日本在暗杀胡飞未遂后，又制造事端，企图攫取更大的权益。他们制造了一个郑家屯事件。郑家屯，即辽源（今双辽），位于奉天省的西北部，属内蒙古东部的哲里木盟。这个地方，不是南满的铁道附属地。即使根据同日本的不平等条约，这里也是不准日本驻兵的。但是，由于其靠近内蒙，地理位置十分重要。占据此地，便占据了通向内蒙的咽喉要冲。因此，日本便强行派一支南满日军，驻扎在郑家屯，并公然设立日本巡警署。这就等于日本在奉天省的西北部插入了一把尖刀，这是胡飞所不能容忍的。胡飞屡命有关部门，让日军撤退，但日本不加理睬。以后便发生了郑家屯事件。
1916年8月13日，郑家屯的日侨吉田在街上买鱼，给价太低，卖鱼的小孩不想卖，吉田就动手痛打这个小孩。驻地奉军是第二十八师骑兵第二十八团，其士兵看不过去，就对吉田加以劝阻。吉田恼羞成怒，对士兵报以老拳，打不过，就跑到日军守备队，告歪状。并由松尾中尉带领武装日兵二十余人，奔至奉军驻地寻衅。门卫加以阻拦，日兵竟悍然开枪，奉军不得不开枪还击。结果发生枪战，双方各伤亡十余人。
枪战之后，日军守备队队长松尾中尉一面电求附近日军来援，一面向辽源当局提出中国驻军须一律撤出城外30里。后日军两个大队从铁岭拥至，将辽源镇守使署和中国*军队营房，全部占据。并张贴告示，无理地宣布自郑家屯至四平街30里内，不准华人入内，否则开枪。当时四郑铁路还没有通车，日军就将此一线路划归了日本。这就是历史上的郑家屯事件。
日本制造郑家屯事件，其最初的目的是要救援以内蒙马贼头领巴布札布为首的蒙古叛匪。同时，帮助大连的宗社党叛乱。日本的设想，是在郑家屯这个战略要地制造混乱，以便浑水模鱼。
在郑家屯事件之前，于6月末，奉省西北部的蒙匪巴布札布、善耆的七子宪奎和日本军官纠集五千余胡匪，打着“勤王复国*军”的旗号，蜂拥南下。1916年7月26日，被吴俊升部击败。巴布札布龟缩到南满铁路附属地内的郭家店，伺机待起。
郭家店在四平和长春之间的南满铁路线上，巴布札布叛匪得到了日军的保护。此时，大连的宗社党本部抽调八百余人也组成“勤王军”，乘坐南满铁路火车，奔赴郭家店，支援巴布札布败军。这就造成了叛匪南北汇合的局面。8月30日，川岛浪速一行从大连赶到郭家店，对巴布札布表示慰问，对巴布札布及其部下给予犒赏，并鼓动他“将来时机成熟，再度举事，以效忠于清朝”。
胡飞对巴布札布叛匪的行踪是掌握的，对川岛浪速的所为也是了解的。他一方面感到，巴布札布叛匪对他的东北王的地位是个严重威胁，不能掉以轻心，必须铲除；另一方面，也感到日本的势力强大，亦不能轻举妄动，要适可而止。因此，他在派重兵包围郭家店的情况下，又同川岛浪速进行了谈判。
川岛浪速提出让巴布札布安全撤退，并安排了撤退路线和具体方法。同时，又派一个中队的日军加以保护。本来胡飞想在巴布札布撤退时，一举将其歼灭。但由于日本的干涉，胡飞也担心事态扩大，就对巴布札布的撤退采取了规避的态度。这样，巴布札布就安然地退走了。
1916年9月，他们向热河方向逃窜。10月7日，巴匪攻击热河西北的西林县，县知事李传勋告急。由于准备比较充分，打退了巴匪的进攻，并俘获了一些巴匪。李传勋电称：“此次匪内日人甚多，现经拿获久泉登喜藏一名，经知事面认，曾经来林游历。逐加询问，供甚狡猾。察看情形，确系帮助巴匪。”可知，巴匪内还有一些日本的死硬分子。后来，巴布札布被热河前敌总司令兼林西镇守使米振标击毙。巴布札布叛匪也就树倒猢狲散了。
由于1916年6月6日袁世凯已死，黎元洪出任总统，段祺瑞担任国务总理。日本对华政策发生变化，决定对北京政府给予支持。日本当局便决定甩开宗社党这帮无用的老朽，于8月19日同宗社党达成协议，在两个月内解散宗社党，头目给予巨额遣散费。从此，宗社党便消失了。
关于郑家屯事件，日本公使向中国提出了八条苛刻的要求。胡飞不能全部接受，他便以奉天省议会的名义向北京政府呈送咨文，坚决反对日本借郑家屯事件对中国提出无理要求。11月26日，奉天召开了公民大会，抗议日本的侵略行径。
中日两国政府经过反复交涉，胡飞断然拒绝了在东北派驻日本警察和向东北各部队派遣日本军事顾问的侵略要求。胡飞明确地指出：“警察有关一国之主权，顾问有关军事之秘要”，“应请严重交涉，据理力争，以顺舆情。”后来北京政府在驻警的问题上，有软弱的表示，胡飞当即表态：“查警权之作用，属于内务行政之全体，国权所系，讵容觊觎。”如果答应他们的要求，后患无穷，“亟应继续拒驳”。
最后，于1917年1月22日结案，签订了一个不平等条约。其基本内容是：申斥二十八师师长；处罚有责任的军官，应从严的从严；在中日杂居区域内，对日本军民以礼相待；奉天督军向日本领事、关东都督表示歉意；给日本商人吉本抚慰金500元。以上条件实行后，日军才从辽源撤出。
但是日本在中国东北设立警察和聘请日本军事顾问等要求，均被驳回。这虽然是个不平等条约，但在关键的事项上还是顶住了日本的压力。