此時所有的凌波都是第六階段的罩杯，及腰的白色長發，在不斷的調試下，加入生命樹的基因後，每一個都美麗的一塌糊涂。在班里上課的凌波0001在當天將班長洞木光好感度刷到了100，當天晚上就去班長家過夜，也是在這一夜，成為了一名真正的百合。
第二天上課的人是凌波0002，因為精神網絡的存在，所以不會被發現，這一天，以看望班長的名義，將洞木光的妹妹引進了百合天國。第三天上課的人是凌波0003，以看望洞木光姐妹的名義留宿，將洞木光最下的妹妹引導進入了百合神教。一個個都是肉食系的美女攻，不愧凌波妙這些年的良好教育。之後出現的凌波系列將第三東京市的百合組織一統，建立了百合統一站線，不斷的拉攏百合進入，從而成為民間百合的代言人，將基佬最後的生存之地，綻放為百合盛開之地，從此此時和平，在也沒有了爭斗，開始都在散發純潔的百合清香。綾波麗也因妹妹的功績被稱為清香百合綾波麗。
十四號機運到第三東京市後，凌波妙親自指揮啟動實驗，畢竟這關系到自己女兒，至于美里那個坑貨，還是讓她去禍害別人去吧。實驗中，十四號機失控，原因是被第十三使徒寄生。早一旁早有準備的凌波妙，直接和女兒精神共鳴，將機體內除了女兒的精神外的所有意識全部抹殺，將第十三使徒煉化在十四號機體內部，從此就有了兩個能量源，一個S2機關，一個生命之果。
為了測試十四號機體的戰斗力，EVA三機出動挑戰，結果是肯定的，零號機與二號機相繼被擊敗。雖然凌波麗是姐姐，戰斗經驗豐富，但是妹妹的機體更加強大，只是比試，又不能拼命。真嗣子得知是比試後拒絕執行任務，認為那是浪費時間，浪費精力，浪費生命之舉動。于是源堂子命令打開初號機的Dummy系統，直接讓初號機發了狂，一次來測試彼此的戰斗力，精神和女兒共鳴的唯將初號機的能力百分之五百發揮，將十四號機打敗。
當得知是源堂子這樣做得後，碇真嗣子決定再不理她了，碇唯也決定和她離婚，從此和女兒過上幸福快樂的日子，源堂子本身就是多余的。源堂子怎麼都想不到，一次普通的數據收集，就讓自己成為了孤家寡人，從此沒有了妻子和女兒。震怒的真嗣待在初號機里不出來，和母親過著靈魂交融的幸福日子，一呆就是七天，出來後沒有一點虛弱，反而更加精神，本來要檢查身體的研究員，在凌波妙的暗示下，離去。她的軀體已經慢慢被使徒同化掉了。打破了很多正常人應該有用的限制，類似于改造人了。
之後的日子里，碇真嗣子一有機會就坐進初號機內，直到第十四使徒襲來，碇唯主動聯系凌波妙，要求出擊，理由是覺得自身還不夠強大，這次打算將使徒吞噬殆盡，融合第二個生命之果，成為擺月兌內部系統對自身的限制。得到同意的她對來襲的使徒發起了猛攻，以600%的同頻率將使徒輕松擊倒，並且，優雅的將使徒像牛排一樣，一點一點的吃掉，讓基地內部的人驚悚非常。也在這個過程中，融合了第二顆生命之果，自身得到了進化，從此再也沒有系統能夠限制她。以自身努力得到綾波妙承認的碇唯，在她的計劃中，位子得到了提升，從衛士，變成了主人，女兒碇真嗣子也獲得了莫大好處。
只不多鑒于母女兩人的靈魂契約，所以不能告訴她們相關的計劃，免得生出意外。在每一次同頻率達到400%時，真嗣子的人類軀體會與初號機融合初步融合。在這個過程中，母女二人的靈魂共鳴能夠將初號機體的實力完全發揮。這個過程中，真嗣子的隨身衣物都會溶解于LCL之中，所以她每次出來都需要新的衣服。之後為了免除換衣服的麻煩，真嗣子就一直穿著駕駛服。
經過多次，比初號機融合後分離，碇真嗣子的軀體強度達到了常人五倍，精神是常人十倍。可謂是收獲博豐，為某人之後的計劃打下了基礎。閑極無聊的美里在明明能光明正大的和加持良治子約會的情況下，還要玩情調，故意隱瞞身份幽會，尋找刺激，但是被赤木母女發現了，于是就有了加持良治子無慘事件的發生。可以說是熟透了散發著誘人香氣的隻果一般的良治子被其她人品嘗了。
天才少女明日香，她是一個悲劇，從小就背負著有一個自殺的、精神失常的母親的命運告訴我們一個正常父母的重要性。隨著近來明日香在這里呆的時間越長，和赤木一家的羈絆也就越深，慢慢的走出了家庭的陰影，進入了一個新的家庭，赤木律子非常喜歡她，經過她的同意後，讓她成為赤木家的一員，改名為赤木明日香，也可以叫做赤木明子。內心變得逐漸堅強的她，使同步值不斷下升，慢慢的接近了百分之百，自信心越來越強的她在第十五使徒出現時，便不顧命令主動出去迎擊使徒。以在新的家人面前表現自己，希望能夠得到獎勵，但在受到使徒的精神攻擊後，她的精神頑強抵抗，牽制住使徒，讓初號機直接飛上天空，在衛星軌道上將使徒擊敗，然後吃掉，融合了第三個生命之果。
從二號機下來後的明日香低沉的打算迎接家人的失望，但是卻被抱入懷中，溫柔的安慰，在其額頭親吻，表揚道︰「今天做得很好，若是沒有你，初號機未必能將使徒滅殺。」當晚，做了一頓大餐，犒賞明日香，赤木明子帶著眼淚笑著將飯菜吃完，和家人睡在一起，睡了美美的一覺，夢中的黑暗陰影徹底消失，醒來後，分別在赤木母女懷中撒了會嬌，三人一同起床。此後，就是她們一家三口溫馨幸福的日子了。
好日子不會長久，生活總會用各種各樣的方式，來考驗你是否有資格擁有這樣美好的生活。第十六使徒出現，擁有只要與其接觸到，精神就會被其侵食的異能，這一次仍然是初號機戰斗，其她兩個機體輔助。共鳴達到了百分之六百的初號機直接將第十六使徒的精神侵蝕抵擋在外，其她兩人在生命之果的輔助下，不受影響。打敗使徒，吃掉使徒，融合生命之果。初號機擁有了第四個生命之果，古語有雲︰「始于一，立于三，成為五，盛于七，極于九。」當融合第五顆生命之果後，再融合亞當，莉莉絲就能成為人類補全計劃的核心。
第三新東京市在多次經受使徒侵襲之後，到處是戰斗遺留下來的廢墟。也由此，某人有了改造的余地，所有低層老舊建築都被拆掉了，在黑科技的作用下，十天一棟佔地一千平方米的五十層大樓就能建好，更是規劃出了五個核聚變發電站，為整個城市供電。實際上做這些事情，某人都是有陰謀的。
一日，在夕陽西沉的湖邊，真嗣子習慣性的來此散步，活動筋骨，遇見了一位少女，她就是由全靈來的渚薰。沒錯，就是第十七使徒，還是個妹子，這中間有凌波妙的功勞。在交流過程中，渚薰發現了碇真嗣子的秘密，竟然和母親有靈魂契約，從此再不孤單。如此渴望的她，提出了融為一體的想法，將碇真嗣子嚇跑了，傷心的她本打算強行做這件事情，卻遇到了一直關注她的凌波妙。提出了一個交易。
「你自願融于初號機內，人類補全機會之後，我讓你擁有精神網絡，能夠和她人精神相連，從此不再是一個人，不在孤單，不在寂寞，不在受到猜忌，背叛等等。」渚薰答應了這個交易，將相關的計劃告知碇唯後，知道不能拒絕的她問出了一個問題︰「世界重置之後，我和真嗣子的位子在哪里？」
「你會成為星球意識，也就是星靈，這個星辰的統治者，你女兒真嗣子會成為阿賴耶一般的存在，一同位于第一階級，至上者。」
得到如此回應的碇唯知道對方不會騙她，更不屑騙她，將渚薰融合之後，擁有了五顆生命之果，在凌波妙的引導下，來到了中央教條禁區內，吞噬了莉莉絲和亞當，之後融入了其他的生命果實。將同步共鳴達到百分之一千，和女兒完全為以一，以隆基努斯之槍貫穿自身，完成了由十個圓輪組成，類似魔法陣的卡巴拉生命樹真圖。將早就剝離煉制好的莉莉絲靈魂融入初號機，這個靈魂中有所有慘死生靈的殘魂，將萬名凌波收入小世界，也在這一刻凌波妙的神力恢復，順便將第三東京市收進了小世界。
人類補全計劃開始，大量的光之絲，迅速的伸向所有的生靈，將其融化，歸入自身，將所有活著的生靈全部融入卡巴拉生命樹。一個萬米大小的光之巨樹參天而起，一個個生命與此中化生，一個個故人在里面升華。她還是有私心的。一年之後，十七個生命果實出現，被綾波妙收到了小世界內，這是當初就商量好的報酬。
兩年後，作為星靈的碇唯出現，作為阿賴耶的碇真嗣子出現，智慧果實融入她本身，從此為智慧的掌控者。與兩人商議後，以人類女性的外貌，塑造十七個天使，以使徒的名字標記。分別是︰第一天使亞當，第二天使莉莉絲，第三水天使薩基爾，第四晝天使夏姆榭爾，第五雷天使雷米爾，第六魚天使迦基爾，第七音樂天使伊斯拉斐爾，第八胎天使桑德楓，第九雨天使馬特里爾，第十空天使薩哈魁爾，第十一恐怖天使伊洛爾，第十二夜天使雷里爾，第十三霰天使巴迪爾，第十四力天使塞路爾，第十五鳥天使亞拉爾，第十六**天使阿米沙爾，第十七自由天使塔布里斯渚薰。