无国政可言，由此也可知晓了。应当承担这种责任的人，难道不是王导吗！”对此，导游也颇有同感。
咸和五年（330年）九月，成帝造新宫，缮苑城。“始用砖垒宫城”，在孙吴苑城故址上建造宫城，历时两年有余，咸和七年（332年）十二月二十九日，成帝迁入新宫。后期又在此基础上进行扩建。东晋宫城又称建康宫、显阳宫，因晋、宋时期称朝庭禁省为“台”，故俗称为台城。
成帝自幼聪明伶俐，明于事理，说话很到位，一副小大人的样子。叛将苏峻囚禁并苛待成帝时，成帝既不畏惧，也不猥琐，而是泰然处之，埋头读书，表现出智者风度。苏峻之乱时，当年五马渡江之一的南顿王司马宗被杀，成帝一点都不知道。等到苏峻之乱平息后，他问舅舅庾亮：“往常那位白头公何在？”（司马宗一头白发）庾亮奏道：“司马宗谋反伏诛”。成帝很伤心，哭着说道：“舅父说他人是叛贼，就轻易地杀了他。如果别人说舅父是叛贼，该怎么办？”庾亮一听，吓得脸色大变，无言以答。
成帝年幼时继位，不能亲自处理政务。等到年岁渐大，颇有勤俭的德行。成帝在位期间诏举贤良，劝课农桑，政权趋于稳固。在东晋奢侈浮华之风历久并且盛行之时，他作为皇帝却能力倡简朴、节俭，还带头实行，应该说是很不容易的。可惜，他是一个短寿的皇帝。
咸康元年（335年）正月初一，成帝加元服，大赦，改元。咸康二年（336年）二月，立皇后杜氏。第二年，晋成帝颁布壬辰诏书，禁止豪族将领将山川大泽私有化。咸康七年（341年）又以土断方式将自江北迁来的世族编入户籍。
据《书断》张怀瓘记载：“晋帝时祭北郊，更祝版，工人削之，笔入木三分。”意思是：晋成帝司马衍，到北郊祭祀，要更换以前由王羲之为朝廷书写的：“祭天地神明，祁国泰民安”的“祝版”（书写祝文的木版），让木工刨削，刨了一层又一层，直到三分深，还有墨迹，“入木三分”的典故由此而来。
其实，成帝本人也是书法名家。据有关资料：（司马衍）工书。草书劲力外爽，古风内含。《法书要录》一书记载：成帝则生知草意，颖悟通谙。光使畏魄，青疑过蓝。劲力外爽，古风内含。若云开而乍睹旭日，泉落而悬归碧潭。
咸康八年（342年），豫州刺史庾怿（庾亮之弟）送酒犒赏江州刺史王允之。王允之觉得有毒，用酒喂狗，狗饮酒后即死，王允之将此事秘密奏报成帝。成帝说：“我大舅庾亮曾经导致国内大乱，小舅庾怿又想这样吗！”二月，庾怿饮毒药自杀。
五月，成帝身体不适。六月初五，病情加重。当时，成帝的两个儿子司马丕和司马奕年幼，尚在襁褓之中。于是庾冰（庾亮弟）请求让成帝的同母兄弟、琅邪王司马岳为皇位继承人，成帝同意了。成帝下诏，让司马岳为皇位继承人，并让自己的儿子司马奕承袭琅邪哀王司马安国的封号。初七，庾冰、何充以及武陵王司马唏、会稽王司马昱、尚书令诸葛恢同时受任顾命国政。初八，成帝驾崩于建康宫中西堂。时年22岁，在位18年。庙号显宗，谥号成帝。葬兴平陵（南京鸡笼山之阳）。
《列传》选录：
①成恭杜皇后，杜陵阳，京兆（一说今陕西西安）人，镇南将军杜预之曾孙女。父杜乂，见《外戚传》。成帝司马衍以后奕世名德，咸康二年备礼拜为皇后，即日入宫。杜皇后少有姿色，然长犹无齿，有来求婚者辄中止。及司马衍纳采之日，一夜齿尽生。改宣城陵阳县为广阳县。咸康七年三月，杜皇后崩，年21岁。葬于兴平陵。杜皇后在位6年，无子。
②章太妃周氏以选入成帝宫，有宠，生哀帝及海西公。始拜为贵人。兴宁元年（363年）薨。
康帝司马岳在位只有短短3年，也不可能有很大作为，但是他的原配皇后褚蒜子则是一个了不起的人物。是中国历史上唯一的4次临朝听政、辅佐6帝（康帝司马岳、穆帝司马聃、哀帝司马丕、废帝司马奕、简文帝司马昱、孝武帝司马曜）的太后，有人称之为：挽救东晋王朝的女人。