如果有病邪郁结在体内针药都不能直接达到他就采用外科手术的方法祛除病患。他所使用的“麻沸散”是世界史最早的麻醉剂。华佗采用酒服“麻沸散”施行月复部手术开创了全身麻醉手术的先例。这种全身麻醉手术在我国医学史上是空前的在世界医学史上也是罕见的创举。华佗在诊断上善于望诊和切脉并依此能正确判断出疾病的预后。在医疗体育方面也有着重要贡献创立了著名的五禽戏华佗还善于应用心理疗法治病。
华佗高明之处就是能批判地继承前人的学术成果在总结前人经验的基础上创立新的学说。华夏的医学到了春秋时代已经有辉煌的成就而扁鹊对于生理病理的阐可谓集其大成。华佗的学问有可能从扁鹊的学说展而来。同时华佗对同时代的张仲景学说也有深入的研究。他读到张仲景著的《伤寒论》第十卷时高兴地说：“此真活人书也”可见张仲景学说对华佗的影响很大。华佗循着前人开辟的途径脚踏实地开创新的天地。例如当时他就现体外挤压心脏法和口对口人工呼吸法。这类例子很多。最突出的应数麻醉术—酒服麻沸散的明和体育疗法“五禽之戏”的创造。
利用某些具有麻醉性能的药品作为麻醉剂在华佗之前就有人使用。不过他们或者用于战争或者用于暗杀或者用于执弄真正用于动手术治病的却没有。华佗总结了这方面的经验又观察了人醉酒时的沉睡状态明了酒服麻沸散的麻醉术正式用于医学从而大大提高了外科手术的技术和疗效并扩大了手术治疗的范围。据日本外科学家华冈青州的考证麻沸散的组成是曼陀罗花一升生草乌、全当归、香白芷、川芎各四钱炒南星一钱。自从有了麻醉法华佗的外科手术更加高明治好的病人也更多。他治病碰到那些用针灸、汤药不能治愈的月复疾病就叫病人先用酒冲服麻沸散等到病人麻醉后没有什么知觉了就施以外科手剖破月复背割掉病的部位。如果病在肠胃就割开洗涤然后加以缝合敷上药膏。四五天伤口愈合一个月左右病就全好。华佗在当时已能做肿瘤摘除和胃肠缝合一类的外科手术。一次有个推车的病人曲着脚大喊肚子痛。不久气息微弱喊痛的声音也渐渐小了。华佗切他的脉按他的肚子断定病人患的是肠痈。因病势凶险华佗立即给病人用酒冲服“麻沸散”待麻醉后又给他开了刀。这个病人经过治疗一个月左右病就好了。
华佗行医并无师传主要是精研前代医学典籍在实践中不断钻研、进取。当时我国医学已取得了一定成就《黄帝内经》、《黄帝八十一难经》、《神农本草经》等医学典籍相继问世望、闻、问、切四诊原则和导引、针灸、药物等诊治手段已基本确立和广泛运用；而古代医家如战国时的扁鹊西汉的仓公东汉的涪翁、程高等所留下的不慕荣利富贵、终生以医济世的动人事迹所有这些不仅为华佗精研医学提供了可能而且陶冶了他的情操。
在华佗多年的医疗实践中他非常善于区分不同病情和脏腑病位对症施治。一日有军吏二人俱身热头痛症状相同但华佗的处方却大不一样一用汗药一用泻下药二人颇感奇怪但服药后均告痊愈。原来华伦诊视后已知一为表证用汗法可解；一为里热证非泻下难于为治。又有督邮顿某就医后自觉病已痊愈但华佗经切脉却告诫说：“君疾虽愈但元气未复当静养以待完全康复切忌房事不然将有性命之虑。”其时顿妻闻知夫病已经痊愈便从百里外赶来看望。当夜顿某未能慎戒房事三日后果病身亡。另一患者徐某因病卧床华佗前往探视徐说：“自昨天请医针刺胃管后便咳嗽不止心烦而不得安卧。”华佗诊察后说：“误矣针刺未及胃管误中肝脏若日后饮食渐少五日后恐不测。”后果如所言而亡。某郡守患疑难症百医无效其子来请华佗陈述病情苦求救治。华佗来到病人居室问讯中言语轻慢态度狂傲索酬甚巨却不予治疗而去还留书谩骂。郡守原已强忍再三至此大怒派人追杀踪迹全无。愤怒之下吐黑血数升沉疴顿愈。原来这是华佗使用的一种心理疗法利用喜、怒、优、思等情志活动调理机体以愈其疾。
华佗对民间治疗经验十分重视常吸取后加以提炼以治疗一些常见病。当时黄疸病流传较广他花了三年时间对茵陈蒿的药效作了反复试验决定用春三月的茵陈蒿女敕叶施治救治了许多病人。民间因此而流传一歌谣：“三月茵陈四月蒿传于后世切记牢三月茵陈能治病五月六月当柴烧”。华佗还以温汤热敷治疗蝎子螫痛用青苔炼膏治疗马蜂螫后的肿痛；用蒜亩大酢治虫病；用紫苏治食鱼蟹中毒；用白前治咳嗽；用黄精补虚劳。如此等等既简便易行又收效神。
中年以后华佗因中原动乱而“游学徐土”。徐州是江淮重地有郡、国六下辖六十二个城、邑人口二百余万府为彭城（今江苏徐州）。民间传说他就住在彭城附近的沛国（今江苏沛县）。其实华佗的行医足迹遍及当时的徐州、豫州、青州、兖州各地。根据他医案中所及地名查考大抵是以彭城为中心东起甘陵（今山东临清）、盐读（今江苏盐城）西到朝歌（今河南淇县）南抵广陵（今江苏扬州）西南直至谯县（今安徽毫县）即今江苏、山东、河南、安徽等省广大地区方圆达数百平方公里。在行医的同时为了采药他还先后到过朝歌、沛国、丰县（今江苏丰县）、彭城卧牛山、鲁南山区和微山湖。