崔慧景从建康出发之时，他的儿子崔觉任直将军，崔慧景秘密地与儿子约定要发动事变。崔慧景到达广陵（今江苏扬州）时，崔觉根据事先的约定，跑去追随父亲。崔慧景在过了广陵几十里之后，召集各位军主，对他们说：“我承受前面三代皇帝的厚恩，担负着明帝死前所托付的重任。但是，现在年幼的皇帝昏庸狂妄，搞得朝纲败坏，一片混乱。国家危难而不加匡扶，责任就正在今天。所以，我要同诸君共同建立大功伟业，以便安定社稷江山，不知诸位意下如何呢？”众人都一致响应。于是，崔慧景挥师返回广陵，司马崔恭祖驻守广陵城，大开城门，接纳崔慧景进城。
萧宝卷闻知事变，于四月十二日，临时授与右卫将军左兴盛符节，让他督率建康水陆诸军讨伐崔慧景。崔慧景在广陵停驻了两天之后，就集合军队渡过长江，进逼建康。
当初，南齐的南徐州和兖州刺史江夏王萧宝玄娶徐孝嗣的女儿为妃子，徐孝嗣被诛杀之后，萧宝卷诏令萧宝玄与徐孝嗣的女儿离婚，萧宝玄心里对萧宝卷非常忌恨。崔慧景派遣使者去见萧宝玄，表示要奉立他为皇帝，萧宝玄斩掉了前来的使者，并且发动将士们守城，萧宝卷派遣马军主戚严、外监黄林夫协助萧宝玄镇守京口。崔慧景将要渡江之时，萧宝玄秘密与他联络，与他响应合作。萧宝玄杀了司马孔矜、典签吕承绪以及戚平、黄林夫，打开城门迎接崔慧景，并且使长史沈佚之、咨议柳憕调配布置军队。萧宝玄乘坐8人抬大轿，手执绛红色指挥旗，随着崔慧景向建康进发。
朝廷派遣骁骑将军张佛护、直将军徐元称等6个将帅依据竹里（今南京龙谭镇东），筑建了好几个城堡以抵抗崔慧景。萧宝玄派人送信给张佛护说：“我自己回朝廷，你为何要如此费力地阻拦呢？”张佛护回答说：“小人承蒙国家重恩，派我在这时略加设防，殿下回朝，只管径直通过，我岂敢加以阻截呢？”说着，张佛护就用箭射崔慧景的军队，于是双方混战开始。崔觉、崔恭祖率领前锋部队，士兵们都是江北人，十分英勇善战，又都轻装上阵，不带军粮煮饭吃，而用几只船沿着长江载送酒食为军粮，供士兵们食用。他们一看见朝廷军队所住的城堡升起烟火，就立即拼力攻击，使得朝廷士兵连顿饭也吃不成，因此都饿得饥肠辘辘，无力作战。徐元称等人在一起商议要投降，张佛护不允许。崔恭祖等人猛力攻城，一举成功，斩了张佛护，徐元称投降，其余4个军主都战死。
十五日，萧宝卷派中领军王莹率领各军于湖头（今南京玄武湖东）构筑城堡，连同蒋山（今南京紫金山）西麓的驻军共数万人抵御崔慧景军。崔慧景军抵达查硎（即查浦，今南京清凉山南），竹塘人万副儿献计说：“今平路皆为台军（朝廷军）所断，不可议进。唯宜从蒋山龙尾上，出其不意耳”（《南齐书-崔慧景列传》）。崔慧景纳其言，遂派1000余士卒沿蒋山小径而上，从西麓乘夜进攻。朝廷军惊恐，四散逃遁。萧宝卷又遣左兴盛率3万人拒崔慧景于北篱门（《太平御览》卷一百九十七“藩篱”引《南朝宫苑记》曰：“建康篱门旧南北两岸篱门五十六所，盖京邑之郊门也。如长安东都门亦周之郊门。江左初立，并用篱为之，故曰篱门。南篱门在国门西；三桥篱门在今光宅寺侧；东篱门本名肇建篱门，在古肇建市之东，北篱门今覆舟东头玄武湖东南角今见有亭名篱门亭，西篱门在石头城东，护军府花西篱门外路北；白杨篱门外有石井篱门。”），左兴盛却望风而逃。
二十四日，崔慧景进入乐游苑（今南京玄武湖南、覆舟山一带），崔恭祖率领轻骑兵10多人突进北掖门，然后又退了出来。由于宫门都关闭，崔慧景带领部下围住宫城。这时，东府（今青溪桥东南）、石头（今南京西）、白下（今南京金川门外）、新亭（今南京西南）几城人马溃散。左兴盛退逃，进不了宫城，只好逃进秦淮河边芦苇丛中的船里藏匿起来，被崔慧景擒获斩杀。宫中派遣兵力出城冲杀，但是没有获胜。崔慧景火烧了御史台府署，辟为战场。朝廷守御尉萧畅驻守南掖门，指挥布置城内兵力，根据战情，调兵遣将，应对抵抗，这样人心才稍微安定了一些。崔慧景以宣德太后名义发令，废皇帝萧宝卷为吴王。
陈显达反叛之后，萧宝卷再次召集诸王进宫。巴陵王萧昭胄有鉴于永泰元年（498年）王敬则反，明帝召诸王入宫而欲行杀戮之事，与弟弟永新侯萧昭颖装扮成和尚，逃往江西。萧昭胄是萧子良的儿子。到崔慧景起兵之时，萧昭胄兄弟二人出来前去参加。崔慧景内心更倾向于立萧昭胄为帝，但是仍然犹豫不决，不知到底立谁为好。
其时，豫州刺史萧懿率兵屯驻小岘（今安徽含山北），萧宝卷派遣密使去告诉他前来保驾。萧懿正在吃饭，他扔下筷子站起来，立即率领军主胡松、李居士等几千人马，从采石（今安徽当涂西）渡过长江，驻扎在越城（今南京中华门外），燃起大火，台城中见到火光，知道援兵到了，高兴得打鼓欢叫，拍手称庆。在这之前，崔恭祖劝说崔慧景派遣两千人马阻抵西岸之兵，让他们不能渡江。然而，崔慧景却以为宫城早晚要投降，外来的救援之兵自然会散去，所以不予采纳。在这时，崔恭祖请求攻击萧懿的军队，而崔慧景还是不同意，只派遣崔觉（崔慧景子）率领精锐兵力几千人渡过秦淮河，到达南岸。萧懿的军队在天快亮时发起进攻，交战了几个回合，士兵们都英勇死战，崔觉一败涂地，部下跳进秦淮河里淹死的有两千多人。崔觉单人匹马逃退，打开朱雀桥上的浮桥，以秦淮河阻挡萧懿军队。
四月初四，崔慧景带领心月复数人偷偷离去，想北渡长江，城北的各路军马尚不知道，还在拒战。城中兵力出来冲杀，杀死了数百人。萧懿的军队渡过秦淮河到达北岸，崔慧景余下的人马都逃走了。崔慧景围攻宫城12天，最后被朝廷军击败而逃。他单人匹马逃至蟹浦（今南京西南），被渔夫杀死，终年63岁。并将他的首级被放在盛鱼的篮子中，担送到建康，献给朝廷。崔恭祖投降之后，被拘囚在尚方省，不久即被杀。崔觉逃亡当了道人，被捕获，伏法被诛。
江夏王萧宝玄初到建康时，驻扎在东府城（今青溪桥东南。当年萧道成晋封为齐王时，以东府城为齐王宫。由于地势重要，每逢建康有事，必置兵镇守），士人和民众们纷纷前去投靠，聚集在东府城中。崔慧景失败之后，朝廷收集了朝野上下投靠萧宝玄以及崔慧景的人名，列为名册，准备一一追查，萧宝卷命令将它烧掉，说：“江夏王尚且还这样，岂可以治罪他人呢？”萧宝玄逃亡了好几天，然后才露面。萧宝卷把他召入后堂用布帐把他围起来，命令左右好几十人擂鼓吹号，环绕着他跑动，并且派人对他说：“你近来围攻我也如同这个样子。”后来萧宝玄还是被萧宝卷杀了。
这时，萧宝卷所宠幸的左右侍从共有31人，宦官10人。直、骁骑将军徐世向来为萧宝卷所信任，凡有杀戮之事，都由他去执行。到陈显达举事之时，萧宝卷又加任他为辅国将军，虽然任用护军崔慧景为都督，然而朝廷兵权实际上掌握在徐世手中。徐世也知道萧宝卷昏庸狂纵，所以暗中对茹法珍、梅虫儿二人说：“哪一朝代的天子身边没有要人？但是我这是出售主上的恶行呀。”茹法珍等人与徐世争夺权力，因此就将徐世的话报告给萧宝卷。于是，萧宝卷就逐渐厌恶徐世的凶猛强悍，派遣宫中卫兵去杀他，徐世与卫兵们搏战，但最终被杀。从此之后，茹法珍、梅虫儿专权，一并担任外监，口头宣布皇帝的诏令，而王之则专掌文书，与茹法珍、梅虫儿二人紧密勾结。