朱燮元询问也算是一种客气，总管几省军队的督军为了功劳评定的事问一下钦差也是对皇帝的尊重，同时也有试探杨涟和刘侨真实來意的意思。杨涟也知道朱燮元的意思，于是说道：“我是文官不方便品评武事，都察院品评官员的功劳一般都是按其行为來，无过就是有功，军队里应该是无功即为有过所以不一样。皇上让我们先來调查只是表明一种态度，就是朝廷肯定会把这事处理好，而且皇上的圣旨里说了随即会有新旨意到來，朱大人耐心等待便是。”
朱燮元说：“去年皇上要求各军区守备部队和野战部队分开，贵州情况特殊所以定了一年之期，听说其它各地早就完成了这一行动，现在西南军区也应该有所表示。一年之期马上就要到來，到时候秦良玉秦总兵肯定会提前來商议，我马上去信催促让其尽快成行，不过秦总兵在川西一带恐怕得耽搁一段时间，到时候一起商议一下。”
刘侨这时候问道：“我去年年初去过川西一带，当时还是侯良柱侯将军陪同前去，秦总兵去川西难道那里又发生了什么事吗？”
朱燮元说：“原來刘大人跟侯总兵还有这一段交情，侯总兵现正在永宁一带协助地方安民和守备，我已经去信催促他來贵阳见钦差，到时候刘大人可以跟他多亲近。去年陕西旱灾有少量流寇出现，今年年初有部分流寇向南流到川西，据说是被西北军区剿灭的残部，秦总兵带兵前去一是剿灭流寇二是训练士兵，现在应该已经剿灭完向回走了。”
刘侨说：“本來皇上要求我们去拜会秦总兵，既然她要來皇上的圣旨也会送來贵州，我们就在周边看一看。”
接下來的几天就是杨涟和刘侨在贵州遵义一带视察的时间，刘侨发现这里跟去年年初已经有很大不同，三岔河跟鸭池河沿线都修建了众多的村堡，既可以驻军也可以住民。经询问才知道这是沿赵率教部队的主张做的，就是先在沿河沿路修建堡垒驻军坚守，守住后再不断在堡垒周围修建村落住民，达到军队开拓民众跟进的效果。以前在贵阳边的猫跳河一带这样做，现在猫跳河旁边已经见不到多少军队，基本上都是喜笑颜开的百姓了。
在修建堡垒是就注意了修建地点和规模，修之前就想到今后要民用所以沒有修在偏远险峻处，而是当道而建方便交通。军队向前开进后这些堡垒就用來囤积粮食和进驻官府机构，慢慢的各堡垒边就演化成集市很是热闹，稍微大一点的交通便利的地方已经逐渐出现繁华景象，有时各地的守备军会随时來巡查安全。
刘侨看到这些不由得赞叹天启的深谋远虑，把军队分为野战军和守备军有什么效果还看不出來，但把军队里的人分为修建后勤部队和专业战斗部队显现出了效果。不愿意打仗的人搞修建其手艺是日渐提高，两年不到比起赵率教的那支教师爷部队也沒多少差距，看趋势将來超过他们也不是不可能，做得多经验就丰富。专业打仗的部队其战斗力也有明显提升，从这次消灭奢、安叛匪的战斗中就可以看出端倪，屡战不胜的官军能够变得勇猛异常应该是筛选的功劳。
筛选勇将剔除疲兵使军队战斗力大增是一个方面，但是其坏处也是很明显的，就是一个个变得争强好胜了，为了一点军功同袍间闹得红了脸，跟以往宠辱不惊的风貌有巨大的反差。不过刘侨也能够理解，以前是得过且过不求有功，都知道冲得快死得快沒什么上进取胜之心。现在不想打仗的人都筛选走了剩下的都是争强好胜的人，遇到敌人不是想着怎么跑而是奋勇当先砍杀，这时候再要求其宠辱不惊就有点不现实，大家都不傻都知道做了事就要有体现。
除了观看军队的情况刘侨主要还看当地锦衣卫的状况，以前锦衣卫在各地相当于督察部队，主要看将领是否忠诚，现在的锦衣卫分为两组，一组是刺探军情让军务院及时了解敌人和己方军队的动态，另外一组就是以大铁公司的名义协助各地官府推广新型农庄和工业事务。天启给这些锦衣卫提高了待遇，同时也禁止其勒索地方，也就是增加了其正当收入而禁绝了其灰色收入來源，加上有内卫的二次监督，各地锦衣卫也能够做到兢兢业业。
刘侨看到的是军队事务，而杨涟看的重点是民事，因为打仗所以贵州的辅政机构还不太完备，但是各地官府在大铁公司的配合下已经开始大力推行新型高产农作物。以乌撒、东川一带为例，以前是安效良的领地地势高交通不便非常贫穷，但是其气候条件非常适合土豆的栽种，而且不到两年就出现了变异的新品种。这种新品种个头大味道好或煮或烤都非常好吃，外地人都纷纷來买运出去卖高价，当地人喜出望外就像捡了宝。
在推行新品种高产农作物的同时，云南军队因为已经沒有叛军的压力所以也开始推动新型农庄的建设，曲靖、寻甸、武定还有北边的东川、乌撒，都开始了轰轰烈烈的基础建设。先是军队分为专业战斗部队和修建后勤部队，然后是将军队变成大学堂让愿意來的都进來学习，同时不断让已经学习到技术的人员退役，如此循环往复培训出一大批有技术的人，也修建了众多的新型村庄。
老百姓的生活水平提高了朝廷的税收也增加了，这时候奢崇明和安邦彦那一套就沒有人听了，以前听从他们的话是因为他们能诱骗人，现在官军这边能够给百姓带來看得见的好处，谁好谁不好大家都有个比较。老百姓都是现实的人，一边是沒好处有危险看不到前途，另一边是好吃好喝安全生活，选哪里不用教大家都不傻，所以奢崇明和安邦彦向云南方向发展的路就沒有了，也是他们挺而走险要会永宁的原因。
刘侨和杨涟如此看了不到半月，心中的感受是各不相同，但都是高兴多过担忧，可以预想在如此好的状况下西南地区的一切状况都不是问題。十月下旬的时候秦良玉到了贵阳，凑巧的是前一天天启的旨意也由快马送了过來，四川总兵侯良柱也跟一些川军降临随秦良玉一起到來。在大家见面座谈的时候，虽然开始都是笑逐颜开互相问候，但是明眼人都能看出大家都有些情绪在里面，说不清会不会当着钦差的面当场发作出來。
有句话叫住朋友间应该同甘共苦，是说不同的人如果做到既能够一同享福也能够做到一起受苦，那么这样的人才能够算得上真正的朋友。但是现实中这样的人太少了，能同甘不能共苦的多，能共苦不能同甘的也多，但是真正能做到同甘共苦的少之又少，沒有其它原因利益使然罢了。在座的这些军官就是能共苦不能同甘的人，打仗的时候可以并肩抗敌共渡难关，但是在分功劳时却又想着如何比他人高一头。
朱燮元沒有管黔军将领和川军将领的怪异态度，对这些他已经伤了心不想多管，他本想一碗水端平结果是两边不讨好。朱燮元先是对秦良玉致意，在奢崇明起事时朱燮元刚刚由布政使升为巡抚，正需要兵的时候秦良玉率先到來，并且与敌大战后來收复四川全境，其功劳很大不说也算是对朱燮元有解围之德。见朱燮元向秦良玉致意其他如许成名等军官都纷纷见礼，因为秦良玉南征北战功劳大，充四川总兵官的时候许成名不过才是个都司属于晚辈。
朱燮元首先请杨涟宣读天启的旨意，在这道送來的圣旨中天启下令由每个军官自己自呈经过，如果所写不实其他人可以纠正，最后写完无异议后由刘侨集中送北京。对这件事天启说了军务院的军法处增加了新功能，除了论过处罚外还有论功行赏的功能，以免分功不均引起不满情绪。而且天启特别提出对那些在平叛中死亡的将士也要论功，这一提法让大家都大为满意都赞同皇上仁德，其实也不是天启仁德是因为现在有了两个闲钱，用來收买人心正合适。
专业的事由专门的部门來办才是正理，大家听了天启的安排都比较认同，互相间疑惑防备的目光又变得柔和了些，有些人都已经在怀想当时并肩杀敌的友情了。不过圣旨中也不全是好事，天启的旨意是消灭了奢崇明和安邦彦并不是结束，而且可以说就算把安位余部都安抚好了也沒有结束，他需要的是把整个西南的土司都做一个调整。现在的土司既管军又管民相当于土皇帝，天启的意思是土司可以存在但是只能管军，要斩断他们与百姓的联系。
朱燮元一听就知道自己的建议沒说好，他在奏疏中建议保留安位的土司地位，说当地人管当地事简单方便，但现在天启的意思是剥夺土司的一般权力，事情就有些不好办了。其他将领听了这些多数有些茫然，他们不知道这些调整意味着什么，但是心眼灵活的知道打下奢崇明和安邦彦并不是结束，而是一切才刚刚开始。