至近代，仍然有人力主此说。如孙楷第《中国通俗小说书目》中认为“耐庵即施惠号”。此外，曲学大师吴梅也持此观点。
此后又有人考证《水浒传》中有江浙方言，并发现施惠的《幽阁记》中有一些描写和《水浒传》相似，以次推断二书皆出自同一人之手，施惠也就是施耐庵。但是很多人认为该证据难以令人信服，而且有关施耐庵和施惠的关系多数臆断，一些说法也只见与稗官野史。
此外，戴不凡又认为“疑施耐庵即郭勋”。他认为郭勋刻水浒后才开始署名施耐庵。但是这个论据并不能够立足，因为在此之前已经有署名施耐庵的百回本《水浒》出现。
元成宗元贞二年（1296年），施耐庵出生于平江路吴县（今江苏省苏州市）阊门外怀胥桥北施家巷。由于家贫，无法上学。7岁开始，他只好通过自学学习。13岁后在浒墅关的一家私塾念书。
19岁时，他考中了秀才。并且同私塾教书先生的女儿季氏结婚。25岁时被苏州官吏荐为“孝行信义”，29岁考中举人。元文宗至顺二年（1331年），36岁的施耐庵中辛未榜进士，并结识了同榜的进士，也就是日后明朝的开国功臣之一的刘伯温。
得中进士后，施耐庵被朝廷委以钱塘县尹之职。但是当时由于作事情需要得到元人担任的达鲁花赤批准，施耐庵十分不得志。做了两年县尹，由于触怒元人，愤然辞官。在苏州施家桥办学授徒。在这里，他收下了一个商人的儿子罗贯中（也就是日后《三国演义》的作者）为徒。其间施耐庵父亲和妻子相继逝世，随后续娶了申氏。此时他已经开始着手撰写《水浒传》。
至正年间，贩卖私盐的张士诚起兵反元，其属下卞元亨是施耐庵的表弟，于是在卞元亨的邀请下，施耐庵成为了张士诚的军师。在施耐庵地帮助下，张士诚从兴化一路打到苏州。此时，由于意见不合，施耐庵辞别张士诚，带着门人罗贯中四处游学。
施耐庵在写《水浒传》之前，虽然有点才气，但施耐庵混得却很惨，名字也是不见经传的“施子安”。在元末明初那个年代，“洞房花烛夜，金榜题名时”是每个年轻人的最高理想，更是一个男人成功的标志。不过年轻的施耐庵却远没他的苏州老乡唐伯虎那么幸运，十年寒窗，鼓捣来鼓捣去连个秀才的功名也没落着。对朝廷的看法和对社会的心理由此失衡。更雪上加霜的是，失败的爱情也不期而至。18岁那年，小施迷上了邻家女孩金莲莲。按照现在的说法，不久两人就偷偷坠入爱河。可由于莲莲的母亲一心想让女儿攀个有钱人家，爱情最终还是输给了金钱。见最后一面时，莲莲用酷酷的表情对施耐庵说，子安哥，别恨我，我真的想过好日子，都不容易……这句话让年轻的施耐庵偏激地感到，女孩子都是靠不住的。经别人介绍，第二次，施耐庵遇到了一个叫潘巧巧的姑娘。要说巧巧这女孩子，第一面就看上了小施，可巧巧天生是个追求爱情自由的姑娘，所以在和施耐庵周旋的同时，她又和别人好上了。尽管施耐庵在她身上花了不少银子，但巧巧最后连个屁也不放就寻找自己的幸福去了。这让施耐庵再次受伤。经受两次刺激后，施耐庵才由原来的施子安改名为“耐庵”，有点遁入空门的意味。
不论如何，生活还得继续。无奈之下，施耐庵到城外十字坡找梁山泊大客栈的掌柜王伦，想寻个记账之类的差施耐庵事，算是打工挣钱娶媳妇。不想这王伦也是个不及第的秀才，文人相轻，居然把施耐庵奚落了一通，而他的老婆孙氏更是把施耐庵推出了店门，让施耐庵好没面子，几乎对王伦和孙氏恨之入骨。
又过了几年，依旧落魄的施耐庵委曲求全，娶了卖豆腐的寡妇顾大嫂为妻，终其一生。这顾大嫂虽然性子烈，属于稍不顺遂便拿鞋子满街追打老施的主儿，但总算还支持施耐庵走文学创作之路。谁曾想过，这些不幸的经历却刺激了老施的创作灵感，洋洋洒洒一部《水浒传》很快杀青，成为畅销书。不过文人嘛，难免小心眼，所以在人物和情节安排上就有了以金莲莲、潘巧巧为原型创作的潘金莲、潘巧云两个偷情**形象和顾大嫂、孙二娘两个野蛮女友典型。而十字坡的店自然是黑店，王伦则是因为心胸狭窄被杀！由于那个时代人们维权意识很弱，早已当上女乃女乃的金莲莲、潘巧巧以及王伦、孙氏等得罪过施耐庵的人虽然窝了一肚子火，但却无法去告官说老施影射他们、丑化他们、诽谤他们！倒是因为看到施耐庵把扈三娘描写得很可爱，顾大嫂起了疑心，追问起谁是该形象的原型，施耐庵战战兢兢地说，那是自己理想中的好女子形象：漂亮、有能耐、重情意、不记仇，纵使家人被强盗杀害也要坚决嫁给一个丑陋的小个子强盗。于是，一部《水浒传》，五个女主角，没一个是美丽的。看来，施耐庵这家伙注定不讨女孩子欢心。
施耐庵《水浒传》的成书，取材于北宋末年宋江起义的故事。据《东都事略·侯蒙传》：“江以三十六人横行河朔，京东官军数万无敢抗者。”又据《宋史·徽宗本纪》：“淮南盗宋江等犯淮阳军,遣将讨捕，又犯京东、河北，入楚、海州界，命知州张叔夜招降之。”《宋史·张叔夜传》：“宋江起河朔，转略十郡，官军莫敢婴其锋。声言将至，叔夜使间者觇所向，贼径趋海濒，劫钜舟十余，载掳获。于是募死士得千人，设伏近城，而出轻兵距海诱之战，先匿壮卒海旁，伺兵合，举火焚其舟，贼闻之皆无斗志，伏兵乘之，擒其副贼，江乃降。”此外，李□的《十朝纲要》，宋代陈均《九朝编年备要》和徐梦莘的《三朝北盟会编》，也都有类似的记载。还有的记载说宋江投降后曾参加过征方腊之役。从这些记载里，可以知道这支起义军，人数不多（但也决不止36人），战斗力很强，在群众中甚有影响，曾经给宋王朝造成一定的威胁。宋江等起义的年代大约在宣和元年（1119年）至宣和三年（1121年），前后三年多。
宋代说书伎艺兴盛，民间流传的宋江等36人故事，很快就被说书人采来作为创作话本的素材,南宋罗烨《醉翁谈录》记有小说篇目《青面兽》、《花和尚》和《武行者》，这当是说的杨志、鲁智深、武松的故事，此外，《石头孙立》一篇可能也是水浒故事。这是有关《水浒传》话本的最早记载。南宋末有龚开的《宋江三十六人赞并序》，序里说：“宋江事见于街谈巷语。”并说在龚开之前有画院待诏李嵩，曾画过宋江等人像。但龚开的赞并施耐庵未说故事内容。现在看到的最早写水浒故事的作品，是《大宋宣和遗事》（见《宣和遗事》），它或出于元人，或为宋人旧本而元时又有增益。有的研究者认为它是说书艺人的底本。它所记水浒故事梗概，从杨志卖刀杀人起，经智取生辰纲、宋江杀惜、九天玄女授天书，直到受招安平方腊止，顺序和现在的《水浒传》基本一致。
这时的水浒故事已由许多分散**的单篇，发展为系统连贯的整体。元代杂剧盛行，有大量的水浒戏出现，元杂剧和《大宋宣和遗事》所记水浒的人物姓名大致相同，但聚义地点不同，杂剧说的是梁山泊，《遗事》说的是太行山；杂剧中已有“一百八个头领”之语，《遗事》只提到了36将的绰号姓名；《遗事》中写李逵位列第14，燕青位列第28，杂剧中李逵是第13头领，燕青是第15头领。凡此种种，可见在《水浒传》成书以前，水浒故事在流传中内容细节上颇有异同。这或者同在不同地区流传也有关系。施耐庵正是把这些在不同地区流传的故事，汇集起来，经过选择、加工、再创作，才写成这部优秀的古典名著《水浒传》。《水浒传》的故事最初起源于北宋宣和年间，从南宋开始就成为了民间口头文学的主要题材。目前流传下来的根据说书人编成的话本中就有“青面兽”，“花和尚”，“武行者”等。元朝初年，出现了话本《大宋宣和遗事》，描述了晁盖、吴加亮（吴用）等36人的故事，初步具有了《水浒传》的故事梗概。元朝，元杂剧中还出现了一些水浒故事剧本。
施耐庵弃官后，深感朝政**，民不聊生。