回部大小和卓（和卓：伊斯兰教对有威望人物的尊称，此处意为“首领”）布那敦与霍集占为统一回疆，不惜背叛清廷，自称巴图尔汗。为了实现教政一体，大小和卓又发动肃教行动，明争暗杀，要把所有异教徒逐出回疆，甚至如同教不同宗的黑山派回人与不同族的维吾尔人、哈萨克人也不放过……清廷定边将军兆惠为平定大小和卓之乱，使出浑身解数，一面挑拨回部内乱，坐收渔利；一面又借用江湖人士之手，制造混乱。黑水河一役，兆惠抓住最佳时机，最终平定回疆……天山弟子秋振南，人称“飞云剑”，在中原武林享有盛誉，是位名副其实的反清义士，谁知却与天地会八马堂香主李九溪结怨。李九溪因此邀同洪顺堂、青木堂二堂香主向秋振南寻仇。在某次争斗中，秋振南的妻子不幸死于洪顺堂副香主郑开手下。为避仇家，秋振南只得带着女儿前往天山，寻求师门主持公道。谁知到了天山，却正好遇上师门大乱，掌门云清子意外死亡，由此牵引出一连串涉及江湖与历史的武林之争……全真教自丘处机之后，出现龙门一派，尊奉丘处机为开宗祖师。当年，成吉思汗西征，邀请丘处机同往，随行带有一十八名弟子。途经天山时，为弘扬道法，在天池建铁瓦寺，并命大弟子赵道坚留寺传教。几经战乱，铁瓦寺被毁，原因扑朔迷离。若干年后，天山创派宗师在铁瓦寺旧址重建道观，成立天山一派。随着历史推移，全真龙门派日渐式微，而天山派却越来越强盛。不知何时，有谣言传出，当年丘处机在天山建寺时曾将重阳祖师的武功遗篇留在铁瓦寺……如传说一样神龙见首不见尾的“云峰居士”沈云峰有着如神话一般的经历，在他的整个人生中，似乎无处不是神话。他的身世扑朔迷离，又似乎牵连着整个回疆武林的命脉。他宣称学武只在止杀，因此从不杀一人。如此一个臻于化境的人物，似乎没有任何缺点，谁知事实的背后却有一个惊天秘密……