同盟会同意陆徽祥任总理，但对组织超然混合内阁抱抵制态度，议决阁员全部退出内阁。7月1日，再次召开会议，强调“此次既系超然内阁，凡本会会员皆不得自由加入，务使本会主张先后一致”。同盟会这一行动，打乱了袁世凯企图利用同盟会为他继续装点门面的如意算盘。但老奸巨猾的袁世凯并没有放弃，反而继续物色，企图用高官厚禄来吸引同盟会会员入阁。
经过一番考察，他认为孙毓筠、胡瑛、沈秉三人既有同盟会籍，且“所持主义稳健”，打算拉他们分别担任教育、农林和工商总长。同盟会听说后极为愤慨。宋教仁发表谈话说：“袁世凯此举，系一种逼奸政策。”同盟会本部一面派魏宸组劝袁打消此念，一面召开会议，作出孙、胡、沈三人不得参加内阁的决定。然而，袁世凯除将胡瑛换成王人文外，仍执意拉孙毓筠、沈秉入阁，而且还试图拉人民党人入阁。出乎袁世凯意料的是，不仅张謇和汤寿潜辞去了职务，吴景濂更是向他转达了秦时竹的意见，表示“鉴于上次的教训，最好能让总统以自己信任之人参与内阁，人民党不予干涉”。在人民党处碰到软钉子后，袁世凯为了保证参议院顺利通过人选，还极力拉拢共和党，许诺将支持位置该党的参议员为国务员。在袁的种种引诱下，共和党为使殷汝骊、谷钟秀等人入阁，表达了同意的意见。
人民党不入阁是南北局经过秘密商讨后达成的，程德全控制江苏局势后，专程派人前来感谢。同时就组阁问题和秦时竹交换了意见。秦时竹的意思是希望南方局能够在江浙一带打压同盟会地势力。扩大人民党地影响，至于内阁，在袁世凯担任总统的情况下，不大可能有所作为，不如不参加。但是，一定要支持同盟会会员参加。
“这是何故？请主席明示。”
“理由很简单，同盟会不是已经议决凡是同盟会会员不得参加内阁吗？咱们即偏偏支持他们的议员参加内阁，让他那个所谓的决议变成一张废纸，从内部增大同盟会的裂痕，我倒要看看。这同盟会究竟是不是铁板一块。”
“高！实在是高！”
“当然，人民党不入阁对南方局的几位先生来说可能也委屈了些，但是我想。我们党一定要保持团结。对于南方局来说，扩大在江浙的影响力更有意义。沪督既然已经撤销，雪楼（程德全的字）也重新担任江苏都督。你们要利用好这个机会，牢牢控制住江苏和上海的局面。”
“但是目前驻苏各部队有很多不听号令。程都督很是伤脑筋。”
“这个不碍事，雪楼兄会处理好的，只要维持各派军队地均势就可以了，等再过段时间，借口财政困难，可以再度裁军。如果裁撤下来的部队无处安置，可以让他们来投奔北疆国防
“妙！我回去就如实禀报都督。”
“还有，上次他给我物色了一批中小学教师。听说各县都很抢手。如果可能，请他再帮我们物色一批。江浙地方。毕竟是人文荟萃之地，人才辈出啊！”
“秦主席过奖了。无论是季老还是都督，都对您的大手笔很钦佩。”
“另外，他上次和我提出过地江浙两省货物和北疆各省货物在对方区域销售时豁免一道厘金的建议，经过议会讨论，已经同意了，如果两省的议会也同意，不妨可以照此实行。”
“那太好了！我回去一定马上禀报，尽快让议会通过。”事情说穿了也不奇怪，江浙两省地议会有不少绅商，相互减免税收等于增加了他们的利润，他们会不同意才怪呢？
秦时竹和程德全合谋，扫荡江苏地同盟会势力的企图袁世凯不会看不出来，但是，打倒同盟会，是他乐意看到的结果，因此也就睁眼闭眼。眼看江浙已经不用自己操心，他把目光投向了湖北。湖北是首义之地，对于革命党人有特殊的意义，袁世凯不敢掉以轻心，在这种现实下，拉拢黎元洪，利用黎元洪来打击革命党人，使其成为自己在南方最重要的同盟者，就成为了袁世凯的重要策略。但是，黎元洪毕竟不是北洋系，又担任同盟会的协理，如何做得巧妙，是袁世凯所要考虑的问题。关键时刻，参谋次长陈宦给他出主意，利用湖北内部矛盾，袁世凯大喜，连忙命令陈宦全权操办此事。
其实黎元洪也有说不出地苦衷，他虽然受革命之赐，由前清协统一跃而为民国副总统、鄂军都督领参谋总长，但他与革命党并无感情，随着他个人地位地巩固和全国形势的变化，他内心地痛苦愈发明显。因为他知道自己这个“民国元勋”是逼上梁山弄到手的，而逼迫他参加革命的三武——孙武、张振武和蒋翎武深知他的底细，始终瞧不起他这个被枪杆子逼出来的副总统。尽管别人把黎元洪捧上三十三天，在三武看来他却是个微不足道的人物，根本不买账，屡次跟黎元洪过不去，认为他的天下和地位都是他们替他打出来的。因此，黎元洪在精神上经常感到威胁，早就欲除之而后快。陈宦跑到武昌后，私下里对黎元洪说：“三武不去，则副总统无权，若辈起自下层，大总统召其来京，宠以高官厚禄，必将有益于副总统。”
黎元洪大喜，连忙发函，袁世凯见到后，微微一笑，先后召集三武北上，授予总统府军事顾问官的虚职。三武本来是满怀希望想拜将封侯的，没想到居然是这样一个结果，张振武极为愤慨地指责段祺瑞：“我们湖北人只会做顾问官耶？”还两次向袁世凯递交屯垦条陈，要求主持屯垦事务。为了敷衍张。袁世凯委任他为蒙古屯垦使。当他要求设立专门机构时，袁便不加理睬了。事情很明显，蒙古屯垦要得到北疆方面的许可，袁世凯正有求于秦时竹，怎么会为了一个八竿子打不着的张振武去专门设立机构呢？
见没有效果，张振武大怒，一气之下不辞而别回了武昌，凭借自己在湖湖北地实力，设立屯垦事务所，向黎元洪每月索取1000大洋。还扬言要招募一镇精兵，赴蒙古镇抚。黎元洪本来像送瘟神一样送走了他，没想到瘟神居然又回来了。而且张振武与其它两个不同。手里还掌握着一支精干地武装——将校团。为了彻底解决三武问题、巩固湖北，黎元洪听从陈宦的建议，采取了“阳为附合。徐图扫平”的主要策略，伺机利用革命党内部矛盾来打击革命党。
时机终于来了。6月中下旬，所谓同盟会准备谋乱的谣传，在武昌内外不胫而走（其实是派系矛盾）。月底，以孙武为首的共和党鄂支部和同盟会鄂支部各军界要人，在黎元洪召集的军事会议上又大起冲突，孙派指责同盟派王宪章、杨玉如等“因不得重要位置，欲谋危黎副总统，推倒鄂军政府”。同盟派自辩这是共和党的诬陷。双方争执不下，以至动武。会后。都督府民政总监、军务司等府署轻信“同盟会亦欲推倒共和党重要人物”，公然架起大炮，空气异常紧张。
黎元洪见有机可乘，立即宣布武昌戒严，下令“有暴动及擅自开枪聚众者，格杀勿论。”尽管居正、胡秉柯等代表同盟会向黎声明“但使共和政体一日无颠覆之虞，同盟政党断不至有革命之举”，但黎元洪已经抓住机会，岂肯放手？王宪章（代二镇统制）、杨玉如（都督府顾问）和祝制六（警察学校监学）先后被黎元洪解职。随后几天，黎元洪更出动大批军警，逮捕江光国、滕亚纲和祝制六，宣布祝制六为“群英会会长”，“私立机关，假改革政治之名，主持极端破坏”，“实属……罪大恶极”，随即秘密杀害，并依照所谓的“名册”索捕处死大批同盟会会员（主要是原先的文学社派）。由此可见，这次被称为“第三次革命”的风潮，实际上是黎元洪利用党争打击同盟会力量地一次阴谋活动。
但具有讽刺意味的是，祝制六等遭无辜杀害后，同盟会内尽管有人看出是黎元洪“做成的圈套”，而领导人却不敢为他们伸冤，甚至否认他们之间地关系。蒋翎武就公开表示与被杀三人“志不同，道不合”，“祝等犯罪与否，不得而知”。他们还一味指责孙武为谋取都督职位，出钱唆使李忠义告发，一手制造了这次事件。孙武则上书黎元洪，指责此事件实际为同盟会“主持”，要求“宣布罪状，通告国中”。就这样，利用派别斗争的烟雾，黎元洪掩盖了他的清洗活动。
黎元洪作为一个武人，自然懂得枪杆子地重要性，借此机会，他又狠抓军政大权，全面控制各要害部门。他一面扩充心月复军队军队，安插私人，又将革命派军队陆续遣散、缩编，并以前清旧军官唐克明、王安澜和卖身投靠、声称给他“四十把大刀包把文学社员杀绝”的蔡汉卿为师长。对军政府各要害部门，他更是“远贤亲佞”，极力把持。
为了掩人耳目，他又假惺惺地通电提出军民分治，并正式宣布于7月5日实行，但正如时论所说，不过虚有其名。因为代理民政长刘心源就是他地亲信，而且各司司长的任免，仍受他的干预。黎元洪原先的秘书饶汉祥升任内务司长，一切重要职务的变动，均出自黎氏之手，根本不意味着放弃对权利的垄断。
在黎元洪打击同盟会势力的时候，共和党的地位也无形中增强了，因此，尽管黎元洪地手段不那么光明磊落，还是让共和党高层非常兴奋。再者，由于饶汉祥升任内务司长，标志着共和党在湖北地位地上升。就这样，共和党、黎元洪和袁世凯在打击同盟会势力上，形成了非预谋的合谋。北洋系地势力，逐步向南方开始渗透。
七月的天气已经渐渐热了起来，葛洪义在赫图阿拉已经呆了两个多月，案件的疑点越来越多，但一直形不成有条理的线索。
“总座，据大连方面来的情报汇总，头山满似乎会见了不少人马，但是此人做事机密，商议什么我们不得而知。”
“继续监视，如果有异动直接向我报告。”
“另外，根据城里的内线汇报，那个黄姓商人这几天什么活动也没有，天天呆在家里，也没有人前来接头。”
“哦？是嘛？”葛洪义沉思了一下，“回沈阳！”
“回沈阳？为什么？”手下人不解，“我们不是要逮大鱼吗？怎么就回去了？”
“嘿嘿，放长线才能钓大鱼，现在我们这么多人马呆在这里，大鱼早吓得躲好了，不回沈阳难道还在这里傻呆着啊？”
“那是不是继续监视这个人？”
“监视是要的，但不用这么多人手，如果我没猜错的话，此人应该已经发现我们在监视他，所以按兵不动的。咱们就是要给他一个错觉，认为我们放弃了。”
“是，我这就去安排。”刚转身还没走，又有人急匆匆地进来了，“报告总座，吉林急电、沈阳急电！”
“怎么回事？吉林出什么事了？一件件说。”葛洪义大惊。
“周都督会剿马贼、土匪，遭遇一伙号称满洲阿菊的土匪，疑心是日本人，特意派遣内务厅调查，经过内务厅这些天的调查，初步模清了此人的底细，确系日本人无疑，而且据说还与关东军和黑龙会有关，吉林方面感觉事态严重，特地前来报告，请求指示。”