当李斯发现赵高的卑鄙和恶毒之后，他写奏折向秦二世报告，列数赵高罪状，恳请他尽早除去隐患。
大出李斯意料之外的事情发生了，胡亥看了几段就没兴趣再看下去了，将奏折扔到一边，道：“丞相，我知道您是为我考虑，可是，我跟他在一起十几年了，还算是了解，他从先皇以来，无不兢兢业业、克己奉公，上合朕意，下知民情，你想，他是个宦官多可怜，也无子嗣，私心也没用的，他不会，你别多疑了。如今您老年事已高，就多多休息保养身体吧！”
不久，赵高又从秦二世口里得知李斯弹劾自己的事情和看到了参自己一本的奏折。
他从放在秦二世身边的耳线中得知秦二世处处袒护自己，更加有恃无恐，开始计策如何铲除李斯。
这时候农民起义军的反秦热潮已经烽烟四起、风起云涌。
所以，为了镇压农民起义，不断地从关中征发人民去打仗，给人民造成极大的负担。
赵高为了继续修好阿房宫，征发徭役，把人民推向更加苦难的深渊。
有一天，刚下完早朝，李斯、右丞相去疾、将军冯劫一起边聊边慢慢走下殿堂。
忧国忧民的去疾说：“二世皇帝沉溺于，并为各种建筑大修而征调百姓，使得多地的农民起义造反，国将不国。”
李斯皱皱眉，说：“唉，主上只听赵高一人而言，而且赵高在，当场就会反驳我们的。”
冯劫建议道：“不如我们单独去找二世皇帝。”
李斯点头赞同道：“好吧，我整理一下奏折，到时候一起去汇报。”
李斯同右丞相去疾、将军冯劫意识到了这点，上书劝慰秦二世以大局为重，暂停修建阿房宫，减少一些徭役。
他们上表没有选择好好的时间，这时，秦二世正好跟一个新进的宫女在**，正在成其好事的兴头上。
见到冒冒失失的李斯等人带着奏折疾步而来，而且也不传报一声，十分恼怒，下令将他们全部逮捕入狱。
不久冯去疾、冯劫不辱气节，自杀而亡。
自认为能言善辩会躲过这一劫的古稀之年的李斯对秦二世尚怀有一线希望，在狱中多次上书，自叙前功，企望秦二世能念及过去的功劳从轻发落，都被赵高扣留。
赵高借机落井下石，如当年篡改秦始皇遗诏一样，找人模仿并篡改李斯的奏折报奏秦二世说：“李斯在奏折上说，他参与了先皇遗诏的篡改，并助您登基有功，理应该列土封王，但是现在却事与愿违，让他久不得志，他乞求陛下三思，以便因小失大，导致最后得不偿失，并要求面见圣上。”
“啊！”
赵高接着说：“我觉得一定不能见，他肯定不怀好心了，陛下不可不防。我还听说，李斯与其儿子李由准备联合现在造反的一个叫陈胜的山大王老乡一起谋反，这也是李由迟迟出兵镇压陈胜，让陈胜横行三川的一个主要原因。”
“那……怎么办？”
赵高笑笑说：“先发制人，剪草除根，以除后患。”
“嗯，按你的意思赶紧去办，不过，一定要找出他造反的证据，否则，难以服众。”
于是，赵高对李斯严刑拷打，刑讯逼供，因为牵涉到自己的儿子李由，李斯抱着打死都不认的决心。
依秦律，重犯最后必须有御史最后验证，方可最后定罪。
赵高为了不让李斯在御史面前翻供，命人假扮御史等一行人提审李斯。
李斯见御史前来，想最后一争，于是大喊冤枉。
谁知晓，假御史不由呈冤说完，就命人掌掴并暴打李斯。
如此反复几日，李斯再也不敢叫屈了。
这一次，秦二世派遣的真御史来复审了，李斯早已心灰意冷，对赵高的诬陷之词一一供认，并承认谋反。
当秦二世看了御史的复审奏折，长叹道：“多亏了赵高，不然，非毁在李斯这厮手中不可。”
秦二世二年七月，李斯和儿子李由被秦二世下令腰斩于市，并被夷三族。
跪着的李斯老泪纵横地对身边同样绑着的儿子李由叹息道：“现在我们到了这个地步，真是命运的因果报应呀，当年我走邪路想让你成为将军，支持秦二世称帝，到头来还是一场空，害了全家，真是‘善有善报，恶有恶报，不是不报，时机未到，时机一到，善恶全报’呀，想想以前所拥有的美好时光，饭后我带着你到东门街上去遛狗，何其自在。人呀，不能太贪婪，要懂得知足，否则最后就是竹篮打水一场空，就像贪心杯，多加一点，整个酒杯里的酒就全部漏出来了。”
说完，李斯和一家几口痛哭不已。
千古一相贪恋禄位、晚节不保，就这样被结束了生命。
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