在F时空第二次“幽灵行动”即将进攻地球时，公输拓朗随师父鬼谷幽携藏宝图尾随羽仙等赶来昆仑之巅，企图夺宝，阻止异想天工坊“天密”启动，但为时已晚。战争中，昆仑之巅上通天洞天工坊内的超能量通过通天隧道源源不断地输送到数千里之外的异想天工坊，“天密计划”（蓝盾）启动，进攻的幽灵舰队在地球外太空遭到沉重打击，损失惨重，进退不能，但天工坊也无法保证在不伤害地球的情况下彻底击毁它，双方僵持不下，情况万分危急，如果持续下去，将同归于尽。
拓朗孤注一掷，骗走鲁达临死前传给鬼谷幽的，拥有的幽灵战舰的控制权的令牌，（使鬼谷幽悲愤自杀于山下）独自潜入昆仑之巅通天洞内的天工坊盗宝。遇上羽仙、嘉浩和可儿，拓朗难敌众人，隧突施爆炸，并利用忍术趁乱冲出重围，进入通天隧道，误闯入异想天工坊飞船基地，驾驶飞船飞出地球，到达外太空的幽灵战舰上，依靠令牌掌控了幽灵战舰。渺儿通过无线对讲告诉拓朗：只有两个选择，要么鱼死网破，与地球共亡，要么移居到S时空为其寻找到的生存之地（新大陆X星球）。在渺儿宽容仁爱的劝说下，并暂停了“蓝盾计划”，幽灵舰队得以月兑身，拓朗率队驰往新的星球——X星球定居。
多年后，拓朗不甘于被Y星球人控制，不甘于寂寞的屈居在不适应人类居住的X星球，为摆月兑Y星球，及其要占领地球的目的，拓朗又一次计划幽灵大军进攻地球。拓朗独自先行，潜回他的出生成长之地（地球北极冰盖下的魔咒天工坊），用来自X星球之火菌将地心之热能释放出来，融化冰川，淹没大地……毁灭地球计划进入倒计时。羽仙，嘉浩、可儿等人发现后，通过昆仑之巅的密道进入到北极冰盖下。他们的突然出现，打乱了拓朗的计划。这个海洋魔王在三人的夹击下，走投无路，失足跌入地心熔洞，羽仙为救拓朗，投身到地心中，再也没有出来。两人的血水扑灭了X星球之火菌，海水湮灭了热能的释放。海水退去，重结冰盖，新的世界重生。
逃离第一次“幽灵行动”战场的军师鬼谷幽，将F时空领袖鲁达的尸体埋藏在京都西北部冰山梁的长城脚下，从此隐居北极冰盖下魔咒天工坊，潜心教授公输弘一和公输拓朗两个徒弟幽灵忍术，并建立起庞大的全球谍报网，为第二次“幽灵行动”做准备。他独自前往隐秘多年的卧龙庄，途中巧遇天香，骗取了天香感情，打探到异想神剑的下落（后天香生下儿子禽宝），并与白墨者勾结一起。多年后派两个徒弟去参加全球“少年天工”选拔赛，比赛后段突发变故，鬼谷幽与拓朗携带在异想天工坊抢到的藏宝图，前往昆仑之巅寻宝，企图阻止“天密”启动，但为时已晚。第二次“幽灵行动”开始了，昆仑之巅上“天密”之“蓝盾计划”启动，幽灵战舰在外太空遭受重创，此时鬼谷幽又被拓朗骗走令牌，失败与失望交加，鬼谷幽自尽而亡。战争胜利后，从N时空回到S时空的渺儿，继承了墨家巨子大位，为调查父母的死因，渺儿穿越时空到达X星球后无果，重返N时空地球，又见到了曾一起并肩战斗的亲人，朋友，及变得更加年轻漂亮的鬼谷灵，探明了当年发生在F时空的一段心酸往事，明白了与鬼谷兄妹的渊源，在X星球向地球扑来时，果断的启动“方舟计划”，率领嘉浩和可儿登上火星基地，消灭隐藏在X星球背后的Y星球，揭开了“天密”的神秘面纱