文官都封完了，就該封武將了。因為現在北方並不安定，清軍己經攻入了北京，而大順軍雖然被清軍所敗，但仍然還有數十萬人馬，這兩股勢力對南明都存在著相當大的危脅，因此這不僅僅是給眾武將加官進爵,同時也要布置南京的守衛防線。
經過史可法等內閣大臣商議決定，在長江以北的淮、揚、徐、泗、鳳、壽、滁、和等地設立四鎮，由劉澤清轄淮州、海州，駐守淮北，並經理山東一帶。高杰轄徐州、泗州，駐守泅水，經理開封、歸德一帶。劉良佐轄鳳陽、壽州，駐守臨淮，經理陳州、杞州一帶。黃得功轄滁州、和州，駐守廬州，廬、巢、經理光州、固州一帶。同時封黃得功鎮南候，高杰興平候、劉澤清東平候、劉良佐廣昌候。每鎮額兵為三萬人，本色米二十萬，折色銀四十萬，並悉听各鎮自行征取。而且如有收復中原之地，則該地受其管轄。
同時史可法又上疏自請，督師江北。也被朱由崧當殿批準。
在後世的一些說法，都認為這是史可法的又一個大失誤，輕易的就賦予了四鎮兵權以及行政權力，終于釀成了武將擁兵自重，不尊朝廷的局面，而自己又輕率的離開南京的政治中心，將朝廷的大權拱手讓給了馬士英。
但從當時的情況來看，這也是不得以的事情，首先由于在朱由崧登基之前，史可法寫給馬士英的那封數朱崧「七罪」的信被馬士英交到朱由崧手里，做為打擊史可法的實證，因此史可法也清楚，自己留在朝中，也難以取得朱由崧的信任，而四鎮都各掌重兵，又立有擁立之功，肯定是要給予實質性的獎勵，就算史可法不提，馬士英也會提出，那還不如由史可法主動提出來，對四鎮加以籠絡，然後自己在督師江北，如果能夠收伏四鎮，也是達到削減馬士英羽翼的目地。而且朝廷的大部份位置都被東林黨人佔據，就算史可法離開南京，東林黨也能控制得住局面。
江北四鎮設立之後，南明還有其他三股武將的勢力，為湖廣的左良玉、廣東的鄭芝龍和浙江的商毅。弘光朝廷加封左良玉為寧南候，駐守九江、轄湖廣之地，加封鄭芝龍為安南伯，駐守廣東，其弟鄭鴻逵為靖魯伯，駐守鎮江，部將鄭彩為總兵分管水師。但怎麼加封商毅，卻讓馬士英覺得很難辦了。
現在商毅的勢力範圍是浙江，這也基本得到了弘光朝的認可，因為商毅帶回了崇禎的遺詔和玉璽，無論馬士英怎麼不願意，也要對他加封，但商毅已經是掛將軍印的總兵，又是臨邑候，如果再向上封，只能晉公爵或是出任南京五軍督都府的職務，再不就是加三公一類的虛餃。
但這三個方案都難讓人接受，出任南京五軍督都府的職務，就意味著商毅要進駐南京，馬士英是萬萬不能答應的，而另外兩項，除了在明朝開國期間，還從來沒有過那個武將能夠獲得這樣的殊榮，就連戚繼光也在晚年以後，才獲得一個加封少保的虛餃，連封候都沒熬到，因此就是一些傾向于接納商毅的東林黨人，接受不了商毅這麼年輕就晉升公爵，或加三公一類的虛餃。
最後還是吳甡提出了一個方案，就是讓商毅出任浙江巡撫。這個方案也得到了內閣其他官員的一致同意，因為巡撫不比公爵、三孤三公一類的虛餃，畢竟只是普通的地方大員，雖然在一般的情況下，巡撫只能由文官來充任，但現在畢竟是非常時期，由武將出任也未償不可，而且現在浙江己經就是商毅的勢力範圍了，讓他擔任浙江巡撫也只不過是正試承認他在浙江的地位罷了。
當然這也是商毅私下里向吳甡提出的要求。商毅並不在乎什麼虛名，別說是封個國公，就是封王又能怎麼樣呢？沒有一點實質性的作用。自身的實力才能決定一切，當初商毅帶兵南下，只不過是個參將，像當時劉佐良、黃得功這樣的總兵，還不是老老實實听他的。
因此在官位上，商毅其實更看重浙江巡撫一職，因為巡撫才是可以主管一方的軍政財大權的官員，雖然浙江是商毅的勢力範圍，但實際受他控制的，只有五六個府，對其他地方的控制力量還不夠，這也是商毅要驅逐王維如等人的一個重要原因。當然用武力去強行控制這里地方到也不是不可以，但會落得一個專橫撥扈的名聲，有損于自己的聲謄。因此商毅如果能夠獲得浙江巡撫的職位，就能夠名正言順的控制浙江全省，並推行自己制定的各種制度，減少許多不必要的麻煩。
最後朝廷才下旨加封商毅為督都同知，出任浙江巡撫。同時商家軍的諸將也都得到了一次提升，周少桓和成進都晉見為副將、其他團長都晉升參將、團級軍官都升為游擊將軍。
而崇禎的另一份，為商毅和朱媺娖指婚的遺詔，到是沒有引起多少爭議，一來是皇帝的女兒，愛嫁誰嫁誰，雖然商毅己經娶妻納妾，但關自己什麼事；二來各方勢力都顧著在新朝中爭權奪利，誰還在乎這個。因此這門婚事也得到一致的通過。只不過崇禎架崩，按制度朱媺娖是要守孝三年，實際為二十七個月，等孝期滿了以後，才能夠和商毅舉行婚禮。
不過就在五月十八日，朱媺娖上疏，表示崇禎的遺詔和玉璽都己經送到了南京，新君也己經登基繼位，自己的任務也己經完成，因此不願住在南京，請求能夠帶著朱媺婕，在外地安置定居。
這個要求到也合情合理，因為朱媺娖和朱媺婕到底不是朱由崧的親生女，朱由崧本身也是有兒有女的人，因此她們留在皇宮中也多有不便。
而馬士英也覺得，朱媺娖和商毅己是未婚的夫妻，留在南京說不定還成為商毅的耳目，還是把她們姐妹兩送出南京也更好一些，而吳甡也受商毅的委托，也極力贊同，並且建議，把朱媺娖和朱媺婕送到蘇州安置，新任的蘇州織造太監朝贊周伺奉，理由是蘇州本來就是個宜于居住的好地方，而且離南京近，朝廷也好就近照看。
其實這個時候，蘇州發生的生絲收購事情也早就傳到了南京，只不過現在南京的大臣們誰都沒有空來管蘇州的事情。不過誰都知道，蘇州也算是商毅的勢力範圍，因此把朱媺娖、朱媺婕姐妹送到蘇州安置，其實就是送到商毅的手里。不過朱媺娖和商毅早晚也是夫妻，這樣安排到也沒有什麼不妥的。
商毅接到自己晉升的聖旨之後，也下令將抓獲的王維如一行人放了，當然是美其名曰交給馬士英來發落。馬強在當了十幾天俘虜之後，這一次也幸運的又逃月兌了出來。
新皇帝也有了,眾大臣該封的也封，該賞的賞了，但這也並不就等于從此之後，南明朝廷就太平無事了，事實上更多的麻煩才剛剛開始，首先是北方還不安定，大順軍、清軍都是南明的敵人，現在清軍己佔領北京，而大順軍敗走陝西，南明坐收江淮，但在三者之間，河南、山東等地帶，還存在著一個巨大的緩沖地區，三方勢力在這里犬牙交錯，怎樣處理這一地區，可是一個重要的問題，而比這個問題更重要的，還有為崇禎辦理喪事，以及崇禎的廟號、追謚等等事宜。
而對第一次權力分配並不感到滿意的各集團，也圍繞著這些問題，在朝廷中，又開始醞釀著新一輪的爭吵斗爭。
同時也有相當一部份官員對南京朝廷、對新任的皇帝，對東林黨都感到了相當的失望，因此也紛紛棄職而去，山東總督曾化龍，也就是其中之一。而另一位山東大員布政使孟宏恭則暫時沒有封給官職，在杭州閑居，等南京朝廷選出新的山東巡撫之後，仍然回山東上任。
在曾化龍離開南京吋，商毅也去送他，兩人相對半響，卻都沒有說一句話。最後曾化龍才說了一句︰「好自為之。」然後揚長而去。
商毅看著他遠去的背影，也不禁苦笑不已，事實上南明南京朝廷的條件,比歷史上南渡的東晉、南宋在立國初期的條件都要好得多，不僅有一套完整的行政機構，還有相當數量的軍隊，因此在北京被攻破不到兩個月的時間里，就組成了一個結構完善的政權⻞統。
然而南明南京朝廷卻沒有像東晉、南宋一樣堅持下來，就在于立國之初時，底子就沒有打好，表面上部門齊備，一應俱全，但在實際上矛盾重重，為爭權奪勢，置國事于不顧。以致于江河日下，國土淪喪。在另一時空里，南明南京朝廷只堅持了一年，而商毅自問，在這個時空里，又能堅持多久呢？