喬貴樂在去往鄭經的船隊打探消息的時候，永歷已經布置好了南京城的防御。因為鄭經船隊進犯的路線是長江，所以防御的重點則是面向長江的北門。
南京城一共十三個城門，其中面對北面長江的一共有四個城門，這四個城門將是防守的重點，以其中的舞陽門最為重要，因為這里毗鄰城外的漁港碼頭，將是鄭經船隊登陸後，首先要攻擊的地方。所以永歷在舞陽門調集了兩千士卒，並由毛八重統領。
因為重炮都被調往揚州，南京城倒是還有二十幾門小炮，其中有五門是井岡山上造出的新式小炮，但威力和射程都不如「紅夷大炮」，如果擺放在城上，只能打擊城下攻城的軍隊，卻難以對江面上的敵人形成威脅。
讓永歷擔心的是，如果船隊行駛到南京以北的江面上，靠近江邊後就可以炮轟南京城，以「紅夷大炮」攻城拔寨的威力，南京的城牆又能抵御住幾炮，到時城牆被轟塌，鄭經的軍隊乘機入城，即使不能佔領南京城，其破壞也是巨大的。
永歷站在舞陽門的城之上，放眼望去，浩瀚的長江如一條寬闊的碧毯，江面上此時已經船只稀少，想來是听說要有戰事發生，都躲避起來。再往城左看，鐘山的余脈石頭山上一片昏黃，現在已是深冬，還有十來天便要過年了，入冬以來，南京城竟然沒有下雪，這真是少見。
石頭山上有座石頭城，是南京城的制高點，永歷早已調去一千兵馬駐扎，想來那里居高臨下，易守難攻，劉國軒和馮希範也不會選擇那里作為進攻目標。
石頭城下就是長江，永歷想起一首劉禹錫所作的《石頭城》，卻怎麼也想不起詩文的內容，還好喬貴樂這個「貼身秘書」和洪熙官一樣，寸步不離永歷。當永歷問起《石頭城》的時候，當然得賣弄一番。
喬貴樂順口頌道︰山圍故國周遭在，潮打空城寂寞回。淮水東邊舊時月，夜深還過女牆來。
這里的「淮水」指的是秦淮河，說的是秦淮河穿過南京城，由石頭城下匯入長江。
喬貴樂賣弄了一番詩文，可是永歷心中卻有了一個想法。石頭城居高臨下，正北就是長江，如果在城上安置大炮，肯定能夠打到江面上的船只。只是石頭城位于舞陽門西，而鄭經的船隊由東面下游而來，未必會駛到石頭城下。
如何才能引誘船隊到石頭城下，才是解決問題的關鍵。~永歷想來想去，最後也沒想出一個辦法，只好對喬貴樂說出自己的計劃，讓他繼續想。
喬貴樂思考片刻，便提出設置一個「誘餌」，引誘鄭經船隊駛過舞陽門，進入石頭城附近的江面。
可是什麼樣的「誘餌」能使劉國軒和馮希範上當呢？喬貴樂卻笑而不答。
永歷總覺得喬貴樂心中其實已經有了最好的誘餌，但他不肯說出來，肯定是有所顧慮，于是永歷讓他盡管講出來，恕他無罪。
喬貴樂這才說出，其實最好的「誘餌」就是萬歲爺自己。
按照喬貴樂所講，永歷如果能上到石頭城，以「天地會」在南京城的眼線，肯定會密報給城外的鄭經船隊，這樣的話，劉國軒和馮希範肯定會轉向石頭城，向那里發起攻擊，以求活捉永歷皇帝，從而迫降南京。
不過這條計劃非常冒險，讓萬歲爺置身于險地，可不是一件好事，要是萬歲爺有個閃失，誰也擔待不起。可是能吸引劉國軒和馮希範的「誘餌」，南京城內還真的沒有幾個。再說鄭經的意圖就是威逼南京，迫使永歷讓出皇位，劉國軒和馮希範遇到這個機會，怎麼會輕易放過呢。
于是永歷下旨自己要出巡石頭城，此時大戰即將發生，很多朝臣都上奏表示反對，請皇帝收回成命。可是永歷心中已下決定，再說自己又不是第一次冒險，為了保護周全，永歷下令除了石頭城原有的一千守軍外，還要增加一千禁衛軍，另有五門新式小炮也要搬上石頭城。
永歷不擔心劉國軒、馮希範不知道自己出巡的事，「天地會」在江南是無孔不入，陳近南甚至已經潛入南京城，不知躲藏在那里，所以等到船隊進入南京江面後，得知永歷皇帝就在石頭城，肯定會有所行動。
石頭城不大，方圓不過兩里，但城門角一應俱全，又建在石頭山之上，確實是易守難攻。這次永歷進入石頭城，並沒有領軍大將隨行，永歷打算用洪熙官來指揮城防。
洪熙官過年之後，便已經十七歲了，完全是一個大小伙子的模樣，身材魁梧，目光炯炯，穿上亮銀甲之後，更是威風凜凜，尤其用的也是長槍，讓永歷仿若見到趙雲再生一般。
一千士卒被布置到四處城牆之上，另外一千官兵則被安置在城中作為機動。~洪熙官四處調動兵馬，布置防御，而永歷干脆做了「甩手掌櫃」，在一旁看著洪熙官指揮調動。
永歷心里已經決定，南京之戰結束後，渡江北上揚州，洪熙官將不再做自己的「御前侍衛統領」，而是派到「第一軍團」，先擔任一個團長，然後再視以後的戰功為其加官進爵。
至于南京城，有毛八重、鄧寧等武將指揮，還有郎廷佐、方以智等人督戰，永歷倒是很放心，即使有陳近南的「天地會」興風作浪，以郎廷佐在南京經營多年，陳近南也不會輕易得逞。
一天之後，南京城北的江面上出現了幾十個黑點，由遠及近，慢慢向南京城駛來，不過在距離城池還有三里的江面上拋錨，不再向南京城靠近。
入夜以後，一艘小船向船隊駛去，接著過了一會兒，船隊突然調轉航向，向石頭城駛去。
石頭城上燈火通明，不時還傳出絲竹和歡笑之聲，好像根本沒有意識到危險即將來臨。
就在船隊即將到達距離石頭城一里的地方，突然城頭冒出五股火焰，五個炙熱的火球飛向江面的船隊。
「轟——」有兩個火球正中船隊的兩艘戰船上，炸得船上的人慘號大起，有一顆炮彈好像打中了船上的火藥桶，引發了劇烈的殉爆，片刻之後，那艘船便傾覆沉默了。
永歷站在石頭城的城頭，用「千里眼」看到一次炮擊就轟沉了對方的一艘戰船，大呼這是好兆頭，果然接下來的一輪炮擊竟然又擊沉了一艘。
其實劉國軒和馮希範的船隊隊形過于密集，石頭城上也就只有五門小炮，加入是有十門新式大炮的話，恐怕擊沉的就不止兩艘了。
接連兩艘戰船被擊沉，劉國軒和馮希範好像醒悟到了什麼，急忙用桅桿上的燈籠發出信號，船隊才慢慢的散開隊形，不過就在移動的時候，第三艘戰船還是被擊沉了。
劉國軒乃是鄭經手下的頭號大將，頗有謀略，眼見船隊連遭打擊，即刻下令船隊的快船向石頭城下疾駛，然後主力戰船隨後跟進。
二十余只快船很快就到達江岸，從船上立刻跳下數百個士兵，「嗚呀」嚎叫著，沿著江邊的山路就沖上了山坡。
可是就在快要到達山頂的時候，突然這些士兵發現山路沒了，前邊的路被一面峭壁切斷，而且這面峭壁竟然還是人工削成的。
就在鄭軍準備尋路的時候，突然從山頂上扔下了許多閃著火光的鐵蛋，緊接著，這些鐵彈轟然爆炸，將峭壁下的鄭軍炸死炸傷上百人，哀嚎一片。
「撤退——」有人如此喊道。接著，這些鄭軍潮水般向後退去，來得快消失的也快。
此時劉國軒的船隊已經行駛到石頭城的江面，立刻調整炮口，向石頭山開炮。可是盡管已經調高射界，但是炮彈飛出一段距離後，必然有下落的趨勢，所以只能打到山月復，卻不能傷到石頭城分毫。
石頭城上的火炮一直沒有停止轟擊，又有兩艘戰船中彈起火，不過鄭軍的船只比較大，甚至比常見的艨艟戰艦還要大上一些，所以小口徑的火炮雖然能造成傷害，卻難以一擊致命。
就在雙方都難以威脅對方的時候，船隊又一次調頭，向舞陽門外的港口駛去。船隊到達港口後，卻發現港口早已遭到破壞，大船根本不能停靠，于是只好就近放下舷網，讓士兵由舷網下到江中，再游到岸上。
大批的鄭軍士兵到達江岸，然後並沒有直接攻向南京城，而是殺向了城左的石頭山，如此一來，永歷所在的石頭城將更加危險。
石頭城上的火炮已經重新布置，面向山下的各條通道，等鄭軍上山的時候，對準山下一頓猛轟。等鄭軍接近山頂的時候，數十個「鐵疙瘩」又從天而降，炸的鄭軍鬼哭狼嚎。
通往石頭城的山路兵部只有一條，而是有十余條，山右面對南京城的就有五條山路，這些山路雖然經過破壞，但不足以讓鄭軍停止步伐，而是繼續向上攀登。
黑夜之中，城上的永歷往下看去，黑漆漆的看不清有多少鄭軍登上山來，只能看到「手榴彈」爆炸後飛起的殘肢斷臂。
忽然一個搭鉤從城下飛了上來，扣住城垛後，立刻听到下邊傳來一些響動。永歷知道這是鄭軍已經模上山來，急忙大喊︰「快，這里有人——」
一個明軍非常機靈，立刻點燃了一枚「手榴彈」，然後就扔了下去，緊接著「轟」的一聲，數聲慘叫傳來，可以斷定城下的幾個鄭軍已然斃命。
「陛下，快離開這里！」洪熙官大吼道。
永歷提劍在手，並沒有離開的意思，但是發現自己不管在那里，那里的士兵都畏手畏腳，雖然有令不得行禮，士兵們仍然施展不開。于是永歷沒有辦法，本想參戰，卻只能暫時離開城牆，去城內的驛館休息。
洪熙官見到萬歲爺走了，這才放下心來，手提長槍，沿著城牆巡視，不斷地吆喝著，讓士兵們或是射箭，或是往下扔石頭，以阻止鄭軍登城。
但是鄭軍已從東面和北面接近了石頭城，雖然他們沒有雲梯，但是憑借著「搭鉤」，也一樣能攀上城牆。
鄭軍的士兵多是福建沿海的漁民和海盜，善用「搭鉤」，在海戰的時候，「搭鉤」可以用來鉤住對方的船，然後從鉤繩劃過去，到對方的船上肉搏。現在鄭軍攻城，也使用的是「搭鉤」。而且石頭城的城垣並不高大，只有南京城的一半，兩丈半高，所以鄭軍還是能很容易就攀上城垣。
血戰開始了，開始是十余個鄭軍士兵登上城，被砍死後，接著又有數十個攀上城垣，與明軍廝殺起來。
洪熙官一邊督戰，一邊橫掃長槍，接連刺死了數個鄭軍士兵，但是登城的鄭軍越來越多，畢竟「搭鉤」不同雲梯，一旦被甩上城，鉤住城垛後，就很難解除。
「殺啊——」一個明軍戰士刺出長矛，捅死了一個鄭軍士兵，但是冷不防身旁的城垛上已經登上一個鄭軍士兵，一刀看中了他的腦袋，連慘叫都來不及就栽倒死去了。
一個明軍士兵被鄭軍士兵保住，兩人一起從城上掉了下去，等砸落到城下後，那個明軍士兵片刻後清醒過來，趁著鄭軍不備，向著一個火堆爬去，等爬到火堆那里，解下自己腰間的一枚「手榴彈」，用盡了全身力氣，向正在準備登城的鄭軍扔去。
「轟」的一聲巨響，十余個鄭軍士兵被炸倒，這時有鄭軍發現了扔「手榴彈」的那個明軍，趕了過去，一刀結束了明軍士兵的性命。
城上的明軍士兵越戰越少，洪熙官已經是第二次派上增援了，填進去以後，很快就死傷殆盡，而鄭軍就如同螞蟻一樣，不斷地攀上城牆。
永歷看到戰況緊急，早就心急如焚，于是帶著自己的一百名御前侍衛，向城牆趕去。
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