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在总团部之下，还建立了各级相应的组织，如台湾省设有分团，县市有总队，县以下地区有大队，大中学校也视人数多少而成立总队或大队，甚至在部分国外华侨青年中也成立了分支机构。由此，“救国团”把其触角伸入了台湾社会各个角落，强化了对青年人的控管工作。1952年底，蒋介石将青年**救国团的建立当成是国民党党务方面取得的一大成绩：“**救国团之组织，全省青年学生，皆可由党统一组训矣。”《蒋介石日记》（手稿本），1952年，“四十一年总反省录”。
随着救国团组织的逐渐健全，其活动也按有关规定陆续展开：在干部培养方面，总团部为加强基层干部的组织，举办了8个青年先锋营，以在寒暑假期间集训各学校大队的区分队长，训练内容主要是军事基本技能；在政治教育方面，“救国团”在各校设立训导处，负责考核、管理工作，监视学生乃至老师的思想动态，组织各种学习班、演讲会和座谈会，向学生灌输“**反俄”的思想意识，培养其忠于三民主义，忠于蒋介石的情结；在宣传方面，成立青年写作协会、幼狮月刊社、幼狮通讯社、幼狮广播电台、幼狮出版公司，通过各种渠道进行“仇共仇俄”宣传；在军事训练方面，规定学校高中以上学生必须参加军训，各军种奉令组建若干战训队，以在暑假中接纳军训学生，这些学生被分到驾驶、无线电通讯、救护等不同的分队中，进行初步的军事技能训练。
“救国团”在蒋经国的掌控之下，实际上成了国民党的外围组织，成了国民党控制台湾青年的工具。每当国民党有新政策出台，它总是最积极的执行者。然而，该团的成立凭的仅是蒋介石本人的意愿和国民党中央改造委员会的决议，并未通过任何行政或立法部门，这显然与国民党宣扬的“宪政体制”是相矛盾的。“救国团”利用特殊的政治背景，插手军队、教育、行政、文化、社会各个方面的事务，自承一统。“救国团员”则为了政治上的晋升，抛弃学业，出风头，争权利，求享受，闹得学校乌烟瘴气。所以，随着时间的推移，对“救国团”的批评越来越严厉。“吴国桢案”发生后，作为团务指导委员的吴国桢于1954年2月27日致台北“国民大会”的政见书中说：
所谓**救国青年团之成立，实系模仿希特勒……青年团之成立，此机构究由国民党或政府负责，桢至今不明，其经费曾向省政府索要，经桢拒绝。此后经费究由何出，实可查究。自青年团成立后，动辄要求学校更换教员，压迫学生，以此诱得青年，造成不良风气，实将贻害无穷。《联合报》，1954年3月11日。