经过详细的分析，比对，最终确定朝廷内部的内奸居然是郑王司马显。
原来，太子成为宫人的缘故，不知为何居然被泄露了出去，一直就对帝位觊觎已久的司马显终于按柰不住，决定联合石勒刘曜，勾引胡骑南下，逼宫夺位。
动晓阴谋的卜机亲自带人去郑王府查探，却被早就埋伏的吴钧用承影剑刺伤。
危难时刻，沉潜已久的墨秋霜及时赶到，拼着自己身受重伤，也要和吴钧生死相搏，终于以一剑之胜结果了这个对手。
仓促之下，郑王司马显起兵造反，却被早有准备的庾亮和谢鲲一力扑灭，郑王于乱军之中被杀。
深受重伤的卜机却因此机缘，彻底参透了《洛书》，《河图》，并且借此拥有了无与伦比的直觉和洞察力，很快恢复的卜机亲自镇京口大营，并以北方流民为班底，建立北府军。
北府军刚成，率领10000铁骑南下的石虎已经攻破广陵，直逼京口。
卜机率新成立的8000北府军，强行渡江，破釜沉舟，背水而战，一战而击溃石虎所部，石虎军败绩，忙回师北遁，卜机率众紧追不舍，沿路于广陵，寿阳，八公山大战三次，三战三捷，全歼石虎部，石虎被俘，押回建业。
与此同时，樊城守将毛夏巧用火攻之策，一把火把刘胤部歼灭大半，刘胤阵亡，北上援宛城的赵衰突然挥兵西向，在襄阳城外将炽磐等人反包围，内外夹攻之下，匈奴军除少数遁逃以外，其余被全歼。
顿兵淮水的石勒见郑王事败，不得已撤回河北。
大战过后，论功行赏，卜机擢为镇北大将军，不料此时，太子司马绍不知从何调查到，卜机就是阉割自己的元凶，大怒之下，阴招卜机进宫，意图杀害，不料因公主司马凤之故，卜机发现酒里有毒，借如厕之机遁逃。
于冷宫，卜机偶然发现一中年美妇李氏，经查，竟然是二十年前司马睿之正妻，如今却已疯癫。
太子仍不死心，屡次欲害卜机，卜机隐忍之余，开始调查李氏，结果一日梦回，天帝托梦，却告知李氏乃卜机之母。
大惊之下，卜机强行闯宫，与司马睿当面对质，司马睿无奈承认，当年李氏所生之子，被当今皇后之兄，庾亮之叔庾豫换为狸猫，李氏被打入冷宫，司马睿隐忍十年，终于在十年前和庾亮配合，庾亮在家中发难，杀死庾豫。司马睿四处寻访亲子，十余年不得，终于在年前得知卜机下落，卜机本名司马玄！
太子司马绍得知一切，悍然起兵谋乱，一直站在司马绍一边的王敦也从柴桑顺流而下，而一直明哲保身的王导则保持中立。
关键时刻，已经被重新立为太子的司马玄，从司马睿手里得到藏库十余年的天子剑湛卢剑，光华泛处，众人畏服，司马绍率兵攻入建业宫，却被司马玄一剑劈成两段，其余部四散而逃，乱遂平。
而王敦部也已经兵临城下，正当王敦准备攻城之际，燕霓裳燕羽衣姐妹夜袭大营，成功刺死一代枭雄王敦，不过姐妹俩却也深受重伤。
无奈之下，卜机只好与其双修来为之疗伤，自己也趁机功力渐至大成。
三个月后，朝廷内外形势已经稳定，陶侃，王导都已经表示效忠，司马睿遂禅让于卜机，卜机即位，改元中兴，意为中兴大晋，北伐中原之意。追司马睿为元帝。
立谢灵为东宫静皇后，陶晚晴为西宫宛皇后，庾文君为南宫淑皇后，王导之女王凝之为北宫顺皇后，谢蕴封为兰妃，燕霓裳封为德妃，燕羽衣封为容妃，士蓉儿封为令妃，墨含烟封为谨妃。
司马玄掌国，立即宣布休养生息，发展工商，鼓励生产，整军备战。
中兴元年正月，宣布废丞相制，改行三省六部制，同时建立内阁，谢鲲，郭璞，庾亮，王导，陶侃五人为内阁大学士。
同年三月，有扬州女子云娘进京寻访夫君，为司马玄所知，遂入宫，为良妃。
同年五月，蜀中李雄来朝，宣布内附，同时司马玄纳李雄之女李宸为晨妃，蜀中遂安。
同年八月，中兴皇帝司马玄亲至京口，宣布北府军扩军至八万，调荆州毛夏和赵衰为左右大都督，统领北府军。
同年九月，帝司马玄知司马凤非元帝司马睿所生，大喜，遂暗纳之。
五年生息，中兴五年3月，于京口，司马玄宣布，分三路出兵北伐。
西路有赵衰率领5万大军，由寿阳北上，直指河南，意在收复洛阳。
中路有司马玄亲率10万大军，沿路北上，直指邺城。
东路由郭璞率领水师4万，自泉州下海，于青州蓬莱登陆，袭击敌后。
石勒屡战屡败，三路大军于中兴六正月年会师邺城。
攻城4个月，城破，石勒**而死，后赵亡，于废墟中，卜机找到《易经》。
将《易经》融会贯通后，卜机发现，《易经》竟然是与后世相连通的奇书，于是，他就知道了新的科技，新的制度，新的思想。
中兴七年，前赵王刘曜亲率10万大军，出函谷，企图袭击旧都洛阳，却被司马玄设下十面埋伏之计，刘曜力战突围，死守函谷关，晋军攻之不克。
司马玄既知科技之事，遂建制造局，广行天下，大见成效。
中兴七年，制造局研出曲辕犁，新式纺车，车弩。
中兴八年，制造局理论曹编纂《原本几何》。
同年，制造局研出火药。
中兴九年，制造局在火药的基础上研制出神武大将军炮。
中兴十年，司马玄再次发兵三十万，分兵四路北伐。
益州牧毛中出兵三万自青田北上，直趋散关；
荆州牧王当出兵八万自襄阳北上，攻武关。
豫州牧毛夏出兵十五万，自洛阳西进，攻函谷关。
并州牧庾翼出兵四万，自泾阳南下，攻上郡。
刘曜忧惧之下，饮药而死，前赵遂平。
凉州张忠谋闻讯上表请降，司马玄允之。
辽东慕容飞拒降，司马玄命庾翼，毛夏出兵挞伐，北平一战，晋军神武将军炮火力无边，鲜卑骑兵死伤无数，慕容飞自刎，辽东遂平，天下一统。
中兴十一年，天子司马玄宣布海内一统，大赦天下，并改元太平。
嗣后四海清晏，宇内生平，天子司马玄但垂拱即可，百姓安居乐业。
中兴二十年，天子司马玄宣布禅位太子司马文，率诸后妃自蓬莱东渡，不知所踪，或言已飞升为仙。
即位的司马文于御览之上，赫然发现以湛卢剑压着的《洛书》，《河图》和《易经》三大奇书！
全书完