朱珪入仕多年，已不是早年彻头彻尾的迂腐书生，官场解套办法多少懂一点，不久他奏报，自己从养廉银中先后捐出二万两银子，用于修理官家缉盗船艇。友情提示这本书第一更新网站，百度请搜索+第二年三月，就从京师传来好消息，将他擢升为兵部尚书。二万两银子没有白费，他总算重新升到两年前担任过的那个官职。当年八月，又有好消息传来，朝廷命他担任吏部尚书，不过不要他赴京上任，要他仍留安徽担任巡抚。
嘉庆四年（1799年）正月十一日，一位来使火速驰抵安徽。朱珪接到一道封面标用蓝笔的上谕，心中顿生不祥之感：莫不是太上皇龙驭升天了？如此一想，顿时心慌意乱，浑身哆嗦。但是，启封奉读谕旨，只有“朱珪着来京供职”等字样，明确规定要他交印启程的日期。朱珪忍泣衔哀，昼夜兼程，飞赴京师。十七日抵京畿王庄，探清先前猜测属实：太上皇乾隆帝已于本月初三日殡天了！按他自己的说法，闻此噩耗，不胜悲伤，“胆裂呼天，角崩投地”。在此期间还发生了一桩举朝震惊的大事，嘉庆帝已将太上皇宠臣和珅打入死牢，明日就要赐令他自尽。朱珪琢磨着十有**和珅会有这个下场的，只是没想到这一日来得这么快。
君臣相见于宫内永思殿。嘉庆帝与恩师久别重逢，不禁相互抱头痛哭。嘉庆帝此时的感情是复杂的。朱珪也涕泪交加，多少想说的话一时难以述说。平静之后，朱珪劝谏嘉庆帝，要为皇考服三年之孝确是自古未有的孝举，但天子服孝，不在于毁损自己的身体、泯灭自己的**，而在于继承先皇的事业。♀嘉庆帝颔首称是。朱珪向皇上提出两条建议：带头躬行节俭，带头崇清奖廉。他认为皇上要真能做到这两点，则“盗贼”可平，财用不竭。当时白莲教在各地纷纷起义，成为嘉庆帝心病。嘉庆帝含泪听罢恩师谏言，频频颔首。
乾隆时代已经过去，嘉庆时代已经到来。颙琰现在在大清国里是说了算的。嘉庆帝命恩师入值位于乾清宫西南隅、与皇帝近在咫尺的南书房，以备随时召对。同时，命他管理户部三库事务，将户部钱财掌管起来。这一日，嘉庆帝赐给恩师乾隆帝遗服四团龙褂一件，四开禊袍一件；赐其紫禁城内骑马，赐第西华门外。
令人不解的是，已经独揽朝纲的嘉庆帝，在诛杀和珅、将苏凌阿逐出内阁，大学士职位多有空缺的情况下，竟没有让他补任大学士。除了命他入值南书房、管理户部三库外，赐予太子太保衔，任实录馆正总裁兼国史馆副总裁，当年十月调任户部尚书，年底任上书房总师傅，但迟迟没有让其入阁办事。
嘉庆帝没有授予恩师大学士职衔，自有深层考虑。和珅当年在太上皇面前告状，说嘉庆帝“欲市恩于师傅”，太上皇对此表示认同，将一肚子怒气泼洒在朱珪身上。现在太上皇刚刚闭眼咽气，素有孝子之称的嘉庆帝不便违背父意立即翻案，否则在舆论上就会陷于被动。出于政治策略，嘉庆帝只好委屈恩师。
朱珪虽未进入王朝权力核心层，但并不妨碍他成为核心成员。嘉庆帝对恩师非常宠信：“时召独对，用人行政悉以咨之。”朱珪与皇上促膝商议军国大事，所议内容从不告知军机大臣，他本人也从不向获得升迁和得到其他好处的官员讨好。嘉庆帝对恩师则言听计从，“初政之美，多出赞助”。
只要合适时机一到，嘉庆帝就会把大学士之职授给恩师，这种急切心情是可想而知的。但偏偏此时发生了两件令朝臣哗然的事，这两件事都与朱珪有关。嘉庆五年（1800年）五月，朱珪与工部尚书彭元瑞一起入朝，彭在紫禁城内不慎从马背上掉下来，跌伤昏迷，朱珪急于救人，传呼彭所乘轿子直接进入西华门，令轿夫将他抬出。这一违规行为，遭到御史周栻的弹劾。当年九月，朱珪的轿夫在西阙门禁地酗酒斗殴，戮打禁门卫军，撅断他们的枪杆。西阙门距朱珪府第近在咫尺，轿夫如此不法，朝臣议论颇多，认为这与朱珪平日管教不严有关。光天化日出了这两桩事，嘉庆帝想摁是摁不住的，只好交部议处。部议结果，将朱珪降二品调用。嘉庆帝急忙颁谕为恩师百般维护，说朱珪“前在上书房行走，小心恭谨。于在书房之皇子皇孙，无一不出于敬”；认定他呼彭元瑞轿入西华门违反门禁，原因在于彭“坠马昏迷，难以扶掖”，属“一时仓促，不暇详思”；其轿夫在禁地酗酒殴人，是“平日恪谨”的朱珪“造次之际稍不自检”所致。总之，竭力为减轻恩师过失寻找理由。最后，嘉庆帝裁决，“唯念朱珪平日为人谨饬”，革去太子少保衔，不再管理户部三库事务，但仍加恩担任户部尚书，继续做他的一品官。
嘉庆帝宠护恩师是有目共睹的。就在御史周栻弹劾朱珪当月，嘉庆帝任命朱珪署理兵部尚书，过了三个月又让他兼署吏部尚书。至此，朝中六部朱珪身兼户、兵、吏三部长官，大权要职集于一身；朱珪轿夫在禁地酗酒殴人当月，嘉庆帝颁发上谕，将朱珪未考中举人的孙子“加恩赏给举人”，破格给予参加会试的资格。在革去朱珪太子少保任不久，又将他五年前任两广总督时捐银二万两的陈芝麻翻出来，以此为由，降旨命“朱珪着加三级留任”，随后让他出任会试馆副总裁。嘉庆七年（1802年），命他担任殿试读卷官，总掌衡文大权。当年八月，嘉庆帝命恩师担任户部尚书、协办大学士，仍加太子少保衔。至此，朱珪在朝廷的地位职务不仅统统恢复，而且攀升到新的高度，距正式入阁担任宰执仅一步之遥。
嘉庆八年（1803年）二月皇上外出谒陵，七月赴避暑山庄，均命朱珪留京办事，对朱珪寄予高度信任。次年正月，嘉庆帝晋升他为太子太傅。翌月，嘉庆帝驾临翰林院，联句赐宴，亲笔挥写“天禄储才”匾额赐给朱珪，并让人摹刻高悬院中，朱珪获得辉煌殊荣。
嘉庆十年（1805年）正月二十六日，嘉庆帝补授朱珪为体仁阁大学士，管理工部事务，终于了却长达十年的一桩心愿。嘉庆帝特地解释说，这一任命，实际上是遵照皇考乾隆帝谕旨下达的，命大学士朱珪前往埋葬乾隆帝的裕陵叩谒谢恩。当上大学士、爬上文官最高台阶这一日，年届七十四周岁的朱珪，感慨万千，夜不能寐。
嘉庆十一年（1806年）七月，皇上率领一群文武大臣赴避暑山庄，又命自己宠信的朱珪留京办事。不久，赐给他一柄玉鸠杖，并颁御诗赞扬恩师的辅佐之功，内有“健步固未妨，视履应策杖。入朝引班联，佳话群欣仰”之句，表示对恩师的敬重，对他表率群臣的肯定。不久，嘉庆帝给予鹤发飘萧的朱珪很多特权：“以天气渐寒，俟日出后入值。遇临幸离宫，不必随来。即御门勾到奏事日期，俱不必侍班。间二三日入值书房，候召对。”这些，充分体现了嘉庆帝对恩师的殷殷关切。十一月的一天，嘉庆帝即将在乾清宫御座时，朱珪突然发病晕眩，不省人事。御前大臣怕他失仪，命太监将他扶出乾清宫，随后用木凳将他从月华门抬出。嘉庆帝闻讯，急忙派医官为他诊视治病。次月初五日，朱珪病逝，享年七十五岁。
嘉庆帝痛闻恩师逝世，颁谕予以高度评价：“大学士朱珪持躬正直，砥节清廉，经术淹通，器宇醇厚。受皇考高宗纯皇帝特达之知，由词垣补授道员，荐历两司，内用为侍讲学侍。特命入值上书房，给朕讲贯诗文，深得其益。嗣以卿贰出任封圻，有守有为，贤声益懋。迨擢至正卿，皇考即欲用为大学士。朕亲政后，召令还朝，在南书房侍值有年，简任纶扉，深资启沃。凡所陈奏，均得大体。服官五十余年，依然寒素。家庭敦睦，动循矩法。不愧为端人正士，倚畀方殷。”同时宣布：晋赠朱珪为太傅，使其位列“三公”；入祀贤良祠；赏给内库白银二千五百两用于治丧；其任内一切降革处分全部撤销。
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