和忠親王分別後，吳青又投入到繁忙的工作中。資善堂和國子監都要授課，常朝也恢復正常了，書肆和莊園方面也需要時常看顧指點。而到了夜深人靜的時候，吳青總會不自覺地想起忠親王，想起那天他來告別的場景。
誰知，沒過幾日，從幽州發來了急報，說運河沿線爆發天花疫情，勞工患疫而死者不可計數，且有向南擴散的趨勢。
皇帝緊急召開廷議，商議如何控制疫情。經過眾臣合議，太醫局將派良醫趕赴疫區檢視，根據病癥配藥賜與疫民，藥費由朝廷無償撥付。在疫區各級軍隊派駐「住泊醫官」，並在各郡縣設立官辦藥局，防止疫情泛濫。
吳青全程參與了這次廷議，听到這樣的處理方案，深覺僅以這樣的措施恐怕難以控制天花疫情的蔓延。想到忠親王就在疫區，吳青心憂不已，忙越眾而出，向皇帝請纓欲前往幽州治疫。
皇帝看了眼吳青，忙擺手道︰「不是朕信不過吳卿的能力，只是這天花疫癥異常凶險，吳卿身為女子，身嬌體弱，萬一沾染上天花，會危及性命的，這可不是開玩笑的！」
吳青忙回道︰「回稟陛下，微臣早在進宮前就已接種‘牛痘’，今生不會沾染上天花，陛下無需替微臣擔心。如今幽州疫情嚴重，正是臣等為陛下分憂的時候，微臣雖身為女子，也不願落于人後。」
皇帝听吳青說到牛痘，疑惑的問道︰「接種‘牛痘’，這是怎麼一回事？」
吳青回道︰「回稟陛下，去歲微臣曾進獻過兩本醫書，一本是《時疫論》，一本是《急救方》。其中《時疫論》一書是由微臣收集民間及海外制疫之法總結而成，其中就有記載用‘牛痘法’預防天花。此法微臣已親身試過，確實有效。此外，書中還記載了怎樣控制疫情的方法，十分詳盡周全。對于時疫微臣做過很多了解，派微臣去控制疫情，是最合適的人選。」
皇帝點點頭，說道︰「朕想起來了，吳卿確有獻過此書。當時朕還專門傳召了太醫局任博士點評此書。朕記得任博士給出的評語是‘全書過半皆為荒誕之言，若要推行至全國怕是不妥’，所以朕便打消了讓國子監書庫印制此書的念頭。今日吳卿提起此書，朕倒是想問一問，你說的方法確實可行嗎？」。
吳青回道︰「不敢欺瞞聖上，微臣願以項上人頭擔保，《時疫論》一書雖然有很多驚世駭俗的防治疫情之法，但卻並非無稽之談。今次幽州天花時疫，微臣可以用事實來證明微臣並非枉言。微臣再此懇請陛下能允準微臣前往疫區。」
這時，吏部尚書卻出列向皇帝提出反對意見，他說道︰「啟奏陛下，救疫一事非同小可，若舉措不當，死者恐逾萬眾。吳學士年紀輕，不知其中的厲害深淺，為了立功不顧疫情緊急，只一味爭強顯勝，實屬不該，還請陛下明察。」
皇帝沉吟片刻道︰「朕知吳卿絕非貪功冒進之輩，章愛卿怕是過慮了。吳卿憂國奉公，其情可嘉。朕就任命吳卿你為治疫使，前往幽州主持救疫。」
吳青听到皇帝準了自己的請求，心中一喜，忙領旨謝恩。
章尚書見吳青獲準，心有不甘，向皇帝陳情道︰「啟稟陛下，吳學士不通岐黃之術，恐難當此大任，還請陛下派請太醫局專研痘疹的太醫前往疫區檢視配藥，以免耽誤了疫情。」
皇帝撫須頓首道︰「章愛卿此話有理，朕便將太醫局痘疹科的所有醫博士派往幽州，協助吳卿治疫。」
吳卿忙跪下領旨，接著又目光灼然，字字鏗鏘地向皇帝說道︰「微臣斗膽，向聖上再請一旨。微臣資淺齒少，恐難服眾，懇請聖上予臣專斷之權，以便主持救疫。」
此話一出，眾臣皆驚，皇帝亦駭然，半晌才說道︰「吳卿可知此事責任重大，你若要專斷之權，就需承擔一應後果。時疫猖獗勝于猛虎，實非一己之力可以阻扼，吳卿當量力而為。」
吳青忙叩首說道︰「微臣定當竭盡心力，全力以赴，還望陛下能應允微臣的請求！」
皇帝見吳青成竹在胸，不似一時逞強，遂點點頭說道︰「吳卿膽識過人，朕便準你便宜行事，見機專斷，幽州各級官員及軍隊全部听命于吳卿調度。京中所派醫官亦任由吳卿差遣。」
由于事態緊急，不容耽擱，吳青一下朝就向三殿下借來果兒和巧兒，又向周大監借了魏雲。回到家簡單收拾了一下行李就領著一行人連夜趕往幽州。
在路上，吳青又派遣騎兵先行一步，傳達她的指令。
第一條︰命疫區各郡縣安排僻靜的莊園或寺廟道觀充作安濟坊，作為染疫者隔離之所。
第二條︰在城門和各要道，嚴格排查所有出入者有無出疹或發熱的病患，有疑者需強行單獨隔離于空邸，滿十六日排除身患天花的可能方可釋放。
第三條︰城內以坊為單位，城外以里為單位，普查有無病患。已出痘者為熟身，未出痘者為生身，疑似或正在出痘的為疫身。熟身除卻老弱，全部征調為義工，或負責收殮掩埋無主尸體，或安排照顧安濟坊染疫的病患。生身嚴禁外出，各自以家宅作為避痘所。而疫身需盡快集中到安濟坊隔離，所有接觸過疫身的家屬四鄰需在空宅單獨隔離觀察。
第四條︰運河工地由當地醫官檢視，排查疫身。
一路上，吳青一行馬不停蹄，日夜兼程，終于在第五日趕至疫情最嚴重的涿縣。忠親王和幽州刺史親自來迎，吳青也不多言，直接詢問災情。忠親王眉頭緊鎖，回道︰「據我所知，僅涿縣已經確診的染疫病患已經過千，且每日還在增長。現在我們還沒有找到可以控制疫情的方子，情勢十分危機。」
吳青問道︰「忠王殿下，不知我先前傳達過來的指令是否已經執行了？」
幽州刺史忙回道︰「已然吩咐下去了。」
吳青說道︰「這些舉措十分重要，還請刺史大人能加以重視。另外，天花已防為主，這次我帶來的牛痘法還需找到接種源才行。」轉頭吳青又對魏雲說道︰「魏大哥，你是見過得了牛痘的病牛，這樣，你帶著他們去尋找一下，看附近一帶是否有患了牛痘的病牛。一旦找到，立刻帶過來為生身接種。」
魏雲答應了一聲，忙領著一群官兵離去。
忠親王看魏雲離去，忙向吳青問道︰「吳學士，不知道本王可以做些什麼？」
吳青說道︰「忠王殿下應該還沒有得過天花，對天花並不免疫。這天花疫情異常凶猛，不分男女老少，官民貴賤。殿下責任重大，不可以身犯險，所以還請殿下千萬不要靠近患有痘疹的病人，以免感染。現在軍隊也有感染疫情的危險，而軍中人員密集，傳染速度極快，殿下當務之急就是嚴防疫情蔓延至軍營。若軍隊染上疫病，恐會影響邊關安全，此事也是一等一大事，還需殿下親自坐陣。」
忠親王忙又說道︰「現在疫情緊急，我怎可因為自己的安危躲在軍營逃災避難，這委實說不過去……」
吳青雙目圓睜，斥道︰「殿下糊涂，防治疫情絕非憑靠勇氣，而要講究方式方法。我已說過，天花無藥可治，只能以防為主。好在軍隊尚無病例，殿下若守好了軍營門戶，也算是為控制疫情做出了貢獻。其他的事情我自然會來處置，殿下無須擔心！」
接著吳青又取出皇帝頒下的旨意向忠親王和刺史宣讀了一遍，說道︰「從現在開始，幽州所有官兵都要听從我的調遣。忠親王，還請您立刻回軍營坐陣，每日遣醫官和醫技排查軍中將士，嚴防天花。刺史大人，您安排一位熟知情況的醫官領我和各位京中來的醫博士去各處視察一番，我們好商量對策。」
幽州刺史听完，忙吩咐身旁的隨從去叫人。而忠親王見吳青態度強硬，說的話也在理，便不得不拱手告辭。