时间依然在向前流动，千钧的生活依然在继续，离去的吉野绫花依然没有任何讯息，神秘的广田雅美仍然不知所踪。美艳动人的花井亚希子对千钧的态度时冷时热若即若离，还经常鼓动武居直子和千钧分手，让千钧气愤不已。武居直子的父亲武居胜彦照旧在进行高利贷和收购工作，葛朗台的名声这辈子是摆月兑不了了。千钧与静杨、直子、小雅依然保持着同居的关系，有时会跟由美有一番亲热，由美依然热衷偷偷模模的关系，但实际上有些事情大家都心里有数了。
千钧的修行依然在照常进行，时常前往国立天文台夜观星象，静杨戏称颇有些诸葛亮的风采。浅井成实和藤森香保留在大家不知不觉中已然是令人羡慕的情侣，经常看到她们如胶似漆地黏在一起，不知情的人误以为2位美女是百合，大为惋惜。一次闲聊时，藤森红着脸说等她研究生毕业，她们两个就结婚。成实非常大方地承认，结婚的事情他已经准备的差不多了，养父母那里都打好招呼了，唯一让他头疼的是怎么面对藤森的父母。千钧苦笑，藤森一时半会儿是绝对毕不了业的，如同柯南长不大的道理是一样的。
神怡道场中，新庄武平在指点千钧的剑道，静杨、直子、小雅三女都在一旁观摩，有时还要按照新庄的吩咐上前与千钧对练。当千钧的竹剑再次被新庄大师击落时，已经到了中午时分。新庄大师对今天的切磋进行了点评总结，勉力大家继续认真修行，不可懈怠。新庄剑仁与新庄彩依夫妇已经准备好午饭，请大家一起过去。吃饭时，彩依拐弯抹角地提出想去横野家拜访，千钧没想太多，一口就答应下来。剑仁不知道妻子怎么突然有这样的想法了，其实这些年两家来往虽然不算十分亲密，但也非常友好。
某日，千钧回到家，母亲代子正在与父亲正一商量某些事情，无意中提到了新庄家今天的来意。彩依希望千钧和静杨的关系正式确定下来，让小雅从里面摆月兑出来，新庄剑仁觉得谈这个问题有些草率了，但终究没有拗过妻子。代子虽然理解彩依的心情，但还是婉转地拒绝了彩依的提议，因为几个孩子都还上高中，现在就谈论这个问题太早了，至少要等到他们大学毕业才好。横野正一的意见很简单，年轻人的事情让他们自己处理，父母不应该干涉儿女的感情，一切顺其自然。显然，正一想起自己与代子当年费尽周折才在一起的事情。用晓月的话说，如果没有爷爷和外公阻挠，她应该早就出生了，现在说不定都上大学了，千钧还要管她叫姐姐呢。
父母对自己的理解和支持，让千钧非常感动，多年来他第一感觉到来自双方家长的巨大压力。静杨和小雅要经常面对师母诘责，想想就让人头疼，不知道她们是怎么面对这么沉重的压力的。为了弥补自己这个男朋友对她们的愧疚，千钧带了礼物直接上新庄家拜访师母，婉转表达了自己很珍惜静杨和小雅的感情，尽管新庄彩依非常生气，而新庄剑仁却感慨千钧颇有些厚脸皮的气魄。离开后，千钧就约了静杨、直子、小雅一起前往藤笠公司参观，将她们介绍给自己的公司员工，也算变相表明了自己的决心和态度，他有能力保护她们，也有能力给她们幸福。看着千钧领着3个女孩在谈笑中游览整个公司，藤野树人露出笑容，千钧终于长大了，他已经学会用独特的方法来表达自己的意愿。
在公司众人羡慕的眼光中，四人向藤野先生告辞，离开藤笠公司，藤野笑着叮嘱千钧，要尽快找到一个可靠的人来协助他，现在公司的情况越来越好，规模还在扩张，藤野先生有些吃不消了。千钧苦笑着答应了，他原本计划中的人选是聪明能干的吉野绫花，谁知道人算不如天算。
离开公司后，大家都非常开心，阳光异常灿烂，仿佛最近几天头上上阴云都消失不见了。静杨大声提议去看一场电影进行庆祝，几个人都笑着同意了。千钧想看《侏罗纪公园2》，那是根据柯南道尔的《失落世界》改编的电影。但静杨她们3个坚持看闻名遐迩的爱情灾难片《泰坦尼克号》，这2部电影都是1997年的超级大片，千钧爽快地同意了女友们的意见，去看《泰坦尼克号》，听听传说中的“我心永恒”。
然而，从电影结束后，3个女孩都泪流满面，千钧苦笑道，“我早说是这样结果，你们非要看到最后的结局……”静杨娇嗔不依，“你是冷血动物吗？怎么一点感觉都没有？”千钧摇头，“谁说的，我也觉得挺伤感的，可是也不用这么夸张吧，都是骗人的……我记住了一句话，女人的心是一片秘密的深洋。”直子掐他一下，“死样！那个海洋之心可真漂亮，听说是什么蓝钻做出的，据说价值连城！”千钧哼了一声，“绝没有我送你们的晶石珍贵……”
三女都嘘他，千钧嘟囔，“说实话的时候，你们反而总不相信！”直子转移话题，“对了，你跟着工藤新一在外面办案时小心点，不要总逞能。万一你那个，我们三个可怎么办？”千钧见她情绪低落，故意调节气氛，“那不是正好，你和静杨不是百合吗？哈哈……别打我头啊！”笑闹了几句，千钧安慰道，“放心吧，我可是有比猫还多一条命，这么些年我一直隐忍不发，保存实力，不就是打算扮猪吃老虎嘛，呵呵，跟我作对的家伙一定会死得很惨的……”
静杨哼了一声，“你也太阴险了吧！不过，你到底隐藏了些什么实力？”直子好笑，“一定是的实力，整天盯着花井姐姐，恨不得一口把人吃下去，也不怕噎死！”千钧辩解，“之心人皆有之嘛，我也就是想想而已！”小雅觉得话题扯得太远了，“下次我们来看侏罗纪公园吧，那些大家伙可都是千钧的同类啊……呵呵，为什么……都是皮糙肉厚力气大又很凶猛……不要乱模啊！”
四人在笑闹中，离开电影院。等回到温暖的千钧宅，黑闪从院子里跑过来，在静杨她们之间蹭来蹭去，千钧忍不住叹息，“连黑闪都会看脸色行事了，重色轻主的家伙，我这个正牌子主人彻底报废了。”静杨她们全都笑他又在胡扯，不过黑闪的确很惹人喜欢。晚上休息时，四人又在一起荒唐了整个晚上，直到第二天中午3个女孩才慵懒地从床上下来，都梳洗完后，千钧已经为她们准备好午饭了，他只会这些简单的料理，不过，大家吃得都很开心。生活依然很艰难，没有人知道明天会发生什么，但大家都有信心，每个人的人生都应该很精彩。
某日夜晚，千钧开车送毛利三人组前往黑川宅，因为大叔喝了点酒，小兰担心出事。小五郎前去向黑川大造报告调查不明人物的情况，凑巧的是浅井成实因为一些医学上的来往，也一起赶到这里。然而，黑川大造已经倒在地上死亡。目暮警官带队赶到现场，进行初步调查。黑川大造是黑川医院的院长，今年62岁，典型的重量级日本男子。根据现场情况，目暮警官做出初步判断，当黑川大造一边喝酒一边用着文书处理机时，不知被什么人从背后用重物攻击头部死亡，凶器是掉落在身旁的铜像。目暮警官不明白，黑川大造在屏幕上留下的jun是什么意思。
同在家里的有黑川大造的后妻黑川三奈，今年32岁，典型的老夫少妻，非常妖艳多姿。长子黑川大介，是内科医生，今年36岁，个子很高，相貌普通。美丽温柔的女佣中泽真那美，今年只有27岁。千钧见到真那美后，非常热情，想要挖墙角到到自己那里去，中泽笑着说等合同期满会考虑一下的。
毛利侦探发出冷笑，“那一定是在指凶手，凶手必定是他们三个中的一个。”柯南好笑，毛利叔叔难得说中了。千钧反对，“毛利大叔，中泽小姐肯定不会是凶手了，那么漂亮能干，怎么也不像凶手的……”中泽很是感激，大家都黑着脸装作没听见，成实却隐隐感觉到中泽有些不大对劲。目暮警官大喜，连忙询问凶手是谁？小五郎认为凶手是黑川三奈，理由很简单，jun代表六月，而六月常常缺水，又被称为水无月，所以指的就是三奈，而且三奈的生日就是六月。千钧没听明白，但好像是说平假名对应的关系，水无月与三奈有些相似发音。
黑川三奈大怒，“就算我是六月出生的，什么水无月就是三奈啊！你想用这种无聊的笑话指认我是凶手吗？”成实也觉得这个推理太勉强了，毛利只好说只是理论上的推理了。目暮警官也疑惑，“一个快要死的人，还有余力做这种麻烦的事情吗？要是我的话就直接写下凶手的名字。”小五郎泄气，“怎么连警部也这么说啊！”千钧皱眉，“也许黑川先生担心留言被凶手发现才刻意用暗语的。”柯南点头，千钧这个观点还算靠谱，毛利叔叔的推理能力也大概到此了。黑川太太还在指责，“无赖无辜的人是凶手，难道就是名侦探的工作吗？”
随后沉睡的小五郎出现了，千钧急忙将毛利扶到椅子上坐好，目暮警官大喜，“我等的就是这一刻，终于出现了！”柯南接过毛利的话语权，指出黑川太太不是凶手，那只是个玩笑。黑川大造沾着血的手指只有右手的小指，但键盘左边也沾了血。因为黑川被人从后面袭击时，忍不住用右手按住后脑，然后回头时，再次被凶手重击，黑川倒地时小指碰到了键盘的左侧。也就是说键盘左边是日英文转换键，并非黑川刻意按下的，而是倒地时不小心压倒的。
凶手离开后，黑川大造拼着最后的一口气，按下3个键，其实他想表达的是是日语平假名的按键。jun三个英文键在日本键盘里面对应的是真奈美，凶手就是中泽真那美。千钧大吃一惊，“不可能吧，她一个娇滴滴的女人能用重物杀死黑川这个强人吗？”真那美笑道，“你又在开玩笑吧，侦探先生？”毛利侦探叹息，“我有证据的。你在行凶时把拖鞋月兑掉了吧……”中泽脸色大变，小五郎指出，穿着拖鞋走在地板上会发出声音的，就没有办法从后面偷偷接近黑川先生了。“可是，你没注意到，你的脚踩到了地板上的血，这一点从证物那里可以看到不自然的血迹形状留在地板上。千钧进来时，存心占你便宜，偷偷从后面模你时，隐隐看到你袜子上有红色印记。其实，那根本不是千钧所说，你在美脚上有特殊癖好，而是残留在白袜子上的血迹。”
中泽大吃一惊，将脚从拖鞋中伸出来一看，果然在脚掌上有红色血印，大家都注意到了。而在做笔录时，真那美说自己从未接触过尸体。目暮警官上前要求化验上面的血迹，中泽真那美见事已至此，索性承认了自己的罪行。1年前，黑川大造酒后手术导致了她丈夫的死亡，因此她改变了发型和名字，来黑川宅做女佣伺机替丈夫报仇。黑川大介也想起来，父亲当年醉酒后替一个心脏病人做的手术，结果那个病人手术失败死亡。成实问中泽，为何不通过正常渠道起诉黑川大造？中泽说她曾经起诉过，找医院的相关人员来作证，但没有人愿意帮她，因为大家都害怕黑川。
千钧头疼，“傻女人，你干嘛非要选在今天动手呢？你明明知道毛利叔叔这个名侦探晚上要过来的。”中泽真那美眼里都是泪水，“今天是我夫君的祭日。我一点都不后悔，我已经替他报仇雪恨了。”说完发出凄凉的笑声，目暮警官上前将其拷上。柯南叹气，我又一次替叔叔立大功了。毛利小五郎醒来后，在千钧的提示下也知道了自己的精彩推理，大言不惭地吹嘘起来。
大家来到院子里，中泽请求到后面仓库拿亡夫的遗物。目暮警官见她可怜，就点头答应了。真那美离开后，进入仓库后，门就关上了。等了一会儿，里面就开始冒烟，大家都大骇，成实跺足，“她这是要自杀，和亡夫的遗物一起毁灭！她对人世再无留恋了。”大家都冲过去灭火，黑川母子去找灭火器，柯南暗怒，“可恶，侦探如果把凶手逼上绝路，跟杀人凶手又有什么区别了……”千钧怒吼着撞开仓库大门闯入火场，小兰等人发出惊叫，稍后，千钧裹着火焰抱着中泽真那美滚了出来。小五郎、成实、目暮等警官匆忙上前帮助二人扑灭身上的大火。
经过成实和黑川大介检查后，确认二人都没有什么危险。千钧的衣服被烧毁了，真那美身上有轻微的灼伤，现在陷入昏迷，应该是吸入了烟尘。目暮警官命令手下将中泽送入医院急救，经过紧急抢救后也月兑离了生命危险。成实进去探望后，确认她的精神状态没有问题后，就从里面出来。
从医院回去的路上，柯南低声责怪千钧太乱来了，千钧不以为然，“我不希望你这个平次年代的福尔摩斯有任何心理负担，而且中泽小姐也的确太可怜了。”柯南默然，心里有些感动，如果这次中泽死在火场中，只怕自己永远也不会原谅自己。小兰还在替中泽担心，“她以后的日子可怎么过啊，不知道会不会……”浅井成实安慰小兰，“放心吧，我已经跟她说过了，她现在的这条命是另外一个人冒着生命危险救过来的，她欠那人一条命。有了这个感恩的信念和理由，她会好好活下去的。”
千钧大喜，“成实姐姐，真那美有没有提到出狱后要以身相许？我可是缺个美貌女佣啊！想一想就激动万分……”柯南擦汗，这家伙脑子里想什么呢！成实笑道，“哦，也许吧，不过，她以为救她的人是我啊。等她出狱后，我和香保留也该有孩子了，就让她帮我们带孩子吧，相信她很愿意的……”小兰无语了，考虑的还真远啊。千钧跳脚，“喂喂，成实姐姐，你不会这么狠吧？舍命救人的是我啊，我还搭上一件衣服，你这是贪天之功……”看着二人吵闹，小兰开始为真那美出狱的不幸生活担心起来。柯南感叹，生活还真是美好啊！
尾声，中泽真那美为丈夫报仇杀死黑川大造，被法庭判处4年徒刑。毛利小五郎因破获血字键盘杀人事件，警视厅给以b级奖励。媒体上对这件事情大肆报道，大家一起对酒后驾车、醉后行医的不正当行为进行强烈谴责。小兰建议老爸好好看看上面所说的事情，小五郎不屑，“本名侦探酒后睡着，才能顺利解决疑难案件，没有酒怎么行啊！哈哈，这就是天才跟普通人的差别……”小兰气得七窍生烟，柯南汗，“你直接醉死算了，你这个名侦探不过是酒鬼侦探而已！”