與高杰的比試過後，馬士英也罷，東林黨也罷，還有眾武將也罷，都親眼見過了商家軍強大的戰斗力，因此對商毅的態度也大為改變，而高杰的氣焰也收斂了許多，其他三將見了商毅,也更為恭敬。
雖然有一部份東林黨人，己經開始認真的思考吳甡的建議，可以借助商毅的力量來牽制馬士英，甚致在考慮接納商毅加入東林黨一⻞，如史可法就是持這種觀點。但還是有一些東林黨的死硬派對商毅的態度仍然沒有改變，認為商毅只不過是武將，而且在本質上與江淮四將沒什麼區別，不能予以重托，更是沒資格加入東林黨，錢謙益就是這一派的表表。不過現在在東林黨內部，三位大佬中有兩位支持聯合商毅的觀點，因此暫時壓倒了錢謙益這一方。
不過從表面上看起來，商毅還是屬于東林黨陣營的人，因此馬士英也意識到，商毅才是自己最大的威脅，不過馬士英現在的當務之急是朱由崧的登基大典，正忙著定制服飾、修台、演禮、儀式等等的工作，暫時也沒空處理商毅的事情。
商毅當然不會理這些事情，事實上他對加入東林黨根本一點興趣都沒有。盡管東林黨在某些方面，有一定的進步意義，但在的本質，東林黨其實還一個自視清高，不知變通的舊式儒家團體，他們自視清高，喜好清談，又以道德自居，而處世的標準就是道至上，不僅標榜自己的道人品，同時也用這套標準去待人接物，乃致政治操作，對凡是不符合自己道標準的人，就決不放過，全然不懂水至清則無魚的道理，更不知道，在政治領域中，變通的重要性，結果把許多本可以收伏團結的力量，推向了對手的那一邊去。
而且在東林黨成立的早期，盡管行事還有些迂腐，固持，但總體來說，絕大部份成員，都還能夠堅守著為人處世的道操守，還堅守著為國為公的信仰，因此才有在萬歷年間的立儲之爭，天啟登基時的逼後移宮，還有後來被魏忠賢所殺的「六君孑」。
自從崇禎登基，魏忠賢敗亡，東林黨恢復名謄之後，狀況就發生了極大的變化，東林黨內部也同樣魚目渾珠，夾雜了大量投機份子，真正能夠堅守道德的，只有極少數，而在政治上，東林黨同樣也在為了爭權奪利、黨同伐異而不擇手段，至于顛倒黑白，無中生有，甚致是不顧國家利益的事情，也不在少數。
但另一方面，東林黨的政治操作手段確實是有些令人不敢恭維，不僅遠遠達不到當年嚴嵩、徐階，高拱、張居正的大斗法的那個層次，就連同時代的魏忠賢、溫體仁、周延儒之流都比不上。什麼曉之以理、動之以利都不管，唯一的本事就是拼命的上疏，彈劾，完全寄希望于皇帝的覺醒和態度上，純粹就是撞大運，賭皇帝的心理好壞。
這一點在與魏忠賢的斗爭中，表現的淋灕盡致，當時的東林黨人全然不顧天啟皇帝其實只是一個熱衷于木工活的懵懂青年，實際早己經成為了魏忠賢的傀儡，還在一味的上疏、彈亥魏忠賢，至于自己的奏疏到不到得了皇帝的手里，而從皇宮中傳出的聖旨，是代表皇帝還是代表魏忠賢的意思，那就全不管了。
而更富有譏刺意味的是，這位寵幸魏忠賢，並任魏忠賢對東林黨大開殺戒的天啟皇帝，卻是東林黨當初費盡心機，才被推上皇位的。當時的東林黨人恐怕沒有想到，被自己擁立上位的，卻是自己的掘墓人。
因此到了後世也有「明雖亡于內待，但實亡于東林」的說法，不過商毅到認為這一說法不太靠譜，到不是說屈枉了東林黨，而是實在高估了東林黨的能量。別看東林黨在明末的幾十年里鬧得風聲水響，也出過不少大臣，仿佛一直左右著政局，但真正由東林黨執掌朝政的時間，其實只有五六年，而且還被分裂成三四段時間。
在另一時空里，有很長一段時間里，都把南明的南京朝廷滅亡的責任推到馬士英身上，認為是馬士英當權，排擠了東林黨，才導致南京朝廷只堅守了短短一年的時間，但實際上，東林黨才要對南京朝廷的短命付主要責任。因此要說南明的南京朝廷是被東林黨整跨的，到是更正確一些。
東林黨從一開始擁立新君的時候，因為自己的私心和短視，犯下了嚴重的錯誤，才讓馬士英和江淮四將取得了擁立之功。而東林黨又不甘心承認失敗，從南京朝廷成立之後，不僅沒有提出多少有益的建議，做多少有用的工住。反而是處處和馬士英針鋒相對，凡事馬士英提出的主張，就堅決反對，凡事馬士英支持的，就一概否認，而無論是好是壞，是對是錯，完全就是為反對而反對，結果南京朝本來就有限的力量，也全部在耗在這種無益的內斗上了。
因此商毅來到這個時代，一直都對東林黨敬而遠之，現在他既不想參與南京的內斗，也不想和東林黨拉上關⻞。之所以選擇和吳甡合作，是因為吳甡是這個時候的東林黨中少有的頭腦清醒，並知道處事變通的人，而且商毅還再三聲明，自己是和吳甡個人合作，但與整個東林黨都無關。
當然現在東林黨也沒空來理商毅，他們的注意力都放在朱由崧登基這一大事上，當然真正關心的，其實還是自各在新朝廷中的地位和勢力。因為朱由崧登基以成定局，那麼就盡可能多的在朝廷中，由其是在內閣中安插人手，執掌朝政，也不失為是一個補救的辦法。但馬士英自然也不會放棄自己的權利，雖然他是擁立朱由崧繼位的首席功臣，但如果不能入閣理事，那麼一切就都成了浮雲。
明朝的內閣制度首創于永樂年間，正式形成于宣德年間，一直到在正德年間，才逐漸成熟完善，因此盡管在後來明朝出現了兩個二十多年不上朝理事的皇帝，但依然沒有大亂，內閣是起了相當大的作用。內閣的人選，一直沒有定數，最多的時候有七人，最少只有一個，但在正之後的大多數時間里，一般都保持在四到五人之間，而圍繞著新朝的內閣成員的人選，又展開了新一輪激烈的爭吵。
而這一次出風頭的，是上一次擁立朱由崧為帝時，被給事中李沾之搶了先的誠意伯劉孔昭。在史可法宣布推薦內閣戍員之後，劉孔昭首先出列，居然推薦自己入閣。這一下頓時上下大嘩，史可法也被弄哭笑不得，只好道︰「勛臣入閣辦事，本朝尚無先例。」
劉孔昭馬上接了一句︰「即我不可，馬瑤草（馬士英字瑤草）有何不可？」其實劉孔昭也知道，自己是肯定入不了內閣，自薦不過是個幌子，重點是推薦馬士英入閣，這樣一來，自己在馬士英心里的地位，也就大不一樣了。
眾人見他推出了馬士英，一來是懼怕馬士英的勢力，二來也怕劉孔昭再發驃，因此也只好默認了下來。隨後東林黨趕忙出動，推出了史可法、吳牲、姜日廣、王鐸四名人選，五名內閣成員就這樣定了下來。
就在崇禎五月十五日，朱由崧在武英殿正式繼位，改元弘光，明年既為弘光元年。
任命史可法為東閣大學士、禮部尚書、內閣首輔，並加太子太保；馬士英為東閣大學士、兵部尚書兼鳳陽總督，右都御史、內閣次輔；吳甡為戶部尚書、左都御史、東閣大學士；詹事府詹事姜曰廣為禮部左侍郎，與原南京禮部尚書王鐸也同兼東閣大學士，三人也都入閣理事。
同時又以張慎言為吏部尚書，劉宗周為都察院左都御史，高弘圖戶部左侍郎，升呂大器吏部左侍郎，李沾太常少卿，郭維經應天府丞，起徐石麟都察院左都御史，張國維兵部尚書協理戎政，黃道周、何楷、張有譽、王心一、何應瑞、高倬、解學龍、賀世壽、黃宗羲等人，也都得到了啟用。
在內廷方面，王化雖然沒有像另一時空一樣投降清朝，但在弘光朝中，靠著商毅也有捧回遺詔玉璽之功，仍然出任司禮監掌印太監，還是實現了在這個位置上的帽子戲法。當然他也許還有機會來一次連下四城。內廷的另一個重要位置，司禮監秉筆太監，則在朱崧登基中立下大功的太監盧九出任，同時他還付責掌管錦衣衛。沈揚、劉知用、趙從夫等錦衣衛人員，也都各復原職，每個人還都加封了虛餃。
而另一位重要的內廷人員，南京的鎮守太監韓贊周，則因為沒有位置，而被擠出了南京，接替鄭敬高，出任江蘇織造太監。
總體來看，東林黨和馬黨基本都達到了自己的目標，東林黨不僅搶到了最有價值的內閣首輔位置，而且在五名內閣成員佔了三席，同時朝中近半重要的官職也都被東林黨佔據，可以算是弘光朝廷的第一大勢力。
但馬士英盡管沒有取得內閣首輔的位置，但也如願以償的進入內閣，而且還是內閣次輔，也為以後奪權，打下了一個好的基礎。