在锦衣卫的严刑拷打之下，早就掌握了一大批的所谓证据与材料，杀戮是从胡惟庸开始，却没有自胡惟庸结束，在朱元璋的名册上写满了密密麻麻的名字：吉安侯陆仲亨，平凉侯费聚，李善长的弟弟李存义，延安侯唐胜宗，南雄侯赵庸，荥阳侯郑遇春，宜春侯黄彬，河南侯陆聚，宣德侯金朝兴，靖宇侯叶碖，都督毛骐、李伯碖、丁玉，卫国公邓愚之子邓镇，宋濂之子宋慎，甚至还有大明除了皇帝威望最高的韩国公李善长。
这样的大手笔确实超乎想象，而彻查当朝谋逆造反这么大的事件，小小的锦衣卫怎么可以完成呢？
而且还有一个更重要的问题，就是为什么皇帝此次在朝堂大变动之前，为什么首先将矛头对准了在西北的秦王朱樉，而不是更有争议的燕王朱棣呢？
姚广孝指出了一个很重要的问题，那也是他很久以前就看不透的问题，那就是皇帝对于燕王朱棣的偏爱。
洪武十三年三月十一日，燕王朱棣带领两护卫将士五千七百七十人，离开南京前往他的封地北平。这年朱棣整整二十一岁。
这年正月，发生了一件举国震动的大事。左丞相胡惟庸被诛杀，罪名是“私构群小，夤缘为奸，或枉法以惠民，或挠政以诬贤”，如果像诏书中所说是中书省“任非其人”，那么再选择一个称职的人接替胡惟庸便可以了。
结果并不如此，朱元璋就此废除了中书省，并将大都督府改为五军都督府。显然这是谋划已久的一次铲除权臣、集权于皇帝的措施。朱元璋所宣布的胡惟庸的罪名。不过是采取这一行动的借口。朱元璋铲除权臣和分封亲王都是为了同一个目的，即维持朱姓皇室的独尊地位。随着亲王的成长和逐渐就藩。皇帝越来越觉得可以无溜顾忌地对威胁皇帝的权臣采取措施。反过来，胡惟庸这样的治国能臣被诛杀后。各位藩王身上的担子便更为沉重了。
朱棣背负着“慎固边防、羽翼皇室”的重任，来到北方重镇北平。这里曾经是蒙元王朝的首都，被称为大都。
蒙古骑兵的铁蹄一度无敌于天下，所到之处莫不降服，成吉思汗、忽必烈和他的子孙们就从这里出发，统治着广袤的疆土。蒙古人、汉人、色目人汇集在这里，东方人、西方人汇集在这里，不同的肤色、不同的语言、不同的服装、不同的风俗，这里曾是一个真正的世界性的城市。如今那鲜衣怒马的蒙古人哪里去了？那黄发碧睛的色目人哪里去了？连勾栏瓦舍中的百戏杂剧也失去了原来的喧阗红火。只有那冷落的皇城宫殿依然显示出昂处挺身的雄姿。那太液池边的春柳依然娇媚地拂抚着水面。十三年过去了，这蜿蜒的红墙里终于迎来了它新的主人。
这里虽然已不是华夏这片土地的统治中心了，但军事、政治上仍然占有重要地位。蒙古人要东山再起，这里是首先要觊觎的目标。蒙元近百年来的统治在这里还留有很深的影响，怀恋故国的势力盘根错节，表面上俯首屏息，而暗中仍心怀不满。不是洪武初年在西直门瓮城门洞的墙壁上还有人在表达他故国之思吗？朱元璋改“大都”为“北平”，就是镇压这里的“王气”。
早在元顺帝放弃大都，北退塞外时。就派驻守在太原的扩廓帖木儿率军北上，经保安反攻大都，结果明大将军徐达乘虚攻克太原，又击破扩廓回援之军。
洪武二年二月。元丞相也速率军攻通州，扎营白河，再窥大都。为明守军击溃。六月也速乘明师进攻陕西之际，再攻通州。被常遇春回师击败。明师乘机进攻开平，元顺帝再北走。明军大胜，生擒其亲王庆生、平章鼎住，得将士万人、车万辆、马三万匹、牛五万头，蓟北悉平。
明军挺进西北，偏将军李文忠率军行抵太原，正值元将月兑列伯、孔兴奉元顺帝之命进攻大同，情势甚急。李文忠引军北上救援大同，大败元军。月兑列被俘，其众万余人投降，孔兴遁走陕西，被部将所杀。这是元朝妄图恢复的最早两次企图，虽然都被明军击败，但元军所拥有的实力并未被消灭。
明军于洪武二年八月攻克庆阳，十二月扩廓帖木儿乘徐达还师，自甘肃袭击兰州，明军苦战，虽免于陷落，但西北已呈危急之势。同时，北方边塞要地朔州、武州、云州地区、野狐岭、大兴等仍为元军所盘踞。在这种形势下，朱元璋派明军进行了一次又一次的北征：
洪武三年，以徐达为征虏大将军，李文忠、冯胜、邓愈、汤和等为副将军分道北征。徐达败扩廓帖木儿，擒无郯王、济王及国公平章以下文武所属一千八百六十五人，将校士卒八万四十五百余人，获马一万五千二百八十余匹，扩廓携其妻子从者数个北遁奔和林，李文忠乘元顺帝之丧，攻克应昌，俘获元宗室嫡子买的里八腊及后妃、宫人、诸王、将相等数百人，元嗣君爱猷识理达腊率数十骑遁去。李文忠回师途中又俘获元国公汪文清等，降其兵民五万余人，这次北征使元朝近塞势力遭到沉重打击。
一年多以后，元朝势力在近塞再趋活跃。明军在平定四川之后，于洪武五年，派徐达、李文忠、冯胜率师十五万，分三路再次北伐。这次北征，明军受挫，出师不利。中路徐达军为元所败，死者数万人，东路军李文忠杀伤相当，不得已旋师，仅西路冯胜略获小胜。
此后七年中，朱元璋敛兵自守，不再轻易北征，而元朝势力却屡有南侵，元主爱猷识理达腊任国政以扩廓帖木儿。图谋恢复，数为边患。洪武六年寇武、朔州及宁夏河州等地。七年寇白登、兰州；八年寇兰东；九年以后。连年骚扰陕北，又西连吐番为边地之患。
洪武十一年。爱猷识理达腊死，其子买的里八剌继位，为患仍然不已。面对这种局势，明朝加紧练兵，严守边关，始北元降人以官爵卫士赏赐，加以拢络。这时明与北元之间差不多是相持的态势，北元虽南下为患，但无法造成对明的重大威胁。明师虽偶有出击，但也难于给北元造成致命的打击。
这就是朱棣就国时的北方边境的形势。
大概是朱元璋认为朱棣不够成熟吧，并没有让他立刻参加直接的军事行动。就在他就藩的这一年和第二年，朱元璋又发动了两次北征。第一次洪武十?年二月，朱元璋得知北元国公月兑火赤、枢密知院爱足率众万余屯兵和林，恐为边患，便派西平侯沐英前往征讨，沐英至灵州，侦知月兑火赤等已进兵亦集乃。便率兵渡黄河，经贺兰山，穿过沙漠，西进亦集乃。明军兵分四路合围月兑火赤营帐，尽俘其部曲以归。
沐英又练兵西凉、进袭元柳城王，俘获柳城王及人口一千三百余。马匹三千余。十四年正月，元平章乃儿不花入寇永平。朱元璋再命徐达及左右副将汤和、傅友德北征，同时命沐英出古北口以为应援。明军出塞。袭灰山，明军再北上，元军北遁，傅友德追击，俘获平章别里不花、太史文通等，沐英出古北口，略公主山长塞，尽获全宁四部而还。从这以后，明军每年春出冬归，对北元采取了以攻为守的策略。
其后，洪武二十年正月，朱元璋命宋国公冯胜为大将军，颍国公傅友德、永昌侯蓝玉为左右副将军率师二十万征北元纳哈出。纳哈出据有辽河流域，拥有部众十余万，是北元最后的重要军事力量之一。在明军的强大压力下，纳哈出被迫投降。北元失去了辽东，与朝鲜的联系也被割断，力量更加衰弱。
洪武二十一年，朱元璋以永昌侯蓝玉为大将军，延平侯唐胜宗、武定侯郭英为左右副将军，率兵十五万“肃清沙漠”。明军至捕鱼儿海，袭买的里八剌大营，杀其太尉蛮子，降其众，买的里八剌等仅以数十骑遁走。明军获其大臣以及宗室六十四人，内臣以及嫔妃等五十九人，吴王朵儿只等两千九百九十四人。车士男女七万七千三十七口，得宝玺图书金印及驼马牛羊车辆无数。明军大胜而还。
燕王朱棣正式登上军事舞台一显身手，是在去年。朱元璋为肃清沙漠，准备再次进行北征。为此他做了充分的准备。
洪武二十二年九月二十六，他命令河南都指挥使司和直隶各卫所加紧训练军士，以待征讨之令，并赏给每个军士钞三锭。十二月初十，又命令定远侯王弼往山西、雄武侯周武往河南、全宁侯孙恪往陕西，分别训练兵马，随时听征漠北；遣使命辽东都指挥使胡旻、朱胜训练精锐马步官军各一万人随时听候调遣。二十二日，他又派仪礼司丞古里哥、舍人火儿忽答孙等到塞外寻访他要打击的主要对象——故元丞相咬住、太尉乃儿不花等人的踪迹。为了保证远征有充足的马匹，在二十三年正月又下令制作一批文绮衣衾往漠北交换马匹。
在一切准备就绪后，朱元璋就下达了北征的命令。
这次北征的统帅是燕王朱棣和晋王朱棡。他们分别统帅北平和山西的兵马。颍国公傅友德被任命为征虏前将军，南雄侯赵庸被任命为左副将军，怀远侯曹兴被任命为右副将军，定远侯王弼为左参将，全宁侯孙恪为右参将，诸将军除王弼已在山西，听晋王节制外，其余均处北平训练军马听燕王节制。接着朱元璋又命令长兴侯耿炳文往陕西训练军马，并派使敕令孙恪率耿炳文所操练的兵马随傅友德北征，又遣使命齐王朱榑率领山东都司兖州护卫及徐邳二卫精锐马步军士随征，也听燕王节制。在晋王麾下，又令河南都指挥使司、中都留守司选拔军士六千二百人，马四千四百七十匹从雄武侯周武北征前往山西。
这个时候，地处北方重镇的亲王惟秦、晋、燕三王年龄最长。从这北征的部署看，燕王无疑处于最重要的地位。不仅燕王所节制的兵马众多。而且从敌对双方的地理位置上看，燕王也是首当其冲的。晋王处于侧面。而年最长的秦王竟然无预其事。那么可以看出朱元璋对朱棣充分信任和倚重，和对秦王朱樉事先留下的后手。
在出师以前，朱元璋还是放心不下，他派人给晋燕二王一道敕谕，向他们介绍讲述从降敌口中得到的情况。敕文中说：
询及来胡，言残胡甚少，骑者才五千人，共家属一万口，马称之。有急则七人皆一骑。趁水草长行，大军负载且重，追袭甚劳。今降将尝与彼共仕大官，已使在彼。而晃忽儿又能辞说，由是其众二心，欲南向者众，北向者少。且将粮饷运至上都，及口温，集于各程。然后再候人来，知其所在一举而中矣。”
朱元璋不仅从降人口中了解了敌人的情况，而且又将降人派回作为说客，以瓦解敌心。最后还为燕王作了先运送军粮。等得到情报后再行出师的部署，可谓慎之又慎了。
三月初二日，燕王朱棣率领大军从北平出发。征虏前将军颍国公傅友德、左副将军南雄侯赵庸、右副将军怀远侯曹兴各率自己的部属从征。大军迤逦向北进发，矛戈如林、旌旗蔽日。在干燥的黄土路上扬起滚滚尘埃。越往北地势越高，而且渐入丛山。
大军经顺义、密云出古北口。直指塞外。古北口在北平正北偏东，是通往塞外的重要关口、历来的用兵之地。辽太祖夺取山南，先下古北口；金灭辽，夺取燕京，也在古北口发生激战。元泰定帝死后，大臣燕帖木儿拥主元文宗，撒敦与上都兵的争战同样都从古北口出入。它地处居庸关、山海关之间，与喜峰口并峙，俨然一雄关要隘。
古北口在密云县境内，其城在山上，周四里三百一十步，三门，城北门外有北宋著名将领杨业祠。洪武十一年在这里设立了守御千户所，驻扎了军队。朱棣率大军穿行在古北口的万山丛中，朔风煦日，古道雄关，怎能不激起他的英雄情怀。多少忠臣烈士曾在这里抛洒热血，多少英雄骁将曾在这里抖擞雄姿。而今，这位年轻的亲王也从这条道路踏上了他威武雄壮的征程。
燕王从一开始便显示出他的军事才能。他分析了敌我双方的情况，决定先派兵侦察敌军动静，他对诸将说：?吾与诸将军受命提兵沙漠，扫清胡虏。
今虏无城廓居止，其地空旷，千里行师必有耳目，不得其所，难以成功。”诸将自然赞同他的意见。明军派出的骑哨很快便弄清了敌情，他们报告说乃儿不花等正在迤都(后改禽胡山)安营扎寨。朱棣命大军向迤都进发。出塞之后，虽地势渐高但渐渐平旷，青天大漠，更显得苍凉悲壮。坝上的天气从来难测，行军中，突然彤云密布，转眼间漫天大雪纷纷扬扬地下了起来，正是胡天三日仍飞雪了。雪越下越大，将领们想要停止前进。燕王却认为大雪天正是进军的好机会。他说：“天大雪，虏不虞我至，宜乘雪速进。”用兵无常，唯?奇可以制胜。燕王的决定表明他是深谙此道的。果然，明军到达迤都，与敌营只有一碛之隔，敌人竟然未觉察明军已迫在身边。
燕王部下有位指挥名叫观童，是归降的敌人将领，与乃儿不花有旧交。燕王企图利用这一关系，便派观童前往敌营。乃儿不花一见是旧友观童，也没问他为什么会到这里来便相抱而哭，国亡主奔，流离沙漠，沧海桑田，风霜雨雪，说不尽的苦辣辛酸。
仓猝之间明军已经包围了乃儿不花的营帐，慌忙之间，乃儿不花与众将打算上马出逃，观童温词劝阻，对他说，这次出征是燕王帅师，不必这样惊恐。乃儿不花也早就听说过燕王镇守北平，骁勇过人，而且喜欢延揽豪杰之士，又听老友观童相劝，想必不错。
事已至此，无可奈何，只好跟随观童去见燕王。燕王见观童引来乃儿不花，自然十分高兴，不免演出了一幕“降阶相迎”、设宴款待的老戏。醉饱之后，乃儿不花的精神防线已尽行瓦解了。乃儿不花的部下听说主将受到燕王的优待，大喜过望，也都不再想走了。燕王又对乃儿不花慰谕了一番，便派人送他还营，还没走到营帐，又被燕王召回，再行劝慰，如此往返三次，不仅乃儿不花的敌意已经完全消失，甚至已经有些不耐烦了，迫不及待地要向燕王表示归降的诚心。于是乃儿不花的全部部将和马?牛羊一律都归属了燕王。这一仗，燕王不费一兵一矢，而是以武力为后盾，以计谋取胜，这便是兵法上说的攻心为上吧？
自燕王出师北平，至获乃儿不花全部以归，整整二十九天，这是一次很漂亮的军事行动。闰四月初一，燕王的捷报传到京师，朱元璋大喜，对群臣说：“肃清沙漠者，燕王也！朕无北顾之忧矣。”(未完待续……)