学园都市是面积占据东京都西部的三分之一的都市，居住着230万人口，其中八成（180万）以上是学生，科学势力的代表。拥有世界上最尖端的科技，一般认为领先外界约30年。学园都市的由统括理事长亚雷斯塔·克劳利花费50年的时间创建，由统括理事会全权管理。由于技术、研究多数都是高度机密事项，学园都市内的警戒体制非常严格，对人员进出有严格的限制。
学园都市一个由二十三个学区构成的巨大的教育机构的集合体，以发掘超能力而提供特殊的教育课程，主要靠从外部招收学生。除了教育机构，还有面向学生研究设施，生产、商业设施，国际展示场，国际机场等等在都市内生活的所需要的生活设施都齐备。
学园都市虽然与外部隔离，但是在某些特定时段会向社会公众开放。学生家长及社会人士可以在这些时段里进入学园都市进行参观，而且还有现场电视直播能力者互相战斗的场面！现在已经明了的“特定时段”有：大霸星祭（9月19日到9月25日）和一端览祭（时间不明，大约在10月末11月初的样子）。
学园都市的学生，大部分居住在学校的宿舍中，并在各个学校中接受能力开发。学园都市的学生大都借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。有各种类型不同能力，以范围和威力分为无能力者（level0）、低能力者（level1）、异能力者（level2）、强能力者（level3）、大能力者（level4）、超能力者（level5）、绝对能力者（level6），实际绝对能力者只是理论上存在进化为level6的可能，并没有哪一个角色成功进化为level6。并每隔一定时间会进行身体检查，重新测定一次，但学生中的六成是无能力者，而学园都市中超能力者也只有七人。
学园都市内不存在警察，只有风纪委员（judgement）和教师自愿参与的警备员（anti－skill）维护治安。另外还有直属学园都市上层的暗部组织，是“光明”与“黑暗”并存的城市。
整座城市都被纳米大小的监视器“滞空回线”所监控，学园都市内的一切的都在理事长亚雷斯塔的掌控中而我们的故事也从这里开始。在一间冷清的房间内唯一的光源是位于房间中央培养皿内的灯透过营养液所散发出的淡淡绿光，而在培养皿中一名少女静静的漂浮在绿色的营养液中
就在这寂静的环境中，一个就连理事长和“树形图设计者”都没有料到的变数诞生了
培养皿中本应该保持沉睡状态的少女却突然睁开了双眼那与发色一致的茶色眼睛中却充满了疑惑和迷茫
‘额这是什么鬼地方？难道是新福尔松的新型牢房？可恶的帝国也不知道托什怎么样了’可能是刚醒来意识不清楚的缘故少女又迷迷糊糊的闭上了眼睛
‘不对！我记得新福尔松的牢房没有这种样式的重刑犯都是低温监禁的还有，那样程度的幽能爆发我怎么可能活下来？难道’
好像想到了什么重要的事情，少女再次睁开了眼睛，并且将双手伸到了眼前少女看着自己那双白女敕的双手明显愣了一下，然后又颤抖着将右手放到了胸前
‘老天你耍我啊？!这这不科学！#￥%二次穿越也就算了！为为什么会是妹子啊！？’培养皿中的少女仿佛被什么打击到了要不是培养皿太小，恐怕少女就要在培养皿中otz了。
又过了一会，失意的少女回过了神，颤抖着将右手伸到了培养皿的玻璃壁上‘可恶我可是让整个帝国闻风丧胆的的幽魂特工‘卡萨.暮光影刃’，就连帝国的星际的通缉令我都无所畏惧怎么能被这种事情所击倒！’仿佛是回应少女的决心一般，少女的双眼喷涌出了大量的赤红色混合幽能
“轰！！！”伴随着巨大的轰鸣声培养皿消失了，而在原来安放培养皿的位置却只有一个直径四米的大坑，在大坑的中心一位双眼冒着骇人红光的少女淡然的站立了起来“虽然大气中游离的能量并不是很充足，但是幽能仍然能够正常使用看来处境也不算太惨嘛”
“恩趁现在还没有引起混乱，按照惯例先侦察一下吧”望了望四周，在确定没有监视器后少女闭上了眼睛，在一阵光线的扭曲中少女消失在了房间中
在离开了房间后少女开始检查起了四周的房间‘喂喂这也太胡闹了点吧？连最基本的生化脑终端都不具备就敢这样大张旗鼓的生产克隆人？难道他们不知道这样量产出的克隆人会存在缺陷么？’在隔壁的房间内少女发现了数十座简陋的克隆培养皿，培养皿中正漂浮着数十名外貌完全相同的少女。并不是对那些负责克隆技术的研究员的诋毁，毕竟在见惯了特兰人族那高效高质量的克隆人生产线后，少女只能给予这些落后的克隆技术‘简陋‘的评价
“从克隆技术上来看，这个世界的科技含量并不是很高嘛但是这些克隆人为什么全部都是少女啊？克隆人不是一般都用于军事么？难道是鬼畜研究员的杰作？”带着疑惑的少女慢慢的走近培养皿，细心地观察了起来最终在培养皿旁的桌子上发现了一份实验记录
‘sister，量产妹妹计划’醒目的题目顿时晃瞎了少女的眼睛“咦？诶！！量产妹妹计划？有没有搞错啊？！这里是魔禁的世界！！？”被雷到的少女如此说道“等等我记得我是从培养皿中醒来的，难道”想到了某种可能，少女僵硬的转过头看向培养皿上的玻璃壁，映入眼中的是一位有着茶色头发和茶色瞳孔的少女，即使不化妆也很俏丽的面孔，十一二岁左右的年龄
“好吧，帝国阻止不了我星灵同样也阻止不了我没有人可以无视我的存在在整个星区我无所畏惧但是！谁能告诉我！这是神马见鬼的情况啊啊？！！”好吧这是某个少女崩溃的呐喊
于是一阵电闪雷鸣好吧，其实只是因为情绪失控的原因某位暴躁的少女用幽能冲击在地上轰出了一个大洞泄愤罢了
“呼呼”在发泄了一通之后，某位前任人类史上最强幽魂特工现任悲催穿越者的少女终于冷静了下来‘可恶竟然是御坂妹，虽然前世觉得御坂妹的三无很萌但是现在换成自己￥！#难道这就是报应么？”
又otz了一会，少女再次坚强的站了起来“算了现在还是先解决一下实在点的问题吧，我总不能一直影遁果奔吧”可是少女刚刚抬起头却发现自己已经无声无息的被数把黑洞洞的枪口所包围
“已确定捕获目标，目标为未连接御坂网络意外暴走的御坂09983，现在实行a计划强制连接脑波以便停止暴走do御坂确认道”说完不等被围在中间的少女有所反应，便一阵电弧闪过
‘灌输知识御坂十三万日元的实验动物绝对能力者计划白色的少年死亡死亡死亡死亡死亡’一段陌生的记忆闯入了少女的脑海中，各种各样的死亡瞬间击溃了少女的意识。然后大脑因过度刺激在自主防御机能的作用下少女便两眼一黑，晕了过去
“09983个体已经因强行干涉脑波而昏迷，身体机能无异常a任务达成，开始清理现场do御坂总结道”在确定少女昏迷后，御坂妹妹们便开始清理被毁坏的地板而昏迷的御坂09983则被面无表情的御坂们架向了理发换衣的房间很幸运，今天的研究员们都在另一所研究所内讨论御坂妹妹们的制式内衣问题，并没有注意到这里所发生的异常只是没有人知道在一座密闭的大楼内，某位倒掉伪娘的嘴角微微翘起了一下
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