刘备进入成都，大摆酒宴，犒劳士卒，取出城中存放的金银，分赐给将士，而粮食和丝帛则物归原主。刘备兼任益州牧，任命军师中郎将诸葛亮为军师将军，益州太守、南郡人董和为掌军中郎将，并且代理左将军府事，偏将军马超为平西将军，军议校尉法正为蜀郡太守、扬武将军，裨将军、南阳人黄忠为讨虏将军，从事中郎麋竺为安汉将军，简雍为昭德将军，北海人孙乾为秉忠将军，广汉长黄权为偏将军，汝南人许靖为左将军长史，庞羲为司马，李严为犍为太守，费观为巴郡太守，山阳人伊籍为从事中郎，零陵人刘巴为西曹掾，广汉人彭为益州治中从事。
当初，董和在益州郡的时候，清明，俭朴、公平、正直，受到汉夷百姓的爱戴和信任，大家公认他是循礼守法的官吏，所以得到刘备的提拨和任用。刘备从新野逃到江南，荆州一带的士人投奔他的非常多，唯独刘巴跑到魏公曹*那里。曹*任命刘巴为掾，派遣他去招降和接收长沙、零陵、桂阳三郡。正赶上刘备夺取了三郡，刘巴无法完成任务，准备由交州转道返回京城。这时诸葛亮在临蒸，写信劝他投奔刘备，他不同意，刘备深感是件恨事。刘巴从交趾进入蜀地依附刘璋。当刘璋准备迎接刘备入蜀的时候，刘巴劝谏说：“刘备是一代奸雄，进入蜀地必定害人。”刘备入蜀以后，刘巴再次劝谏说：“要是让刘备去征讨张鲁，如同放虎归山。”刘璋不听，他便闭门称病。刘备围攻成都，向军队下令：“谁若伤害刘巴，诛灭三族。”及至得到刘巴，刘备非常高兴。当时益州各郡县闻风都如影随形般地投靠刘备，只有黄权紧闭城门坚守，等到刘璋跪拜投降，他才归附。这样，本为刘璋所任用的董和、黄权、李严等，刘璋的姻亲吴懿、费观等，刘璋所排斥的彭，刘备往日所忌恨的刘巴，刘备都予以重用，以尽其才能。有志之士，都争相努力尽职，益州百姓，因此非常合睦。以前，刘璋任命许靖为蜀郡太守。成都将被攻破时，许靖曾计划出城投降刘备，刘备因此而看不起许靖，对他不加任用。法正对刘备说：“世上有一种有虚名而其实不副的人，许靖就是这种人。然而主公您现在刚开始创建大业，不能让天下人议论您。对许靖还是敬重为好，以此抚慰远近之人，不使失望。”刘备这才对许靖以礼相待，加以任用。
围攻成都时，刘备曾与部下约定：“若攻破成都，官府仓库的一切财物，你们可以任意地拿，我决不干预。”破城之后，士兵们都扔掉兵器，奔向仓库争抢财物，造成军费不足，刘备深感忧虑。刘巴说：“这很容易解决，只要铸造一种值百钱的的钱币，平抑物价，命官吏设立官市。”刘备采纳了这一建议，几个月后，府库的财物就充足了。
当时，有人建议把成都有名的肥田沃土和住宅分给将领们。赵云说：“霍去病曾认为匈奴尚未消灭，不应考虑自己的家业。现在的国贼远非匈奴可比，我们不能贪图安乐。等到天下都安定以后，将士们重归故里，在自己的田地上耕作，才会各得其所。益州的百姓，刚刚遭受兵灾战祸，土地、田宅都应归还原来的主人，使百姓平安定居，恢复生产，然后才可以向他们征发兵役，收取租税，获得他们的好感；不应该夺取他们财物，以私宠自己所爱的将领。”刘备接受了赵云的意见。
刘备袭击刘璋时，留中郎将南郡人霍峻守卫葭萌城。张鲁派杨昂引诱霍峻，要求共同守城。霍峻说：“我的头可得，而城不可得！”杨昂只好作罢。后来刘璋的部将扶禁、向存等人，率领一万余人溯阆水向上游进发，围攻霍峻近一年。霍峻在城中只有数百名战士，窥伺敌人疲惫的机会，挑选精锐出击，大破敌军，斩杀了向存。刘备占据蜀地后，从广汉郡分出梓潼郡，任命霍峻为梓潼太守。
法正在外统辖蜀郡，在内是为刘备出谋划策的主要人物。他恩怨分明，对他有过一餐饭的恩惠，他都予以报答；对他有一瞪眼的怨恨，他也无不报复，擅自杀害了一些伤害过自己的人，有人对诸葛亮说：“法正肆意横行，将军您应该禀报主公，限制他作威作福。”诸葛亮说：“主公在公安的时候，北边畏惧曹*的强大，东边害怕孙权的威胁，近处则担心孙夫人在家中搞出内乱，法正象羽翼一样辅佐主公，使主公能够自由翱翔，不再受制于他人。怎么能禁止法正，而不许他稍稍随心所欲呢！”
诸葛亮辅佐刘备治理蜀地，很强调严刑峻法，很多人怨恨叹息。法正对诸葛亮说：“以前汉高祖入函谷关，约法三章，秦地的百姓感恩戴德。如今，您借助权势的力量，占据一州的地方，刚刚建立国家，还没有施加恩惠，进行安抚，况且从外来的客与本地的主这间的关系讲，客人的姿态应当降低，希望您能放宽刑律和禁令，以适应当地人的意愿。”诸葛亮回答说：“您只知其一，不知其二。秦因为暴虐无道，政令苛刻，造成人民对它的怨恨，所以一介草民大呼一声，天下就土崩瓦解。汉高祖在这种情况下，可以采用宽大的政策而获得很大成功。刘璋糊涂软弱，从其父刘焉那时起，刘家对蜀地的人两世的恩惠，全靠典章和礼仪维系上下的关系，互相奉承，德政不能施行，刑罚失掉威业。蜀地的人专权而为所欲为，君臣之道，渐渐破坏。给予高官表示宠爱，官位无法再高时，反而被臣下轻视；顺从臣下的要求，施加恩惠，不能的时候，臣下便会轻狂怠慢。蜀地所以到了破败的地步，实在是由于这样的原因引起的。我现在要树立法令的威严，法令被执行，人们便会知道我们的恩德；以爵位限定官员的地位，加爵的人便会觉得很荣耀。荣耀和恩德相辅相成，上下之间有一定的规矩，治国的主要原则，由此清楚地显示出来了。”
刘备任命零陵人蒋琬为广都长。刘备外也游览，突然到达广都，见蒋琬不处理各项政务，当时又喝得烂醉。刘备大怒，要将蒋琬治以死罪。诸葛亮为蒋琬求情说：“蒋琬是治国的栋梁之材，不是治理百里小县的官史。他施政以安定百姓为本，不以做表面文章为先，希望主公重新考察。”刘备一向尊重诸葛亮，才没有给蒋琬定罪，只是在仓促中免去了他的官职。
做了这一系列安排后蜀郡的局势渐渐安定了。