美军确定进行第二次原子弹轰炸，行动代号为“第16号特别轰炸任务”，这次进行原子弹轰炸任务的仍然还是和之前轰炸广岛一样，美军依旧准备了7架b29轰炸机，其中有2架b29轰炸机分别运载代号为“胖子”和“大男孩”的两颗原子弹，由其中在轰炸广岛时候驾驶“伟大艺人”号测量机的查尔斯?斯韦尼陆军中校担任代号为“博克之车”的b29轰炸机机长，负责和亚历山大?布鲁斯陆军少校驾驶的代号为“潘多拉”的b29轰炸机分别向日本投掷原子弹。[无限升级]网友分享（）原来驾驶“博克之车”号的弗兰克?卡朋特陆军上尉担任“伟大艺人”号测量机机长，负责测量原子弹爆炸的有关数据；富兰克林?休斯顿陆军少校驾驶代号为“大斯廷克”的b29轰炸机装载摄影设备，负责进行拍摄，观测原子弹轰炸效果；编号为88号和95号的2架b29轰炸机则负责对目标城市进行直接的气象观察任务；最后还有1架b29轰炸机作为预备飞机，部署在硫黄岛机场，随时准备替换发生故障的飞机。
美军现在剩下的这两颗绰号为“胖子”和“大男孩”的以钚为原料的原子弹，跟之前在广岛爆炸的那颗“小男孩”原子弹完全不同，它们采取的是更加负责的内爆式引爆方法，由气压、雷达、定时和起爆炸药的爆炸冲击4个不同引信组成引爆系统。这种引爆系统没办法像“小男孩”那样在空中进行组装。必须在执行轰炸任务之前。在提尼安岛北部机场的一个绝密的特殊车间里面，由几个原子弹专家合作组装。这也就意味着，2架b29轰炸机必须运载着已经安装好引爆系统的两颗原子弹起飞，而如果运载着已经处于引爆状态原子弹的b29轰炸机在起飞的时候发生意外，那么不仅仅是运载着原子弹的2架b29轰炸机，就是整个提尼安岛都将会被原子弹爆炸所摧毁，提尼安岛届时将变成美国的“广岛”，直接从地球表面被抹掉！
美军原定的第二次原子弹轰炸时间是8月20日，后来又改成8月11日，但是在轰炸广岛之后又改成了8月10日。不过就在这个时候。根据天气预报显示，8月9日目标城市上空将会出现晴好天气，而在8月9日之后则会有连续5天的阴沉天气，不利于原子弹轰炸行动的进行。｜我｜搜小|说网)因而现在就需要决定原子弹轰炸时间是提前1天还是推迟5天。美军高层经过紧张激烈的讨论之后，决定还是选择前者，即提前1天于8月9日进行原子弹轰炸，然而对于美军的工程技术人员来说，这却是一个比较冒险的选择。不过好在两颗原子弹的组装工作进行得很顺利，到8月7日晚上的时候，“胖子”号“大男孩”的内脏部分都已经组装完毕，只要在第二天给它们穿上“外衣”，紧凑地装进特制钢壳里面，就可以登上飞机了。
8月7日午夜时分。劳累了一天的美军工程技术人员都去休息了，然而就在这个时候，负责进行最后检查的兰德尔?雅各布森陆军上校在“大男孩”内爆球前面的点火原件和尾部的雷达原件相互连接的地方，迷迷糊糊地感觉有点问题，雅各布森上校觉得这两个插头好像并不配套，似乎两个都是阴极插头。雅各布森上校简直不敢相信自己的眼睛，于是他又立刻一遍一遍地仔细检查，终于确定“大男孩”的确出现了问题，这时候雅各布森上校浑身的倦意全都消失不见了，取而代之的是一阵透心的寒意。如果要想把“大男孩”这个大家伙拆开重装那可不容易。雅各布森上校最终冒着巨大危险，采取非常规方法终于把错误给纠正了。但是雅各布森上校不知道的是，实际上他在阴差阳错之下已经把“大男孩”给弄得失灵了，它再也不会被引爆，小日本也因此避免了一场更大的灾难。
为了确保这次原子弹轰炸行动的万无一失。美军决定进行一次原子弹模拟弹投资演习。8月8日上午9点钟左右，查尔斯?斯韦尼中校和亚历山大?布鲁斯少校分别驾驶“博克之车”号和“潘多拉”号。各自运载着代号为“南瓜”和“西瓜”的原子弹模拟弹，完全按照原子弹轰炸程序从提尼安岛北部机场起飞，然后从提尼安岛外海2000米空中直接爬升到10000米高空。2架b29轰炸机上面的投弹手塞缪尔?罗宾逊陆军中尉和詹姆斯?亚当斯陆军中尉模拟第二天投掷原子弹的程序，把两颗模拟弹从炸弹舱里面投了下去，模拟弹按照预定弹道在600米高度成功爆炸。1个小时之后，美国科学家们一致认定这次演习非常成功，美军方面这才放下心来，决定在第二天按照预定计划实施原子弹轰炸，第一目标为小仓，第二目标为长崎。
8月9日凌晨3点47分，斯韦尼中校和布鲁斯少校分别驾驶着“博克之车”号和“潘多拉”号从提尼安岛北部机场顺利起飞。但是“博克之车”号接下来就麻烦不断，先是一个燃料泵出现故障，造成大约3600升左右的燃料没办法使用，然后在硫黄岛上空会合点等待了三十分钟之后，最终却只等到了“伟大艺人”号观测机，眼看燃料消耗越来越大，斯韦尼中校果断决定不再等待其它飞机，而是直扑日本。
大约9点钟的时候，88号气象侦察机给斯韦尼中校发来小仓的气象情报：“小仓上空能见度良好，可以进行目视轰炸。”于是斯韦尼中校决定轰炸小仓，但是当他们抵达小仓上空的时候，却已经风云突变，空中云量大增，再加上地面浓烟滚滚，能见度很低，根本没办法观察瞄准目标。斯韦尼中校和布鲁斯少校驾驶着b29轰炸机在小仓上空盘旋三圈寻找瞄准点——小仓兵工厂，但最终还是一无所获，这时候小仓的日军地面防空部队已经发出了密集的高射炮火，斯韦尼中校和布鲁斯少校只能提升飞行高度，以避开日军的高射炮火。正当斯韦尼中校决定再一次进入小仓上空搜寻瞄准点的时候，却突然听到无线电报务员厄普泽?格洛弗陆军中尉的报告：“中校，从目前截获的日军航空部队所使用的频率来看，他们可能会起飞战斗机升空拦截。”听到这个消息，“博克之车”号上面顿时出现了一阵慌乱，斯韦尼中校来不及和基地联系就调转机头向西南方向的长崎飞去。恰在此时，95号气象侦察机发来无线电报，报告长崎上空无云，能见度清晰。于是斯韦尼中校一边调头向长崎飞去，一边向太平洋战区战略航空兵部队司令部报告：“受天气原因影响，无法在小仓进行投弹，现决定改炸长崎。”
但是当“博克之车”号和“潘多拉”号飞抵长崎上空的时候，斯韦尼中校才发现这时候的长崎上空也和小仓一样，云层已经增加了不少，云量达到了80％，天气条件比之前的小仓也好不到哪里去。2架b29轰炸机在第一次进入长崎上空的时候没有能够找到瞄准点，看到燃料表的指针不断地下降，斯韦尼中校心情异常紧张，他决定飞机在第二次进入的时候无论如何也要把“胖子”扔下去，于是他向机组人员宣布：“现在改用雷达瞄准，准备投弹，然后返航！”
“博克之车”号上面的投弹手塞缪尔?罗宾逊中尉和之前“埃诺拉?盖伊”号上面的投弹手理查德?埃德蒙上尉一样，都是经验丰富的老手，就在罗宾逊中尉正准备换用雷达仪器进行瞄准的时候，却突然发现机身下方两块云团之间有一大段空隙，透过空隙可以清楚地看到地面目标，而第2瞄准点三菱重工的长崎兵工厂正清晰可见。于是罗宾逊中尉立刻通知斯韦尼中校，仍然进行目视轰炸。10点58分，“胖子”开始月兑离“博克之车”号飞速坠向长崎市区，在离开炸弹舱1分钟之后，“胖子”在距离地面500米的空中爆炸，广岛的悲惨遭遇在长崎再次重演。
“胖子”的爆炸威力超过2万吨炸药，要大于之前在广岛爆炸的“小男孩”，但是由于长崎多山，地形起伏，而且原子弹是在浦上川盆地之中爆炸，盆地四周的山丘遮挡了原子弹爆炸的辐射和冲击波，使得长崎所遭受的损失反而要比地势平坦的广岛更小。整个长崎只有1.4万幢建筑物被全部摧毁，5000余幢建筑物严重受损，只占全市建筑物的40％左右，而且只有原子弹爆炸中心附近大约10平方公里的地区被彻底摧毁。由于小日本害怕引起国民的恐慌，所以并没有公布广岛遭到原子弹袭击的真相，只是模模糊糊地报道广岛遭到了美军新型炸弹的轰炸，所以长崎市民对于原子弹轰炸根本没有任何准备，再加上日本民众对于美军飞机的小编队感到不以为然，以为并没有多大威胁，所以大多数人都没有进入防空洞躲避。长崎当时拥有27万人口，美军方面宣称由于原子弹爆炸当场死亡3.5万人，失踪5000余人，受伤4.3万人，伤亡人数占全市总人口的30%。而日本方面的战后统计数据则是大约有7.5人丧生，6万余人受伤。(未完待续……)