商毅現在是山東都司同知，登州守備參將，在穆陵關只不過是暫時安居。而且他也打算在長江流域一帶重斬建立根據地。因此沒有必要在穆陵關投入更多的資金建設。
但商毅知道，明朝實際只剩下不到一年的時間，這個結果估計是改變不了，而清軍再進駐北京之後，很快就會打到山東來。雖然商毅準備在南方開僻新的根據地，但也不打算輕易放棄山東之地，因為這里從水陸兩路來說，對北京的危脅都很大。因此不到萬不得以，是不要放棄的。那怕只保留一個登州也行。至少在山東半島上可以有一個立足點。
而在這種情況下，穆陵關的地位就顯現了出來，它位于山東中部，連接山東南北，地勢險要，易守難攻，如果能夠和登州互相呼應，並且以穆陵關為據點，在沂蒙山區內進行游擊和守城戰相給合的作戰方式，都是很不錯的選擇。因此加強穆陵關的防守，也是完全有必要的。
商毅經過了仔細的考慮之後，終于決定，將穆陵關修建成一座純軍事要塞，以後就成為商家軍在山東中部的一個據點。關城的規模到是不用再擴大，但城牆必須重建，到不用太高，有三丈多就可以了，但將釆用歐州的稜形城牆結構，並輔以炮台、崗樓等城防結構相配合。
同時商毅還決定，在關城里挖四條地道通向城外，一方面是防止清軍圍城之後，與外界的聯系，取得補充和支援，另一方面也是萬一真的守不住了，城里的士兵也有一個可以安全撤退的通道。
其他人當然沒有商毅想得那麼遠，而且他們也不可能想得到，明朝以經沒多久可活了。但對加固穆陵關的城牆都不反對。畢竟這一次對付軍的入關奔襲，全靠有穆陵關可守了。因此也都認為，萬一下一次清軍再打過來，穆陵關還是派得上用場的。
但對商毅設計出的稜型結構城牆，眾人又一次被商毅的奇思妙想弄糊涂了。因為中國的城牆，除非是受地形的限制，否則一定都是四四方方的，不明白商毅為什麼要把城牆設計成這麼怪模怪樣。
盡管商毅向眾人詳細解釋，城牆修成稜型結構的優點，但還是有些難以接受，因為唐鎮提出，如果要達到商毅所說的這旦功能，在每面城牆上修馬面就行了，沒有必要修成這樣尖尖角角，奇形怪狀的。
商毅當然知道，所謂馬面，就是一般在大城的城牆都會有幾個如齒輪狀突出的部份，相隔約一射之地，從而對攻城者形成個三方向的打擊。實際也是達到稜型結構城牆的效果。
但和稜型結構城牆相比，馬面如果修得過小，就起不了多大作用，如果修得過大，則會增加修築城牆的成本，和守城的兵力。最重要的是由于馬面也是正方形，同樣會給攻城的一方留出一個攻城面。盡管這個攻城面不大，但在城上能駐守的兵力也同樣不多，相對也比較容易被攻破。雖然攻下馬面之後的立足點並不大，守城軍隊也容易的反撲奪回，但畢竟是給攻城部隊留出可趁的漏洞。要知道在戰斗中，任何一個小小的細節，都是足以致命的。
而稜型結構城牆卻沒有明顯的漏洞，那怕是敵軍只進攻尖角處，另一側的同伴也一樣能夠支援得上來。因此在重建城牆時，商毅仍然選擇稜型結構的城牆。
其實商毅的解釋並不能完全讓唐鎮等人心服，但基于他們對商毅一慣的相信，還是同意了商毅的意見。而現有的城牆也不拆除,就在現有城牆的外圍,開始重新修築,這樣穆陵關就成了雙城牆結構，防守自然也更加牢固了。
然而就在商毅和工匠們準備勘測地形，確定城牆範圍的時候，催他出兵的公文又送到了穆陵關。而且這一次不僅是來了公文，還有崇禎的聖旨。當然在聖旨里，崇禎到沒有責怪商毅，而是將他過去的功勞又贊揚了一番，又說現在國事危急，以經到了刻不容緩的地步，因此請商毅盡快出兵。
原來在五月二十九曰，張獻忠攻下了武昌府，住在武昌的楚王朱華奎被張獻忠放入籠中，沉江而死，楚王府的宗室人員也全部被斬殺，據說當時從鸚鵡州到道士洑之間，浮尸蔽江、一片淒慘景象。而楚王府庫藏的上百萬兩金銀，二十萬石糧食，也全歸張獻忠所有。
而在此之前，李自成是在崇禎十五年（1162年）閏十一月從南陽進軍湖廣。將駐守湖北的左良玉打得大敗，引軍退守到九江，根本就不敢向湖北靠近一步。結果只用了三個多月，李自成就己攻下了襄陽府，荊州府、承天府、漢陽府、德安府、黃州府等地，整個湖廣以北的廣大地區，被這兩位農民軍的大佬一人一半的瓜分。
李自成在攻取了湖北大部之後，以在襄陽組建自己的政權，雖然還沒有稱王稱帝，建立國號，但自立為奉天倡議文武大元帥，改襄陽為襄京，並分設官職。衍然以經開始和明朝分庭抗禮了。
在政權建設的同時，李自成還展開了血腥手段，清除異己，以更獨攬大權，在軍中建立自己的絕對權威。在當時，李自成部實際是由李自成、羅汝才、革、左五營三支力量組成。雖然以李自成實力最大，但另兩支也不容小視。于是在崇禎十六年（1163年）三月，李自成誘殺了羅汝才和革、左五營領頭的賀一龍，革、左五營的另一位頭領馬回回逃到湖南。而李自成收編了羅汝才的部份和革左五營的其他三營。隨後李自成又縱兵消滅了活動于河南一帶的小袁營，首領袁時中被殺。
至此，李自成己擁有河南、湖北之地，擁兵五十余萬，而且大權獨攬，以經擁有了爭取天下的實力。
這時張獻忠的勢力盡管還不如李自成，但在攻取了武昌之後，又收編了部分羅汝才和革、左五營的舊部，實力大增，便也學著李自成的樣子，在武昌建立起自己的政權來。而且他比李自成還更進一級，自稱西王，以楚王府為王宮，稱明朝為朱朝。同時還頗有附庸風雅之意，還完起了開科取士的游戲，還錄取了狀元、進士，並授以官職。
兩位農民軍的大佬都開始向著正規化的方向發展，在這種情況下，崇禎自然是坐不住了。正好這時陝西總督孫傳庭上疏主動請戰，要統兵東出潼關，進取河南之地。崇禎正是無人可用之時，難得孫傳庭主動請纓出戰，自然是大喜過望，立刻就要下詔調孫傳庭出關平寇。
不過朝中也有不少官員認為孫傳庭出關是冒險之舉，因為孫傳庭部幾乎是崇禎的最後家當了。一但有個閃失，不僅關中難保，而且還會危及全局，因此孫傳庭還是應該暫時呆在陝西不同，視吳甡督師的結果而再作決斷。
但內閣首輔陳演卻極主張孫傳庭出關，可從和吳甡、左良玉形成南北夾攻之勢，有望一舉擊潰李自成和張獻忠。當然陳演的實際目地，還是為了分一分吳甡的功勞。
但陳演的主張卻是正中崇禎的心意，因為這個時候的崇禎，就像是一個輸紅了眼的賭徒，將自己所有的本錢全部都押了出去，做最後一搏。因此崇禎不顧其他大臣的反對，立刻下旨，進孫傳庭為禮部尚書，改任督師、總制陝西、四川、河南軍務，賜尚方寶劍，盡早領兵出關參戰。
同時，崇禎又下令吳甡，讓駐軍廬州，立刻開始進攻李自成。又下令左良王，立刻從九江回軍向西，進攻張獻忠。合力剿滅匪寇之亂，同時下達聖旨到穆陵關，催促商毅出兵。
而且為了這次合力剿滅匪寇成功，崇禎又作出許多姿態，再一次下了「罪己詔」並宣布免河南五府三年租稅，不過實際上這時河南以不在明朝的控制之下了。並且又許下了賞格︰生擒李自成者，賞萬金、爵通候；擒張獻忠者，官極品，世襲錦衣衛指揮使。
商毅知道了這些消息之後，也不禁感嘆，這一回崇禎可真是下了血本了，比在另一時空的規模，還要大了不少。當然如果這三部人馬如果能夠精誠合作，全力以赴，雖然說不一定就能一舉掃平李自成和張獻忠，但使局面緩合一些，讓朝在多撐幾年，還是完全做得到的。只不過商毅知道，想讓孫傳庭、吳甡、左良玉這三個人團結合力，是跟本做不到的。
這時己是崇禎十六年六月十二日，局勢發展到了這一步，商毅也知道，在也拖不下去，應該出兵了，出兵的日期就定在六十五。因此一面轉告朝廷，自己出兵的日期，一面調集人馬，準備出發。
其實這時穆陵關里的各項準備工作都做得差不多了，也完全可以出兵。按照商毅的計劃，先期出動是第二團和第三團，騎兵營和兩個偵察連，另外配輔兵一千人，郎中五十人，共計有九千人左右。攜帶三千石糧食，每名火槍兵配一百二十發彈藥，每門火炮配帶八十發彈藥，實心彈和散彈各佔一半。第四團將于十五天以後，攜帶補給物資，啟程上路。
六十五曰，關城也為出發的隊伍舉行了盛大的歡迎議式，隨後士兵們告別了親，踏上了南下的征途。