根据之前已经确定的平假名，再补充其他的，加上推测，烛台下的暗号就是螺旋桨，指的是那架模型飞机。柯南又补充了部分信息，“看螺旋桨。”元太道，“飞机的暗号画在螺旋桨上面。”螺旋桨上的确画有暗号，光彦和元太合作，用刚才的方法，如法炮制，得出螺旋桨的暗号，“看油画。”柯南终于明白了，“原来这些暗号，全部是别墅的某一样东西，前面再加一个看字。就是说跟着这个提示，可以找到某样东西。是个用暗号才能找到的某样隐藏起来的东西。”千钧已经哈欠连连，“果然，破解暗号不是我的长项。”
侦探团大喜，“真的吗？”他们仿佛看到金山银海。元太大叫，“让我们把暗号解开，然后获得宝藏吧！”几个孩子一起举手欢呼。博士低声问道，“喂，这里真的藏有宝藏吗？”柯南嗯了一声，“虽然不知道是不是宝藏，不过这里一定隐藏着什么东西。”千钧走进里面房间，“我太困了，你们慢慢找吧，我去那张床上睡一觉，找到了谜底喊我一声就行。”柯南讥讽，“你真是的，这么有意义的挑战性活动，你却一点兴趣也没有。”千钧道，“啰嗦，我又不是你！”
柯南领着侦探团继续找暗号，步美解读了碟子的暗号，“看花瓶。”元太解读了法文字典的暗号，“看暖炉。”光彦解读了机关人偶的暗号，“看酒杯。”柯南在纸上画起来暗号与平假名音图表的对应关系，“到目前为止，知道的文字有17个，其他空白部分要用其他图案来推理。”文乃好奇，“你在写什么？”柯南递给大家看，“这是暗号的解读表。”步美接过来，“哇，好棒啊！”
柯南道，“这样看，就可以发现，太阳、星星、月亮这5个图案分别代表aiueo(あいうえお)各段，然后它们根据同一规则，横向变化。例如太阳和星星，它们周围尖尖的部分是按照顺时针顺序逐一减少，而月亮也按照顺时针方向缺角。至于图形右下角的黑点，只是图形不够用才加上去的。”阿笠大叫，“纳利霍德（原来如此）！”柯南在上面填充，“然后利用这个解读表，把所有暗号解读出来，就是这个样子！”
大家看过去，按照柯南画的顺序，碟子（看花瓶）——花瓶（看烛台）——烛台（看螺旋桨）——螺旋桨（看油画）——油画（看唱片）——唱片（看人偶）——人偶（看酒杯）——酒杯（看扑克牌）——扑克牌（看法文词典）——词典（看暖炉）——暖炉。文乃喜道，“柯南真棒！”孩子们大叫，“是暖炉！”元太道，“那宝藏就是藏在暖炉里面了！”大家跑到暖炉前面，元太向里望去，“什么也没有啊！”文乃看见了，“看，有暗号，刻在暖炉里面的地板上。”柯南急忙让步美把暗号解读表拿过来，步美拿过来递给柯南。
柯南按照解读表解出暗号后有些吃惊。元太问道，“喂，是什么意思啊？”光彦道，“快点说啊！”步美和文乃也连声催促，博士也好奇，“别卖关子了！”柯南慢慢道，“看碟子。”孩子们一起大叫起来，博士道，“碟子？是最初那个碟子吗？”元太道，“什么嘛，这样不就又回到原点了吗？”光彦道，“我们被这些暗号给耍了。”文乃道，“是循环啊！”步美失望，“不会吧？”博士也很郁闷，“讨厌的恶作剧啊！”
柯南不信，“恶作剧？怎么可能呢？会有人使用这种可能解不开的复杂暗号，搞恶作剧吗？但是照着暗号来看，确实是这样。难道这个解读表有什么地方弄错了吗？不可能啊，一定有什么东西没发现。这些暗号顺序中，一定有什么真正的含义。”外面有个凶相毕露的男子，在阴森森地向房间里窥视。阿笠道，“没办法，在警察来之前，大家先把东西放回原来的位置吧。”孩子们很沮丧，只好照办。柯南还在思索，“如果照着前面的顺序，把碟子、花瓶的第一个字连起来的话……这是什么东西啊？看都看不懂。”
步美和文乃把碟子、花瓶、烛台依次放回原位。柯南猛然想到，“难道是英文吗？还是不可能。”文乃问起飞机是放在哪里的，步美记得是在寝室里面。博士道，“原来是放在花瓶旁边的，后来是我拿到寝室去的。”文乃就把飞机放回了花瓶旁边。柯南还在试探，“英文、法文、德文……没有一个像样的，还是没有头绪。”步美把人偶放在了壁橱里面。博士道，“柯南，你也来帮帮忙吧，不要坐在房间中央。”柯南问道，“博士，扑克牌原来也是这房间里面的吧？”博士道，“原来放在时钟的下面，我就拿来用了。”
柯南道，“这么说的话，画有暗号的东西，原来都在这间房间里。等等，如果按照顺序将它们串联起来的话……连线刚好集中在房间中央的一点上。难怪步美和文乃一直在我身边走来走去。奇怪了，房间的中央就是这里啊！但是一点可疑的地方都没有。不在地板上的话……”柯南抬头仰望，天花板上面是个吊灯，而且有沟槽。柯南立即把千钧叫醒了，千钧起来，“暗号解开了？”柯南道，“快点过来，需要你帮忙。”
千钧来到外面，柯南指示，“看到上面吊灯的那个沟槽了吗？你抓住吊灯的下面，转动一下试试。”千钧点头，伸出手臂，刚刚够到吊灯下面的铁钩，用力慢慢转动，沟槽与吊灯下面吻合时，发出铿锵的声音，随后别墅发出了奇怪的巨大响声。孩子们也都很吃惊，“怎么了？”“到底发生什么事情了？”千钧皱眉，“二楼好像有什么东西掉下来了。”柯南带头向上跑，“去看看！”大家紧跟而上。千钧落在后面，他这次发现了，有个男子在窗户外窥伺。
柯南带头来到楼上，步美道，“没有东西掉下来啊！”柯南回忆位置，“房间的正上方是……这个房间！”推开门，柯南吃了一惊。后面元太问道，“怎么了，柯南？”带着锁链的楼梯搭在房间里面。步美叫道，“房间里竟然有楼梯！”柯南道，“原来如此，我明白了。那个暗号是暗示天花板正中央的吊灯上有机关。也就是指这个隐藏的楼梯。”阿笠道，“我听说伯父喜欢这种机关，想不到竟然真的有这种东西。”元太大喜，“难道宝藏就在楼梯的上面？”柯南笑道，“嗯，上面肯定隐藏了什么东西。”元太带头冲上去，“太好了，走吧！”
来到上面，漆黑一片，元太嚷嚷奇怪，文乃说太黑了，步美也道，“什么都看不见。”博士找到了窗户的位置，打开窗户，亮光照射进来。柯南发现，地上有雕刻过的几枚一元硬币散落，还有一些画油画的颜料。步美隐约看到桌子上似乎有什么东西，元太喜道，“是宝藏吗？”4人兴冲冲地走过去，看到东西却吓得魂不附体，瘫倒在地。柯南疑惑，“怎么了？”几个人结巴，“骷……”柯南抱怨，“什么啊？说清楚一点嘛！”步美尖叫出声，“是骷髅！”柯南和博士一起叫起来，“什么？”
二人走过来，柯南上前检查，那是个死人趴在桌上，已经变成了骷髅，但头发还在，头下压着日月星的暗号图纸，似乎是未完的信。阿笠博士惊疑，“这人是谁啊？”柯南道，“我不是说过吗？这里住着一位手指灵活的老人。刻一元硬币和画暗号的人，一定是他。”博士问道，“他是被杀的吗？”柯南摇头，“不，他是在写信给你姑姑的时候去世的。”柯南找到了小药瓶，“他的心脏似乎不大好。”博士奇怪，“但是他为什么会在这个房间里呢？知道这里的应该只有伯父和姑姑才对。”
柯南道，“应该还有一个人吧。你伯父去世前曾经出现在这里的人物。”博士一愣，“伯父去世前？咦，那个画家？”柯南道，“对，暖炉旁边你伯父和姑姑的画像，就是画那幅画的画家。我想他大概是在画画时，听你伯父提起过这个房间的事情吧。”博士问道，“但他为什么要住在这里呢？而且还要用暗号写信寄给姑姑。”柯南在房间找到了一样东西，扔给博士，“我想大概是因为这个吧。”博士接过来，这是一个类似于方砖的东西，“这是……20元美钞的模板！假钞！”
柯南道，“对，大概是受人委托制作的，但是后来可能良心不安，便和模板一起消失，为了躲避某个人才偷偷住在这里的。之所以写信给你姑姑，是想感谢她让他能住在这里。会用暗号，是不想让别人知道他躲在这里。”博士道，“那么，姑姑所说的偷信的那个人……”柯南道，“对，应该就是制造伪钞的委托人，也是将博士藏起来的玩具破坏的人。”楼梯上传来沉重的脚步声，一个中年男子走上来，“高明，完全正确！”孩子们大惊，急忙躲在柯南后面。
男子名叫奥田伦明，浑身杀气，留着短须，右手持枪，“好不容易找到他，以为可以得到那个模板，没想到里面竟然是玩具。所以我把它们给割烂了。因为我听说他和别墅的主人很熟，所以一直怀疑他还躲在这里，就跑过来看看。没想到还有这个秘密房间。谢谢你们这些小孩了！”柯南恼怒，准备反击。奥田举枪准备射击，一道亮光闪过，奥田的手枪一分为二，奥田被重重击倒在地上。千钧出现在身后，右手所持，正是七夕剑。千钧笑道，“这就叫做螳螂捕蝉黄雀在后！笨蛋匪徒！”
孩子们一起欢呼起来，柯南松了口气。奥田没有想杀人，主要担心开枪打中模板会造成损坏，当然，他一旦拿到模板后，绝对会杀人灭口的。奥田挣扎问道，“你什么时候跟在我身后的？”千钧道，“从机关触动后，我一直就跟在你后面，就像你跟在孩子们后面一样。”奥田震惊，“怎么可能？我一点也没有察觉。”千钧搞怪笑道，“因为我会隐身术，哈哈……现在报警，然后送他去警视厅吧！”柯南却知道了这家伙的名字，“奥田伦明先生，你找这个模板很多年了吧？”奥田惊异，“你怎么会知道我的名字？”
柯南笑道，“是这位画家告诉我的。”奥田纳闷，“他已经是尸体了，怎么会呢？”孩子们害怕起来，以为真有亡灵。博士问道，“你怎么知道他的真名的？”柯南道，“是画家那封写了一半的信，里面的暗号所写的。[我不想把这件艺术品交给奥田伦明]。”千钧已经用绳子将奥田牢牢捆住，“原来如此。”博士道，“画家是想把这个假钞模板交给姑姑保管，才留下表明自己藏身别墅的暗号。”千钧问道，“你姑姑现在人呢？”博士有些遗憾，“去年去世了，享年76岁。而且还一直单身呢。”
柯南掀开了画家身侧的画像，画面上是个美丽的女子，正是阿笠定子的画像。千钧感叹，“说不定不只是为了答谢她而已吧！”柯南也赞同，“也许就是在画像时，他们彼此相爱了吧。这可惜这份爱，他们一直保存在心里，都没有讲出来。”博士纳闷，“啊？”柯南道，“没什么了。他们都不在了，这些都无法推测了。千钧，快报警吧！”
两个小时后，佐藤、高木警官等人带队赶到，逮捕了奥田伦明。简单做完笔录后，千钧和阿笠博士带着少年侦探团踏上归途。由于太困了，孩子们都在车上呼呼大睡，柯南也哈欠连连。博士还是不大明白，“你爸爸说的那句话，[博士就像太阳一样]。之后有一段时间他都叫我太阳博士。”柯南撇嘴，“什么嘛，原来是这件事。那只是比喻而已，比喻！好玩罢了。”博士疑惑，“比喻？”柯南拿出那张暗号表，“用它来拼写博士的名字……你看，[阿笠]全是太阳！”博士哈哈大笑，“原来如此！太好玩了！我是太阳博士！”
尾声，奥田伦明因强迫他人制作伪钞、非法持枪等一系列罪行，被法庭判处15年徒刑。少年侦探团因破获该起假钞案件，警视厅给以c级奖励。说起阿笠定子与画家的纯美爱情，静杨、直子、小雅等人都感动万分，同时也为他们最终没有结合而感到遗憾。
灰原却对柯南带回来的日月星暗号有些兴趣，还夸奖了柯南几句，继而嘲讽博士，“外人住在自家别墅好多年，都没发现，你可真够大条的。”阿笠博士尴尬，“我平时又不怎么去，怎么能怪我呢？”千钧笑道，“博士继承一栋50年不能动的别墅，已经够郁闷了，怎么会关注里面的情况呢？”灰原莞尔，“等50年满后，别墅却不得不重建了。”博士郁闷，“谁说不是呢？姑姑让人住在里面，却一直没有告诉我。”梅琴感慨，“也许她不想博士知道那个秘密吧！而且还把这个秘密隐藏到了过世，那份真情超越了生死时间啊！”