后来统辖权移到宦官手里，有事可直接向皇帝报告，权力在锦衣卫之上。明宪宗时增设西厂，用太监汪直为提督。其为员权力超过东厂，活动范围自京师遍及各地。明代锦衣卫、东厂和西厂都是特务机构，合称“厂卫”。厂卫制度是明朝封建皇权膨胀的产物。
诛十族
方孝孺是建文帝最亲近的大臣他也视建文帝为知遇之君，忠心不二，明成祖的第一谋士姚广孝曾跪求朱棣不要杀方孝孺，否则“天下读书的种子就绝了”，明成祖答应了他。南京陷落后，方孝孺闭门不出，日日为建文帝穿丧服啼哭，明成祖派人强迫他来见自己，方孝孺穿着丧服当庭大哭，叫人反复劝他归顺，不听明成祖要拟即位诏书，大家纷纷推荐方孝孺，遂命人将其从狱中召来，方孝孺当众嚎啕，声彻殿庭，明成祖也颇为感动，走下殿来跟他说：“先生不要这样，其实我只是效法周公辅周成王来了。”方反问：“成王安在？”明成祖答：“已**。”方问：“何不立成王之子？”成祖道：“国赖长君。”方说：“何不立成王之弟？”成祖道：“此朕家事！”并让人把笔给方孝孺，说：“此事非先生不可！”方投笔于地，且哭且骂：“死即死，诏不可草。”成祖暗压怒火说：“即死，独不顾九族乎？”方孝孺用更大的声音答道：“便十族奈我何？”
朱棣气急败坏，恨其嘴硬，叫人将方孝孺的嘴角割开，撕至耳根，大捕其宗族门生，每抓一人，就带到方面前，但方根本无动于衷，头都不抬。
明成祖彻底绝望了，也横下一条心，把方孝孺的朋友门生也列作一族，连同宗族合为“十族”，总计873人全部凌迟处死~！方孝孺一介书生，手无束鸡之力，却面对君主**的屠刀视死如归，抗节不屈，这可谓感天地泣鬼神！受到后人的无限敬仰和赞颂。就其个人气节来看，历史上实在不多见，这正应了中国人的一句话：“士为知己者死！”
另解十族为：
诛父族四、母族三、妻族二。父族四即：姑之子(姑姑的子女)、姊妹之子(外甥)、女儿之子(外、孙)、己之同族(父母、兄弟、姊妹、儿子)；母族三即：母之父(外祖父)、母之母(外祖母)、从母子(娘舅)；妻族二是岳父、岳母。诛十族,就指明代方孝孺一案了，第十族:方孝孺的所有弟子,也有的说所有朋友门生。
瓜蔓抄
瓜蔓抄是朱棣夺位后诛戮建文诸臣之手段。因残酷诛戮，妄引株连，如瓜蔓之伸延，故名。初因建文四年(1402年)，朱棣攻占南京后，左佥都御史景清行刺未遂，朱棣下令夷其九族，尽掘其先人冢墓。又籍其乡，转相攀染，致使村里为墟。后遂泛指朱棣穷治忠于建文诸臣之举。如方孝孺被灭十族，坐死者八百七十三人，外亲坐死者复千余人；练子宁之死，弃市者一百五十一人，九族亲家之亲，被抄没戍远方者又数百人；陈迪之死，远戍者一百八十余人；司中之诛，姻族从死者八十余人；胡闰之死，全家抄提者二百七十人；董镛之死，姻族死戍者二百三十人；卓敬、黄观、齐泰、黄子澄、王度、卢原质等之死，多者连坐三族，少者一族。杀戮之惨，株连之多，实为史所罕见。
永乐迁都
明十三陵位于北京北面昌平县境天寿山南麓，距首都北京约五十公里，陵域面积达一百二十余平方公里，环葬着明代的十三位皇帝，统称十三陵。十三陵中的首陵，是成祖永乐皇帝的长陵。这位皇帝虽在明代历史上的名气很大，却不是遵照封建帝位继承法，用和平的手段当上皇帝的，而是以武力强取豪夺争得了天下。
原来，明朝开国皇帝朱元璋的太子朱标早死，不得已只好改立皇太孙朱建文为合法继承人，另外分封诸子为诸王。太祖朱元璋死后，皇太孙继任，是为建文皇帝。
可是好景不长，他驻守北平的叔父燕王朱棣，以“清君侧”为名，也就是说以铲除现任皇帝身边的坏人为名，起兵推翻了他的统治，建文帝下落不明，燕王以胜利者的身份做了皇帝，这便是明朝历史上著名的永乐皇帝。
按正常的国家制度和君臣伦理原则，燕王作为一方诸侯起兵反对中央政权本是大逆不道，而明朝的官员忠于国家合法制度的建文皇帝，积极抵抗燕王的军队，应该算是明朝的忠臣。
可是，当建文帝一完蛋，燕王率领他的难兄难弟控制了局势，本人摇身一变成了永乐皇帝，这事态也就随着急转直下了。
尽管明朝还是明朝，但却是燕王的明朝，而非建文帝的明朝了，那些拥戴文帝的忠臣也就自然地来了个驴打滚儿，猛地变成了反明朝的“奸恶”，也就是现行反革命分子。
这朱棣受他老子朱元璋奢杀成性的性格和理论的影响，也是一个极其出色的杀人魔王。根据“老子英雄儿好汉，老子反动儿混蛋”的血统论的原则，对那些直接参与抵抗运动的男性反革命分子，所采取的惩罚方法或剥皮，或油炸，或水煮，搞得整个南京城鬼哭狼嚎，哀声一片。
与此同时，那些现行反革命分子的妻女、姊妹、儿媳、乃至外甥媳妇等等一切沾得上边的女人，统统弄到妓院里充当**，包括五十六岁的老太太在内。
以上的惨景有的发生在南京，有的延续到北京。自从朱棣称帝后，一是觉得南京的血流得太多，在明代故宫的广场上，近自朝廊，远及附郭的雨花台，无不是血迹斑斑，这使得新上任的皇帝难免目击而心有不安。在这种刺激下，便动了迁都的打算，来一个眼不见心不烦，或者叫眼不见心可安。二是由于朱棣镇守北平多年，深知此地在军事上的重要地位，便毅然决定将明朝的首都搬过来。
永乐四年(公元1406年)，北平方面的臣僚开始奉旨征调工匠、民夫上百万人，正式营建北京宫殿。今天游客看到的故宫、天坛、太庙(劳动人民文化宫)等规模宏大的建筑，就是自此开始陆续建造的。不知当时的杀人魔王朱棣是否意识到，他的这个抉择，客观上为后人留下了一笔珍贵的文化遗产。
永乐五年，皇后徐氏(开国名将徐达之女)死去，朱棣经过慎重考虑，没有在南京建陵安葬，而是派礼部尚书及“江西派”风水大师廖均卿等人去北京寻找“吉壤”，也就是通常说的风水宝地。
靖难之役
明太祖朱元璋为御侮防患，在位期间曾两次分封诸子为藩王。藩王各拥重兵，坐镇一方，其中尤以秦、晋、燕、宁诸王势力最强。洪武二十五年（1392年）太子朱标病故，继立为皇太孙的朱允炆对诸王势大难制深感忧虑。洪武晚年，功臣宿将被诛杀殆尽，北方军事均以诸王主之。不久，秦王朱樉、晋王朱棡先后死去，而燕王朱棣与周王朱橚及齐、代诸王均拥兵自重，多行不法，朝廷孤危。故1399年朱允炆即位后，即与齐泰、黄子澄等密议削藩。以燕王势大难图，故削藩自燕王同母弟周王始，周、代、岷、湘、齐诸王先后削夺，湘王**，余皆废为庶人。为图燕王，朱允炆令张昺为北平布政使，谢贵、张信掌北平都指挥使司，以谢贵控制北平（今北京），另以都督宋忠、徐凯、耿瓛屯兵开平、临清、山海关一带，并调检燕府护卫军士，加强防燕措施。建文元年六月，齐泰将燕使邓庸下狱审讯，具得燕王将举兵反状，乃发兵逮燕府官属，并密敕张信逮捕燕王。张信为燕王旧部，此时遂降燕，朱棣随即为备。七月，朱棣以计擒杀张昺、谢贵，并命燕府护卫指挥张玉、朱能率兵乘夜攻夺北平九门，遂据北平。后以尊祖训、诛“奸臣”齐泰、黄子澄，为国“靖难”为名，誓师出征。
战事之初，因北方诸将多燕王旧部，降燕从战者甚多。燕军先后下通州、蓟州、怀柔等城，宋忠等战死。八月，朱允炆以太祖旧将耿炳文为大将军，率师三十万伐燕。先锋抵雄县，为燕师所袭，九千人全部战死。复战于真定（今河北正定），又大败。朱允炆遂以勋戚李景隆代耿炳文，调兵五十万伐燕，筑垒九门，围攻北平。十月，朱棣亲自率精骑袭大宁，执宁王朱权及其妃妾世子，得其部朵颜三卫骑兵，兵力骤增。李景隆乘虚攻北平，但不能克。燕王师自大宁返回后，于郑灞大破李景隆军。朱允炆被迫罢兵部尚书齐泰、太常寺卿黄子澄职，以缓燕师。