1998年11月27日，雅克将在席那岛取得的资料交给里昂，而里昂加入由浣熊市受害者及质疑安布雷拉的人组成的反安布雷拉组织，随后前往欧洲。而吉尔、克莱尔均前往欧洲。
1998年12月1日，华盛顿、纽约等地爆发大规模游行示威，指责政府与安布雷拉串通一气，掩盖事实真相。
1998年12月10日，威斯克加入新东家HCF。艾达王成为其手下。
1998年12月12日，克莱尔在安布雷拉巴黎总部被逮捕，并被押送至南美洲的洛克福特岛监禁。
《生化危机·代号维罗尼卡》故事开始
1998年12月27日，HCF向洛克福特岛进行轰炸，并投下病毒。洛克福特岛被感染。
克莱尔在混乱中逃出监狱，并结识了囚犯史蒂夫。克莱尔在岛中遇见了精神已经几近失常的阿尔弗雷德。克莱尔和史蒂夫乘坐飞机准备离开洛克福特岛，却被阿尔弗雷德设定了飞机的自动驾驶，飞机飞向南极基地。
12月28日，克里斯得知妹妹被关押至洛克福特岛，于是前往。而威斯克也得知T－veronica病毒的存在，于是在岛上，两人事隔一年后再一次相遇。从威斯克的口中克里斯妹妹已被劫至南极，克里斯也赶去。
在南极基地，阿尔弗雷德被史蒂夫击中。生命的最后一刻，阿尔弗雷德唤醒了自己沉睡了数十年的妹妹阿莉克希亚。
而史蒂夫被阿莉克希亚抓住，注射了与亚历山大一样的病毒，开始变异。面对克莱尔，失去理智的史蒂夫疯狂追杀，在最后一刻终于清醒，表达了对克莱尔的爱意后，史蒂夫死亡。
威斯克遇见阿莉克希亚，而他要求阿莉克希亚交出T－veronica病毒。阿莉克希亚在狂笑中开始露出怪物真身，而威斯克在与其交手后感到无法控制阿莉克希亚，遂逃走。随后，克里斯与阿莉克希亚正面对决，而她开始展露T－veronica的威力。T－Veronica病毒使人具备了飞翔的能力，并能召唤昆虫，普通物理攻击对其均没有效果，但由于阿莉克希亚的冷冻期不足，被阿尔弗雷德提前唤醒仍然具有较大缺陷，因此阿莉克希亚最终仍然被克里斯用线性激光炮干掉。
阿莉克希亚死亡后，威斯克救活了史蒂夫，并在阿莉克希亚身上提取了T－veronica病毒。他在南极基地已经得到自己想要的东西，而剩下的就是和克里斯的恩怨。
克里斯启动了南极基地自爆装置，而威斯克劫持了克莱尔。克里斯对威斯克说，“我们的恩怨，就在今天做一个了断吧！”
威斯克放走了克莱尔，克里斯示意克莱尔去启动飞机，而克里斯与威斯克，这两位从前的同事、战友，背负着各自的仇恨，在南极冰原上打得你死我活，却没有分出胜负。
南极基地即将爆炸，而克里斯与克莱尔也搭乘飞机逃出，威斯克也载着史蒂夫利用潜艇逃出。
1999年6月赛格尔·维德米尔调任安布雷拉俄罗斯分部，任开发部主任。在他的主持下，开始将约翰所研发的“T－ALOS”病毒正式用于生物武器的研发。
1999年8月中情局正式任命里昂为中情局特工，为白宫服务。雪莉则被中情局严密看护起来。
1999年9月里昂开始参加美国政府对于特工的军事训练，期间结识了同为特种兵的杰克·克劳萨。
1999年10月，威斯克夺走了雪莉（这看护还真严密啊……）。威斯克深信，在雪莉身上，威廉一定还留了一手。
2000年5月，吉儿和克里斯找到了在加拿大和家人隐居，享受天伦之乐的贝瑞，吉儿和克里斯劝说贝瑞一起调查安布雷拉公司背后的阴谋，但贝瑞并不再打算离开妻女。
各地病毒的受害者、浣熊市事件死难者的亲人、幸存者在全美爆发了大规模的游行示威。安布雷拉声称自己也是无辜的受害者。
2000年10月，安布雷拉公司决定取消俄罗斯分部，但赛格尔·维德米尔仍然暗中执行“T－ALOS”病毒的开发工作。后来在赛格尔·维德米尔的强烈力争下，俄罗斯分部继续运作。
2001年12月圣诞节，在纽约、华盛顿等地爆发了最大规模的反安布雷拉和生化病毒的游行。其中的狂热份子宣称，如果政府不严厉处罚安布雷拉，那么他们会散布T病毒，让政府也吃吃苦头。与此同时，吉儿、克里斯、贝瑞等人开始揭露越来越多的安布雷拉犯罪证据，这个弥天大谎已经无法掩盖。
2002年起，安布雷拉的股价开始下跌。斯宾塞为了让安布雷拉回到正常轨道，开始在美国政府之外，寻求更多的买家。这时候，一个非洲小国的**者找上门来。
2006年6月杰克·克劳萨加入了威斯克的秘密组织，他故意在一次军事行动中“死亡”。
2002年8月安布雷拉高层管理人员莫菲斯把病毒私自卖给中东的军火商人，此事被斯宾塞得知，斯宾塞大发雷霆。
2002年8月下旬，安布雷拉宣布解除莫菲斯的所有职务。
2002年9月，莫菲斯率领自行组织的雇佣兵抢夺了安布雷拉位于巴黎研究所内的T－G合成病毒。随后，莫菲斯劫持了安布雷拉高层人员度假用的豪华油轮，在油轮上散布了T病毒，整艘船受到了病毒感染。
同日，莫菲斯以发射携带T病毒的导弹为要挟，分别向中、美两国政府勒索50亿美元。
《枪下游魂4生化危机·英雄不死》故事开始
次日，美国政府派遣中央情报局特工布鲁斯·麦克文（Bruce·McGivern）潜入该油轮，在油轮中与中国国家安全局特工凤玲（FongLing）一起将注射了T－G病毒变异后的莫菲斯消灭，并且炸毁了安布雷拉在中国南海附近的研究所。
2003年3月，赛格尔·维德米尔在俄罗斯成功研制出以“T－ALOS”为基础的生物兵器。而同时间，安布雷拉内部的危机越来越重，资金链开始出现断层，业绩大幅下滑。斯宾塞希望该兵器能够卖个好价钱，以此来让安布雷拉获得重生。
2003年1月下旬，威斯克和吉儿、克里斯都得知了这一消息。三人前往俄罗斯。
《生化危机·安布雷拉历代记》故事开始
2003年2月22日，安部雷拉位于俄罗斯的高加索病毒工厂被捣毁。安布雷拉大势已去。
2003年5月，安部雷拉股票跌至冰点。与此同时，数十年来一直被安部雷拉所压制的另一家制药公司－－－－三联制药开始渐渐抬头，三联笼络了大量从安部雷拉辞职的研究员。
2003年6月1日，安布雷拉宣布破产，美国政府承认安布雷拉的犯罪行为，并把所有责任都推卸给安布雷拉公司。全球的制药行业开始遭遇雪崩般的经济打击，民众不再信任制药业，其业绩和使之连日下滑。
2003年7月B.O.W开始在黑市出现，购买者多是**国统治者与恐怖组织、反政府组织。
2003年7月有感于B.O.W的泛滥及制药业面临的困境，全球制药协会决定成立一个组织来处理这类事件。这个组织被命名为BSAA（生化恐怖防御与评估联盟）。创建者是11名来自社会各个阶层的精英，他们都在不同的情况下经历了生化病毒泄露事件。11名成员当中就有克里斯与吉儿。这个组织受联合国直接管理，因此可以在联合国缔约国内自由行动，总部设在英国。
罪魁祸首斯宾塞下落不明。
2003年8月三联开始在全世界收购安部雷拉原来的制药基地。
2003年10月吉儿与克里斯找到斯宾塞。但同时威斯克也抢在两人前面赶到。斯宾塞向威斯克坦露了他的身世，气急败坏的威斯克杀死了斯宾塞。吉儿和克里斯与斯宾塞展开搏斗，最后吉儿与威斯克一起跌落山崖，生死未卜。
2003年10月起BSAA在全球开始了大规模搜寻吉儿与威斯克下落的活动，但始终没有任何线索。
2004年5月22日美国总统女儿阿什莉·格林汉姆失踪。
2004年5月27日白宫得到线报，阿什莉极有可能在欧洲。
2004年5月28日白宫委派特别情报员里昂前往欧洲，寻找阿什莉·格林汉姆的下落。
《生化危机4》故事开始
2004年5月29日里昂在欧洲一个偏僻村落找到了阿什莉，该处存在一个异教组织，其教主奥斯穆德·萨德勒利用一种远古时期的寄生虫控制了这里的城主与村民。里昂发现绑架阿什莉的正是当年的战友克劳萨。里昂救出了阿什莉，而威斯克则取得了寄生虫病毒的样本，它将这种病毒命名为“衔尾蛇”。
2004年8月克莱尔加入一个名为NGO民间组织，该组织以呼吁全世界各国抵制生化病毒为主旨。
2004年12月全球再次爆发大规模反生化武器的游行示威，NGO成员是这次游行示威的主要发起人。但许多激进的示威者藉此机会大肆烧杀抢掠，给游行蒙上了一层阴影。在这之后NGO成员开始低调行事，并不再发起类似的游行活动。
2005年1月在美国政府的授意下，一家名为WIL的制药公司成立。该公司的主要目的是研发生化病毒的相关疫苗。这家公司很快引起了NGO的注意。
2005年3月不少新闻报道指责WIL公司利用活人进行生化病毒的实验。
《生化危机·恶化》故事开始
2005年4月10日克莱尔在美国洛杉矶的机场遭遇了生化病毒泄露事件，白宫派出里昂前往处理。里昂与克莱尔发现这起病毒泄露事件是NGO公司刻意而为，目的则是向全世界展示病毒疫苗的实用性，但却被一名浣熊事件的受害者弗莱德·单威格破坏，连同WIL公司的研发基地也被感染了G病毒之后的弗莱德摧毁。
2005年6月三联制药收购了WIL公司。
2005年8月三联对于安部雷拉的非洲研究所进行了重新评估，三联高层艾克塞拉·吉奥奈决定在当地重新启用研究所，暗地里则与威斯克一起利用研究所进行病毒实验。
2006年11月23日搜寻了三年无果的BSAA宣布吉儿殉职。
2007年BSAA开始配合联合国反恐部队，在全世界打击恐怖活动，尤其是使用生化兵器的恐怖组织。
2008年4月非洲一个小国发生政变。**者杀死了总统，解散了政府。
2008年4月20日联合国宣布对该事件表示关注，并且宣布有可能进驻维和部队。
2008年4月22日当地**者从黑市购买了生化武器。
2008年4月25日BSAA得到这一消息，克里斯从北美赶去处理此事，并与当地负责人席娃联络上。果不其然，当地发生了大规模的病毒感染。
《生化危机5》故事开始
2008年4月26日克里斯发现当地生化病毒感染事件的元凶是威斯克与三联。而且吉儿也出现在了那里，并且成为了威斯克的帮凶。原来吉儿当初摔下悬崖重伤不治，威斯克利用宿主病毒控制了吉儿的心智。而威斯克决定要把衔尾蛇病毒扩散到全世界。
2008年4月27日克里斯救出了吉儿，与席娃一道离开了非洲。克里斯完成了他在十年前南极基地里的话，而威斯克与他的野心，也随着喷发不息的火山熔浆当中渐渐消失而逝。