一个人的离开只是为了换得另一个人的回归，那份遗落在游乐场的感情，经过这漫长的分离，已经慢慢发酵了，爱你的人会越陷越深，不爱你的人只会越离越远。两段原本相交的人生，正在急速地向两个完全不同的世界疾驰。
终于挨到了傍晚放学时分，柯南直奔毛利侦探事务所，为的是和小兰告别。而步美，光彦、元太和哀正走在去阿笠博士家的路上，他们要去博士家玩电子游戏。
毛利侦探事务所：
“兰姐姐，我回来了。”
“柯南啊，爸爸去外面喝酒了，晚上不回来，你晚上吃什么，我给你做。”
“兰姐姐，我，我，你別忙了，得会儿我要去博士家打游戏，回来是有事要和兰姐姐你说。”
“你要说什么，柯南。”
“我，我明天要转学了，今天是来告别的。毛利叔叔不在，麻烦兰姐姐帮忙转告一下。”柯南吞吞吐吐地说。
兰低着头，久久不说一句话。
“柯南也要走了吗，像新一一样，一离开就再也不回来了。”说着说着，眼里竟泛起了泪光。
“兰姐姐，我会给你打电话的，而且新一哥哥肯定马上就要回来了，放心好了。”
“柯南，柯南如果你是新一就好了。”
“兰，我真的是——”我真的是新一啊，话还没说出口，竟被兰硬生生打断，本来就吞吞吐吐的话，再一次咽到了肚子里。
“柯南，你不是要去博士家吗，快点去吧。”
“嗯，”
柯南走了出去，门里门外，有两个眼里同样挂着泪花的人。
门里是兰，‘柯南，再见了，但是新一要回来了，不是要开心吗。为什么自从你变成了柯南，我就觉得我们之间的距离越来越远了，你什么时候开始什么都不告诉我了，我们曾经是无话不谈的青梅竹马呀，难道我真的笨到，连你柯南就是新一都看不出了吗，到底是什么横在了我们之间。是她吗？如果是她的话，我注定是争不过的，也许放弃你是最好的办法了，可是你叫我怎么舍得放弃呢，那是我们十几年的感情啊。’兰想着想着，泪水就从眼里决堤而出了。
门外那倚着墙的小小身躯，是柯南。‘兰，我不是柯南啊，我真的是新一呀。对不起，真的对不起，几次三番地让你看着我离去的背影而伤心哭泣。对不起，兰，我现在也很痛苦，我和她明明只是朋友的，为什么她却让我如此放不下，也许是在我看到，她在黑衣组织面前瑟瑟发抖的时候，也许是在我一次次说要保护她的时候，也许更早，在第一次见到她的时候，她伏在我身上，责怪我为什么拥有精湛的推理能力，却无力救她姐姐而哭的声嘶力竭的时候吧，我对她的感觉似乎不再单纯，不再是简简单单的朋友，而夹杂了些许暧昧。怎么办啊，兰，夹在你和灰原之间，我似乎是那样笨拙，我不再是那个用华丽的推理将凶嫌绳之以法的侦探，我只是一个在感情漩涡中挣扎的普通人。平成时代的福尔摩斯，竟也会如此犹豫，不过，兰，你放心吧，等到组织彻底破灭的时候，我会告诉你真相，我工藤新一就是江户川柯南的真相，我还会将你、我还有灰原之间的纠葛抽丝剥茧，我不会再伤害你，也不会再伤害灰原的。’那小小侦探的眼中的犹豫彷徨已消失不见，取而代之的是自信的光芒，他将奔向另一个目的地——阿笠博士家，向少年侦探团告别，同时向黑衣组织宣战。
在柯南和兰告别的时候，小哀他们正在前往博士家的路上，却发生了让人始料未及的事情，黑色的光环正慢慢逼近了哀，将要把他牢牢绑住。且看那缺少了柯南的少年侦探团是如何应对组织伸来的魔爪的，那瑟瑟发抖的哀又是怎样与组织抗争的。