在看见鸣人之后，鹿丸突然想到自己也该上学了，也是时候去找老爸要修炼家传秘术的方法了，影子模仿术真挺期待的啊。
这天回家之后，鹿久听到鹿丸想要修炼家传秘术的想法，哈哈大笑了起来。鹿丸忍不住问道：“我说想要修炼忍术怎么了，至于那么好笑吗？”
鹿久告诉鹿丸，家传秘术要有阴性质的查克拉才能使用，阴性质查克拉的性质变化也不是那么容易学的，要等查克拉的增长幅度变小，稳定了以后才能慢慢控制和转化查克拉的性质变化。
现在应该学习的是最基础的体术修行，查克拉的提炼反而不用太着急，随着年龄的增长自己就会增加，毕竟提炼是需要精神和身体两种能量的，体术不行查克拉也提炼不了多少。而且身体能储存的查克拉也是有限的。要是错过现在这个打基础的时机，就只能依靠常年累月的锻炼才能提高查克拉的总量了。
鹿久是上忍非常的忙，经常外出执行任务。鹿丸只能在老妈吉乃的督促下，进行枯燥又乏味的体术修行。不久之后，鹿丸无比的后悔自己的多嘴。还不如先轻松一年，在去学校混到毕业多好。
这与其说是体术修行还不如说是身体锻炼。忍具又不让练习，天天都是背着负重先绕着院子跑十圈，然后在来几组俯卧撑、仰卧起坐，在对着木桩打十几遍忍者组合拳。天天枯燥又乏味锻炼体术，再加上鹿丸又是那么懒的人，这对鹿丸来说真是不亚于酷刑。
不知不觉，鹿丸终于熬到了上学的年纪。“真不容易啊。”去参加入学测试的路上，鹿丸一边不紧不慢的走着，一边发出了感叹。
忍者学校是通过测试忍者的资质，把学生分为精英班和普通班。各大家族的人自然都分到了精英班，毕竟都提前修行过，太差的也不会让来上学，又丢人，还浪费名额。
鹿丸看到测试的成绩吃了一惊，得第一名的是佐助这是正常，可得第二名的居然是鸣人。看来测试基础，对于用九尾的查克拉改造过身体，有外挂般的鸣人来说，真是专业对口了。看了看自己排在第十名，丁次排在第二十名也还不错。
佐助看到自己的排名很高兴，这时鼬过来表扬了佐助，“干的不错。”佐助很高兴，打算赶紧回家告诉父母。鹿丸、丁次还有井野三人的父亲都在一起，丁座看见三个人的孩子都进入了精英班非常高兴，“丁次、鹿丸、井野，恭喜你们都进入精英班，今天我请你们吃烤肉。”
井野要去小樱家玩就拒绝了，和小樱一起高兴的离开了。不过俩人都不知道，双方在测试的时候，都对佐助有了好感，以后会为了谁更适合佐助而变成情敌。这时鹿丸叫住正打算回家的鸣人，对丁座说：“丁座大叔，既然井野不去，就让我朋友代替吧，他今天也进入精英班了，还是第二名呢。”丁座看了看鸣人，略微犹豫了下就答应了，鸣人很高兴和丁次一起大声欢呼“烤肉万岁。”
鹿丸不知道他已经慢慢的影响到了原本的剧本了，原本没能通过入学测验的八云，居然因为考官无意间发现八云的血继限界，而特别编入了精英班，鹿丸的蝴蝶效应，影响正在逐渐扩大。
就这样，鹿丸的校园生活开始了，可是没多久鹿丸惊讶的发现，自己的记忆力越来越变态，几乎可以和**目录一样，拥有称之为完全记忆的能力。这大概是因为修行，使得两个灵魂终于真正的融合所带来的吧不过……这也使得鹿丸越发的懒惰了，为了表现的低调一点，学动漫一样把考试的分数保持在将将及格。而鸣人因为提前修炼了一年，成功的用自己的查克拉，掩盖住了那丝九尾的查克拉，使得和同班同学的关系改善了一点。可惜因为经常搞恶作剧，所以也没交到什么朋友，就和鹿丸、牙、丁次关系好，并称为吊车尾四人众。
半年之后，鹿丸上理论课的时候不是睡觉就是逃课，而且逃课的时候还拉着鸣人他们，吊车尾四人众集体逃课，可把伊鲁卡老师气坏了。半年来的鹿丸和鸣人、丁次、牙，成立了吊车尾军团，在校园里堪称一霸，鹿丸担任参谋，不过在谁当军团长上面没达成共识，鸣人和牙都想当还差点打起来，幸亏鹿丸居中调解，最后军团长一职只能空缺。
鹿丸还总结了逃课的经验，归类了十六字方针：敌进我退,敌追我散,敌打我躲,敌近我隐，解释起来就是伊鲁卡来抓我们，我们就逃跑。死追不放，就分散跑。用石子或者绳索攻击，就尽量闪躲。摆月兑后，在伊鲁卡寻找接近时，隐藏起来找机会溜走。
不过到现在为止，逃课成功的没有一个人，丁次跑得慢，经常是第一个被抓住的。鸣人老是中陷阱，对于攻击还不闪不避的。伊鲁卡后来从犬种家要到了吸引忍犬的食物，牙因为赤丸老是从隐藏的地方暴露出来被抓。不过鹿丸却不是被伊鲁卡抓住的，而是每次都被井野找到。
鹿丸穿越前就很喜欢井野，是鹿井迷。小时候认识井野之后就喜欢上了这个咋咋呼呼，看似粗心大意，其实很细心善良的女孩子。在一次伊鲁卡发现鹿丸喜欢井野之后，就拜托井野去找鹿丸，而不知是鹿丸故意的，还是井野很了解鹿丸，反正鹿丸常常都被井野找到，至此吊车尾军团全军覆没。
不过这半年来，随着逃课的次数增加，四人的身手也越来越好，配合也越来越默契，伊鲁卡看在眼里逐渐也就默认，就当成是演习了，不过逃课还是要被抓回来的。
佐助在宇智波被灭族之后，就变成和剧情里一样的小酷哥，也使得鹿丸和鸣人更加不爽佐助，原因自然是井野和小樱更加喜欢酷酷的佐助。
这时的井野和小樱也已经决裂成为情敌了。现在年纪的少女，眼睛里都只有佐助，鹿丸也就只能等待分组之后，再对井野下手了。
鹿丸因为前世看火影忍者的关系，对为了保护鸣人差点被佩音杀死的雏田很欣赏，还帮助过雏田。鹿丸教会了她打太极，只可惜是鹿丸自己只知道养生太极的练法，只能告诉雏田太极重意不重招式，能学会多少就看个人的领悟了。雏田回家把太极拳告诉了父亲日向日足，被日向日足认为是徒有其表给教训了一顿。不过雏田并没有放弃练太极拳，未来还从中领悟出了守护八卦掌。
鹿丸不喜欢将棋，因为小时候老被鹿久打败，所以感到很无聊。鹿丸复仇的方法不是苦练将棋，而是“发明”了象棋，让鹿久迷上了之后，在残忍的虐杀体会报复的快感。没想到，不知不觉间，象棋在木叶里逐渐流行起来，看到商机的鹿丸鼓动鹿久去向三代火影建议，趁着象棋还没流传出木叶，赶紧将象棋的玩法传播出去，再大量制作象棋去各国贩卖，再仿制品出来之前先大捞一笔，鹿丸在其中占了一成收益，而奈良一族也占了一成，让其他各个家族好不羡慕,也让鹿丸赚到了第一桶金，是以后建立商业帝国的启动资金。