当时外国在华投资经营的铁路，利润都很优厚，如英国的广九铁路，1903年收入为75万余元，到1906年收入就增加到143万余元。再如德国的开洛（开封至洛阳）铁路，1903年的收入是112295元，1906年增至330342元。这对财政拮据的朝庭来说是个很大的诱惑。即使借款兴筑，在偿付利息后还是有巨大的利润。《东方杂志》评论说“如放任民有，就以其筹款的艰窘而论，铁路不知何年何月才能修筑完毕，而朝庭是没有时间去等的”。
给事中石长信也对张之洞当年听信王先谦的建议，以巨款为代价向美国废约并赎回路权，表示出强烈的反对。他认为至今已经3年之久，如果按原计划，粤桂铁路本该早已建成并交付使用，而川汉铁路则到了10年就该还本期了。在给政启的奏折中，他还分析了利害关系，认为将粤桂、川汉铁路收归国有，应不致引起民间的反对，他说：“四川、湖北现兴造铁路，因资金紧张，以租股为名，每亩土地皆征税，以充路款。我听闻两省农民，民怨沸腾，又遇荒年，用强制手段收取更难以操作。······深恐民穷财尽，本欲图富强却使其更加贫弱。所以干路收归国有之日，不必担忧百姓会阻挠。”
政启对这样的说法表示了认同，称其“不为无见”，“所筹办法，尚属妥协。”
皇帝政启、度支部的载泽，还有邮传部的盛宣怀都认为朝庭不可再过于拖沓。
1906年11月9日清庭正式发布“铁路国有”上谕：
“国家必得有纵横四境诸大干路······从前规划未善······不分枝干，不量民力，一纸呈请，辄行批准商办。乃数年以来，粤则收股及半，造路无多，川则倒帐甚巨，参追无着，湘鄂则设局多年，徒资坐耗。······用特明白晓谕，昭示天下，干路均归国有，定为政策。所有政启四年（1907年）以前各省分设公司集股商办之干路，延误已久，应即由国家收回，赶紧兴筑。除枝路仍准商民量力酌行外，其从前批准干线各案，一律取消。”
铁路国有的上谕下达之后，在湘、鄂、粤等省却立即引发了抗议浪潮。而刘飞扬在江南所建的铁路，由于顾忌刘飞扬、新军还有江南商人的巨大利益，而江南的几条铁路要购回所需的资金太大，所以暂缓实行。
起初湘鄂两省反对国有政策最为激烈，当时的媒体披露：“湖北商办铁路公司铁路协会谘议局各大团体以商办铁路收归国有上谕近于政府夺民权利，将来输入外债授权他人，殊可惊惧。遂于昨日刊发传单，奔走相告。拟即日开会举代表赴京师，泣求收回成命，仍准商办。”
广东省也出现了抗议浪潮，“粤省绅商大动公愤，纷筹对待之法。已决定一面奏劾盛宣怀，一面质问总理大臣奕劻。”
面对批评的浪潮，邮传部大臣盛宣怀认为，在目前的朝庭财政现状下，朝庭做到这种地步，已经是为商民做了最大的考虑和让步。一位西方研究者也认为，“鉴于情况的复杂，以及每一个铁路公司实际上已经破产的事实，朝庭的建议看来不仅是合理的而且是宽宏大量的。”
朝庭从商办铁路公司手中赎买股票的办法并不是等而划一的，两湖地区股民受损最小，广东省股民也不算损失太大，四川省股民则受到“盘剥”最多。朝庭办法的出台是按各省商办铁路的运营状况决定的，进行了区别性的对待。对于湖南、湖北两省的商办铁路公司，因为它们的股票亏损不大，邮传部是按两省民有铁路公司股票的票面价额进行接收。广东省民办铁路公司股票的实际价额已经跌到原有面额的一半，邮传部试图以面额的六成来进行结算，其余四成则发给国家无利股票。而对川渝路款，则只对700万两已支现银及开办等费进行全额赎买，对亏空的300多万两，则拒绝偿还。这就与川中商民原来所预期的“川省人民办路用款，应照数拨还现银”要求有很远的距离。
即便如此，清庭发布收路谕旨之初，四川方面，比如护理总督王人文也并没有完全反对，并且认为停止收取租股以充铁路建设款的政策，减轻了人民负担，可广布皇恩。
在川汉铁路公司召开的驻省股东大会，对铁路国有上谕进行讨论，当时到会的人数并不多，会议场面也没有出现类似于湘鄂两省的激烈现象。意见可分为两派，一派虽然反对朝庭的赎买办法，但是因为找不到很好的反对理由，只是主张“不能随便承认”；另一派则对上谕表示了认可，认为“川汉铁路工程太大，需要资金太多，认股力度不大，靠收取田租入股也成效不大，怕是30年也修不成，武汉分公司经理人拿成款投资，不但未成，反损失200多万两。不如让朝庭收为国有，即可减少民众的租股负担，又给铁路的修建带来了希望。”
第二天，公司重要股东之一，立宪派人士邓孝可在《蜀报》上发文倡议，所提观点与后者相同，也颇能代表川中商民此时的态度，他说：“今朝庭此举，就吾川人言之，尚不无小利。故就愚见所及，吾川必欲争川路商办，甚无味也。以交通便利言，则国有自较速；以股息之利言之，则商办亦难期。况吾川路公司成立之性质，记者始终认为谋交通利益而来，非为谋路股利息而来者，故曰听‘国有’便。”
但是要求清庭“把几年来已用去之款与武汉损失之款，一并用现金偿还。”由此可见，在这个时候，川中商民与朝庭之争，实质上为经济权益之争，对于铁路国有并不是持根本性的反对意见。
但事态的发展又增加了新的不稳定因素，铁路收归国有，朝庭财力有限，在邮传部主持下，早前就重启了与外国银行的交涉工作。铁路国有上谕下达之前，盛宣怀与美、英、法、德四国代表之间开始接触，实际上继承了锡良在四川期间的谈判工作，四国银行也作出了有限的让步，允许中方在借款期间有权将借款之半数存于上海交通银行与大清银行，而按原来的规定只能存于四国银行；删除了原定四国有权参与建造的若干支路的条款。
国有诏书发布10天之后，四国借款合同即《川汉铁路借款合同》得以成功签订。这就为各地特别是四川商民争取权益、反对国有运动提供了新的有利因素。
借款条约的基本内容如下：
一、清庭向德、法、英、美四国银行借款1000万英镑，年利息为5厘。用于建造1800华里的铁路以及车辆设备，铁路将在3年内完工，贷款则须在40年内还清。
二、贷款方则以两省的百货厘金、盐厘金等合计520万两作为抵押。此项贷款本利，如能按期偿还，则贷款方不得干预各省之厘捐。
三、铁路建造与管理的全部权力归中方所有，并由中方自行选派3名洋人总工程师，外国银行对所聘总工程师有否决权，但须说明否决理由。总工程师听命于中方督办大臣。其委任、辞退有关人员须经中方总办同意，如有分歧，由中国邮传部作最终裁决，对此裁决，不得提出异议。
四、所用铁轨，必须使用中国钢铁工厂自行制造的产品。价格则由邮传部比较他路欧美产品价格而定。所需从外国购入的重要原材料与产品，须通过招标方式进行，经理之人须通过公共市场，择价格最廉者或货料最佳者购买，定购材料及支取费用，须由中方督办大臣或总办核准签字。进货时须由中方所聘者验看后才能进货。如中国的原料或产品与各国原料或产品相比，质同价低，或价同质高，则应优先购买中国原料或产品。以鼓励中国工艺。
第二百三十二章“铁路国有”（三）
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