两伊战争的起因错综复杂，既有长期的领土争端，宗教派系对立，又有民族纠纷和领导者个人恩怨掺杂其中。
领土问题是导致两伊战争的主要原因，这一问题包括两个方面：
一是阿拉伯河的边界划分问题。
二是波斯湾入口处3个小岛的主权归属问题。
长约100公里的阿拉伯河是伊朗和伊拉克南部的自然边界，这段边界原以该河伊朗一侧的浅水线为界，河流主权归属伊拉克，根据1914年双方划界委员会会谈纪要和1937年签订的边界条约，双方同意霍拉姆沙赫尔和阿巴丹两段共约11公里以该河深水线为界。
此后，伊朗一再要求以河流主航道中心线为边界线，并对阿拉伯河实行双方共管，伊拉克则坚决反对。
1975年3月，两国领导人就边界问题举行会谈并签署了《阿尔及尔协议》，当时处境困难的伊拉克同重按阿拉伯河主航道中心线划定两国河界。
伊朗也答应归还扎因高斯等4个地区约300平方公里的原属伊拉克的领土，并承诺不再支持伊拉克库尔德族的**武装斗争。
事后，伊朗迟迟不交割土地，伊拉克认为《阿尔及尔协议》是奇耻大辱，多次要求重划边界，均遭伊朗拒绝。
另一问题是1971年伊朗占领了波斯湾入口处的阿布穆沙、大通布和小通布3个小岛，并使之成为可以控制波斯湾出入航道的军事基地，伊朗的行动遭到海湾阿拉伯国家特别是伊拉克的激烈反对。
宗教矛盾是导致两伊战争的另一重要原因，伊朗和伊拉克同是伊斯兰教国家，两国的穆斯林多数属于激进的什叶派，但两国什叶派穆斯林在国家政治生活中的地位迥然不同。
1979年初，伊朗什叶派宗教领袖霍梅尼建立了以什叶派高级教士集团为核心的、政教合一的伊斯兰共和国，而伊拉克复兴党政府在政治生活中却努力使政教分离，削弱宗教势力，将宗教活动纳入政府控制的轨道，伊拉克的什叶派穆斯林虽然占国内人口的多数，但长期以来，却处于被统治地位，激进的什叶派对此十分不满，长期与政府进行对抗。
伊拉克和伊朗两国都有一个少数民族——库尔德族，伊朗支持伊拉克境内200万库尔德人的自治要求，伊拉克也支持伊朗境内的库尔德人进行反对伊朗政府的斗争。
此外，从1964年到1978年，霍梅尼受伊朗国王迫害一直在伊拉克的纳贾夫附近流亡传教，1978年初，萨达姆以煽动伊拉克境内什叶派叛乱的罪名将霍梅尼驱逐出境，迫使他辗转法国，霍梅尼对此一直怀恨在心，并发誓要复仇。
战争的第一时期，战争在伊朗境内进行。
1980年9月22日晨，伊拉克调集大量飞机对伊朗首都德黑兰等15座城市和空军基地进行空袭。
23日凌晨2时，出动地面部队5个师又2个旅，1200余辆坦克，分北、中、南三路向伊朗发起进攻。
到10月底，伊朗挡住了伊拉克军队的全面进攻。
从1982年3月起，伊朗军队转入反攻。
1982年6月29日，伊拉克宣布已将其军队撤出所占伊朗领土，两国边界又恢复战前状态。
面对伊拉克的强大攻势，伊朗军队仓促应战，其空军袭击了伊拉克境内的16个目标，地面部队调整部署，向边境机动，在前线集结了7个师又2个旅的兵力，此外还有大批的革命卫队，伊朗设防的重点在北线，以扼守主要通道，迟滞伊拉克军队的进攻。
伊朗阻滞了伊拉克的进攻势头后，渐渐夺取并把握了战争的主动权，1981年9月，伊朗开始大举反攻。
9月底，伊朗集中10余万兵力，发动大规模的阿巴丹反击战，解除了伊拉克对阿巴丹的包围。
1982年3月下旬，经过周密部署，伊朗又发动了胜利行动攻势，全歼伊拉克2个旅，重创2个师，共毙伤伊拉克士兵2.5万人，俘虏1.5万人，击毁坦克360辆，击落飞机20余架，缴获了上百辆坦克和装甲车。
4月20日，伊朗又集中近3个师的兵力和大批革命卫队约10万余人，发起以收复霍拉姆沙赫尔市为目标的耶路撒冷圣城行动攻势，经过25天激战，终于收复了南部重要港口城市霍拉姆沙赫尔。
6月10日，伊拉克提出全线停火建议，并单方面实施停火，宣布承认两国于1975年签订的《阿尔及尔协议》继续有效，并准备在伊拉克根本权利得以承认的基础上同伊朗谈判。
6月20日，又宣布10天内从伊朗境内撤回全部军队。
6月29日，其军队已基本撤出伊朗。
此时的南华联邦，由段晓宇总理主持的内阁会议变成了两伊战争的基调会议。
“具体来说，由各国派遣副外长级代表参加，联合国特使应被邀请参加会议，并担当提供协调与专家意见的角色，只要这个国际会议还在进行当中，世界各大国就难以对伊朗或者伊拉克进行大规模军事援助，而这个国际会议的举行也同样会对两方的极端强硬派有所抑制，从而为下一步做好舆论准备。
当战争问题的解决有了一定的进展之后，我们就可以名正言顺的恢复向伊朗和伊拉克出售常规武器，理由是伊朗和伊拉克合理的安全需要应该得到尊重，那总得允许伊朗和伊拉克进口常规军备吧？
向这两个国家出售装备的也不是我们一家，美国已经打头阵了嘛，说我们不遵守协议？你们出售武器呢，你们不是连潜艇都卖了吗？你们卖潜艇我们就卖导弹…其实现在就可以开始，伊朗陈旧的美制c-130运输机连连失事，我们完全可以提供载货量相当的c-100飞机给伊朗，替换所有的c-130。”段晓宇总理定下了基调，顿了顿他接着说道，“最后，在我国石油企业成功西进西亚的基础上，步步为营的从西亚向波斯湾推进，加强与伊朗在油气领域的合作，最终接通西亚整个的能源通道。
这条纵贯西亚主要产油国，直抵中东北部的能源大动脉将为我国的能源安全提供强有力的保障，并成为我国联合伊朗对抗土耳其，扶植库尔德**建国的重大战略支撑。
我国西进波斯湾的大好时机已经悄然来临，做为中东的最后一个油库，伊朗最终的去向确实关系到我国，美国，苏联，欧洲各国等各方的利益。
单纯从武力的角度来看，伊朗和伊拉克对抗，即使背靠世界上的大国，军事上的对抗结果，只能使中东地区陷入更大的战乱中去，但这对于世界的和平与发展，对于能源的安全都是百无益处的。”