虽然桑梓儿对石越抱有极大的信心，而石越亦确有乐观的理由，但是事情却并非总能尽如人意。
韩维接到皇帝的手诏之后，和曾布面面相觑，几次过堂，孙觉、桑充国谈笑自若，程颐辞色俱厉，现在唯一能定案的，只有段子介阻差办公。邓绾却大言不惭：“二公何必担心，若让邓某用刑，还怕桑充国不招，数日之间，便能有结果。”
韩维冷笑道：“屈打成招，那是冤狱，不是定案。”
曾布也说道：“桑充国一介书生，若抵讯不过，死于堂上，我们三人都月兑不了干系，当务之急，是搜捕那十三名学生。”
邓绾只不住冷笑：“桑充国什么也不招，天下之大，怎么去搜捕那些人？”
争论不休之下，结果三人干脆各自拜表。
韩维上的结论是：“孙觉、程颐为《白水潭学刊》编审，其纵容之情属实。然臣以为书生议政，并非有罪，宰相当宽弘以待，以免阻塞言路。桑充国实不预此事，此邓绾无事生非，当无罪释放。段子介阻差办公，杖责二十。臣另有表弹劾邓绾……”
曾布则拜表：“孙觉、程颐纵容之情自是属实，难逃其罪。桑充国实不预此事。段子介阻差办公，当杖责释放。”
邓绾又自有不同：“查白水潭之案，桑充国实为主谋。其素代石越主持校务，凡诸事未经其手，焉得施行？然臣沮于韩维、曾布，多有掣肘，遂不得定其罪实。孙觉、程颐二人，或有官命在身，或当世之所谓大儒者，却肆意纵容门生，诋议朝政，攻击大臣，下狱之日，又阴使门生故吏喧哗于市井当中，其心实不可测。若不严惩，难戒来者。段子介一举子，腰怀白刃，公然胁迫朝廷命官，目中无全王法，名为圣学弟子，实无异于亡命之徒，臣以为当革去功名，永不叙用。又十三主犯逃逸不知所踪，当行文各路通缉。石越管教失当，白水潭所致，竟皆为亡命无法之辈，平日已于酒楼拳脚相向，一朝有事，或逃逸王法，或持刃抗命，臣实忧之。请议整顿白水潭学院，勿使鱼龙混杂，后患无穷。臣另有表弹劾石越无礼法治邪说等十事，弹劾韩维与石越为朋党沮丧断案等七事。”
三人表章同时奏上，立时引来轩然大波。
赵顼本来想从轻处置这件案子，快快结束。不料三个法官意见各有不同，而且至于互相攻讦，真是让他无比气愤。而段子介竟然以白刃拒捕，更让他觉得不可理喻。而三个宰执大臣的意见，却完全相反。
王安石认为公开诋毁朝政，有损朝廷变法之威信，这件事自当严惩。而从段子介等诸事看，白水潭的确鱼龙混杂，的确需要整顿。对于桑充国，他反而没什么意见，毕竟桑充国还不值得他重视，只要给天下人做了一个样子，告诉他们朝廷推行新法的决心容不得别人说三道四，顺便能在白水潭施加自己的影响力，这件事就算是可以了。
冯京没有办法和王安石正面交锋，就干脆击攻邓绾其心不正，判案必然不公。当韩维所说为是。而白水潭学院纵有轻狂之士，亦与石越无关，对白水潭学院也无大损，因为没有人可以保证几千人里没有一两个轻狂之人的。
王珪谁也不想得罪，干脆来个称病，躲得远远的。
韩维和石越，因为受到邓绾的弹劾，不得不暂时避让，等待皇帝做最后的裁决，因为邓绾是谏官，他是有特权的。其实韩维是避之惟恐不及，恨不得受邓绾弹劾，不用去管这宗差使。只是心里恨邓绾恨得牙庠庠的，连续上表弹劾邓绾，一直翻老账，骂邓绾人品不堪，是王安石的奴才。
而石越却断非坐以待毙之人。皇帝的心意一日三变，一方面自然觉得王安国等人说得对，读书人议论时政，并非坏事，甚至是好事；一方面又觉得王安石说得有理，让这些胡说八道，对变法所需要的威信，是个极大的打击，自己犹须保护这些坚持变法的臣子，在这件事上，断难退步。对于白水潭学院，一面他又偏向石越，以为石越所学，实在谈不上什么邪说，白水潭学院自有可取之处；另一方面，他又不能石越的百家争鸣政策，更不能接段子介拿着弯刀拒捕这样的事情。
赵顼的心意如此摇摆不定，做臣子借机互相攻讦，那就在所难免了。更何况，朝廷的大臣，本来就因为政见不同而面和心不和。
然而看到邓绾步步紧逼，王安石意欲插手白水潭之后，石越已经没有丝毫退路了。本来他还是希望在这件事上能够不了了之，和王安石有一个妥协。但是白水潭学院是石越心血所系，可以说是他辛苦经营，好不容易才有今天这般成绩的老巢，是他心中影响历史转轮的能量之源。王安石想借机加深对白水潭的影响力，那是把石越逼上了绝路。
李丁文虽然不知道石越心中所想，但是他的看法与石越也是一样的。白水潭学院是石越名望所系，将来从这个学校走出来的，毫无疑问都是石越系的精英，从长远的眼光来看，石越的政治根基，必然以白水潭为主。如今王安石想要插手白水潭，无论是对石越的现在还是未来，都构成了严重的威胁。
在王安石现在把石越对皇帝的影响力减到一个相当的微弱的境况下，石府纸窗红烛之下，一个阴谋开始发酵。
开封府的酒楼里，有人在窃窃私语：“你知道吗？皇上本来有意释放孙觉的，结果被邓绾进谗言而阻止了。”
“早听说了，韩大人和石大人，听说都官位不保呢……”
“你们都不知道吧？王相公要整顿白水潭学院了。凡是和新法不合的，全部要赶出白水潭学院。”
“是啊，白水潭十三子可能被通缉呢。”
“你们知道什么呀？其实这件事不是主要原因，主要原因是石大人献青苗法改良，断了一些人的财路，他们在王相公面前构陷，所以石大人和白水潭才倒霉的。”
“谁说不是呢，这次写的文章，就有说免役法不好的。”
“哎，桑公子挺好的一个人，就这么被关着，出不来了。”
“是啊，段子介还要被革了功名呢。”
“石大人连胄案虞部的差使都不管了，称病在家，看样子真是出事了。”
“这还假得了吗？先是国子监，再是白水潭。听说丞相府已经在商议，派开封府的逻卒上街，敢说新法坏话的，立即抓进大牢。”
各种各样的耳语，风一样的传遍了开封府的大街小巷。关于孙觉和程颐会充军刺配的小道消息，关于石越韩维会被罢免的谣言，关于王安石要把白水潭非议新法的学生全部赶走的传闻，被人们说得有鼻子有眼。
而事情的发展似乎也在渐渐证实这些传闻非虚。先是王安国再次上书，问皇帝为何不遵守诺言，本来说释放孙觉的，结果又没有放了，而案子拖延不决，现在人心浮动。然后又从胄案虞部得到证实，石越的确是称病了，而且已经向皇帝请求致仕。接来韩维再次请郡的消息也传来了。所有的人都能感觉到一场政治风暴正在袭来。
事情在熙宁四年十二月初十爆发，起因是久拖不决的情况下，王安石坚持让邓绾主审此案。结果邓绾第一次开堂，就对桑充国用了刑，桑充国被打得遍体鳞伤的消息被狱卒传了出来，桑夫人当场昏倒，而在白水潭与国子监，却无疑是点燃了火药桶。
原本情绪就很激动的学生们顿时失控，而程颢因为弟弟系狱，数次上表营救，都没有结果，当天去了石越府商议对策，没有人管制的学生在张淳、袁景文等人的率领下，整个学院有三分之二以后，差不多四千多人，一起写了状词，前往登闻鼓院击鼓上告，而国子监受了一肚子鸟气的学生也有三四百人过来声援。
登闻鼓院判官见了这个声势，哪里敢出来接状纸。邓绾还是他顶头上司呢。学生们眼见不行，一气之下有人使把登闻鼓院的鼓给砸了。然后前往御史台，要求御史台管这个事。御史台正好御史中丞出缺，没有人主事，而大部分御史都和王安石不太合的，更加懒得出来管，有人叫了个小吏出来，告诉学生们：“这件事你们应当去找王丞相，或者去开封府。”
学生们又一起到了开封府，韩维已不管事，邓绾早已回去。开封府推官下令紧闭大门，也不想出来惹事。此时学生们已是围着开封城绕了一圈，跑了无数个地方，都是互相推诿，连个主事的官员都没有见着，心里哪个气愤呀。有人便提议去王安石府，国子监的人对于各位宰相执日的情况了如指掌，便马上有人反对：“王安石现在在中书省执印，去他府上没有用。”
一个叫李旭的国子监学生站了出来，厉声喝道：“诸位，我们一不作，二不休，不如叩阙上书。诸位以为如何？”
张淳、袁景文早有此意，就是不知道国子监的学生之意，这时候见他们主动倡议，哪有不同意的？便是学生中有几个老成持重之辈，在这种情况之下，也不能反对了。于是众人推举出几个文采较好的，和张淳、袁景文、李旭一起，共是十七人，做为领袖，起草奏章。
这些人就在开封府前找店子买了文房四宝，写了洋洋洒洒万言之书，请求皇帝释放桑充国等四人，赦免白水潭十三子，罢邓绾，废免役、保甲二法等等。文章写好后，当众宣读通过，众人便浩浩荡荡向皇城进发，几千人跪在宣德门外的御街之上，黑鸦鸦的一片，差不多跪了几百米。然后由张淳等人带头，三呼万岁之后，放声痛哭，一时间哭声震天，连内宫都听得到。
这是北宋开国以来从未有过的大事，众官员手足无措，不知道如何应付，禁卫军虎视眈眈，却也不敢轻举妄动。这些学生在汴京城里到处游行告状之时，王安石便已得到消息，正想叫人去趋散，不料他们竟然跑到皇城来闹了。
赵顼听到外面哭声震天，早就叫中官去打听，又命人火速宣王安石等大臣见驾。结果中官和王安石几乎同时到达，王安石站在那里听李向安跪奏：“是白水潭与国子监学生叩阙上书，讼桑充国之狱，约莫有五六千人之众。”反正是估计，他也不怕多说几千人。
赵顼听了又是恼怒又是心烦，因说道：“这些学生这样胡来，成什么体统？”
王安石亦皱眉道：“臣当出去将他们劝散。”
冯京也说道：“臣当与王丞相同往。”
枢密使文彦博也请求一起去。
赵顼脸色才好看一点，说道：“既如此，劳烦诸卿。”
三人在侍卫的保护下到了宣德门外，王安石见竟然有这许多人，也感到有点意外，因问道：“你们来这里叩阙，所为何事？”
这些学生看见王安石，可以说气不打一处来，张淳傲然说道：“学生为白水潭冤狱而来，为王丞相欲清洗白水潭而来，为免役、保甲二法害民而来！”
冯京见他说话无礼，虽与王安石不合，亦忍不住喝道：“放肆，你竟敢如此无礼。”
张淳冷笑道：“当此礼崩乐坏之世，学生已不知礼为何物。似邓绾这种无耻小人亦可以为知谏院，似桑充国公子、孙觉大人、程颐先生这样的正人君子却要受牢狱之灾，被无妄之刑，学生敢问诸位相公，礼法公义何在？”
袁景文也高声说道：“学生引经典，议论时政，实在不知何罪之有？历史上有此罪之时，是周厉王时，是秦始皇时，是东汉十常侍乱国之时。颜子、子思子、曾子、孟子，谁不曾为布衣？当他们为布衣之时，议论时政，可曾有错？配享孔庙的圣人们曾经做过的事情，为什么就要禁止我们做？学生听说王安石之子雅善法家申商之学，难道法家之偶语律反而是礼法的表现吗？”
王安石冷笑道：“你们倒会强辞夺理，既然自称圣人门徒，难道不在其位，不谋其政都没有听说过吗？”
张淳傲声道：“王丞相常常讥人不读书，难道石山长《论语正义》王丞相也没有读过？子曰不在其位不谋其政，没有说不在其位，不能议其政。观孔子一生，不在其位而议论其政之事，举不胜举。王相公难道连这也不知道？”
王安石哼了一声，厉声说道：“强辞夺理！尽是巧言令色之徒。你们若要上书，可去登闻鼓院，可去开封府，来这里做什么？惊了圣驾，其罪不小，速速散去。”
李旭冷笑道：“登闻鼓院大门紧闭，开封府闭门不纳，我们上告无门，只有告这个御状。我们一心为国，并无私心，哪怕什么罪名？”
袁景文也说道：“请王丞相接我们万言书，给我们一个答复吧。”说着便把万言书递给王安石。
王安石接过万言书一看，惨然变色，说道：“罢给冯京看了，转身便往宫中走去。冯京和文彦博一看，知道这万言书所说若是采纳，等于是逼王安石辞相，他们也不再多说什么，跟着王安石去见皇帝。
把学生们的请愿书交到赵顼手中，王安石突然有了一种万念俱灰的感觉，那是一种发自内心的无力感。他一心一意，锐意变革，可以扪心自问，毫无自私自利之意，完全是为了国家的昌兴，百姓能过上好日子，可是却被这众多的学子视为仇敌，几千学子聚集宣德门前，竟是为了废除免役法和保甲法。
其实他根本没有想到学生们虽然提出废除免役法和保甲法，却并非是他们聚集宣德门前请愿的本意，但在王安石心中，自然什么桑充国、什么邓绾，都不过是一个借口，学生们的目的，自然是针对新法而来的。所以他才更加的失望。
没有一个人是不渴望被理解的，特别是一个有了一种高尚的目的之时，被数以千计的学子误会、不能理解到这种地步，王安石实在深受打击。
赵顼听王安石汇报出去面见学生的经过，草草看了一遍学生们的请愿书，沉着脸说道：“诸卿，此事当如何处置？”
虽然心里很反感学生们这种极端的行为，这是对政府权威的公然挑战，但是赵顼也能明白，这种事情处置不当，史笔无情，他在后世就会被天下人讥刺。他顶住层层压力推行新法，锐意求治，是希望在后世留下万世之美名，否则以帝王之尊，他何须自苦如何？如果将来史书之上，记下他赵顼镇压学生，后世会不会把他和东汉恒灵这样的昏君相提并论，那实在可畏。
王安石叩首说道：“陛下，臣为相无能，致有此变，虽自问本心无愧于天地神明，然而却终不能见容于世俗。因为臣的无能，把陛下陷入今天这样的困境，臣实在有负陛下厚望，臣自问也没有能力再处相位上，请陛下允许为臣归老，了此残生。亦可以谢天。”说到最后，心有所伤，不禁老泪纵横。
一生心血，满腔报负，竟然要如此收场，情何以堪？