到了1920年初，爪哇岛上的疫情和饥荒随着人口数量的大幅度消失，也逐渐消失了，这时候，爪哇岛上存活的居民人口数量不足300万，而且大多数都隐藏在了比较偏僻的山区里，沿海的港口城市和主要城市都已经无人居住，大片的种植园和农田也都处于荒废状态。爪哇岛的经济和政治遭到彻底的破坏，完全处于无政府状态，钱币不再流通，岛上的居民重新采用了以货易货的原始交易形式，并且交易量非常少，基本都是自给自足，很少和外界交往。
为了进一步确定爪哇岛上的疫情，联邦政府没有急于登上爪哇岛，而是加大了登岛的防化部队的数量和频率，在经过了半年左右的观察和确认之后，才初步确定了这次大规模长期的细菌战的结果，并且由内务部起草了一份报告，呈交给了刘芾，并在报告中申请降低爪哇岛的封锁级别，并建议总统，可以对爪哇岛进行初步占领并展开勘查活动，再进一步确认疫情的发展和效果。
刘芾在拿到这份报告后，也有点让自己当初的决定给吓住了，一个岛上，2千多万人口，在短短的三年时间里，被杀戮得只剩下不到300万人，这种效率简直比机关枪大炮要强多了，而且还是悄无声息的，这简直太恐怖了，怪不得到了后世，世界各国一直同意，禁止使用细菌武器呢，这个玩意比原子弹还可怕。成本又如此之低，真是抄家灭族的不二之选。
想起这种特殊武器的威力，刘芾忍不住向墙上的地图上看去，如果把这种玩意用在人口稠密，医疗条件低下的印度次大陆，会是什么效果呢？不过刘芾也就是意婬一下，印度次大陆不像爪哇岛，联邦无法全面封锁哪里，也就无法控制细菌的传播范围，弄不好疫情会随着商人和水手。传遍整个亚洲。到时候，整个武器就不是对付敌人的利器了，而是自杀的利器了。
对于内务部的报告，刘芾批准了。并且在报告中特别强调。大规模的上岛勘查工作。一定要注意安全和检疫，宁可再等3年，也不能去冒险。为了确保这项工作的执行力度，刘芾特意把这项任务同时下发给内务部和国防部军情局两个单位，让他们互相监督互相掣肘，免得那个单位头脑一热，快干冒进，那就麻烦了。
在得到总统批准之后，联邦海军和陆军各自抽调了一部分舰艇和部队，组成了一只特别登陆部队，归内务部和军情局双重领导，开始了对爪哇岛的部分占领。
最先被占领的就是爪哇岛上最大的城市，巴达维亚。这座东南亚最大的城市是由荷兰人在17世纪建立的，修建这座城市的石料不部分是从印度科罗曼德尔海岸石料场运来的，而木料则是从爪哇东部砍来的柚木，在加上在当地取材，由华人烧制了大量的砖才，经过13年的修建，才逐步完工。在当时修建巴达维亚城的劳工队伍中，就出现了华人包工队，当时的荷兰总督安东尼.范.迪门把城市下水、港口修建、城墙、防御要塞和部分房屋的建设都承包给了多支华人工程队，并且对华人烧制砖瓦和砌砖的工艺大卫赞赏。
这里曾经是荷兰东印度公司的总部，也是东南亚地区贸易最为发达的港口城市，不过，现在这里成了一座鬼城。随着疫情的加重，城市中的人要不染病而亡，要不逃出港口被联邦海军击沉，丧生大海，要不逃入了深山去躲避疾病和饥荒，现在的巴达维亚城，已经很久没有人的踪迹了，到处是倒塌的房屋和失火后的残迹，各种小型动物把这里当成了家园。
不光是巴达维亚城，爪哇岛沿海的所有城市基本上都是这样，这些城市中尸骨遍地、虫蛇众多，与其说叫城市，不如叫做废墟。
这次参加登陆的部队，全部装备了防化服和呼吸过滤器，并且为了应付这些杂草丛生、尸骨遍地的城市废墟，还特意装备了大量的火焰喷射器。有了这种破坏利器，不管是尸骨、杂草、残屋断檩，不用耗费过多的精力去整理，火焰喷射器一顿喷，除了石头，啥都没了，既节省体力，还安全、卫生、可靠。
在清理完毕巴达维亚、西冷、南安迪、井里汶、直葛、三宝垄、南望、图班、泗水、芝拉扎等城市港口之后，数支规模在1个连的探索部队，开着侦查坦克和越野载重车，从这些城市出发，分头向指定方向进发，他们的任务不是占领，而是保护随军的科研人员，深入到陆地内部，去收集一些数据和实地情况，以便最后得出一个结论，爪哇岛上鼠疫或者其他疫情是否已经消退，能否撤出海上封锁。
经过了2个多月的调查和取样，刘芾得到了卫生防疫部门和生化研究所的一致意见，爪哇岛上的鼠疫已经基本消失，不过由于当地的动物已经吃惯了人肉，它们的体内是否携带着病菌，还要进一步采样调查，不过海上封锁已经没必要了。
于是，持续了近3年的对爪哇岛的海上封锁终于解除了，而联邦政府也正式宣布，经过联邦政府和当地人民的共同努力，肆虐在爪哇岛上的黑死病和饥荒终于被战胜了，虽然损失惨重，但是这充分体现了联邦政府对国民的负责任的态度。不过，联邦政府也提醒国民，由于爪哇岛上的检疫工作还在继续进行，所以爪哇岛暂时被划为军事禁区，除了持有国防部特别通行证之外，一切人等都不得进入爪哇岛，违者将按照军事条例处理。
这条消息在联邦国内的报纸上只露了一小面，然后就石沉大海了，现在联邦国内正在忙着讨论迁都中的各种工作问题，谁有功夫去注意一个消失了好几年的爪哇岛啊。而且听说那个岛上流传着瘟疫，老百姓别说去了，想都不愿意想那个地方，太不吉利了。
虽然爪哇岛暂时无法开发利用，不过也不是毫无用处，联邦政府在计划中，将在岛南部的芝拉扎建立一座军事基地，并且在巴达维亚和泗水，修建2座军用机场，这样一来，联邦的海军和空军，在对南部的防御和监控上，就多了一个重要支点，联邦海军的手，也就可以伸的更长了。
1920年10月3日，经过了几个月的墨迹，南海联邦与美国政府的和谈终于完成了，南海联邦将无条件归还全部美国海军战俘和伤员，两国之间的外交关系恢复正常，并重新互设大使馆。
由于美国大选即将开始，在选前的多次模拟中，共和党候选人的支持率都明显高于民主党，所以威尔逊政府也没心思再在这场已经失败的战争中和联邦政府讨价还价了，匆匆忙忙签订了和谈约定，就把精力投入到了国内的选举中去了。
恢复了和美国的正常关系，南海联邦的经济压力就小了不少，在合约公布的当天，从联邦的多个港口中，就出发了十多艘大型船只，它们无一不是装载着满满的货物和旅客，开始扑向美国这块巨大的产品销售市场。
另一边，南海联邦与荷兰、英国政府之间的谈判还在继续，由于联邦政府寸土不让，谈判的进展非常缓慢，不过，在谈判初期，联邦政府也同样无条件归还了英国海军战俘和伤员，并且也与英国恢复了大部分外交关系，不过大英帝国碍着面子，只答应两国先互设领事馆，其他方面并未涉及。(未完待续……)