孫權放棄了經過秦漢400年經營已經富庶繁榮的秣陵舊城，選定依憑長江天險、利于軍防的今南京市區的建業城址，營建新都。一般認為，建業都城是為南京真正成為城市之開端。當年的建業都城，因為「江東草創」，所以形制並不規整，宮苑亦顯零亂，而且比較簡陋。
當年東吳的城池宮殿大概是什麼樣的呢？建安十六年（211年），吳王孫權在听取各方面的意見後，毅然決定自京口（今鎮江）徙治秣陵（今南京），在清涼山原有城基上修建了著名的石頭山（又稱石頭成、鬼臉城）。當時長江就從清涼山下流過，因而石頭城的軍事地位十分突出，孫吳也一直將此處作為最主要的水軍基地。石頭城以清涼山西坡天然峭壁為城基，環山築造，周長「七里一百步」，相當于現在的六里左右。北緣大江，南抵秦淮河口，南開二門，東開一門，南門之西為西門，城依山傍水，夾淮帶江，形勢險固。城內設置有石頭庫、石頭倉，用以儲軍糧和兵械。在城牆的高處築有報警的烽火台，軍情緊急時發出預報信號。
古代長江繞清涼山麓東去，巨浪時時拍擊山壁，將山崖沖刷成峭壁。唐代以後江水日漸西移，自唐武德八年（625年）後，石頭城便開始廢棄，故中唐詩人劉禹錫作《石頭城》一詩雲︰「山圍故國周遭在，潮打空城寂寞回。淮水東邊舊時月，夜深還過女牆來。」可見，此時的石頭城已經十分蕭條了。
孫權于229年九月，新闢建業都城于「虎踞龍蟠」之地。起初，孫權將今進香河西岸一帶的原「討逆將軍」孫策的府第取名為「太初宮」，在周圍築起宮牆，加強防衛。
赤烏十年（247年），孫權詔令拆運武昌宮的磚瓦木材，用來修繕建業宮。有關官吏稟告說︰「武昌宮至今已有28年，其磚木破舊恐怕已不適宜再用，應該向下面的州縣去要，從全國各地砍伐木材運來。」孫權說︰「古時大禹以低矮的宮室為美，我也應該如此。如今戰事連綿不斷，向全國各地征收賦稅，如果再讓各地砍伐木材，就會妨害損傷農林生產，所以武昌宮的舊磚木，還是可以使用的。」于是遷居南宮（今珠江路南估衣廊一帶，原本是太子專用）。三月，改建太初宮，命令各個將領及各州郡官長都來義務協助建造。改建工程持續了一年多，于248年的農歷3月完工。改建後的太初宮周圍有300丈。太初宮的南面開有5個宮門，其中正門叫公車門，東、西、北三面各開一門，分別叫做蒼龍門、白虎門和玄武門，正殿稱「神龍殿」。此時，建業城中建有宮城和衙署、民居、寺院，城外有石頭城、丹陽郡城，還有人口集中和商業繁榮的市場。其時，每有魏、蜀兩國遣使至建業，無不嘆太初宮之富麗明秀，贊不絕口。孫權創建的建業成為古代一座真正的城市，為日後南京的發展奠定了基礎。
至孫皓繼位，窮奢極侈，猶嫌不足，又于甘露二年（266年）在太初宮東修建昭明宮，征集民工無數，令品秩兩千石以下官員入山督促伐木，又令大開園囿，興建七山樓觀，耗資億萬。是以此宮比太初宮大了一倍有余。昭明宮包括大小殿堂幾十個，正殿叫做「赤烏殿」。每座殿堂皆飾金玉，雕梁畫棟，壁面上繪有以神仙和雲氣為內容的大幅壁畫。在殿堂之站壘土作山，在山上蓋起高聳的樓閣。這些樓閣均用珠玉作裝飾，四周點綴著許多奇山異石。為了使殿堂之站終年都有碧波綠水，孫皓特命開鑿「城北渠」引後湖碧波，巡堂繞殿。昭明宮的位置，大約在今成賢街四牌樓一帶。孫皓自此移居新宮，于綠水紅花間流連忘返，居金殿玉樓上醉生夢死。此是後話。
苑城，為東吳皇家苑區及宮廷禁衛營地，又稱後苑，亦名建平園。在太初宮東、北。後主孫皓在太初宮建昭明宮，所佔即為苑城之地。苑城不僅是皇室閑暇休息游玩之處。也是貴族子弟騎馬射獵、習武練兵之地，可以容納3000多名貴族子弟同時騎馬操練，可見其地之廣。北部有苑倉，也稱倉城，是皇家最重要的倉庫。存貯糧食等一應所需用品，有運瀆直通苑倉，輸送物資。苑城舊址即東晉、南朝建康宮所在地。
太初宮、昭明宮和苑城組成了東吳的「宮城」，它位于建業都城的中間偏北部分，幾乎佔據都城1/4的面積。當時都城的城周為20里19步，每邊長約5里左右，都是土牆「籬門」（用竹籬做成的門）。都城的正門叫「宣陽門」。從宣陽門到秦淮河岸的「朱雀門」，又名「大航門」，正好是5里路。那里有一座浮橋，叫做「朱雀航」（又名「大航」），位置約在今中華門內鎮淮橋稍東。從宣陽門到朱雀門的5里長街被稱為「苑路」，也就是東吳的「御街」。
苑路的中央部分是皇帝專用的馳道，兩旁是一般人員通行的大道，靠近馳道的一側都築有高牆，以免皇帝的行止被人窺知。
從苑路的南端開始，就進入了秦淮河兩岸的商業區和居民區，並且沿著秦淮河向東、西、南三個方向延伸，其中最著名的是「橫塘」和「長干」兩個區域。「橫塘」大概是指今「內秦淮」的中華門到水西門段的秦淮河兩岸，這里是建業最繁華的商業區，當時最大的商業區。「長干」指今雨花台到長干橋一帶，它既是商業區，又是高級官僚的住宅區。
西晉著名的文學家左思曾經在他的名著《三都賦》（蜀都賦、吳都賦、魏都賦）中，對吳都建業宮城有這樣的描述︰「崇臨海之崔巍（高大雄偉），飾赤烏之韡曄（光明美盛貌）。」臨海、赤烏，都是太初宮殿名。對「苑路」的描述是︰「朱闕雙立，馳道如砥。樹以青槐，亙以綠水。玄蔭眈眈，清流亹亹。」馳道如砥，天子之道，十分平直，路邊樹陰重重，流水潺潺。對商業區的描述是︰「橫塘查下（查浦，在橫塘西），邑屋隆夸（房舍極度奢侈）。長干延屬（東長干中有大長干、小長干，皆相連），飛甍舛互（言棟宇相交互）。」足見當時建業宮城及商業區的奢華景象。
當年秦淮河兩岸船來船往的繁華情形，有唐代詩人崔顥的《長干曲》為證。其一︰「君家何處住？妾住在橫塘。停船暫借問，或恐是同鄉。」其二︰「家臨九江水，來去九江側。同是長干（金陵）人，自小不相識。」這雖是兩首寫男女情感的詩，從另一個側面，反映了當時秦淮河上船來船往頻繁的商賈活動。
西晉滅吳以後，建業城並未遭到很大的破壞，只是在行政區劃和名稱上作一些小的變更。
孫權在位期間，在周瑜等人的輔佐下，設置農官，實行屯田，平定山越，設置郡縣，促進了江南經濟的發展。這時的東吳政權已經擁有今長江中下游，南到福建、兩廣以及越南北部和中部廣大地區。他采取了不少措施，鼓勵發展生產。他「親自受田」，將駕車用的8頭牛改作耕牛，以表示提倡農業生產。並下令禁止官史在家忙時征調農民服徭役，以保證生產節氣，又興修水利，疏浚和擴大秦淮河水道，開破崗瀆、運瀆、東渠、潮溝等。由于吳國地處長江中下游地區，土地肥沃，便于耕墾。其中常州、鎮江、無錫一帶，農業生產比較發達，歷代陸續修成的浙東運河和江南運河在孫吳時期發揮了重要灌溉和通航作用。絲織業開始在江南興起；冶金鑄造業，秉承東漢繼續發展；青瓷業也原先的基礎上走向成熟。由于河海交通的需要，吳國的造船業、水上運輸業也有長足發展。據《太平御覽》說，吳國在長江上航行的大船上下5層，可容納3千人；海船經常北航遼東、南海諸國。