闰五月初三，桓振去行宫见安帝，摧马挥戈，直到石阶之下，询问桓升在哪里，当他听说桓升已死，怒向安帝高叫：“臣一门何负国家，而屠灭若是！”琅邪王司马德文从床上起来向桓振施礼，说：“此事岂是我兄弟之意！”桓振稍稍怒解。桓振打算杀掉安帝，桓谦苦苦地制止他。初六，桓振为桓玄举办丧事，以示哀悼，设立灵堂，追谥为武悼皇帝。
桓振是桓温亲侄桓石虔之子。眼见桓玄、桓升已死，桓振只得与叔父桓谦重推安帝为主，自为荆州刺史。
桓玄属于历史上的乱臣，他从称帝到兵败出逃，及至被杀，前后不到半年（一说80天），桓楚政权就宣告灭亡了。
义熙元年（405年）正月初七，刘毅等人的几支军队抵达马头。桓振挟持着安帝出兵屯据在江津（今重庆），派遣使节请求割据江、荆两个州，以送回安帝作为交换条件。刘毅等人没有答应。初九，鲁宗之在柞溪（湖北江陵县北20里）将桓振的部将温楷击败，进军屯扎在纪南（荆州市江陵区以北5公里处）。桓振留下桓谦、冯该镇守江陵，率领部队与鲁宗之展开决战，并将其打败。刘毅等人又在豫章口把冯该打败，桓谦弃城而逃。刘毅等人的部队进入江陵，抓住卞范之等人，全部杀掉。桓振回师，望见城中大火四起，知道江陵已经被攻陷，他所带的军队全部溃散，桓振逃到涢川（今湖北）。
十三日，安帝下诏，将国家的重大事件的处理权，全部交给冠军将军刘毅。十六日，安帝司马德宗下令实行大赦，改年号为义熙。
二月初五，朝廷留台（古代帝王因故离京，奉命留守京师之官及其机构）准备皇帝专用的车驾仪仗，去江陵迎接安帝司马德宗重新回到建康，继续做他的皇帝。刘毅、刘道规留在夏口驻扎，何无忌陪同护卫司马德宗东下还都。
三月十三日，司马德宗抵达建康。十四日，文武百官前往宫门拜见请罪。安帝下诏命令他们恢复职务。四月，刘裕回到京口镇守。朝廷改任他为都督荆、司等16州诸军事，兼任兖州刺史。
义熙二年（406年）十月，朝廷尚书评定勤王举义的功劳，秦请封刘裕为豫章郡公，刘毅为南平郡公，何无忌为安成郡公，其余的人加封赏赐高低、多少不等。
义熙三年（407年）二月初九。刘裕前往都城建康，坚决辞让刚刚加封他的那些官职，否则打算自己投监问罪。安帝下诏同意他所坚持的意见，刘裕才回到丹徒（今江苏镇江）。
义熙五年（409年）三月，刘裕上表请求讨伐南燕，朝廷中商议，大臣们都以为不可轻举妄动。只有左仆射孟昶、车骑司马谢裕、参军臧熹认为一定能胜利，劝说刘裕出征。
三月十一日，刘裕从建康出发开始北伐南燕。第二年，晋军俘虏南燕皇帝慕容超，南燕亡，占领山东等地。同时广州刺史卢循又反，乘刘裕北伐之机向建康进发，刘裕及时班师南下后才解决了建康的危机。第二年，卢循在交州被刺史杜慧度杀。三月，东晋刘裕开始接受太尉、中书监的职务。
义熙十一年（415年），朝廷下诏加封太尉刘裕为太傅、扬州牧，特许他可以带剑穿鞋上殿，进宫朝见皇帝不必小步走，奏事时不必司仪称名通报。
次年三月，朝廷加授太尉刘裕为中外大都督。刘裕动员军队严加戒备，准备讨伐后秦（十六国之一，羌族姚苌所建，都长安即今陕西西安），安帝下诏加授刘裕兼任司、豫2州刺史，任命他的世子刘义符为徐、兖2州刺史。
义熙十三年（417年）七月，太尉刘裕抵达陕城，沈田子、傅弘之等率兵进入武关，后秦的守将纷纷弃城逃走。九月，刘裕占领长安，后秦亡。
安帝司马德宗下诏封宋公刘裕为宋王，采邑增加10个郡。不久，宋王刘裕被朝廷加授特殊礼仪，进封萧太妃为太后，称世子刘义符为太子。此时，刘裕成为东晋举足轻重的人物，为南朝宋的建立奠定了基础。
义熙十四年（418年）十二月，彗星从天津星穿出，进入太微星，经过北斗星，联结紫微星，80多天以后，彗星消失。北魏国主拓跋嗣，再次征召名儒、术士，问道：“如今天下四分五裂，各自为主。这次天上变异所暗示的灾祸，到底应在哪一国？我心中十分恐惧，你们可以畅所欲言，不要有所隐瞒。”众人都推举崔浩回答这个问题，崔浩说：“天灾异变的发生，通常照应地上人间的事变，如果人间的统治没有发生问题，又有什么值得畏惧的？当年王莽将要篡夺汉位时，彗星出入的方向，正与今天相同。我们魏国，主尊臣卑，老百姓就没有不安分的想法。现在晋朝皇室日趋没落，危亡不远。彗星的出现，莫非预示刘裕将要篡夺皇位！”其他人都没有不同意见。
同时，宋王刘裕急于篡夺皇位，但是他认为谶书上有句话：“昌明（即孝武帝司马曜）之后，还有两个皇帝。”于是，密令党羽，中书侍郎王韶之，买通司马德宗左右侍从，密谋毒死司马德宗，另立琅邪王司马德文。由于司马德宗弟司马德文担心兄长遇害，常在司马德宗身边保护他的安全，饮食睡眠，都寸步不离。王韶之窥伺多时，没有机会下手。正巧十二月十七日这天，司马德文患病，出宫休养。王韶之乘机入后宫东堂，指挥侍从用散衣结成带子，在东堂将司马德宗活活勒死（虽是白痴，可也是一条皇帝命，就这样无辜地被刘裕给灭了）。该年，司马德宗37岁，在位22年。是日，刘裕于声称奉司马德宗的遗诏，拥立司马德文即皇帝位，大赦天下。司马德宗死后，谥号为安帝。元熙元年（419年）正月初一，东晋改年号元熙。二十九日，东晋朝廷安葬晋安帝司马德宗于休平陵（今南京紫金山麓）。
《列传》选录：
①安僖王皇后，王神爱，琅邪临沂人。父王献之，见别传。母新安愍公主。王皇后以太元二十一年纳为太子妃。及安帝即位，立为皇后。无子。义熙八年崩于徽音殿，时年29岁，葬休平陵。