晓月发问，“大叔，第三个人是谁？还有自杀的破绽也太多了吧，柯南也说过脚下没有踏脚物。”小五郎继续推理，柯南也忙乎了一头汗，“晓月丫头，你先别着急，听我说完。这第三个人就是那位神秘委托人，他惊异发现平田从隔壁出来进入到钢琴室，由于好奇，他就进入隔壁现场，发现了西本健死在那里。当他看见乐谱留言时他就猜到了是平田杀死了西本，为了不让警方认为西本是死于自杀，他先把踏脚的椅子挪开了，随后又打开了录音机的播放键，希望尽快引起警方注意。”
千寻好奇，“那神秘委托人为什么要去钢琴室呢？”“如果我推理没错的话，他也知道警方可能将钢琴带走，他想过缅怀一下麻生先生，因为这是麻生圭二在这个世上留给神秘委托人最后的东西了。”大家都明白了，黑岩令子询问，“那我丈夫是怎么回事？”“就在委托人忙着破坏自杀现场时，第四个人村泽周一仅仅慢了一拍就到了钢琴室，他不仅仅是音乐爱好者，还是这架名贵钢琴的调音师，这些年来一直是他偷偷地保管着麻生先生的遗物，令子小姐，村泽先生是麻生先生的崇拜者吧？”令子一愣，“哦，是啊，这件事知道的人可不多，毛利先生你竟然也知道了。”
“村泽也想在钢琴被运走之前做最后一次保养和调音，谁知道刚刚进门就被躲在门后的平田从背后袭击，晕了过去。平田恐怕也没有想到村泽会突然出现，害得他再次失去取出毒品的机会。”这次大家都不在发问，等在毛利小五郎的精彩推理。“那位委托人听到了隔壁钢琴室的动静，顾不得暴露身份急忙过去查看，刚好看见平田准备杀死村泽先生灭口，情急之下他也只好匆促出手，从背后用临时找来的物品将平田打倒在地，这时候千钧和柯南两个人想要过去再看看第一现场也到了门外，接下来的事情大家就都知道了，委托人无奈之下只好打破窗户逃走了。”
“平田先生，我说的有什么不对的吗？”平田用惊恐的眼光看着沉睡的小五郎，“怎么可能，难道你也一直在哪里吗？为什么？为什么我没有看到你？”这下大家都对毛利侦探的推理再无怀疑。平田咬着牙问，“毛利先生，你为什么认为杀死西本健的一定是我，而不是其他二人？”“道理很简单，就是隔壁现场被移动的那个椅子。”所有人都莫名其妙，这是什么逻辑，看大家糊涂，小五郎咳嗽一声，“柯南，把那句名言告诉大家吧。”柯南从后面蹦出来，“我知道福尔摩斯大人说过一句这样的话，排除绝对不可能的，剩下的再不可能也是真相。”说完这句话，柯南就跑了回去。
小五郎继续推理，“首先我可以肯定西本健不是自杀，我想这一点大家都没有疑问。第二，村泽周一与西本健先生根本没有任何交集，他也没有任何理由和必要杀死西本先生，即便是想阻止西本先生破坏钢琴，他也大可大声呼救惊动附近的警察前来阻止。那么最大的嫌疑还有那位神秘委托人了。”平田不服气，“不错，你为什么不认为是那位委托人，一定是我呢？”毛利侦探叹气，“平田先生，假如是神秘委托人杀死西本健，你会有那么好心移动椅子，提醒警方西本不是死于自杀吗？你恐怕会更关心你的毒品吧。”
平田有些发呆，“没错，我是不会关心西本的死活，但村泽先生难道不行吗？”“村泽先生当然比你关心，可是如果是他发现西本被吊死在隔壁房间，他应该会马上大声呼喊警方上来调查，甚至去查看西本是否已死，而绝不会去移动什么椅子，因为他没必要隐瞒自己曾经到过公民馆的钢琴室啊。”平田彻底无语了，这样看来能够去杀死西本的还真的只有是自己才合情合理。“哎，我也是通过这个线索思考，再加上其他的佐证才推理出你们四人先后抵达的顺序。”所有人这下子都佩服的不得了，这位名侦探果然名不虚传。
“等一下，毛利老弟，那位神秘委托人到底是谁？”目暮警官和大家都只剩下最后的疑问了。小五郎大声说道：“他是一个我们大家永远不会怀疑到的人，从头到尾都把大家骗得晕头转向，也是他故弄玄虚把我的侦破方向一次次导向迷雾中。请大家仔细回想一下，为什么黑岩先生的血留下的暗号会在不到10分钟的时间里面就彻底干枯？目暮警官，我们都知道人类的血液在15分钟到30分钟之后才会发生干枯现象，还有那个空白的录音带，也是一个人在伪造死亡的推断时间，因为只有在10分钟之内他才能找到不在场证明。”目暮警官大惊失色，他的眼睛都睁大了，不可能是她啊。几个女孩也都惊骇起来，不会吧，那个神秘的委托人，不可能啊。
“没有错啊，浅井成实小姐，那名神秘的委托人就是你吧，所有的一切最开始都是你精心策划好的吧。小雅和直子这两个丫头曾经告诉过千钧，当时你在第二命案发生之前的10分钟的时间跟她们在一起，在这之前还有一个时间间断，大约3分钟的时间却没有见到你。还有，作为一名医生，你怎么可能会犯下这么幼稚的错误呢？”小兰突然生气了，“爸爸，你不要胡说了，你也说过西本先生是在上厕所时被人塞进纸条，成实小姐可是女士，如果她去男厕所岂不被人怀疑吗？还有她一个弱女子，就算有计划，能那么顺利杀死三个身体强壮穷凶极恶的男人吗？”
小五郎忽然叹气，“的确，一个普通的女子想要杀死三个充满警惕又并不熟悉的男人确实不容易，但如果是强有力的男子的话事情的成功率就大大增加了。而且就算是女士也可以改装后到男厕所去啊，不过也许会有人觉得有些不对，但绝不会是西本健这样粗枝大叶的人。哎，如果浅井成实小姐根本就不是女人，厕所的事情就更不会引人怀疑了，难道不是这样吗？浅井成实小姐，不，我还是叫你麻生成实先生更为合适。”
所有人都大惊失色，小五郎叫道，“山本巡查，麻烦你将麻生先生的当年留下的乐谱交给目暮警官。”目暮警官接过来后，根据柯南的推理暗号，揭开谜底，“留给我最疼爱的儿子成实。”山本巡查也回忆起来，“的确，据说麻生先生有个小儿子在外面养病，难道就是？”成实笑着依然用女性般柔和的声音回答，“没错就是我，毛利先生，我可是服了你了，我从小就被当做女孩养大，自我大学毕业后你还是第一个看出我男性身份的人。”
所有人都有彻底当机，几个女孩全都一阵惊叫，她们怎么也想不到这两天来敬爱有加的成实姐姐，漂亮美丽，可爱温柔，向往自然，竟然是位不折不扣的伟男子。千钧差点吐出来，觉得自己好冤枉，他以前一直听说过日本有伪娘的传说，他一直认为是夸大其词，怎么可能会有男人扮成女人不被一眼看穿的，“我k，这个成实小姐，不不，成实大哥，你怎么比女人还女人啊，老天爷真是没有天理了。”
柯南在旁边看着千钧尴尬的样子忍不住哈哈大笑起来，千钧恼怒蹂躏他的头发，“混蛋，你怎么不早点告诉我，亏了我还对他大献殷勤，差点就一亲芳泽了，哦呕……”柯南笑得更开心，他很久没有这么整过千钧了，尤其是变小后一直被千钧嘲笑。
成实笑着说：“对不起大家了，其实我也不是想隐瞒大家的，不过为了隐瞒身份不得已一直采用女儿装出现。千钧，这次我能够顺利从血腥的报仇杀戮中解月兑出来，多亏你的帮助啊。”大家都回忆起了千钧那天在钢琴室的秘密之论，只有死人才会永久保守秘密。目暮警官不明所以，成实笑着把他们那天关于历史的讨论和千钧的秘密之言都告诉目暮了，目暮捂着头哀叹，千钧这个混蛋到底干了什么破事啊，这些人居然因互相猜疑而大开杀戒。
柯南低声说：“千钧，原来成实用‘本能寺’的纸条挑拨西本健的计策是从你那里想出来的啊，你可真行啊，这个借刀杀人的计划滴水不漏，就算法官也不能说成实是挑唆杀人。”千钧也无语了，他根据模糊记忆知道事情与麻生圭二当年的玩伴有关，的确有故意用秘密恐怖言论吓唬那几个人的意思，但真的没想到事情会变成这样，至于那个纸条完全是成实自由发挥的结果，根据曹操抹书间韩遂和织田信长的故事自己设计出来的。
原来成实一直对父亲的死感到怀疑，医大毕业后，以医师身份回到月影岛调查。两年前，当时的村长龟山勇得知成实的真实身份后，出于恐惧，交代了琴谱暗号，毒品走私的信息，以及与川岛、黑岩、西本一同犯下的杀害麻生家的罪行，随后死于心脏麻痹。成实弹奏了“月光”作为安魂曲，从那时他便萌发了复仇的杀意。浅井这个姓氏是他的养父母的，由于他从小身体就不好，怕他养不大，麻生夫妇和他的养父母都一直把他当做女孩子来教育培养，才有了今天绝美温柔的浅井成实医生。
成实笑着提出自己的疑虑，“毛利先生，为什么你不认为是我杀死的川岛和黑岩呢？”“是时间啊，你的时间不够。川岛先生死的时候你的确有一会儿没有不在场证明。我仔细查看了那天参加法事的所有人的口供，一个漂亮女性走在哪里都会特别引人注意的，你真正离开大家视线的最长时间也只有不到5分钟。在5分钟之内你想将人溺死后拖拽到命案现场在进行布置是根本来不及的。而黑川先生有大约超过20分钟的时间没有不在场证明。在加上海滩留下的缠斗痕迹等线索基本上就可以断定了，只是你留下乐谱的行为彻底把我搞糊涂，我也是后来才推理出这是两个人分别的自发行动。”
“黑岩先生死的时候是同样道理，黑岩先生被杀的前后，你离开小雅和直子的时间只有短短的3分钟，你也只有用未干的血迹留下暗号的时间而已，并随手打开了录音机的放音键。然后你就离开，让她们几个女孩给你做不在场证明。其实你到达死亡现场的时，距黑岩先生之死应该已经超过15分钟了。等又过了10分钟后，月光奏响，我们大家才发现黑岩先生已死，这时候血液都已经干枯了。”成实忍不住赞叹，“毛利先生，你真是太厉害，居然连这个时间差的过程都想到了。”毛利侦探冷笑，“你那个10分钟死亡的推断太可笑了，我也是从那时才开始怀疑你的。”
成实笑着从柯南和千钧身边走过时，低声说：“谢谢你啊，小侦探。也谢谢你啊，千钧，平成年代的华森，不过我还是喜欢你叫我成实小姐，或者成实姐姐我也不介意。”千钧苦笑着原来他早就知道了自己那个称号，那天的信息是他故意透漏给自己知道的。成实过去低声跟几个女孩交谈，几个女孩很快恢复过来，一会儿就照样都喊他成实姐姐，他脸上露出迷人的微笑，仿佛女神展开容颜一般。很多人看得都是一头汗，清水正人也是哭笑不得，他也在偷偷打着成实小姐的主意，还好没闹出笑话。
这时候，毛利小五郎从梦中醒来，大家都全力鼓掌祝贺毛利侦探成功破坏了这起如此错综复杂又如同迷雾一般纠缠了整整12年的恩怨情仇大案。小五郎有点恍惚，千钧急忙过去低声把结果简单告诉他，还大声称赞，“大叔，你简直太棒了，就算是新一在这里也只有给你提鞋的份，这可是真正的名推理，不愧是沉睡的小五郎，不朽的名侦探！”
柯南在边上一脸黑线，千钧这家伙在故意报复自己啊。小五郎听完后非常兴奋，哈哈大笑，笑得舌头都吐出来了，“这种案子我三下五除二就解决了，新一那个臭p小子根本不够看，以后平成年代就是小五郎的天下啦。”目暮警官好笑，这个家伙老毛病发作，又开始自吹自擂，不过这次还多亏了这家伙，过去大力拍着小五郎的肩头，“毛利老弟，太好了，案件终于解决了，真是太感谢了，以后还要拜托了。”
清水正人非常感激毛利侦探，是他给自己洗清了嫌疑，不然的话他多半要蹲在警局了，选举村长也肯定要泡汤。因此清水非常热情地邀请小五郎过去合影留念，然后请小五郎去喝酒庆祝，还说这是月影岛重大的历史时刻。山本巡查也不计较小五郎之前的言语冲突，请他到自己那里喝茶，并且照相留念，说是要留给自己的孙子。现在岛上的居民通过播音都知道了小五郎的完美推理，对他佩服的不得了，纷纷邀请大叔过去做客，愿意免费招待食宿美酒，这次没有人再说什么飞行员了，全改成了伟大的名侦探。
大叔自然乐不思蜀，小兰尴尬万分，觉得丢人死了，在第二天一大早，就强行把宿醉的大叔弄醒，跟着千钧他们一起坐船赶往东京。小五郎睡眼朦胧地不停抱怨，还有好多家愿意招待自己，甚至有人暗示有提供特殊服务的女性，这下子全被小兰搅黄了。
成实医生也因为这件案子辞去了月影岛的工作，跟千钧他们一起回东京，刚巧藤野先生的家庭医生因为家里有事情辞去工作回家乡去了，还留下藤野先生资助他开的康闪诊所。千钧就代表藤野先生正式聘请浅井成实担任康闪诊所的主治医生，并且成为藤野树人的家庭医生，成实理顺飘飞的头发，重新扎好马尾辩，笑着答应了千钧的邀请。晓月也笑着说以后看病就方便多了，成实的医术和细心体贴她们都已经感受到了。
尾声，村泽周一伤愈后正式担任了月影岛的钢琴师，成为继麻生圭二后又一位著名音乐家。清水正人被大家一致推举为村长，毛利小五郎被大家尊为月影岛最受欢迎的名侦探，清水村长还专门请人做了小五郎沉睡推理的雕塑放在公民馆以示纪念，以后来这里旅游的人都会先到这里瞻仰小五郎的雕像。而平田和明因长期贩毒、谋杀西本健、重伤村泽周一被法庭判处15年徒刑，龟山、川岛、黑岩、西本四人先后死亡，就不在追究罪行。
至于，浅井成实在这个重视证据以及完美犯罪和推理的世界，自然是什么事情都没有，不过目暮警官还是以警方的身份，因他故意隐瞒实情、扭曲尸体的死亡时间、干扰调查等名目给以严重警告，他那些打算谋杀的行动最后只是镜花水月，目暮警官抱着同情心，全都装作不知道。考虑到成实的**，目暮警官在对媒体公布案件结果时只提到了成实是邀请毛利侦探前往月影岛调查父亲死因的，对其他事情都给以了保密。毛利小五郎因协助警方破坏月光奏鸣曲连环杀人案，被警视厅授予a级奖励，从此名声大振。