左宗棠深知回军和捻军联合后更加难以对付，因此他向清廷进陈方略说：“方今所患者，捻匪回逆耳。以地形论，中原为重，关陇为轻；以平贼论，剿捻宜急，剿回宜缓；以用兵次第论，欲靖西陲，必先清月复地，然后客军无后顾之忧，饷道免中梗之患。”
又说：“进兵陕西，必先清关外之贼，进兵甘肃，必先清陕西之贼，驻兵兰州，必先清各路之贼，然后饷道常通，师行无梗，得以一意进剿，可免牵掣之虞。”
这个方略的核心是“先捻后回”、“先秦后陇”，关键则是“不令捻回合势”。
7月，左宗棠所部楚军近二万人由湖北樊城分三路到达陕西。按照其“先捻后回”的既定方针，以先期入陕的刘松山所部老湘军、郭宝昌所部皖军、刘厚基所部湘军和新到的高连升部楚军共二万一千余人进攻捻军，以帮办刘典所部楚军和黄鼎所部川军共八千余人驻陕甘边界，对付回民起义军。
其余楚军万余人，分驻凤翔、宜君、华州、华阴、渭南、临潼等地，策应各军，为“兼讨回捻之师”。西捻军识破了左宗棠的阴谋，迅速跳出包围圈，在回民军配合下，向陕北挺进。与此同时，陕甘回民起义军仍不断从甘肃进入陕西，与西捻军共同抗清。
10月至11月间，西捻军和回民军取得了连克陕西安塞、延川、绥德等城的胜利。左宗棠智穷力竭，不得不上奏“自请严议”。
可是，由于民族和宗教信仰不同等原因，回民起义军和西捻军的联合没能得到进一步的发展，一直处于“时离时合”的松散状态，既没有统一的组织形式和集中领导，也没有共同作战的长远计划。
更由于回民军的领导权又掌握在上层贵族手里，强烈狭隘民族主义思想，让回军排斥捻军。回民军与西捻军之间的互相攻杀事件时有发生，使得回军和西捻貌合神离。
之后西捻军为救援东捻军，由宜川东面的壶口渡过黄河进入山西，回民起义军在陕西处于孤军作战的不利地位。
左宗棠率清军主力入晋追击西捻军，在几路人马围攻之下捻军首领张宗禹投河自尽，西捻大部肃清，只有少部分的捻军，尚留在甘肃。
此时左宗棠参加镇压西捻军之后回到西安，他以陕西大局已定，遂加紧进行甘肃的各项整肃。
第一，整顿部队。
驻陕清军，除左宗棠所部楚军外，还有刘松山的老湘军、郭宝昌的皖军、黄鼎的川军等；驻甘清军更为庞杂，这些部队不但待遇差别很大，而且编制很不统一，有的名为一营，实际只有二三百人，有的则多至数倍。为了整齐划一，左宗棠下令淘汰疲弱，一律按楚军的编制加以整顿，统归其指挥。同时，在陕甘就地招募新兵剩女媚惑天下-江山红颜定。左宗棠和刘典直接统辖的楚军就有步队五十五营、马队十五营，共三万人左右。
第二，诱降饥民武装。
在西捻军退出陕西、回民起义军大部转入甘肃以后，董福祥领导的饥民武装仍在陕北一带活动，对清军威胁很大。董福祥与金积堡和董志原的回民起义军都有联系，是左宗棠进攻甘肃的一大障碍。于是，左宗棠在榆林、绥德、延长各驻一军，截断董福祥东渡黄河之路；又派刘松山率部从山西渡过黄河，由绥德西行，直逼董福祥的根据地镇靖堡。刘松山通过收买董福祥的父亲董世有，诱使董福祥投降。
刘松山收其众十多万人，从中挑选精壮，按楚军编制，编为“董字三营”，由董福祥、张俊和李双梁各带一营。董福祥的投降，不仅使回民起义军失去了一支同盟军，并直接威胁到金积堡和董志原的安全。
第三，改革税收机制。
在陕甘地区仿照福建的做法，开办商贾货厘，也就是商品税。按照商品价值，收取百分之二。
招募廉洁朴实的士绅管理厘局，商品税收支的数额，每月张榜公示。设总局由西安知府裕麟总管，将税收转入军需局。
厘税制度剔除了漕粮的积弊，原漕粮浮折，官私取给，规定按每石谷子交纳六两银子。
而当地谷价贱跌，当年一石谷只值四百钱，二千四百钱才能换到一两银子。农民用谷子换钱，再用钱换银子，完纳漕粮，苦不堪言。一个年收入百石谷子的家庭，折合银子去交公粮，要用掉三分之一的谷子，于是拖欠日益积累。
左宗棠通令各州县废除旧规，按照户部规定的章程，每石谷子交纳三两四钱银子，其中地丁四钱，漕米折色一两三钱，加上军需一两三钱，每石谷子增收四钱归县里使用。左宗棠要求各地根据自己的收入，加减定额。
这种办法既减轻了农民负担，又增加了财政收入。作为农业家左宗棠看出漕运、商事税收的弊病，行之有效的改革，让陕甘地区的农业、商业，恢复了生机。
税收、农事是左宗棠的强项，至于创办的军工企业，成为朝廷沉重的负担，总是让胡雪岩替他向洋行借钱，也是他为官一大弊端。
左宗棠汉族，字季高，号湘上农人。已经五十多岁，留有浓密的八字须。少时屡试不第，那双金鱼水泡眼，斜睨看人，有谁受得了。左宗棠自诩才高八斗，天底下没有他佩服的人，脾气古怪，在大清官场上独树一帜。在天平天国猖獗时，赢得“国家不能一日无湖南，湖南不可一日无左宗棠”的美誉。
就连他的恩师曾国藩也要让着他，等到他羽翼丰满，连曾国藩也看不惯，上书攻讦曾国藩，甚至到后来两人闹不和。
左宗棠从来不受贿，未做官时家里就有钱有势。不是他自己有钱，他家境中落，二十岁大龄青年尚未婚配。而是比联招亲，娶了湖南湘潭县周姓大族的才女周诒端，做了入赘女婿。婚后夫妇蛰伏“桂在堂”吟诗唱和，谈经论史。又一道钻研方舆学和农学。在此度过了三试不第，充满坎坷的十三年。这十三年也正是他夯实基础、蓄锐待发的十三年。
太平天国之乱，让左宗棠有了用武之地，凭借他高超的指挥艺术，以及超乎常人的眼光，从胡林翼的幕僚成为炙手可热的统帅，陕甘总督，军机大臣。
左宗棠正在为经费绞尽脑汁，年关各地官府封印，而下半年的楚军以及湘军的饷银到此时还未见朝廷拨来，新的一年即将开始，兵部不会认老账。这也是惯例，朝廷从来不会按照兵册的数额，下发军队的饷银，最多按照九个月的饷银发放。兵部早已做出的规矩，让左宗棠徒呼奈何，他手下的兵卒比花名册上的数字还多。
“难呀！还是按照老办法来。”想到要抚恤死去的各部战士，左宗棠哪有瑞雪兆新年的好心情，对着手下的平庆泾固道员魏光焘大叹苦经。
“大帅，再难也要过年，将军们一路劳顿，好酒好菜总要准备，下官先去安排一下末世之美女保镖。”魏光焘是税务改制的制定者，为四品道台衔，被左宗棠从湖南调入陕甘，执行新的税收改制政策。
左宗棠想起一事，心里忿忿然，问道：“魏道台，那个押运使李国楼，如今到哪了？我怎么连他的消息也没有，他难道不用快马传递消息吗？”
道员魏光焘露出一丝苦笑，回道：“大帅，别提那个押运使李国楼，自以为对社稷有功。把国家财物当做私财，我发文问劼他物资具体数字，他竟然语焉不详，均以一批，来敷衍我。反而要我们陕西地方为他提供2200人的食宿，1000匹牛马的饲料，这种公文倒是没少发，从未看见过有这么嚣张的官。”
“哎，他是要来讨要军功，男爵的爵位，虚位以待。不满足他的私欲，就要掐我的脖子，和李鸿章一副德性，我不求他。”左宗棠断然说道，一副天不怕，地不怕的样子。
魏光焘愁云布满那张方脸，捋须道：“大帅，朝廷对我们向洋人借款颇有微词，那个李国楼还说要把海关的关税权，收归国库，不再给予地方关税抵押给洋行的担保。我怕他为了泄愤，真的会干得出来。”
左宗棠西部用兵，支出巨大，动辄便是百万以上白银。户部无力为继，是由官商胡雪岩的《阜康钱庄》出面，向《英国渣打银行》等几家国外银行、钱庄借钱，就是以各地的关税厘金来作为还款的担保。若是地方海关的关税厘金全部收归国有，作为地方的总督等于少了很大一块财政补贴，连活络的银子也没有了。
魏光焘告诫左宗棠与李国楼翻脸的很可怕恶果，你不给他果子吃，他也不会让你好过，大家一拍两散。不给李国楼受封男爵机会，他一定会报复的，而且绝不止一个手段，他可是在朝堂上站着，无事也能煽风点火。
左宗棠看着那张陕甘地区的巨大模型，肩上承担太多的责任，那张乖张跋扈的脸，慢慢变得平和。他懂得变通，进京面圣也给太监孝敬，两宫皇太后的寿礼，从不会忘记，该孝敬的菩萨总要磕头。他亦是拜在恭亲王奕訢门下的弟子，同样属于洋务派。
一个派系的人也相互侵辄，大清有祖制“没有军功不能封爵”。所以李国楼才会穷凶极恶，带了近千名军人押运军需品，故意刁难左宗棠的阴招早已图穷见匕。
左宗棠沉思良久，波澜起伏的心态归于平静，露出老成持重的神情，捋须道：“魏道台言之有理，探花郎一心为国，本帅理应以资鼓励。给布政使林大人发文，押运使李国楼的粮草要妥善布置好。再给李国楼发去公函，让他把直接将物资运送至董志原前线，直接交予果勇营徐占彪所部，战事紧迫，望押运使能以国事为重，早日让将士们看见无敌神威砲的威力。”
“大帅这么多军用物资，交予徐占彪所部，我怕其他部队会闹事的呀。”魏光焘有些不敢相信，徐占彪十二营是四川客军，并不是左宗棠的嫡系楚军。
“哎，魏道台，这个你不懂，攻打堡寨还是川耗子好使，要想徐占彪所部效死，就要对他们视如己出。只有这样李国楼才不会大甩卖，在山西境内四处买好，给你来一个一批军用物资来敷衍你。现在他在看我的表态，我给他面子，接下来普鲁士的进口物资，他就不会以海防重于边戍刁难我，汉人的那些花花肠子，也就这么几招，你要学着点。”
黄土高坡上的堡寨，以及陇东地区的地势，制约了大清军队展开大面积攻势，打一个个堡寨、军事壁垒都需要用命去填，还需要攀爬工事。人小灵活的山地民“川耗子”自古是山地战的好手，故此这次董志原的前线总指挥交予川军总兵徐占彪。
魏光焘洒然而笑道：“还是大帅高明，李国楼只是一个跳梁小丑，丞相肚里能撑船，不与他一般见识。”
千穿万穿马屁不穿，左宗棠那张老脸不由笑了，战略布局早已了然于怀，冬季小股部队部队穿插，不给敌人逃窜的机会。到了春季，大兵压境，一举收复董志原。