曾经侵入各大企业电脑里扰乱资料的电脑病毒，没人能找到它，也没有办法阻止的完美程序，因为太神出鬼没了，大家就呼之为“暗夜公爵”，“熟识电脑的人都知道！”柯南有点明白了，怪不得博士这么上心，那个主办者会扮演暗夜公爵，那他所说的磁盘程序应该就是博士所说的“虚幻”病毒，也许根本就是“暗夜公爵”。金城忽然感慨起来，“听见这个名字我就想起4年前去世的儿子……”这时，林静江回来了，柯南急忙告辞离开。金城的脸色突然变了，“小心啊，静江，这个小孩不简单！”林静江点头，“我知道了，老爷。”
柯南找到了今野史郎，他在用手机接电话，柯南接近偷听，今野冷笑，“果然不出所料，那个江原时男就是个盗取程序的黑客。”柯南忍不住问，“然后呢？”今野一愣，惊讶地看着柯南，柯南也才明白过来，手碰到了电脑，急忙打哈哈。今野大怒，给了柯南一记重击，“不要碰我的里美！”柯南不好意思道歉，原来里美是今野去世母亲的名字，现在是那台笔记本电脑的名字。“里美，没事吧？那就好，呼呼……”柯南汗，“这家伙是个变t，居然把去世母亲的名字用在那台电脑上。”
柯南走回来发现江原不见了，就询问旁边的美女服务员乙，“旁边那个男子去哪里了？”显然，服务员乙也被江原骚扰了，“那个啊，他说有事情先回房间了。咦，小朋友，你认识他吗？”女服务员将江原头上的布条交给柯南，“这是他留下的，你还给他吧，我可不想去的房间！”柯南只好接过来，暗道等会让千钧去还给那个家伙好了。小兰突然从身后出现，将柯南抓起来，“你又到处乱跑了！”小兰牵着柯南向回走，柯南疑惑，“其他人呢？”小兰没好气地说，“爸爸、前田、明子都回房间了，只剩下我们和千钧他们了。”
千钧和柯南会合后，大家一起乘电梯回到楼上。大家先到18层，去千钧他们的房间转了一圈，小兰觉得跟老爸和柯南挤在一起不方便，由美就让小兰下来跟自己作伴，小兰大喜，一口答应了。小兰、柯南、千钧一起来到1902号房间，屋里没有人，显然毛利小五郎没有回来。大家听到隔壁房间传来前田聪的哀求声，“明子，让我进去吧！”“不让，花心！”前田也生气了，“喂喂，你喝醉了吧！”显然小两口还在为餐厅的事情生气，明子的醋劲到现在还没退。
大家一起走过来，询问状况。前田聪不好意思地说，“她说我一直盯着上条小姐，还偷看那些美貌的侍应生……”明子在门后嚷嚷，“是事实嘛！”前田决定让明子冷静一下，就热情邀请小兰去楼上咖啡厅。柯南大惊失色，小兰却跃跃欲试，但有点担心明子的态度，前田也生气了，“哼，不用理她，每次都耍小性。来，我们一起走吧！”小兰红着脸被前田聪拉走了，柯南气得跳脚，责怪千钧不帮忙阻拦。千钧好笑，“小兰只是崇拜前田聪而已，你别想太多了。”柯南气呼呼地追了过去。千钧笑着摇头，转而去楼下邀请花井她们一起去咖啡厅。
咖啡厅正对着瞭望台非常漂亮，像千钧他们这样6个人一起过来喝咖啡的，还是比较少见。千钧特意选了一个角落，距离小兰和前田不远也不近，刚好能看清楚。前田聪称赞小兰比星空还美丽，小兰很是高兴，柯南突然挤到2人中间，用力推开前田。从这里看外面的大海，海洋逐渐变成黑色，样子还是很可怕的。
柯南夹在前田和小兰中间肆意捣乱，花井在远处看得清楚，忍不住笑道，“原来柯南是去做护花使者了，千钧，你不该让个孩子掺和这种事情！”静杨哼了一声，眼光不善地看着千钧，“你是来监视小兰的吧！”小雅却明白，“你是替工藤新一看着小兰吧！”直子冷笑，“你为这个好朋友还真尽心尽力啊！是不是有点热心过头了？”由美也道，“不知道的人还以为你在暗恋小兰呢！”千钧头疼，“这都什么乱七八糟的，其实，我只是好奇而已，真的……”众人一起嘘他，认定千钧回去肯定要给新一打小报告。
小兰问前田聪怎么认识明子的，前田聪笑着说他们从小就认识，前田与明子的哥哥佐山是最要好的朋友，但佐山3年前去世了。柯南恶意地猜想，这家伙一定是趁着这个机会获得了明子的芳心，骗女孩子的本事跟大叔他们这些是一样的。小兰突然问前田有没有看到老爸，前田笑着说，“他跟那位超级大美女在一起，就是2102号房的上条小姐。”小兰的脸色有些不好看，柯南暗笑，这才像大叔的作风。
公主酒店二楼酒吧，小五郎和上条秀子在一起畅饮，小五郎的眼睛死死盯着秀子的前胸，口水都快流到酒杯里了。上条倒是见怪不怪了，男人垂涎自己的美色那才正常，自己的前夫也是这副德性。小五郎这才知道，上条已经结婚了，但在3年前离婚。小五郎感慨，“竟然跟这么漂亮的女人离婚！”却全然没想到自己的妻子妃英理容貌身材能力，都丝毫不比上条差，可夫妻二人还是分居了。
上条秀子见小五郎彻底被自己迷住了，觉得火候也差不多了，就将大叔作怪的手抓住放到台面上，“不要讲这些了，快点告诉我吧，暗夜公爵到底是谁？”小五郎还有些清醒，“不可以啊，这可关系到我的住宿费。”上条秀子向前凑了凑，整个身体都挤到了毛利身上，毛利起了本能的反应，“哇，她的胸部好棒啊！”上条妩媚地一笑，“好了，名侦探先生，快点告诉我了！”趁着毛利色与魂销上下起手之际，上条悄悄将一颗药扔到了毛利的酒杯中。
秀子责怪毛利太认真了，毛利露出y荡的笑容，“今晚一定很开心，很难忘！”上条秀子也露出美人计得逞的笑容，“这些男人都一样！”咖啡厅，咖啡喝得差不多了，前田聪和小兰、柯南起身离开，前田估计明子的气也消了，“再留在小兰小姐身边，会被骂的。”说完，前田模了模柯南的头，“是不是啊，小小的护花使者！你是不是还打算把其他朋友叫来帮忙……”原来前田已经看到千钧他们那伙人就在不远处，也正准备动身离开，柯南红着脸说不出话来。
前田向门口走去，小兰笑着跟静杨她们打招呼，“你们这么多人一起喝咖啡，还真是让人羡慕啊！”几个女子七嘴八舌打趣起来，柯南跑向前田聪，“前田先生，病毒是什么？”前田一愣，“哦，病毒？你说的感冒那些吗？”柯南苦笑，这家伙是个电脑盲，“没什么了！”前田虽然疑惑，还是转身离开了。
千钧问柯南刚才说了些什么，柯南简单把情况说了一遍，“完美无缺的电脑病毒‘暗夜男爵’，可以利用它恐吓银行、大企业获得巨额利润，一定有很多人想得到它。”千钧摇头，“哪有那么容易，有病毒就有防毒的办法，一开始可能奏效，时间稍微一长其他程序员就能找到防止病毒的办法了。”柯南更疑惑了，“但是，为什么主办人找来这么多人，他到底想做什么？只不过是场游戏，还是……”
在旅馆外面的游客、窗户附近的客人、室外餐厅的人员都看到一个戴着面具打扮如同暗夜公爵的人上演了一幕精彩地自由落体运动。暗夜公爵非常不幸，飞落到旅馆一侧的银色武士雕塑上面，武士手中的利刃穿透了暗夜公爵的身体，鲜血飞溅，血花四溢，周围的人无不惊叫，暗夜下的公爵，死亡的身影令人毛骨悚然。
伊豆公主酒店瞭望台，大家依然在欣赏夜景，小兰见天色不早，“柯南，我们先回房吧！”柯南点头，小兰笑道，“不知道爸爸去哪里，不等他了，我这就带行李到宫本警官的房间去，你留下等爸爸吧！”柯南吐槽，我就知道这样，谁愿意跟酒鬼大叔同室休息啊！大家听到很多人议论纷纷，“听说了吗？有人跳楼了！”“是啊，还插在楼下室外餐厅的铜像上！”“好惨啊，好恐怖的！”“现在警察和一大帮人都在下面呢！”“是谁掉下去了？”“不知道，好像那人戴了面具。”
柯南和千钧立即向楼下奔去，由美叹气，“看来，我们也得过去看看了。”花井摇头，“柯南这孩子，怎么这么喜欢往案件发生的地方凑呢！”小兰多少有些不好意思，貌似自己身边的人，老爸、男友、柯南都是这个样子。室外餐厅，警察们正在拉起封锁线，让群众退后。千钧在远处也看清了，掉落下来的真是暗夜公爵，但不知道是谁假扮的。
柯南趁着千钧跟身边的警察甲交涉的功夫，低身钻了进去，想要接近观察。小兰在外面大喊，几个女子都无语了，柯南也太喜欢侦探游戏了吧！突然，为首的警官将柯南抓起来，“小朋友，这里不是你玩的地方！咦，你不是毛利侦探身边的那个小鬼吗？”千钧也说服了警察甲，进来一看，原来是横沟参悟警官，脸长长，头发拳拳，眉毛粗粗，眼睛大大，珊瑚头。
宫本由美也进来了，“你不是琦玉县的横沟警官吗？”横沟大喜，“宫本小姐，你也来了啊！好久不见，你越来越漂亮了，呵呵！我是上个月刚转到静冈县警署的。”二人说话的时候，横沟也看见还站在封锁线外的小兰、静杨、小雅、直子4人，上次在琦玉县见过，但还有一个美女他不认识。横沟笑着走过去依次跟大家打招呼，“这位大美女，我是第一次见，让我猜猜看，她一定是毛利夫人，对不对？真的好年轻，好漂亮，丝毫看不出已经有小兰这么大的女儿了……”
几个女子全都笑得前仰后合，小兰多少有些尴尬，“不是了，这位是花井亚希子小姐，是直子的姐姐，这次跟大家一起来伊豆旅游的。”花井笑着上前跟横沟握手，横沟有些不好意思，这个乌龙摆的太大了，不停地向花井道歉，花井表示自己并不介意。横沟称赞她年轻美丽，她还是很高兴的。横沟暗道，除了宫本警官，现在还有花井小姐，看来自己运气不错啊，屡次遇到大美女，至于小兰她们4个高中生直接被横沟忽视了。
由美问横沟，摔死的人是谁？横沟这才从美色遐想中清醒过来，自己这次来是查案的。回头发现，柯南和千钧已经在死者身边检查尸体了。柯南轻轻摘下死者的假面，当场惊呆了，死者竟然是那个江原时男。小兰等人也都看见了，全都惊叫起来。横沟大喜，急忙询问，小兰说了江原的情况，“他是我们这个推理旅行团的组员。”
千钧也确定了，江原的确是掉下来后才死的，不是被人杀害后抛尸的。柯南却发现江原的领带有些不对劲。横沟也从小兰那里得到了重要情报，“原来如此，主办者混在团队中，假扮暗夜公爵制造案件，谁找他出来，谁就可以免费住宿。这么说来，江原时男就是主办者了。”千钧也奇怪，“他怎么会从上面摔落下来？是自杀还是意外？柯南，你能确定推你下来的人是他吗？”柯南苦笑，“怎么可能呢，当时那个人也是这身装束，但我没法肯定是不是江原。”
横沟觉得事情没那么简单，索性省事一些，直接问小兰，“毛利侦探在哪里？”小兰苦笑，“我也不知道啊！”迷人的上条秀子走过来，“他在2楼酒吧里。”横沟看着x感迷人的上条，使劲咽了口水，这个女人简直是妖精啊！横沟回过神来，“我还是找毛利侦探商量一下吧！”小兰急忙跑去酒吧找老爸。上条看着惨死的江原，露出伤感的表情，还掉下几滴眼泪，但很快，她摇摇头，“这个混蛋，迟早有这么一天。”
千钧却看见了上条的拭泪的举动，多少有些奇怪。千钧带着柯南会合诸女一起来到酒吧，横沟警官向宫本由美和花井亚希子大献殷勤，刻意讨好的样子人人都看得出来。刚才的功夫，横沟已经证实了，宫本和花井都是单身，至于案子，他认为交给毛利侦探来解决更好。可是来到酒吧后，横沟傻眼了，毛利醉倒在酒桌上。小兰努力将其摇醒，小五郎嘴里还喊着“上条小姐，来吧！今晚我们来个**难忘的夜晚……”
小兰火大，觉得面子都被老爸丢光了，于是将老爸一顿胖揍，在剧痛的刺激下，小五郎终于清醒过来，“什么？江原打扮成暗夜公爵坠楼身亡了？”小兰松了一口气，“真是的！”横沟点头，“当时的时间是十点。”小五郎急忙穿好上衣，提议马上去查江原的房间2101。大家一起来到门外，横沟警官这才知道里面被锁上了，根本进不去。用备用钥匙打开门后，才发现不仅仅是这样，里面竟然用防盗锁反锁上了。横沟只好命令助手警官乙去取老虎钳等工具，打算剪断里面的钢锁。千钧笑着走过来，拿出七夕剑，顺着狭窄的门缝，将防盗锁轻轻削断。横沟大为赞叹，“好剑！”
毛利、横沟、千钧、柯南进来后，发现江原的衣服丢在地板上，连门锁钥匙都扔在旁边。小五郎认为这家伙今晚上喝得太多了。窗户是打开的，对着阳台。大家来到阳台，横沟推断江原是从这里掉下去的，位置刚好对着下面的雕像不远。千钧也在栏杆下发现了夹着的手套，小五郎由此认定，这是意外，“一定是想从这里跳到楼下阳台，吓唬其他组员。但是他酒喝太多了……真蠢啊！”
柯南却提出反对意见，“可这里是21层，他怎样下去呢？除非江原有千钧哥哥那样的身手，但显然不是，因为白天他被那群女人轻而易举地教训了一顿。”柯南在小本子上记录，“还有最重要的一点，他的钥匙留在房间，门又被反锁，就算他能从下面房间出来，又怎么回到自己房间呢？”小五郎大怒，这个小鬼又在现场指手划脚，上前给了柯南一记爆栗，“闭嘴！”柯南惨叫，头上起了大包，手中的钢笔也从阳台掉落下去。