對于那些人的家人，也展開了報復，禍不及家人，搞笑吧你，你家人怎麼不制止你，甚至給你提供一定程度的支持，這是從罪來著。那些人的家人有女性的人全部拉入百合神教，以各種各樣的方式，如果沒有女性家人怎麼辦呢？男性總會有交往的對像，或者女朋友，未婚妻，前女友，前妻等等，凡是比較親近的女性，全部拉入百合神教。
一段時間過去，碇真嗣子的百合技巧快速增加，百合水晶宮，多了數百人，成為了名副其實的後宮王。為了加速百合神教的傳播，凌波妙發明出了娘化藥劑，經過娘化後的少男有萬分之一的可能性成為EVA適合者，于此，娘化藥劑被大力推行，第三東京市的男性九成都被娘化了，娘化後的她們肯定不會去找男朋友，只會找女朋友，這樣百合的隊伍又被擴大了。為了推動娘化藥劑的全球普及，另外一種百合之種的藥劑出現，能夠讓百合懷孕，解決了百合無限好，只是生不了的殘忍詛咒。
娘化藥劑中有基因的自我調整技術，無論你長的美丑，只要娘化後，都是大美女一枚，至于氣質，那沒有辦法，只能靠個人。因此，大量找不到女朋友的單身狗，前來娘化，之後很順利找到了女朋友，成為了人生贏家。剩下的男性都是各有特色的極品男人，但是在百合的大氛圍下，沒有什麼用處，大部分都只能孤獨的當一個單身狗，不少受不了打擊的男人去娘化，變成女人，成全自己的好基友。
第五使徒襲來，剛被發射出的初號機就遭到了高熱加粒子炮的攻擊。綾波麗駕駛者融合了第四使徒的生命之果的EVA零號機，輕松的將第五使徒滅掉，展現了非一般的姿態，那唯美的容貌，深深的吸引了已經進階為百合狂人的碇真嗣子。事實總是讓我們感到驚嘆，那是我們了解到的太少。進擊的碇真嗣子，向著綾波麗發動了進攻，然後被在宿舍里推到了一次又一次，之後一個下午都沒有起床，只有綾波麗一本滿足的離開。
在學校，她無口無心無表情的性格使得沒有人與她交往。但是沒有人知道，三無女神綾波麗是百合神教的大祭司，寫出了很多百合本子，將數以千計的女性，拉入了純潔的百合之海，從此幸福快樂的過上了好日子。受到加粒子炮攻擊的初號機，未傷至要害，里面的碇唯靈魂只是收到了一點震蕩而已，但真嗣卻對戰斗開始膽怯，並不是害怕面對死亡，而是害怕面對母親受傷，面對如若自身死去，母親痛苦的事情。
這一次沒有了美里提出的取名為屋島作戰的超長距離射擊的提案，因為那個使徒的生命之果已經被綾波麗帶了回來。經過綾波麗推到事件後，碇真嗣子終于鼓起了勇氣，實際上是因為有人告訴她，碇唯的靈魂不會毀滅，若你死了，會和母親永遠在一起，共同居住在初號機內。
由第二次沖擊引發的世界經濟的大衰退，至2015年已經完全恢復，本來由于人口的大量死亡，工業收到致命打擊，很多地方缺少技工等等因素，沒有個三十年，別想恢復元氣。但是某女拿出了機器人技術，一切都不是問題了，制造了第一批機器人後，機器人將新的機器人制造出來。海量的機器人解決了絕大多數問題，很多對于人類來說，困難的事情，對于機器人來說就是一個系統補丁的問題。
之前的日本經濟由于水位上漲，工業生產遭到了致命的打擊。幾年後，大量的設施被恢復，海上有了各種更先進的建築，國土復興的工程所消耗的物資，簡直就是天文數字，但對于有機器人作為勞工的日本來說，簡直小意思。但是日本政府與民間企業，依舊目光短淺的將吞食了大量資產的對抗使徒的軍事企業視為大敵，都不想想不如此，怎麼保護他們，真是目光短淺，還不願意娘化，對的，就是這些人認為自己是人上人，所以不娘化，直接被打上了標簽，就等他們作死了，這不這些實力始終都在尋找可替代NERV的辦法。終于民間團體推出了迎擊使徒專用無人駕駛機器人JA。美里與律子，尚子也受到了邀請，三個百合沒有提出任何意見，只說︰「實踐是檢驗真理的唯一標準。」鼓勵他們作出三架來，在下一次使徒來襲的時候出戰，到時候看結果再決定。但是，暗地里將所有來的人，三代九族查了個便，等找到機會了，一定將他們全家所有男性全部娘化，所有女性都拉入百合神教。
幾個月後，從德國的NERV第三支部，送來了EVA二號機。在擔負護送任務的有太平洋艦隊，美里與真嗣子攜帶的初號機，三台ja自動駕駛機器人。真嗣子初次和第二適格者明日香見面，兩人就結下了身後的友誼，實際上是，真嗣子以交流感情的名義，要和明日香一起睡，當天晚上，將明日香推到，綻放了純潔的百合，之後睡不著的美里接力，終于在天亮之前，讓明日香加入了純潔的百合神教。
途中，艦隊遭到水中的第六使徒的攻擊，明日香，真嗣子分別進入機體內待機，有三台JA自動駕駛機器人出擊，對付使徒，不到一分鐘，三台機器人，全部成了垃圾，可以回收利用的垃圾，但是已經調入深海，真是一件讓人傷心的事情。
這一次戰斗，JA機器人顯示了自身的反應能力差，作戰呆板，環境適應性差，戰斗力低下等嚴重的問題，那些黑名單上的人開始被處理，一個個的都被娘化，一個個的都拉入百合神教，從此日本成了某女的一言堂，百合神教成為了日本的國教，百合花成為了日本的國花，也是全靈的標志。
之後，初號機出動，輕松的將第六使徒拆掉，拿到了第四顆生命之果，明日香以為真嗣子在操縱，所以對她深深的敬佩，產生了愛慕的情感，但是某人是個真正的博愛者，所以拒絕了明日香獨佔自己的感情。明日香也因此而痛苦消沉，當天晚上，被看到的綾波麗拉到了私人休息室，讓她明白了百合的美好，順便給她打氣，讓她從低沉中走了出來，從此以傳揚百合教義為人生目標。
在碇真嗣子和綾波麗的引導下，轉校來到了同一個學校，同一個班級，剛到班上不久的明日香，以她美麗的外貌，大方的舉動，開朗的性格，成為了最受歡迎的人物。而綾波麗在學校，要裝三無，表現出對周遭的事陌不關心，即使面對熟人，也是這樣，大不了晚上陪她一夜就好。明日香調皮的上前擋到麗的光線，笑嘻嘻的想要和她親近，卻不想麗竟只有移開一點，頭都不抬一下，明日香以哀怨的語氣跟麗說︰「好好相處吧。」好似對一個始亂終棄的渣男這麼說一般，麗低頭輕聲回答︰「我在扮演三無，晚上回去陪你玩。」「好的，就這麼定了。」剛才還在哭的俏臉，立馬變成了笑臉，真是神奇的臉啊。當天晚上，兩人拉著碇真嗣子去了赤木一家，和三個成年美女一起，玩了個爽。
幸福開心快樂的日子就這樣迅速的過去了，幾個月後在紀伊半島海灣出現了一種比較奇怪的第七使徒，擁有分離合體功能，單獨每一個都是神隊友的明日香與真嗣子，因為配合不默契，直接變成了對方的豬隊友，在彼此的拖累之下，遭到戲劇般的攻擊。留下了恥辱的失敗，兩人決定好好練習，將來一洗恥辱。實際上單獨初號機，或者綾波麗的零號機都能將第七使徒滅掉，但是這麼好玩的事情好不容易才遇到，不玩個開心怎麼行呢？
經分析，只有同時擊中分離的兩個使徒核心才能消滅第七使徒。事實是，凌波妙自己說出去的。于是，美里將明日香也領回家來與真嗣子同住，並進行協調統一的特訓。白天兩人訓練默契，彼此協調性，晚上，兩個少女，三個成年女子，一起綻放唯美的百合花，整整花費了十天的時間，碇真嗣子學會的了交際舞，更是回到初號機，和自己的母親聯系了一個晚上，留下明日香一個人經受三個如狼似虎的女性摧殘。
在她們玩的很開心的這些日子里，綾波麗一直壓著第七使徒打，將他打得一點脾氣都沒有，就是不能殺了他，每次前來都被打跑，甚至還被追著打，十天下來，第七使徒感覺自己都輕了三分之一左右，真是受罪啊。第十一天，明日香和碇真嗣子一起在戰場上，定下了在62秒的音樂結束之前擊潰使徒的計劃，這樣不靠譜的計劃也只有美里那個百合才會制定出來，多日訓練出來的結果，讓兩人完美配合，將舞蹈堅持至最後，將使徒消滅。這一話就是有名的62秒戰爭。
話說，只能堅持六十二秒，是不是太短了一點呢？