九月二十六日，陶侃督領水軍開赴石頭。庾亮、溫嶠、趙胤率領步兵萬人從白石壘向南，準備挑戰。蘇峻統帥8千人迎戰，派兒子蘇碩和部將匡孝分軍先行逼近趙胤軍隊，將其打敗。蘇峻當時正在犒勞將士，乘著醉意遠遠望見趙胤敗逃，說︰「匡孝能敗敵，我反倒不如他嗎！」于是撇下士眾，和數名騎兵向北突擊敵陣，但無法突破，準備回身奔向白木陂時，坐騎失足顛躓（di nzh ，跌倒），陶侃的部將彭世、李千等用矛投射，蘇峻墜落馬下，被斬首，剮割肢體，骨骸被焚燒，三軍將士都高呼萬歲。蘇峻的司馬任讓等人共同推立蘇峻兄弟蘇逸為主公，關閉城門自守。
咸和四年（329年）二月十三日，晉軍進攻石頭。建威長史滕含重創蘇逸，蘇碩率領驍勇士卒數百人渡過秦淮河作戰，被溫嶠擊敗斬殺，隨後救出成帝。
蘇峻之亂以後，建康宮闕已經化為灰燼，只得用建平園（原東吳皇家苑區及宮廷禁衛營地，又稱後苑）暫時作為宮室。溫嶠想遷都至豫章（今江西南昌），三吳（吳郡，今江蘇蘇州；吳興，今浙江省湖州市；會稽，今浙江紹興）的豪杰們請求遷都會稽（今浙江紹興），紛紛紜紜未有決斷。
司徒王導說︰「孫權、劉備都說‘建康是帝王的宅府’，古代的帝王，不一定因為物品的豐儉遷都。只要務本節用，還愁什麼暫時的凋弊！現在只該保持寧靜，人心自然安寧。」因此不再遷都。
三月初十，朝廷評議平定蘇峻的功績，任陶侃為侍中、太尉，封長沙郡公，加授都督交州、廣州、寧州諸軍事；郗鑒為侍中、司空、南昌縣公；溫嶠為驃騎將軍、開府儀同三司，加授散騎常侍、始安郡公；陸曄進爵為江陵公；其余賜封爵位為侯、伯、子、男的很多。
成帝由石頭月兌困時，庾亮見到成帝，叩首哽咽。成帝下詔讓庾亮和大臣們都登上御座。第二天，庾亮再次叩頭至地請罪，乞求免去自己職位，想全家投身于山海之中隱居。成帝派尚書、侍中拿手寫詔書安慰勸諭他說︰「這是國家的災難，不是娘舅的責任。」庾亮上書自己陳述說︰「祖約、蘇峻肆行凶逆之事，罪過由我引發，即便寸寸斬割屠戮，也不足以向七廟的神靈謝罪，不足以平息天下人的責難。朝廷又有什麼道理再將我與他人相提並論，我又有什麼臉面躋身于人倫呢！希望陛下即便是賜降寬宥，保全我的頭顱也就行了，對我還是應當拋棄不顧，讓我自生自滅，那麼天下人便能粗知勸善罰惡的綱要了。」成帝下詔勸慰，不同意。庾亮又想遁逃于山水之間，從暨陽出發向東，成帝下詔讓負責官員扣奪舟船。庾亮便請求外出鎮守效力，出任都督豫州、揚州地段長江以西、宣城諸軍事、豫州刺史，兼領宣城內史，鎮守蕪湖。
作為國舅，庾亮為人還算是很誠懇的，他的悔過也是真心實意的，而且采取了相應的措施和行動，其言其行，就是放在今天也是十分難能可貴的。
司馬光說︰「庾亮以外戚的身份輔佐朝政，首先引發禍端，國家毀壞，君主危殆，自己卻逃竄以求苟免；卞敦位列方鎮大員，兵員和糧食都很充足，朝廷傾覆之時，卻坐觀勝負；人臣的罪過，哪有比這更大的！但朝廷對他們既不能運用典刑彰明罪過，還用寵信爵祿回報，晉成帝無國政可言，由此也可知曉了。應當承擔這種責任的人，難道不是王導嗎！」對此，導游也頗有同感。
咸和五年（330年）九月，成帝造新宮，繕苑城。「始用磚壘宮城」，在孫吳苑城故址上建造宮城，歷時兩年有余，咸和七年（332年）十二月二十九日，成帝遷入新宮。後期又在此基礎上進行擴建。東晉宮城又稱建康宮、顯陽宮，因晉、宋時期稱朝庭禁省為「台」，故俗稱為台城。
成帝自幼聰明伶俐，明于事理，說話很到位，一副小大人的樣子。叛將蘇峻囚禁並苛待成帝時，成帝既不畏懼，也不猥瑣，而是泰然處之，埋頭讀書，表現出智者風度。蘇峻之亂時，當年五馬渡江之一的南頓王司馬宗被殺，成帝一點都不知道。等到蘇峻之亂平息後，他問舅舅庾亮︰「往常那位白頭公何在？」（司馬宗一頭白發）庾亮奏道︰「司馬宗謀反伏誅」。成帝很傷心，哭著說道︰「舅父說他人是叛賊，就輕易地殺了他。如果別人說舅父是叛賊，該怎麼辦？」庾亮一听，嚇得臉色大變，無言以答。
成帝年幼時繼位，不能親自處理政務。等到年歲漸大，頗有勤儉的德行。成帝在位期間詔舉賢良，勸課農桑，政權趨于穩固。在東晉奢侈浮華之風歷久並且盛行之時，他作為皇帝卻能力倡簡樸、節儉，還帶頭實行，應該說是很不容易的。可惜，他是一個短壽的皇帝。
咸康元年（335年）正月初一，成帝加元服，大赦，改元。咸康二年（336年）二月，立皇後杜氏。第二年，晉成帝頒布壬辰詔書，禁止豪族將領將山川大澤私有化。咸康七年（341年）又以土斷方式將自江北遷來的世族編入戶籍。
據《書斷》張懷瓘記載︰「晉帝時祭北郊，更祝版，工人削之，筆入木三分。」意思是︰晉成帝司馬衍，到北郊祭祀，要更換以前由王羲之為朝廷書寫的︰「祭天地神明，祁國泰民安」的「祝版」（書寫祝文的木版），讓木工刨削，刨了一層又一層，直到三分深，還有墨跡，「入木三分」的典故由此而來。
其實，成帝本人也是書法名家。據有關資料︰（司馬衍）工書。草書勁力外爽，古風內含。《法書要錄》一書記載︰成帝則生知草意，穎悟通諳。光使畏魄，青疑過藍。勁力外爽，古風內含。若雲開而乍睹旭日，泉落而懸歸碧潭。
咸康八年（342年），豫州刺史庾懌（庾亮之弟）送酒犒賞江州刺史王允之。王允之覺得有毒，用酒喂狗，狗飲酒後即死，王允之將此事秘密奏報成帝。成帝說︰「我大舅庾亮曾經導致國內大亂，小舅庾懌又想這樣嗎！」二月，庾懌飲毒藥自殺。
五月，成帝身體不適。六月初五，病情加重。當時，成帝的兩個兒子司馬丕和司馬奕年幼，尚在襁褓之中。于是庾冰（庾亮弟）請求讓成帝的同母兄弟、瑯邪王司馬岳為皇位繼承人，成帝同意了。成帝下詔，讓司馬岳為皇位繼承人，並讓自己的兒子司馬奕承襲瑯邪哀王司馬安國的封號。初七，庾冰、何充以及武陵王司馬唏、會稽王司馬昱、尚書令諸葛恢同時受任顧命國政。初八，成帝駕崩于建康宮中西堂。時年22歲，在位18年。廟號顯宗，謚號成帝。葬興平陵（南京雞籠山之陽）。
《列傳》選錄︰
ヾ成恭杜皇後，杜陵陽，京兆（一說今陝西西安）人，鎮南將軍杜預之曾孫女。父杜乂，見《外戚傳》。成帝司馬衍以後奕世名德，咸康二年備禮拜為皇後，即日入宮。杜皇後少有姿色，然長猶無齒，有來求婚者輒中止。及司馬衍納采之日，一夜齒盡生。改宣城陵陽縣為廣陽縣。咸康七年三月，杜皇後崩，年21歲。葬于興平陵。杜皇後在位6年，無子。
ゝ章太妃周氏以選入成帝宮，有寵，生哀帝及海西公。始拜為貴人。興寧元年（363年）薨。
康帝司馬岳在位只有短短3年，也不可能有很大作為，但是他的原配皇後褚蒜子則是一個了不起的人物。是中國歷史上唯一的4次臨朝听政、輔佐6帝（康帝司馬岳、穆帝司馬聃、哀帝司馬丕、廢帝司馬奕、簡文帝司馬昱、孝武帝司馬曜）的太後，有人稱之為︰挽救東晉王朝的女人。