劉國軒不愧為鄭經手下頭號大將，在石頭城下的江面上略吃小虧後，立刻改變了策略，從舞陽門外的港口登陸後，親率五千鄭軍疾攻石頭山，馮希範則帶領其余的一萬余人馬于舞陽門前列陣，防備明軍出城增援石頭城。
南京城的眾臣們得知石頭城被圍攻後，無不心急如焚，郎廷佐、方以智立刻以內閣名義調毛八重領軍出城救援石頭城。可就在毛八重點起五千兵馬出城後，立即遭到了鄭軍的阻擊，非但如此，江面上停泊的船隊也用「紅夷大炮」轟擊明軍，致使明軍損失慘重，毛八重只好撤回城內。
其實石頭城並非全無退路，永歷在進入石頭城之前，便已得知石頭山的後山有一條小路可以直通山下，不過卻不是回南京城的路，而是通往石頭山西方的道路。永歷早就想好，一旦石頭城不可守，便棄城向西撤退，即使鄭軍餃尾而追，在不熟悉地形的情況下，也未必能追的上。
石頭城的攻防戰仍在繼續，從半夜打到了黎明，東方拂曉的時候，鄭軍終于精疲力竭，緩緩撤下山去。趁著這個時間，永歷在洪熙官的陪同下開始巡視，看到的是整個城牆甬道之上都布滿了尸體，有明軍的，也有鄭軍的，再向城下望去，更是密密麻麻，不知有多少尸體堆積在城下。
永歷知道鄭軍只是下山休整去了，等吃過早飯，肯定還會繼續進攻，于是吩咐道︰「熙官，盡快打掃戰場，收治傷員，讓伙房做好飯食端到城上來，朕估計不出半個時辰，他們還會攻上山來。」
洪熙官躬身行禮後離去布置，永歷則轉身下城，去醫治所察看傷兵，到了那里，永歷看到有三四百個傷兵，大多身負重傷，截肢的更不在少數。
永歷心想︰再過一段時間，鄭軍必然還要攻城，假如要撤走的話，這些傷兵是決不能放棄，看來還是讓他們撤走，也好將來少了些顧慮。
于是永歷立刻下旨，派出一小隊明軍幫助傷兵們先從後山的小路撤離，然後才又回到城牆上，與洪熙官一起用只有稀飯饅頭咸菜的早餐。
就在永歷剛吃下一個饅頭，就听到山下傳來吶喊的聲音，急忙來到城垛向山下看去，發現至少有三千余鄭軍士兵正從山路上向山上而來。
「快去準備迎敵，這次不要再留著‘手榴彈’了，全給朕用了，那里人多就往那里丟！」永歷下令道。
洪熙官領命而去，此時石頭城上還有能戰的士兵近千人，「手榴彈」還有五十余顆，所以永歷有信心再殺傷鄭軍上千，而後再撤退。
夜晚一戰，讓鄭軍死傷了將近三千人，讓一向自視甚高的劉國軒難以接受，所以等待天明之後，他重新調集人馬，除了留在舞陽門外一萬兵馬阻擊明軍出城救援外，剩下的三千精銳作為再次攻城的主力。吃過早飯後，劉國軒披盔戴甲，親自領軍殺上山，勢要攻破石頭城。
「沖上城去，第一個賞銀一千兩！抓住假皇帝，賞銀一萬兩！」劉國軒大聲喊道，以此激勵士兵奮勇攀登。
「咻，咻——」羽箭破空的聲音響起，數百支羽箭從石頭城上激射而下，鄭軍只能舉起盾牌護住自己，「噗噗」羽箭扎到盾牌上的聲音不絕于耳。
石頭城上沒有「火槍營」，「火槍營」早就全被調往揚州，此時也就永歷身邊的侍衛有十來桿短槍。
永歷將十桿短槍布置在城垛後邊，專等鄭軍士兵爬上城牆之後，一槍斃命。不過十桿短槍只是「杯水車薪」，鄭軍在接近城牆後，依然使用「搭鉤」向城上攀登，因為天色大亮，鄭軍登城的速度更快了，轉瞬之間城牆上已經布滿了如同蜘蛛般地鄭軍士兵。
「倒火油——」洪熙官在弓箭、手榴彈即將用光的時候，終于使出了殺手 。
成桶的火油傾倒而下，接著被點燃後，城牆下邊開始燃起大火，數百鄭軍在火焰中哀嚎慘呼，結果鄭軍的攻勢又為之一頓。
可沒等永歷高興多久，突然從城北面向長江的峭壁上登上一股鄭軍，手持短刀，**上身，趁明軍不備，悄悄地殺掉了哨兵，然後向城門沖去。
洪熙官發覺到鄭軍意圖，就是想要從城內打開城門，好讓城外的鄭軍沖進來，于是急忙帶人向城下跑去，準備將那股鄭軍截殺在城門附近。
在洪熙官下城之前，請求永歷趕緊由後山的小路撤走，畢竟石頭城隨時都可能被攻破，到時再走，恐怕就晚了。
永歷也不想成為累贅，城外的大火不會阻擋太長時間，等火焰熄滅，就是鄭軍登城之時，所以還是盡快撤離的好。
二十個御前侍衛護衛著永歷，從西城牆下的一個小門出了石頭城，沿著山間的小路向山下走去。
石頭山西側的景色比面對南京城的東側還要怡人，但永歷哪有心思觀賞風景，他下令侍衛盡快趕上先行撤出的傷兵，而後繞路回南京城。
可就在這個時候，突然石頭山的北方傳來深沉的轟鳴聲，「轟隆——」接連傳來，永歷仔細一听，竟然是開炮的聲音。
「難道是鄭軍開始炮擊南京城了？如果是鄭軍利用船隊的「紅夷大炮」向南京城開炮，南京的城牆肯定要遭到巨大的破壞，鄭軍會不會趁機入城呢？」永歷不免得開始擔心起來。
「萬歲爺，快看江面！」一個侍衛突然指著長江的方向喊道。
永歷聞言轉頭去看，看到有十余艘大船正向上游移動，而且船尾不時閃出煙霧，好像正在向下游開炮。
「這是怎麼了？」永歷非常的奇怪，鄭軍的船隊應該是向南京城開炮，怎麼跑到南京城上游向下游開炮，而且還有被逼逃跑的跡象。
永歷不明所以，想要弄清楚鄭軍的船隊到底發生了什麼事，這就需要從石頭山的西坡轉到面向長江的北坡，于是永歷讓侍衛跟隨自己向北坡走去。
盡管有侍衛出言相勸，希望萬歲爺馬上下山回南京城，才能保證安全，但是永歷急于弄清鄭軍船隊發生了什麼事情，還是來到了北坡。
永歷爬上了一塊巨石，站立于巨石之上，放眼長江，一場江面船隊之間的戰斗正在激烈地進行著，一方是鄭軍的船隊，另一方竟然是大明——南海海軍！
「南海海軍？」永歷看到了下游船隊的旗幟，桅桿上飄揚的金龍旗，那是大明的旗幟，雖然太遠看不清楚船上水手的衣裝，但永歷已經能確定那肯定就是「南海海軍」。
三艘巨大的「三桅帆船」沖在最前列，隨後是十余艘艨艟戰船，盡管在船只的數量上是鄭軍的一半，但「噸位」卻是對方的一倍。就是那三艘「三桅帆船」，三個桅桿的風帆全部張開，正全速向鄭軍船隊的陣營中沖去，凡是落後的鄭軍船只，皆被「三桅帆船」船舷的一陣排炮打個稀巴爛。
「轟，轟——」三桅帆船追上一只鄭軍戰船，兩相比較，鄭軍戰船卻只有「三桅帆船」的一半。兩船並駕齊驅的時候，鄭軍戰船上的兩門「紅夷大炮」率先開炮，一炮打在「三桅帆船」之上，在甲板上炸開了一個大窟窿。但是這個損傷並沒有使「三桅帆船」停止前進，在兩船錯身相過的時候，「三桅帆船」的船舷一側突然噴出十余團火焰，飛射出的炮彈全部打在鄭軍戰船之上，鄭軍戰船頓時被煙霧所籠罩，等煙霧散去，船身被打爛，就連桅桿都折斷，墜入了江中，那艘船在江心打著轉，失去了控制。
明軍的「三桅帆船」並沒有減速，而是繼續追向下游，而那搜鄭軍的戰船則緩緩沉沒于江中。
也許是天祝大明，今天竟然是冬季中少有的西南風，「南海海軍」的所有戰船全部展開了風帆，船借風勢，如一群猛虎般沖向了鄭軍船隊。而鄭軍船隊即使是最大的戰船，其「噸位」也只與明軍的艨艟戰船相當，只有一面正帆和小兩面三角帆，速度根本不能與明軍的「三位大帆船」相比。
永歷知道「三位大帆船」，那是西歐荷蘭人的杰作，船體巨大，如果是軍船的話，兩側船舷可各裝十五門各式大炮，「紅夷大炮」在華夏是最大的炮，在歐洲不過是「八磅炮」，還有比他更大的「十磅炮」和「十四磅炮」。而鄭軍的戰船是出于民間工匠之手，仿造的「艨艟戰船」，因為「噸位」的原因，卻只能在兩舷各安放兩門「紅夷大炮」，所以在「巨無霸」三桅帆船的面前，鄭軍的船只完全不是對手。
南京城北的長江江面寬闊，水深數十丈，別說「三位大帆船」，就是更大的帆船也一樣來去自如。而這寬闊的江面卻使鄭軍船隊無處躲藏，在明軍強勢的火力面前，只能向下游且戰且退。
明軍的三艘「三桅帆船」在擊沉擊傷數艘鄭軍艦船後，終于趕上了鄭軍的船隊，忽然調頭橫在江中，將鄭軍的退路攔住。此時「南海海軍」的後隊也已趕了上來，將鄭軍船隊夾在中間。
「三桅帆船」橫在江中，船舷一側的大炮不斷向鄭軍船隊開炮，兩輪炮擊之後，又有三艘鄭軍戰船被擊中起火，其中一艘片刻後就沉入了江底。
十余艘艨艟戰船也殺入鄭軍船隊，甚至有的直接沖向鄭軍戰船，用船頭的尖角直撞對方的船月復，將鄭軍戰船的船體撕開一個口子，江水立刻涌了進去。還有的明軍戰船與對方的戰船掛靠在一起，然後艨艟戰船上的水手用「搭鉤」抓住對方的船體，然後飛躍過去，或者在兩船之間搭上木板，通過木板沖入鄭軍戰船上，與對方廝殺起來。
鄭軍船隊被明軍的艨艟戰船沖進陣營後，陣型已亂，只能各自為戰，這就給可明軍戰船各個擊破的機會。大江之上，五六十艘戰船攪在一起，尤其是三艘「三桅帆船」更是如三頭猛虎不停地撕咬著對方，將一艘又一艘鄭軍戰船撕成碎片。
永歷看到這一切，如墜夢里，怎麼也沒想到張水蛟和張煌言的「南海海軍」會出現在長江，要知道南海大澳島距離南京有幾千里之遙，「南海海軍」要進入長江水域，首先得沿廣東、福建、浙江的海岸北上，才能進入長江。可是這一路上，要經過清軍的地盤，還要路過鄭經的勢力範圍，最後闖入長江，還需要通過吳淞口。
吳淞口的趙雨海、趙雨寶兄弟反叛後，肯定已經封鎖了長江出海口，張水蛟和張煌言竟能通過吳淞口進入長江，這讓永歷太出乎意料。
此時江面上的戰斗勝負已定，永歷決定立即趕回南京，也好能及時關注戰局，指揮軍隊。正當永歷轉身想離開的時候，四個守在四周的侍衛仿佛被什麼東西射中，仰面栽倒。
「敵襲——快保護皇上！」侍衛們大喊。
正當侍衛們將永歷護在中間，數十個黑衣人突然出現在四周，手中的短弩對準了永歷一方。
這時一個讓永歷非常熟悉的聲音從山岩的後邊響起——「義兄別來無恙乎？」
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