李岩、李牟兄弟不疑其中有诈，坦然地把盏共饮起来。酒过三巡，牛金星突然发难，掷杯于地。事先埋伏于帐后的一群士卒手执大刀抢到席上，不容分说，就将李岩、李牟二人砍倒在地，当即身亡。这件事一传出来，军中大哗，几乎所有的将士都不相信李岩会叛变。宋献策一向与李岩交好，听说了这件事后，激动的跑到刘宗敏处，流着泪说：“主上本来指望东山再起，如今却听信牛金星的谗言，自相残杀起来。李岩忠心耿耿，竟惨遭杀戮。怎能让人心服？”刘宗敏的伤还没有完全养好，一闻此讯，目眦俱裂，他愤怒地叫道：“牛金星这狗东西没有一箭之功，竟胆敢擅杀两员大将，如果落到我手中，我非宰了他不可！”这么来，大顺军中开始将相离心，分裂的阴影越来越重。特别是一些在李自成起义后期加入的将领，更是人人自危，心想连李岩这样毫无无错的功臣都被诛杀，他们又如何能自保。结果，逃亡的文臣武将越来越多。李自成面临的局势日愈严峻。他重新部署兵力，分路出师，自己则退守西安。
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清兵在吴三桂的引导下大举入关，攻占了北京城，一路追杀大顺农民义军又连连告捷，实在有些喜出望外。他们一开始还打着为明帝复仇的旗号，后来则干脆自己公然取而代之。1644年9月，清顺治帝从沈阳迁来北京，定北京为清朝的首都。但是，满清心里明白，李自成和张献忠不除，他们还是不能高枕无忧。张献忠仿佛是对满清挑战，于这年10月在四川成立了大西政府，以成都为西京，以原来的蜀王宫殿为行宫，以王府正殿为承天殿，改元大顺，定国号为大西，称西王，命部下称自己为“老万岁”。而李自成仍踞守关中，8月21日，还在西安为自己的诞辰庆祝了一番。在这两个义军领袖中，清摄政王多尔衮更不敢小觑的还是李自成。
于是，清朝于10月下旬尽出八旗主力，合明朝降军，分两路向大顺发动了全面进攻。第一路是以和硕英亲王阿济格为靖远大将军，率领吴三桂、尚可喜等满汉蒙联军，由大同进发，穿越榆林入塞，进犯李自成的根据地陕北；第二路是以和硕豫亲王多铎为定国大将军，率领明降将孔有德等满汉诸军，先假作进攻江南，暗中却由豫北渡过黄河，直扑潼关。两路清军事先相约，在西安会师，均志在必得。临行前，多尔衮再三对部下说：“破了关中，则大业可成！”
1645年的正月，大顺军与清军在潼关展开激战。大顺军将领刘芳亮奋勇抵抗，清军运来红衣大炮攻关，双方苦战了三天三夜，均伤亡惨重。最后，大顺军终于支撑不住，边关失陷了。这时，陕北前线也激战正酣，李过、高一功率领大顺军，坚守榆林、延安一带，与清军各有胜负。不久，李自成得知阿济格即将由宁夏南下，知道连西安也守不住了，于是又焚烧了宫室，带着士卒和老营家属汇合从潼关撤回的部队约13万人，于正月十三日撤离西安，一路南下。
听说多铎已经攻占西安，多尔衮忍不住拍手叫道：“大业可成！大业可成！”为了保存大顺军的实力，李自成在南下的教程中，一路汇合原来根据地的驻军兵力，人马渐增至20万。然而，当李自成到襄阳之时，投机分子牛金星看到义军节节败退，大势已去，便悄悄逃走了。后来，他甚至还让自己的儿子、原任大顺政权襄阳府尹的牛佺当了清朝的小官。自己则龟缩在儿子的官衙内，逍遥地当起了老太爷。至此，李自成才追悔莫及，痛恨自己不辨忠奸，谋杀了李岩。而李过、高一功在延安苦守了20余天之后，听说李自成已经南下，便突围而出，率军寻找李自成的大部队。
李自成这时对大顺军还是有信心的。大军虽然一路南撤，但他仍不忘整肃军队，增强战斗力。虽然遭受了极大的挫折，他仍然保持了昂扬的斗志，坚信自己会像以前一样，再次从挫折中奋起。
十五、千古悲歌
在内外交困之中，李自成终于流尽了他最后一滴血！一代豪杰最终竟骞促地丧于山野土寇之手，必然乎？偶然乎？一曲悲歌在沉默的历史中，呜咽着画出一个巨大的问号！李自成领导的农民起义，终于悲壮地落下帷幕，但是李自成临终前那一声叹息，却足足持续了三百
多年。
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1645年5月4日，李自成率军进入了湖北通山县境内。途经离县城80里之远的宫山时，他命令大军先行，自己率领养子李双喜等28骑登上山头，观察此山的地形，想看看有没有可能把这里作为休兵养马、东山再起的营地。但他看到此山虽然地势险峻，但人烟稀少，不易筹集兵源，便打消了念头，和众人一起往山下走去。
不料，阿济格所部的清军在山下与李自成的主力遭遇，而且击败了大顺军，只是没有找到李自成。清军从俘虏的士卒口中得知李自成公带了20多人上山，便循山路大肆搜索。
李自成见事态危急，仓促之间躲进了一个巨大的山洞黄躲洞之中。清兵搜到洞口时，没有发现里面有人。李自成一直等到清兵撤围才从洞中出来，会合了李双喜和亲兵刘伴当等五六个人，来到小沅堡。正巧遇上山洪暴发，阻住了去路，无法追赶上往通城的大队人马。李自成打算冲过沅口寨再作道理。不幸的是，就在沅口寨，一小股土匪发现了李自成的踪迹。为首的程九百并不知道他就是威名赫赫的李自成，只是觉得的这人可能有油水可捞，便冲上去。李自成等人与他们且战且退，程九百沿途大呼，唤来其他匪徒联合追杀，终于在牛迹岭小月山下把李自成等人包围了。
激战中，李自成与部下失散，他一个人驱马左冲右突，依然冲不出包围。他索性跳下马来，挥刀怒吼，一连斩杀了几个狂徒，吓得其他匪徒连连后退。但是，李自成自己也筋疲力尽了。他倚在一块山石上，大口大口地喘着粗气。歇了一会儿，他又唤来自己的坐骑，翻身上马，打算夺路突围。正往外冲时，一只利箭射伤了他的肩膀，他翻身落马。
程九百一见，立即趁机冲上来，扭住了李自成。两个人展开了肉搏。李自成拼尽全力，终于把程九百压在身下，一只手去身后抽剑。但宝剑太长，挂剑的环纽又是活动的，一时竟抽不出来。程九百则在他的身上乱蹬乱踢，狂呼救命。就在这生死关头，程九百的外甥金华猛扑了过来，从李自成的身后用铲子狠狠击向他的头部，鲜血顿时狂涌了出来。李自成再也没有力气站起来了！那伙匪徒一拥而上，举起了手中的刀剑……
这伙罪恶的匪徒，杀害了李自成后，瓜分了他身上的东西和战马，弃尸而去。第二天，路过的农民发现了李自成的尸体，十分同情，用一领草席裹着，就近掩埋了。曾经纵横天下使300年大明江山亡于一旦因而改写了中国历史的一代豪杰，就这样血洒荒山，抱恨终生！
李自成不幸遇难，对于大顺军主力来说，是一个意外的沉重打击。噩耗传来，满营俱哭。巨大的悲痛使得数以万计的将士几乎不知所措。他们在通山、蒲圻境内，足足驻扎了三个月之久，才含恨离去。
李过、高一功终于渡过长江，追上了原由李自成率领的大军。两路义军于**月间相会于荆南的松滋。检点兵马，共有骑兵3万，步兵六七万，连同家属，总计有30万之众。只是在南下途中，刘宗敏、宋献策战败被俘，后也不屈就义。
一直跟随李自成南下的田见秀含着眼泪把李自成留下的玉玺郑重地交到李过手上。从此，李过担当起了主帅重任。
当时，明朝的宗室在南方又建立了一些小朝廷，史称“南明”。在民族矛盾首当其冲的时刻，大顺军余部决定与南明的军事力量联合起来，共同抵抗清军的入侵，成为抗清的一支颇具威慑力的生力军。
到了1649年，李过、高一功等相继病故，李过的养子李来亨等人还率领余部转战湖北巴东等地，不屈不挠地继续抗清斗争，被称作“夔东十三家”，最盛时人数达20万。李来亨还曾经在鄂西山区的兴山县茅麓山建立了抗清根据地，屯田练兵，坚持斗争达13年之久。
张献忠也曾率大西军力抗清军的围剿。1645年11月，清顺治皇帝向张献忠下了一道招抚诏书，诏书中软硬兼施，威逼利诱，要张献忠归降，但张献忠根本不理，怒扯诏书，挥师北上迎击清军。不幸消息被奸徒向清军告密。12月，清兵在川北西充的凤凰山，乘着大雾设下埋伏。等到张献忠率大军一到，清军将领雅布兰一箭射中张献忠的咽喉，张献忠当即落马。清兵乘机掩杀过来，大西军猝不及防，四散奔逃，竟没有来得及把张献忠抢回。当清军俘虏张献忠回营时，他伤势已重，虽然说不出话来，仍然瞠目怒视敌人。大西军已降清朝的一些将领，见状为之震慑，不由团团拜伏在他周围，很快，张献忠就壮烈牺牲了。其余部在后来的十余年中，也与南明合作，依然是抗清的一支中心力量。