这是一个不平常的夜。在胜利队本部值班的大古做了一个很恐怖的梦，摇曳的千结拉、熊熊燃烧的火海、惊慌失措的人群还有最后降临的黑暗。浑身是汗的大古被惊醒了，大口的喘着气，试图平复剧烈的心跳。正在睡梦中的叶清音也做了相同的梦，只不过他的梦境要清晰详细的多。“啊！”叶清音猛地坐起来，抹了一把冷汗“怎么会做这种梦？黑暗，佐加吗？”叶清音的大脑清醒了过来。
早晨，叶清音心不在焉的扒了几口饭就钻回卧室去闷了起来。卡密拉和居间惠对视一眼，不约而同的放下碗筷，敲响了叶清音的门。对于叶清音的性格二女可谓了如指掌，叶清音的这种表现就是说明有事情要发生了。叶清音的个性从某方面来说其实很单纯，心里藏不住事，什么东西在脸上就表现出来了。
“咚咚咚！”居间惠敲响了房门。不一会儿，叶清音从里面探出头来“是你们啊！有事吗？”叶清音错愕了一下，继而问道。“不是我们有事，而是你有什么事。”居间惠道。“我？”叶清音更加愕然，他就想不通，难道自己真的很小白？一眼就让人看穿了叶清音把二女让进屋里，自己就摔在床上不停的揉脑袋。在她们面前，叶清音根本不在意自己的形象。
“到底怎么了？”卡密拉开口道。“昨天晚上，又做梦了。”叶清音现在还有些头痛。“做梦？”“嗯，做梦。”二女有些不解，做个梦有必要这么纠结吗？“是关于三千万年前人类毁灭的最后一幕，记忆犹新啊！”叶清音眸子里闪过一丝黯然。“不是都过去了吗？”居间惠有些奇怪。“你们不知道，当时的惨状。”叶清音的记忆穿越了时空，他的眼前仿佛又出现了那不断喷出花粉的千结拉，吸了千结拉花粉的人好像着魔了一样，不断破坏着能够破坏的一切；接着零星的火苗蔓延成了连绵的火海，人类所创造出的一切文明成果全都在火海中化为乌有。最后，遮天的黑暗包围了地球，幸存的人类在这黑暗中彻底的失去了希望。
“呼”叶清音出了口气，从回忆里醒来。“三千万年前的惨剧将要重演，黑暗魔鸟佐加，就要复苏了。”叶清音无力道。“人类真的就逃不了命运的掌控吗？”叶清音的话仿佛重磅炸弹，居间惠霍地站了起来“什么！”
胜利队本部。海洋巡逻队向胜利队报告，新西兰附近海底发生了异常隆起。接到报告后，居间惠心里越发的不安起来，她想起了叶清音早上的话“黑暗魔鸟佐加，就要复苏了！”
新西兰海底的地壳不断隆起，一座超古代的遗迹出现在所有人面前。通过传输的影像分析，这座遗迹的建造时间在三千万年前。忽然，一双血红的眼睛出现在屏幕上；一声兽吼过后，屏幕上的画面消失了。“一号机先行出发。”丽娜起身向外走去。大古站起来，略一踌躇，追了上去。这几天丽娜很反常。
新西兰附近海域，一头怪兽突然冲破海平面从海底冒出来；之后，怪兽以超快的速度直接登陆澳洲。无数的光球从怪兽的嘴里吐出来，以机关枪的射速横扫数座高楼。在丽娜驾驶胜利飞燕一号机赶到时，已经有好几座高楼被彻底摧毁了。胜利飞燕号进入射程之后就立即向怪兽发动了攻击。但在怪兽超敏捷的规避之下，所有的攻击都落了空。宗方指挥要求大古绕到怪兽前面，意图夹击。但是，结果却是大古和丽娜险些误伤。突然，怪兽向高空飞去；丽娜一拉*纵杆追了上去。大古担心丽娜出事，赶紧追了上去。出乎他们意料的是，一直在前面跑的怪兽突然掉头冲了回来；在丽娜的尖叫声中，红色的能量弹疾射而来。丽娜险之又险的避了开去，但后面的大古却很倒霉的被击中了。最后，怪兽瞬间消失在大家的视线中。
胜利队本部，在回办公室途中的居间惠看到了一个和自己很相像的女人，她正是古代地球防卫军指挥，幽莲。“佐加已经复苏了，烧尽大地的邪恶魔鸟。它带来一望无际的黑暗，将把这块土地完全吞噬”“一望无际的，黑暗？”“带来恐怖、破灭、悲伤，和把一切化为乌有的使者。”听着幽莲的描述，居间惠不由想起了叶清音早上讲过的三千万年前的惨剧，只是叶清音讲的更仔细一些罢了。“我知道，黑暗魔鸟佐加的复苏所代表的意义。我们会挺过去的，现在的人类和过去的不一样！幽莲。”
叶清音站在阳台上仰望着天空，变幻的神色让人不知在想些什么。良久，叶清音道：“卡密拉，通知达拉姆他们，‘保护区计划’正式启动。现在的地球无力再应付地球以外的威胁了。”“现在就开始那个计划？没问题吗？”卡密拉从里面走出来。“影响应该不大。现在有了Z33的资源支持，机械奥特战士的制造大大的加快，让战士们带领将要成型的机械奥特军团，全力扫荡宇宙的每一个角落。将所有的怪兽都送到我们精心准备的保护区去吧。”叶清音唇边露出一丝微笑。“保护区计划”是迪迦为了在位面融合后的初期拖慢光之国的扩张步伐而制订的计划。其主要的内容就是把宇宙中大部分怪兽全部驱赶到M789星云所对应的位置，等位面融合后、M78降临时，光之国最先要面对的，就是这些被驱赶到一起的怪兽。因为和地球设立野生动物保护区相类似，所以取名“保护区计划”。“知道了，我现在就通知他们。”卡密拉转身回房，叶清音家里就有和Z33联系的通讯装置。
Z33星云，除必要的防守人员外，所有的超古代战士聚集在一起，听Z33高层的动员训话。“战士们，多余的话我就不多说了，我们的任务就是给宇宙中的‘小动物’们找一个温暖的家。计划已经下发到你们手中了，只要执行就可以了；出发吧！”达拉姆大手一挥，战士们瞬间奔向茫茫宇宙。
地球上，佐加的行踪再一次出现了。丽娜驾驶着装载有麦克斯动力系统组件的新机体白雪号紧咬着佐加不放，试图将其拦截击毙。而佐加的速度还真不是盖的，挨了一记超强尖锋弹还能以超快的速度向大气层外逃逸。丽娜接下来的举动让大古担心不已。
“丽娜，白雪号没有飞出大气层的装备啊，丽娜！丽娜！”丽娜专注的驾驶着白雪号，对大古的声音恍若未闻。“再高一点”“你到底是怎么了？你倒是说说啊！”大古问出了心里的疑问。“为什么？为什么不告诉我？为什么要独自承受？难道说，奥特曼就有义务一个人承担起保护地球的责任吗？如果有可能，我也想要变成光，飞的更高。”大古有些惊讶，他用一种充满感情的语气道：“我并不是一个人。还有迪迦和女巨人，他们也在为了地球的未来而努力。而且，所有人都能变成光；光，在每个人的心里。”“我现在不能回头，所以，你变吧。”
蓝色的巨人托着白雪号快速拉近了和佐加的距离，超强尖锋弹射中了佐加的翅膀，彻底废了佐加的速度。砰然巨响声中，佐加栽在了大地上。随后，手托白雪号的大古也尾随而来。
宇宙的各个角落，一场轰轰烈烈的捕捉“小动物”的行动开始了。不管是正在活动的怪兽还是不知在那个旮旯里沉睡的积年老怪都被翻了出来，不时有奥特战士押解着怪兽向指定区域前进，各种闪光频频出现。一头头怪兽被扔在了与另一个宇宙M78星云相重合的位置，一时间各种兽吼响彻宇宙。随着全部战士归队，“保护区计划”的收尾工作开始了。在已经计算好的位置上，一个个不知名的仪器被放置，随着最后调试工作的完成，一道超强的能量流将整个星云封锁起来。这是“保护区”的“电网”。随后，奥特战士们迅速离开了这片星域。
地球上，大古和佐加的战斗也开始了。佐加不愧是三千万年前的灭世魔鸟、黑暗先锋，心性之残忍可谓是排怪兽之前列。将影响身体平衡的另一只翅膀从身上硬生生的撕下来，嘶吼一声直扑大古。
而佐加的实力确实很强，除了速度外，它的身体力量也是出类拔萃的。没有形态变幻的大古根本不是佐加的对手，被佐加压得死死的。就在大古无计可施之时，一道人影从天而降把正在发威的佐加踢出老远。
大古抬头望去，一个蓝色的身影挡在他面前。这个，就是萨洛梅破解黑暗独眼巨人的技术所生产的机械赛罗实验型；这次在叶清音的授意下前来帮助大古，顺便收集实战数据。
机械赛罗的实力毋庸置疑，一记赛罗飞踢过后，佐加受了不轻的伤害，身体的灵活性大受影响。等它从地上爬起来，机械赛罗的计时器光束将它彻底淹没。
大古和丽娜对机械赛罗的实力震惊异常，那么厉害的佐加竟然被眼前的陌生巨人轻易消灭了。
变回人形的大古和丽娜一起，仰望着机械赛罗，心里十分好奇。大古隐约猜到，这个好像是机械战士。这时，大古的通信器响了“马上回基地，佐加侵袭日本了。”居间惠的声音响起。“怎么可能？它不是刚死吗？”丽娜不可置信道。
话音刚落，两只佐加从头顶掠过。地球的危机，来临了！