柯南在箱子里翻找，手指被刀子不小心划伤了，流出鲜血，“凶手真的是他啊！绝对错不了！这次找到证据了。”柯南拉住博士，开始商量唱双簧的细节，并叮嘱他千万不要在中途打岔，千钧以前可没少让柯南头疼，博士满口答应。三上大辅向目暮警官请示，要先送松井去医院，目暮点头答应了，“今天是没什么进展了，改天再找你们问案吧。”博士突然大喊，“等一下！”
大家回过头，惊讶地看着阿笠。博士露出郑重的表情，“哼哼，还不能让大家回去。我注意到了，凶手就在你们当中！”大家都惊叫起来，“什么？”柯南有些头疼，最后那2句是博士自己发挥的，“喂喂，你只要配合我的话，动动嘴就可以了。”博士回头嘿嘿一笑，“没关系啦，偶尔也让我发挥一下了！”柯南气恼，“可恶，刚才可不是这么说的！”目暮警官咳嗽一声，“阿笠博士？你应该知道孩子们去追穿着道具服的凶手，但在楼顶凶手却消失不见了，只有道具服落地起火。如果你知道凶手是谁，就先解释一下这个谜团吧！”
博士开始自己推理，“这大概是所谓的特写吧！立体电影中不是常用的吗？凶手一定是用影像……”博士回头低声道，“对不对啊，新一？”柯南无语了，这家伙纯粹在胡诌。千钧苦笑，“拜托，博士，孩子们不至于连影像和真人也分不清啊，还有一路上的油漆脚印，总不是假的吧！”友美也生气，“是啊，我明明在走廊撞到了凶手，亲眼看到他逃走的。”安达冲着博士大喝，“你可别胡言乱语啊！”博士彻底哑火，“啊，不……刚才说的不算，不算！其实是……”
柯南苦笑，博士也就到这种程度了，接过话题，“是诡计！而且是相当简单的计谋，只是警察跟我们都没有立即看出来。”柯南用博士的声音推理，仔细想想，侦探团和坂口友美只是在拐角处看到了凶手，但凶手有没有上楼梯，大家都没有亲眼看到。目暮警官质疑，“可是，楼梯上的脚印一直延伸到楼顶。”博士一愣，“的确……”柯南从后面踹他一脚，“喂，配合我的声音！”博士急忙答应。
其实，那些脚印是凶手事先弄上去的，为了伪装成爬楼梯到楼顶。目暮警官大笑，“白痴啊，如果那些脚印一开始就在走廊上，任何人都会发现的。”博士摇头，“如果事先涂的只有楼梯那段呢？”千钧赞成，“如果很少人到楼顶，大家应该很少注意那里的楼梯，这一点并不奇怪。”
博士（柯南）继续推理，凶手可能用哥梅拉的脚，事先弄出脚印，证据就是走廊上有尾巴印，楼梯上却没有，凶手可能没有注意到这一点。换句话说，凶手逃到拐角处一离开侦探团的视线，就立刻在楼梯下方月兑掉道具服，带着道具服走到顶楼下的那个房间，然后将道具服点火，从窗户向外丢下去。如此一来，尾随脚印而来的侦探团，自然觉得凶手逃到了楼顶。可是到楼顶后却看不到任何人，只看到掉落在地面的哥梅拉道具服，于是这件奇案就这样形成了。
博士大叫，“原来如此！”千钧也明白了，目暮警官奇怪地看着博士，博士满头大汗，“没有了，哈哈……”友美提出反对意见，“可是油漆桶不是凑巧摆在那里的吗？又是凶手不小心撞翻的吗？凶手又不知道放什么颜色的，怎么事先弄上脚印？对吧，安达？”安达这次明白了，“没错，那是我在案发前凑巧放在那里的，连我自己都差点忘了。”目暮警官皱眉，“怎么回事？怎么不合逻辑？”
博士彻底傻眼了，碰了碰柯南，柯南好笑，继续用博士声音，“当然不合理了，因为安达先生和友美小姐是为了包庇凶手说了谎话。”大家都吃惊起来，博士解释，“小朋友们碰到布景都被安达先生骂了，他怎么可能在正式开拍前把油漆桶忘在那里呢？那是凶手行凶时带在身边的，以便弄出脚印。”目暮警官一愣，“那他们知道凶手是谁了？”“应该是这样，安达先生只是在友美小姐示意下附和而已，不过，友美小姐应该知道凶手是谁。可能是在走廊里撞到凶手，看到了拉链里面的背影，知道了凶手是谁。”
博士解释，事后友美到摄影棚看到了龟井的尸体，知道发生了什么事，就隐瞒了真相。“对不对，友美小姐？”友美说不出话来。目暮警官询问，“凶手到底是谁？”“案发当时所有工作人员都和我在试映室看m片，换言之，凶手就在当时不在试映室的三上、安达、友美、松井之中。安达先生只离开5分钟，是不可能行凶的。跟孩子们一起看到凶手的友美小姐也是清白的。剩下的只有三上导演和松井先生。”
博士突然回头嚷嚷，“喂，松井受了那么重的伤，三上是我的好朋友，他们都不可能是凶手！”柯南叫苦，“这个笨蛋！”大家都疑惑看着博士，博士急忙打哈哈。柯南拿着变声器，“所以非常出乎意料之外，凶手就是……”这时，步美和文乃发现柯南躲在阿笠博士身后，“喂，你在干嘛啊，柯南？”柯南大急，挥手，“别碍事，到那边去！嘘！嘘！”博士大汗，目暮头上都是问号。博士一看不好，急忙自由发挥，“没事了，苍蝇有点吵，哈哈……”
目暮警官快没有耐心了，“凶手到底是谁？”柯南偏偏被文乃拉住了，“我们一起到那边吧，别打扰博士破案。”博士不停地擦汗，千钧只好解围，“警部，你还记得《尼罗河上的惨案》吗？”目暮警官点头，他当然看过这部电影，也读过这部小说，“等一下，难道你是说？不可能吧……”
尼罗河上的惨案（英文：deathonthenile）是1978年出品的一部英国电影，是根据阿加莎·克里斯蒂在1937年出版的同名小说改编的，后来又连续翻拍。电影讲述了行进在尼罗河上的一起游艇上发生的三起杀人事件及比利时侦探赫尔克里·波洛对事件的调查，最终波洛将游客召集起来，揭示了三起案件的真相，凶手是个大家最意想不到的人，最后的结局是个悲剧。
柯南总算摆月兑了文乃的纠缠，“没错，凶手就是你，松井秀豪先生！”安达恼怒，“胡扯，虽然松井演了十年哥梅拉，但他伤成这样，还能逃跑吗？”三上也道，“对啊，阿笠，友美也说看到凶手跑得很快，但好像穿不惯哥梅拉服装的。对不对，友美？”友美却说不出话来，博士发音，“友美小姐应该看过《尼罗河上的惨案》吧！伤成这个样子，确实无法杀人或者逃走，可是先决条件是受伤是在案发之前。”目暮警官明白过来，“难道这伤，是他自己……”
松井秀豪照搬了尼罗河惨案的行凶手法，他在行凶后丢掉哥梅拉道具，回到仓库，以事先准备的另一把刀子刺的，这是为了避开警方的调查，以证明自己无法逃走而设的苦肉计。同样，案发前，侦探团看到松井受伤，只不过是松井的障眼法，道具拍摄现场并不缺乏假血。目暮警官还有一个疑问，“的确是模仿了尼罗河惨案，对了，孩子们看到他受伤后，不是奔摄影棚方向追哥梅拉了吗？松井要如何赶在孩子们前面呢？”
其实，从后面走廊的入口出去的话，马上就能到摄影棚了。侦探团离开后，松井马上从那里飞奔到摄影棚。然后在昏暗的摄影棚，当着侦探团的面杀死了事先约好碰面的龟井修。“之所以让孩子们看到，大概因为这个圈套需要追随脚印而来的目击者吧！”千钧点头，“原来如此，难怪他要选择脚程比大人慢很多的孩子们当目击者。”博士也道，“小孩子天生好奇，要他们别去他们更想去，所以扯上命案也就不奇怪了。”
松井放火烧毁哥梅拉服装是为了消除里面的痕迹，因为拿去化验就能知道最后一个穿的人是谁了。选在大家都在试映室的时间进行，是因为走廊上不会有其他人，当然也就不会连累到别人。不幸地是三上、坂口、安达也都因各自的原因，有了嫌疑。目暮警官询问证据，博士回答证据当然有，松井刺伤自己的那把刀就在放假刀的道具箱子里面，他只能放在那里，因为刺伤自己后，他已经动不了了。
“还有一个证据，就是松井穿的那件汗衫！”博士解释，凶手穿着哥梅拉服装拼命逃跑，汗衫应该早就湿透了。千钧奇怪，“汗衫有什么问题，没有汗水，我看很正常啊！”“因为他换过了，详细情景孩子们知道。”柯南从后面走出来，“步美，你还记得吗？在仓库里面把果汁泼到了松井叔叔身上，哎呀，就是在叔叔被刺伤之前。”步美立即想起来了，“对啊，我还向叔叔道歉了呢！”侦探团也都记起来了，柯南走过去，查看松井的汗衫，“奇怪啊，怎么没有果汁的痕迹？到底在哪里换的啊？叔叔不是腿上有伤，不能动吗？”松井哑口无言。
坂口友美走过来，拉住步美，“小妹妹，你是不是记错了？会不会当时泼在了地板上，而不是衣服上？”步美摇头，“不是啊，我真的……”友美急了，眼里都是泪水，“真的确定吗？你再仔细想想……拜托你了，小妹妹！”步美看着伤感的友美，说不出话来。松井突然开口了，“够了，友美。不要逼这个小女孩了，当时几个孩子都看见了。博士说的没错，我满身大汗，不得不换了衣服，换下来的汗衫就在袋子里。”目暮警官马上吩咐助手警官去寻找。
安达有些不明白，“你为什么要杀龟井？你下部片子不是有着落了吗？”松井苦笑，“下部片子？我根本想都没想过，我满脑子里只有哥梅拉的事情。”三上大辅奇怪，“你不是最想停拍哥梅拉的吗？”松井这次说出了真相，原来这一切都是龟井的谣言，因为龟井想说服大家停拍叫好不叫座的哥梅拉。当时，松井就觉得很奇怪，为什么大家都用悲哀的笑容鼓励自己，一直到2个星期前，松井才知道了谣言的真相。松井十分愤怒，就跑去找龟井理论。可龟井根本不予理睬，只告诉他，已经大肆宣传这是“哥梅拉的最后决战”了，所以来不及改变了，“哈哈，只要不到1年，大家就会忘记那个橡胶制成的怪物了！”
三上大辅叹气，“松井，你为什么不找我商量？”“我说不出口，看到大家为这最后一部努力的痛苦样子……不过，我不会后悔，只觉得很抱歉，没办法拍哥梅拉死掉这最后一幕戏了。还有一点，让我很过意不去，就是让孩子们目击到案件的发生。”目暮警官叹息，挥手示意，几名助手警官过来扶着松井离去，应该先去医院了。
千钧询问，“友美小姐，你真的在哥梅拉背后看到松井了吗？”友美摇头，“不，我什么都没看到，因为一晃眼就跑掉了。”千钧一愣，“那你怎么知道的？”友美有些伤感，“傻瓜，即使看不到里面，还是可以从动作看出来的。因为我们休戚与共已经十年了！他是我最好的伙伴啊！”千钧感慨万千，决定正式投资赞助大宝动画电影公司，阿笠博士也成为投资的股东之一，当然，第一件事情就是希望大家先把哥梅拉的这部戏拍摄完成，并要求公司招聘专门的宣传人才。
尾声，松井秀豪杀害龟井修，被法庭判处4年徒刑。阿笠博士因破获哥梅拉杀人事件，警视厅给以b级奖励。这让阿笠博士得意了好久，“天才博士也是天才侦探，哈哈……”柯南苦笑，“还是那么爱现，早知道就不让他出风头了。”大宝公司的改组在千钧的催促下也很快完成了，《哥梅拉的最后决战》电影的宣传也非常到位。2个月后，哥梅拉顺利上映。
小兰带着少年侦探团5人组，搭乘博士的甲壳虫前往电影院观看。千钧、静杨、直子、小雅、由美、花井也一起观看了首映式。电影院里座无虚席，几乎都是大人带着孩子们来观赏这部影片的。未拍摄完的最后一幕，由于时间太紧，找不到合适的演员，千钧亲自出马来扮演哥梅拉，不过，哥梅拉最后死掉的那幕剧情被改变了，因而没有出现。因为哥梅拉永远活在银幕上，惊心动魄的影像与感人的故事情节，让观众屏息，激动不已。整个电影院里都回荡着哥梅拉最后的嘶吼声，却让人觉得无比的凄凉。
《哥梅拉的最后决战》获得极大成功，票房收入高居榜首，让大家激动不已，博士投资成功，高兴万分。三上大辅更是泪流满面，同样，工作人员还是头一次拿到这么多的电影奖金。坂口友美十分感激千钧，更多的是佩服，不仅仅是投资，更主要的是最后那幕哥梅拉的成功表演，很多常人无法做到的特技动作，在千钧那里如同小儿科一样。正如静杨她们所言，千钧本来就是一个怪物，出演怪兽再合适不过了，以后可以考虑做这种怪兽工作。由美却含着醋味警告他，不要打友美的主意。千钧郁闷不已，“原来在你们眼里，我跟友美小姐的搭档配合，就是典型的美女与怪兽啊！”几个女孩都娇笑起来，花井再也忍不住，将嘴里的饮料喷了千钧一身……