萧宝卷称所宠幸的潘贵妃的父亲潘宝庆以及茹法珍为阿丈，称梅虫儿、俞灵韵为阿兄。萧宝卷同茹法珍等人一起去潘宝庆家中，亲自去打水，帮助厨子做饭。潘宝庆仗势欺人，作奸犯科，对于富有之人，他都以罪名诬陷，对于这些人的田产宅院以及财物，他都要启告皇上索取。
阉人王宝孙，年龄才13、4岁，外号叫“伥子”，最受萧宝卷宠幸。他参预朝廷政事，就是王之、梅虫儿之辈也对他恭顺。他可以控制大臣，篡改圣旨，甚而至于骑着马进入殿内，敢于当面诋斥萧宝卷。所以，公卿大臣们见了他，都吓得连大气也不敢喘。
有记载说，萧宝卷在东宫时便“不好学，唯嬉戏无度”，“尝夜捕鼠达旦，以为笑乐”，他是中国历史上著名的荒唐皇帝之一。南朝皇帝多奢侈腐靡，萧宝卷尤甚。
永元二年（500年）八月，后宫失火。当时，萧宝卷去市里游走没有回宫，宫内之人不得出去，而外面的人又不敢擅自打开后宫门去救火，等到后宫门开了之后，烧死者尸体遍地，共烧毁斋睿仪殿及昭阳、显阳等殿，房宇30余间。
当时，萧宝卷周围的宠幸之徒都号称为鬼，有一个叫赵鬼的，能读《西京赋》（东汉家张衡的《西京赋》记载了“扛鼎”、“缘竿”、“钻圈”、“跳丸剑”、“走索”、“鱼龙变化”、“吞刀吐火”、“划地成川”等许多精彩杂技、幻术节目，并有乐队伴奏），引用其中之言对萧宝卷说：“柏梁台（故址在今陕西省长安县西北长安故城内）既然被烧毁了，那么就营建章宫汉武帝刘彻于太初元年（前104年）建造的宫苑。《三辅黄图》载：“周20余里，千门万户，在未央宫西、长安城外。”。”于是，萧宝卷专门为潘妃建造永寿、玉寿、神仙三座宫殿，金壁辉煌，五彩绚烂，雕画装饰，富丽堂皇，豪华到了极点。
后宫中的服饰用具，无不是尽意挑选的珍奇之品，如此奢侈，以致府库中旧有的物品，不再能满足其用。东昏侯派人以高价收买民间的金玉宝器，价格皆高于正常之价数倍。他又让把建康的酒税全都折合成银钱交入官库，就这样仍不能满足后宫之用。他命人把金子凿制成莲花贴在地上，让潘贵妃在上面行走，说：“这是步步生莲花呀。”并在玉寿殿“七贤壁画”的每个人画像旁画了一个美女。据说他又剥取庄严寺的五九子铃装饰殿外。他又命令交纳赋税的民众上贡锦鸡头，白鹤翎、白鹭羽毛。此外，潘贵妃的服饰，也极尽奢华珍贵，主衣库旧物，不复周用。潘贵妃有虎魄钏一只，价值百70万。都是从民间高价购得。使得老百姓倾家荡产，没有活路，无不呼号泣哭于道路之中。
萧懿援助朝廷平定崔慧景反叛之时，萧衍曾派亲信虞安福去游说萧懿，对萧懿说：“如果把反贼歼灭之后，进一步再率兵进宫，如商代的伊尹放逐太甲、汉代的霍光废昌邑王那样，废掉昏君东昏侯，此乃千载难逢之良机。”但萧懿并没有采纳萧衍的建议。
崔慧景死后，萧懿被任为尚书令。萧懿有9个弟弟：萧敷、萧衍、萧畅、萧融、萧宏、萧伟、萧秀、萧憺、萧恢。萧懿以朝廷元勋，位列朝班之首，萧畅任卫尉，掌握着宫门的钥匙。当时，萧宝卷时常出外游走玩嬉，有人就劝萧懿乘其出游之际，起兵废之，但是萧懿不听。宠臣茹法珍、王之等人忌惮萧懿的威望和权力，游说萧宝卷：“萧懿将要象隆昌年间废郁林王那样把你废掉，陛下命在旦夕。”萧宝卷听了大怒。徐曜甫知道这一情况之后，秘密准备了船只，停在长江边上，力劝萧懿西奔襄阳。然而，萧懿却说：“自古以来，人谁无一死，岂有尚书令叛逃的呢？”萧懿的弟弟和侄子们都对将会发生的事变做了准备。十月，萧宝卷派人到尚书省给萧懿赐送药酒，萧懿临死之前说道：“家弟萧衍在雍州，是朝廷的一大忧患。”由此可见，萧懿对朝廷来说是绝对的忠臣，但对骨肉兄弟来说则是大逆不道。萧懿死后，他的弟弟和侄子们全都逃亡藏匿于里巷之中，没有人加以告发，只有萧融被捕获，遭到杀害。
起初，萧宝卷怀疑雍州刺史萧衍有异谋。直后荥阳人郑植的弟弟郑绍叔担任了萧衍的宁蛮长史，萧宝卷派就派郑植以探望弟弟郑绍叔为借口，去刺杀萧衍。郑绍叔知道了这一阴谋，秘密地报告了萧衍，萧衍在郑绍叔家中备办了酒席，以开玩笑的口吻对郑植说：“朝廷派遣您来谋害我，今天我正得闲，与您宴饮，这正是下手的好机会呀。”说罢，宾主大笑不已。萧衍又让郑植把雍州的城墙壕沟、仓库、兵士、战马、器械、船舰等仔细观察一番，以便弄清萧衍的实力。郑植看过之后，对郑绍叔说：“雍州的实力强大，是无法轻易解决了的。”郑绍叔对他说：“哥哥回到朝廷之后，请一字不差地对天子说：如果要攻取雍州的话，我郑绍叔要率众搏一死战！”郑植回朝去，郑绍叔把他送到南岘，兄弟二人执手相视，恸哭而别。
萧衍知道萧懿已死的噩耗，连夜召集张弘策、吕僧珍、长史王茂、别驾柳庆远、功曹吉士瞻等人到府第议定对策。十一月初九，萧衍把手下的僚佐们召集到一起，对他们说：“昏乱的君主残暴，罪恶超过了纣王。所以，我们应当一起把他除掉。”在这一天，萧衍树起大旗，召集兵马，共得到带甲兵士1万多人，战马1千多匹，船舰3千艘。
二十二日，萧衍上表南康王萧宝融，劝他称帝，但萧宝融不答应。十二月，萧颖胄同夏侯详向建康朝廷中的百官群臣以及各州郡的长官们传送了声讨萧宝卷以及梅虫儿、茹法珍罪恶的檄文。萧颖胄派遣冠军将军、天水人杨公则出发去湘州（湖南长沙），派遣西中郎参军、南郡人邓元起向夏口进发。军主王法度因按兵不进而被免职。初十，荆州的将佐们再次劝萧宝融称帝，仍旧没有答应。夏侯详的儿子骁骑将军夏侯任殿中主帅，夏侯详秘密召他前来，夏侯就从建康逃回来了。二十七日，萧颖胄到达江陵，声称接奉宣德皇太后的命令：“南康王萧宝融应当继承皇位，但由于要等待清除去宫中的昏君和奸臣，所以暂时不称帝，而封地十郡，为宣城王、相国、荆州牧，并且授予黄钺，可以挑选任命百官，原有的西中郎府和南康国照旧不变。等待军队到了附近之时，由主管官员备办车驾前去奉迎他。”
此时，竟陵太守、新野(今河南新野)人曹景宗派遣亲属去游说萧衍，建议他去迎接南康王，以襄阳为都城，先称帝即位，然后再进军建康，萧衍没有采纳他的意见。
中兴元年（501年）正月初二，萧宝卷任命晋安王萧宝义为司徒，任命建安王萧宝寅为车骑将军、开府仪同三司。初十，南康王萧宝融开始称相国，发令大赦天下，并且任命萧颖胄为左长史，任命萧衍为征东将军，任命杨公则为湘州刺史。十三日，萧衍率兵从襄阳出发，留下弟弟萧伟总管府州事务，萧防守襄阳城附近的堡寨，府司马庄丘黑防守樊城。萧衍出发之后，州中兵力以及物资储备都很空虚。魏兴太守裴师仁、齐兴太守颜僧都两人不服从萧衍的命令，率领兵马要袭击襄阳，萧伟和萧派遣部队在始平进行拦截阻击，大获全胜，于是雍州得以安定。
二月初一，南康王萧宝融任命冠军长史王茂为江州刺史，任命竟陵太守曹景宗为郢州刺史，任命邵陵王萧宝攸为荆州（湖北荆州）刺史。十八日，萧宝卷派遣羽林兵袭击雍州（陕西雍州），宣布朝廷内外实行戒严。
三月十一日，南康王在江陵称帝即位，改换年号为中兴，大赦天下。十二日，萧宝融发出诏书，宣布萧宝卷已经成为庶人，并封他为涪陵王。
十九日，萧宝卷委任豫州刺史陈伯之为江州刺史、假节、都督前锋诸军事，命令他西击荆、雍2州。
四月，萧衍率部出沔东下，命令王茂、萧颖达等部十九日进军逼近郢城（今武汉市武昌)），薛元嗣据守城内，不敢出战，众将领准备攻城，萧衍不允许。
六月，萧宝卷把阅武堂改名芳乐苑，山石全部涂上五彩之色。他看见民众家有好树和美竹，就命人毁掉人家的院墙，拆掉房屋，把这树和竹子移走，重新栽在芳乐苑中。当时正值盛暑，栽上不久就枯萎了，于是另换，所以移栽树、竹的人就从早到晚忙个不停。萧宝卷又在芳乐苑中建立了一个集市，让宫人、宦官们充当小贩，让潘贵妃做市令（市场管理者），他自己则自任集市的录事（市场协管员），如果谁稍有过失，潘贵妃就把其交给卫士杖责。于是，萧宝卷命令虎贲（护卫君主的专职人员）们打时不得使用杖和实芯的荻杆。萧宝卷又命令人挖渠筑坝，自己亲自驾船，或者坐下作屠夫卖肉。萧宝卷又喜好巫师，他的身边人朱光尚诈称说自己能看见鬼。一次，萧宝卷进入东游苑，人马突然受惊，就问朱光尚是怎么回事，朱光尚回答说：“前次我曾看见先帝非常生气，不许圣上频繁出游。”萧宝卷听了勃然大怒，拔出刀子，同朱光尚一起寻找明帝萧鸾的鬼魂。找了半天没有找着，萧宝卷又用菰草扎成明帝的形状，然后用刀斩下草人的脑袋，把它悬挂在东游苑的门上。