8月20日，光绪帝又任命改良派重要人物湖北候补知府谭嗣同、刑部候补主事刘光第、内阁候补侍读杨锐、内阁候补中书林旭担任四品衔章京，处理新政事宜。
但戊戌变法新政一开始便遭到原来各大臣的抵制。与此同时众多利益受到侵犯的顽固势力聚集到慈禧身边，请求她出面制止变法。于是慈禧太后决意破坏变法，发动政变。
8月22日，慈禧令荣禄调兵遣将，聂士成部驻天津陈家沟，董福祥部驻京师长辛店。
翰林院编修李盛铎奏请光绪帝奉慈禧太后去长辛店阅兵，以乘机胁迫光绪帝让位。
9月9日，光绪帝密诏杨锐，“朕惟时局艰难，非变法不足以救中国，非去守旧衰谬之大臣，而用通达英勇之士，不能变法。而皇太后不以为然，朕屡谏，太后更怒，令朕位几不保。当康有为、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第，可妥速密筹，设法相救。朕十分焦灼，不胜企望之至。特谕。”
鉴于光绪帝处境危险，谭嗣同于9月13日夜访在长辛店董福祥部，要求他举兵杀荣禄，围颐和园以救光绪帝。董福祥慨然应允，但当晚就密报荣禄。
不知情的光绪帝于9月15日还召见董福祥，董福祥建议他召张之洞襄助。9月17日，康有为访英国传教士李提摩太，请英国公使相助，未应允。
9月18日下午2时以后，也就是光绪皇帝离开颐和园、返回紫禁城不久，御史杨崇伊恳请太后再次训政的奏折，被送到了慈禧手里。
接到奏折时，慈禧正在看京剧。对政治动向极为敏感的慈禧太后深感问题的严重性，她联想到连日来内务府大臣立山等人的密报：“皇上已派人到各个公使馆，要求外国干预，废除太后。”又联想到变法以来光绪皇帝未经请示就罢免六堂官、任命军机四章京、要开懋勤殿组建自己的顾问班底等强硬措施，更感到自己的权威受到了严重挑战。思量了半晌，当晚**点钟，她才定下决心，明日一早就回宫去，进行实地查验。
次日一早，慈禧太后叫来了自己的轿子，上了去紫禁城的路。她没带军队，只由她可以全力依靠的自己宫内的那些太监护卫着，一旦出起事来也足够可以抵挡皇上的那些太监了。
皇上听说她已在路上的消息之后，就派人送信给康有为等，叫他们逃走，并想办法挽救时局。这时，军机章京杨锐却入宫求见光绪。
光绪诧异都这个时候杨锐还入宫干吗。他一见杨锐后马上就说：“杨爱卿，此时怎么还入宫，速速离去。”
杨锐对道：“皇上，此时变法恐难持续，皇帝之位亦忧，如今何法皆试而无一无用，如今天下间能保皇上者唯有一人。”
光绪不明白，这个时候还有谁能救得了自己，忙问：“何人？”
杨锐回道：“两江总督刘飞扬。”
光绪一愣，片刻之后他恍然说道：“刘飞扬？此人乃太后之心月复，他能来救自己？”
杨锐道：“刘大人，一直心系变法，他们在上海、台湾、两江所做皆为变法之事。臣数年之前就与他会过，还是刘大人最早与臣谈起改良之事。数日之前，皇上给臣下了密诏，君父之急，众人皆无法。臣就给刘大人发了份电报，刘大人马上回电，系为改良，皇上旦有所使可对他下诏。”
光绪感到不可思议，他与刘飞扬一向不睦，多次相对。让刘飞扬来救自己，这怎么可能呢？
杨锐急道：“此时，不可犹豫，皇上速下决断。”
光绪已如溺水之人，有一根稻草也不能放过。他对杨锐道：“可令刘飞扬进京勤王。”
杨锐道：“还需皇上的诏书。”
光绪提笔，又放下，咬破手指写到“著两江总督刘飞扬进京勤王”，然后盖上大印。
杨锐接过诏书，马上离开紫禁城。一出紫禁城，东风社京师站的人立即接他出城。杨锐带着光绪血诏，由东风社护送直奔天津，刘飞扬已安排了快船在天津接应。
早在数年前，刘飞扬就安排了四个深度潜伏之人，一个为潜伏日本的中村成知，即上官成知。第二个就是杨锐，他在东风社青浦基地密训了半年了，刘飞扬让他出仕，之后又加入改良派。刘飞扬让杨锐潜伏在改良派中，就等着这一天，让光绪给他进京勤王的诏书。
上午10时20分，光绪得了第三次密报，其时太后的鸾舆正在匆忙地抬进宫门。
光绪对刘飞扬并无多少指望，因为早已死心塌地的缘故，精神反而觉得安定了许多。他和珍妃就在很少的几个太监的掖护之下，整好衣冠，走到最外面的一座大殿前的石坪里跪着，静待太后到时接驾。
慈禧的一帮侍卫，都堆着怪骄傲的神气走进来，仿佛是专门随着太后来拿办光绪的。不久，太后自己也从鸾舆里慢慢地跨下来了。光绪大着胆，偷眼望她一瞧，只见她满面怒容，颜色泛白，白中透青，真像一个打算跟人家拼命的老太太一样。这倒也是怪不得她的，因为当她从颐和园回到大内这一段路是相当长的，她老人家独坐在鸾舆内，尽把这件事翻来覆去地想着，自然愈想愈恼了。
光绪虽然说得十分恳切，无奈慈禧已不愿再跟他多费唇舌。因此，她就愤愤地把手一挥，制止他再说下去。
“别再给我花言巧语了，现在只有很干脆的几句话：你要知道这天下是老祖宗们打下来的，他们所定的一切法度、一切规矩，当然都有他们的道理。我们做子孙的人，要保守这个基业，就只有完全遵守这些法度和规矩的一个法儿，你是什么人，配来变动它们啊！要如真照你想的那些混账新法儿搅下去，我们大清的天下，怕不要在你手里断送掉吗？如今你自己也该明白了，你到底配不配再当这个大清的皇帝？快给我想一想看，你现在应该如何收拾才好？”
这句话一说，光绪心里是立刻明白了。他知道自己的政治生涯已到了不能不暂时结束的地步了——当初他真以为是暂时的结束，不料后来却变为永远的休止。于是他重复再磕着头说：“亲爸爸，孩子懂得了，明天孩子马上草一张诏书下去，把掌理国家大事的权柄依旧请你老人家来执掌，因为孩子实在太没用了。”
光绪皇帝的九五之尊得自太后，此次犯错，便扑倒在母后脚下，承认错误，恳请母后“示儿如何治国”。
慈禧只是一挥手，待卫上前带走光绪，将光绪皇帝囚禁于中南海瀛台；然后发布训政诏书，再次临朝“训政”。
戊戌政变后，21日，慈禧下令捕杀在逃的康有为、梁启超、杨锐；逮捕谭嗣同、杨深秀、林旭、刘光第、康广仁、徐致靖等人。所有新政措施，除7月开办的京师大学堂外，全部都被废止。
第一百八十七章戊戌政变
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