此外，《明史》其它部分篇章，也为后人保存了不少可贵的史料，如《刑法志》中对明代特务机构厂卫的叙述等，都有助于后人对这段历史的考察研究。
本纪
共二十四卷，就卷数而论，《明史》本纪所占不足全书十分之一，若以字数而论，则所占不及全书二十五分之一。由此可知本纪在《明史》中所占比例甚小，这是《明史》编纂体例中的一个特点。本纪在纪传体史书中，是以编年形式叙史的部分，《明史》显然是将本纪作为全史之纲，以简明扼要的方式，首列于全书之前，使人在读阅这部史书之时，首先了解到有明一代历史之概况，而不是使人在读阅本纪时便事无巨细尽览尽知。这应该算是《明史》修纂整体设计上的独到之处。
《明史》本纪的另一个特点，是尊重史实，不以明代官定史论为据。如建文帝年号于成祖夺位后革除，其四年实录仅以元、二、三及洪武三十五年，附于《明太祖实录》之后。《明史》中则专立《恭闵帝纪》一卷，甚为得体。再如英宗削景泰帝号，情形与建文事相似，《明史》中亦处理得当。清代史家钱大昕曾论称：“其例有创前史所未有者。如《英宗实录》附景泰七年事，称郕戾王，而削其庙号，此当时史臣曲笔。今分英宗为前后两纪，而列景帝纪于中，斟酌最为尽善。”（钱大昕：《十驾斋养新录》卷九）明洪武中懿文太子朱标，因早逝而未及继位，建文元年（1399）追尊为孝康皇帝，庙号兴宗。成祖夺位后，废其帝号庙号，复称懿文太子。是虽曾有帝号，而未改元登极，故不入本纪，而入列传，但其曾有帝号，亦为史实，又与诸传不同，特于后妃传后，诸王传前立传。与之同列者，又有嘉靖皇帝之父，兴献王朱祐杬。嘉靖中兴大礼议，特尊其父为睿宗兴献皇帝，也属仅有帝号而已。《明史》本纪不列兴宗、睿宗，正与其以本纪为叙述有明一代历史之大纲有关。光宗即位于万历四十八年（1620）八月初一，死于同年九月初一，在位仅一月，未及改元，遂定以是年八月后为泰昌元年。《光宗本纪》于是附于《神宗本纪》之后，未单立一卷，仅以数百字述过，不失为大纲之作。
《明史》本纪虽以时间长短为本，分卷记史，然而又不尽拘泥于此。太祖在位三十一年，本纪则占三卷，因其为开国之君。成祖在位二十二年，本纪则占三卷，虽可称因其夺位登极，事属特殊，则已有轻重之分。英宗二卷，尚可因前后各有年号为由，宪宗二十二年，亦占二卷，世宗四十五年，神宗四十八年，同样各占二卷，庄烈帝十七年，亦占二卷。可见诸人修史，颇以史事轻重叙述，此又符合其立纲之体。总的来看，《明史》本纪，分帝而述，编年记事，又不失为一个整体，笔墨虽少，却完整明了，轻重适宜。《明史》本纪中一大令人遗憾之处是未能给南明诸帝立纪，这是清初政治形势所决定的。清朝官修史书，不仅不可能给南明诸帝立纪，甚至于列传中亦不立传。清初私家修史，妄谈及此，则也难免于“文字狱”之祸。
志之修纂，依照天、地、礼、乐之顺序排述，《天文志》出自汤斌之手。汤斌为清初廉正之臣，于修《明史》颇有所建言。顺治初修《明史》时，他曾应诏陈言，请广搜野乘遗书以修《明史》，且言：“《宋史》修于元至正，特传文天祥之忠；《元史》修于明洪武，亦著巴颜布哈之义。我朝顺治元、二年间，前明诸臣亦有抗节不屈，临危致命者，与叛逆不同。宜令纂修诸臣勿事瞻顾，昭示纲常于万世。”此下于所司，招致冯铨等人攻击，说他“夸奖抗逆之人”，幸亏顺治皇帝赞许汤斌之言，才未因此获罪。至康熙再修《明史》时，汤斌于康熙二十一年（1682）充任《明史》总裁，因此《明史》中本纪、志、列传不少篇出其笔下。但汤斌颇重经学，于天文则非其所长，其所撰《天文志》较为难读。
《明史·天文志序》称：“自司马迁述《天官》，而历代作史者皆志天文。惟《辽史》独否，谓天象昭垂，千古如一，日食、天变既著本纪，则《天文志》近于衍。其说颇当然因此遂废天文不志，亦非也。天象虽无古今之异，而谈天之家，测天之器，往往后胜于前。无以志之，使一代制作之义泯焉无传，是亦史法之缺漏也明神宗时，西洋人利玛窦等入中国，精于天文、历算之学，发微阐奥，运算制器，前此未尝有也。兹掇其要，论著于篇。”
由此可知，修纂《明史·天文志》的宗旨，虽然仍抱对天文之轻视，但也看到了明代天文学的发展，尤其是西方传教士带来的西洋天文学知识，于中国传统天文学颇有裨补。《天文志》除第一卷叙述传统天文学与“西洋之说，既不背于古，而有验于天”者外，还比较系统地介绍了从明太祖至崇祯皇帝其间仪象（即天文仪器）的发展变化。第二卷与第三卷则记有明一代天文现象的变化，除去日食已全部记入本纪之中外，其余如“月掩犯五纬”，“五纬掩犯”，“五纬合聚”，“五纬掩犯恒星”，以至“星昼见”、“晕适”、“星变”、“流陨”等，多有记录，虽然难懂而泛浅，仍有一定参考价值。
除去《天文志》之外，汤斌还执笔了《五行志》和《历志》的编纂。
《五行志》即金、木、水、火、土，其体仿《汉书》及前代诸史，记自洪武至崇祯间所谓“祥异”之事。其三卷中，首卷为水，如恒寒、恒阴、雪霜、冰雹、雷震、鱼孽、蝗蝻、豕祸、龙蛇之孽、马异、人痾、疾疫、鼓妖、陨石、水潦、水变、黑眚黑祥，皆属之水。第二卷为火、木，仿前史，以恒燠、草异、羽虫之孽、羊祸、火灾、火异、赤眚赤祥属之火；仿前史以恒雨、狂人、服妖、鸡祸、鼠孽、木冰、木妖、青眚青祥属之木。第三卷为金、土，仿前史以恒旸、诗妖、毛虫之孽、犬祸、金石之妖、白眚白祥属之金；以恒风、风霾晦冥、花孽、虫孽、牛祸、地震、山颓、雨毛、地生毛、年饥、黄眚黄祥属之土。
《明史·五行志》的编纂是不够成功的，一是简单而缺漏太多，如地震水旱等灾情；二是多有记述不确之处，甚至记入传闻，以增其神秘色彩，所以史家多认为其“无大用”。1《历志》共九卷。明代历法，由于崇祯时改用西洋新法而有所创新。其《历法沿革》一卷，对朱载堉《圣寿万年历》、《律历融通》介绍较详，后徐光启等督修历法，重视西洋历法，也多用文字。这当是《明史·历志》的一大特点。
《历志》的第二大特点是除表之外而有图，与诸史不同。计有图五，均附于《大统历法》之中。有“割圆弧矢图”、“侧立之图”、“平视之图”、“月道距差图”、“二至出入差图”。
全志以大统历为主，计有二、三、四、五、六共五卷，回回历法为辅，计有七、八、九共三卷。《历志》述事虽详，因涉于历法知识，又有古今之别，及明朝所用《大统历》与《回回历》之别，颇为难读。
柴德赓：《史籍举要》。
《历志》之后为《地理志》，《地理志》共七卷。
明朝为我国历史上统一的朝代之一，如《明史·地理志序》所称：“禹迹所奄，尽入版图，近古以来，所未有也。”自明太祖统一全国后，京师之外，置十三布政使司，及都指挥使司、行都指挥使司分领天下。成祖即位，又增设交阯、贵州二布政使司，而改北平为北京。仁、宣以后，弃交阯，而渐定为南北二京，十三布政使司，全国一统遂定。英宗天顺五年（1461），李贤等奉敕修成《大明一统志》九十卷，为明朝全国政区之志书。而该书记述失误颇多。《明史·地理志》则“考其升降之差，沿革之故，具著于篇”而成。
七卷之中，南、北两京一卷，山东、山西一卷，河南、陕西一卷，四川、江西一卷，湖广、浙江一卷、福建、广东、广西一卷，云南、贵州一卷。南、北两京及十三布政使司各有总述，记其沿革，均以《禹贡》诸州为本。总述之后，再以府、州、县分述。后附都司、卫、所之设置沿革，内容颇为详尽可取，然亦间有漏误之处，后人有作考辨纠误者