本来按秩序退出汉城的倭寇，在刘綎统帅大军的追击下打乱原来的部署。为了避免被明军各个歼灭，倭寇被迫全部收缩到釜山，并以釜山为中心，从蔚山、西生浦到东莱、金海、熊川、巨济岛之间修了一连串的城堡。这些城堡都修在险要之处，而且十分坚固，彼此呼应，构建了条完整的堡垒防御圈。
至此，除了庆尚南道沿海地区，朝鲜半岛基本光复。蓟镇枪骑兵营奉命进攻开庆城，以控制洛东江水道。从川军手里要过已经被累瘦一圈的战马，枪骑兵营又向开庆进发。到达开庆城的时候，倭寇已经闻风而逃，枪骑兵营顺利进驻。
宋应昌命令刘綎率军进击退出汉城的倭寇，彻底打乱倭国对朝鲜南部各道的控制计划，同时也扰乱了李如松和小西行长之间达成的初步协议，使倭寇对李如松的谈判诚意产生怀疑，派遣谈判代表进行质询。
李如松为了向倭寇表达自己的歉意和真诚，默许倭寇进攻朝鲜军队控制的晋州城，而不实施援助。
晋州位于庆尚道与全罗道交界处，背靠南江与普阳湖，是全罗道的大门，战略位置十分重要。而且，距离釜山只有约一百二十余里，都是相对宽阔的平原地区，方便大军进退。
守卫晋州的将领，是朝鲜倡义使金千镒及其部下庆尚道右兵使崔庆会、忠清兵使黄进等所属八千人的守军。
六月二十一日，倭寇纠集全部主力，全力进攻晋州。朝鲜军队和五万倭寇激战九天九夜，最终寡不敌众，全军覆没。金千镒及其全家投江而死。倭寇为了报复，将城里六万居民屠戮一空。
倭寇不顾虎视眈眈陈兵正面的明军，暴露出胸膛，全力进攻侧翼的晋州，正是明军进攻的大好时机。从汉城匆忙赶到大邱的李如松，不但不采取围魏救赵的进攻策略，而且严禁刘綎率军增援。
倭寇屠城以后找回心里平衡，终于又消停下来，和李如松的谈判代表沈唯敬继续进行和谈。
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虽然宋应昌和李如松都同意与倭寇进行谈判，但二人出发点却完全不一样。李如松是为了保存自己辽东军的实力，不想与倭寇死拼；同时，也是为了使出老子李成梁惯用的伎俩，不彻底驱逐倭寇，使半岛时刻处于倭寇与朝鲜的敌对状态。这样，朝廷就只有继续重用辽东军作为两国之间的制衡力量，而不敢轻易触动辽东李家的切身利益。
宋应昌同意和谈，目的只是为了拖延时间，等待朝廷援军到来，和倭寇做最后决战。为此他在大后方已经调集四万后备兵马，并已经陆续开往辽东。
二人意见相左，就看背后之人支持谁。兵部尚书石星，最初是坚定的主战派。
过多半年的征战，糜耗军费一百多万两，相当于明朝一年的岁赋收入，为本来就捉襟见肘的朝廷财赋雪上加霜。借着这个问题，朝廷保守派主和的呼声已经抬头，并且受到越来越多的大臣支持。
为了在明军已经取得很大战果的前提下，平衡朝廷主战派和主和派的关系，确保自己在两派之间都能站住脚，石星支持了李如松的意见，同意议和罢兵，至于朝鲜王庭的利益，他才不会考虑。
此时明朝万历皇帝亲自拟定的谈判条件是：倭寇全部撤回倭国；明朝册封丰臣秀吉为倭国国王，两国不许通商；倭寇发誓再不许侵犯朝鲜。
既然是谈判，剃头挑子一头热办不成事，总不能大明朝一方说了算，需要倭国方面认可才行。野心勃勃的丰臣秀吉将十几万大军派到朝鲜，虽然遇到和明朝同样的财政困难，但贪心没有丝毫减少，想从谈判当中获取巨大的利益。
丰臣秀吉提出的谈判条件是：明朝效仿大唐上嫁一位公主给倭国天皇陛下做妃子；大明对倭国开放宁波港，恢复堪合贸易；明朝永誓与倭国盟好；汉城与西四道归还朝鲜，东四道割让给倭国；朝鲜送一位王子到倭国当人质；倭国释放两位王子与陪臣；朝鲜对倭称臣，发誓永远不背叛。这无疑是将自己置于大明之上，并且将朝鲜由大明朝附属国变成倭国附属国的不平等条件。
作为议和谈判代表的沈唯敬，由于自己一家老小都在石星的秘密掌控之中，只能按照李如松的授意，拧着头皮和倭寇进行谈判。可两国提出的条件难住了作为谈判代表的沈唯敬。两国最高决策者提出的条件相差太远，根本达不成协议。
作为倭国谈判代表的小西行长此刻的情形不比沈唯敬强多少。倭国虽然被丰臣秀吉统一，但严格来说，还是一个军阀割据的局面，谁的实力强，谁的封地和地位就高。小西行长通过平壤战役，已经严重损耗自己的实力，在倭国的地位已经一落千丈。和谈不成，不但自己在丰臣秀吉面前失去信任，而且，与明军继续交战，会进一步损耗有限的力量。
两个同命相怜的谈判代表，一个为了活命，一个为了保住自己的利益，万般无奈之下上了同一条破船，心有灵犀一致对外，采取偷梁换柱满天过海的办法，摆月兑自己的困境。沈唯敬对朝廷谎称倭国已经答应大明朝的条件，小西行长欺骗丰臣秀吉，说大明已经低头同意倭国的条件。两人还携手伪造各自国书。一个子虚乌有的两国议和协议终于初步拟定。
交战双方实际上的指挥者不可能按照各自君主的意思办理，私下达成一项秘密协议：倭寇保留在半岛南部实际控制现状，部分军队撤回国内，交还被扣押的朝鲜王子，驻军所需粮草由朝鲜提供；明朝主力大军撤回国内，在朝鲜保留部分军队。
在这场没有硝烟的战争中，大明朝和倭国得到的是两张没有任何实际意义，而且成为笑柄的空头支票。朝鲜王朝没有完全光复自己的王国，依然受到倭寇的直接威胁。
只有李如松达到了自己的目的，既可以将疲惫的辽东军撤回国内休整，保存实力；又可借着倭寇造成朝鲜半岛事实上的军事存在，并以此为借口，肆意扩充辽东骑兵，壮大自己的实力；同时又以监视倭寇之名在朝鲜留驻少量军队，为自己随时进军朝鲜提供借口，借此成为朝鲜王朝命运的实际掌控者。
万历二十一年九月，出国征战九个月的援朝明军，踏上返回故土之旅。针对盘踞半岛南部的倭寇威胁，朝鲜国王请求留驻一支明朝军队，并特意邀请军纪最严明的蓟镇浙江籍卫军。
兵部尚书石星按着李如松的意见，同意了李昖的请求，留下刘綎、吴唯忠、骆尚志、王必迪等人统领留朝明军一万余人。但害怕一向不肯听从命令的蓟镇枪骑兵营，重新挑起与倭寇的战争，勒令这支部队随同大军班师还朝。