混沌初开，天地一分为二，阴阳珠在此时随着那一阵巨大的能量波而遁世，并飞向北极之地，似乎在寻找着什么，却至今毫无进展。但过了几亿年之后，一颗巨大的行星遮住了太阳，而正因为阴阳珠的平衡力量，致使地球才没有撞上去。但也因此导致阳珠力量剧减，阴珠力量剧增，很快处在北极的平衡力量就被打破了。虽然阴阳平衡是不会消失的，但地球以及地球上的一切生物却承受不了这样的灭顶之灾，阴阳珠为了阻止事情的发生，制造了一个新的空间，将大部分生物连同自己大部分力量一起封印在内，庆幸的是，这颗行星不久之后就离开了。但故事并没有因此而结束，一场更大的危机正在酝酿中，失去力量的灵珠能否化解这一切？它们在苦苦寻找的究竟是什么？
新的世界被打开，熟悉的一切都变了，到底是不是一件好事？